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228 Publikationen

2021 | Zeitschriftenaufsatz | Angenommen | PUB-ID: 2946303
Computing the rearrangement distance of natural genomes
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (Accepted)
Journal of Computational Biology.
PUB
 
2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2945720
Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome Graphs
Schulz T, Wittler R, Rahmann S, Hach F, Stoye J (2020)
bioRxiv.
PUB | DOI | bioRxiv
 
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939618 OA
Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time
Alanko J, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Stoye J (2020)
Algorithms for Molecular Biology 15: 2.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2945430
HASLR: Fast Hybrid Assembly of Long Reads
Haghshenas E, Asghari H, Stoye J, Chauve C, Hach F (2020)
iScience 23(8): 101389.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Angenommen | PUB-ID: 2945991
Reconstructing Tumor Evolutionary Histories and Clone Trees in Polynomial-time with SubMARine
Sundermann LK, Wintersinger J, Rätsch G, Stoye J, Morris Q (Accepted)
PLOS Computational Biology.
PUB | bioRxiv
 
2020 | Report | PUB-ID: 2944669
NFDI4BioDiversity - A Consortium for the National Research Data Infrastructure (NFDI) : Proposal
Glöckner FO, Diepenbroek M, Felden J, Güntsch A, Stoye J, Overmann J, Wimmers K, Kostadinov I, Yahyapour R, Müller W, Scholz U, et al. (2020)
Zenodo.
PUB | DOI
 
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942995
Searching and Inferring Colorful Topological Motifs in Vertex-Colored Graphs
Rubert D, Araujo E, Stefanes MA, Stoye J, Martinez F (2020)
Journal of Combinatorial Optimization 40: 379–411.
PUB | DOI | WoS
 
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939598
Horizontal Gene Transfer Phylogenetics: A Random Walk Approach
Sevillya G, Dörr D, Lerner Y, Stoye J, Steel M, Snir S (2020)
Molecular Biology and Evolution 37(5): 1470–1479.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2940602
HASLR: Fast Hybrid Assembly of Long Reads
Haghshenas E, Asghari H, Stoye J, Chauve C, Hach F (2020)
bioRxiv.
PUB | DOI | Download (ext.) | bioRxiv
 
2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2943670
On motifs in colored graphs
Rubert DP, Araujo E, Stefanes MA, Stoye J, Martinez FV (2020)
arXiv:2005.13634.
PUB | Download (ext.) | arXiv
 
2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861
Computing the rearrangement distance of natural genomes
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
arXiv:2001.02139.
PUB | Download (ext.) | arXiv
 
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937712 OA
Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants
Rubert D, Martinez FHV, Stoye J, Dörr D (2020)
BMC Genomics 21(Suppl. 2): 273.
PUB | PDF | PubMed | Europe PMC
 
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Angenommen | PUB-ID: 2942686
Computing the Inversion-Indel Distance
Willing E, Stoye J, Dias Vieira Braga M (Accepted)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics.
PUB | arXiv
 
2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729
Computing the rearrangement distance of natural genomes
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
In: Proceedings of RECOMB 2020. LNBI, 12074. 3-18.
PUB | DOI
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium
Oey H, Zakrzewski M, Gravermann K, Young ND, Korhonen PK, Gobert GN, Nawaratna S, Hasan S, Martínez DM, You H, Lavin M, et al. (2019)
PLOS Pathogens 15(1): e1007513.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908574
The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies
Luhmann N, Lafond M, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C (2019)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 16(4): 1364-1373.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939260
25 Years of the Burrows-Wheeler Transform. Report from Dagstuhl Seminar 19241
Gagie T, Manzini G, Navarro G, Stoye J (2019) Dagstuhl Reports; 9(6).
Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik.
PUB | DOI
 
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148
Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear Time
Alanko J, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Stoye J (2019)
In: Proceedings of WABI 2019. Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 143. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik : 8:1-8:9.
PUB | DOI
 
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900
Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs
Wittler R (2019)
In: Proceedings of WABI 2019. Huber K, Gusfield D (Eds); LIPIcs, 143. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik.
PUB | DOI | Download (ext.)
 
2019 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998
Computational Methods for Microbiome Analysis
Setubal JC, Stoye J, Dutilh BE (Eds) (2019) Frontiers Research Topics.
Lausanne: Frontiers Media.
PUB | Download (ext.)
 

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