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3379 Publikationen

2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935556 OA
Verwaaijen, B.; Wibberg, D.; Winkler, A.; Zrenner, R.; Bednarz, H.; Niehaus, K.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2019): A comprehensive analysis of the Lactuca sativa, L. transcriptome during different stages of the compatible interaction with Rhizoctonia solani Scientific Reports,9:(1):7221
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935582
Noster, J.; Persicke, M.; Chao, T. - C.; Krone, L.; Heppner, B.; Hensel, M.; Hansmeier, N. (2019): Impact of ROS-Induced Damage of TCA Cycle Enzymes on Metabolism and Virulence of Salmonella enterica serovar Typhimurium FRONTIERS IN MICROBIOLOGY,10:762
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935489
Heyer, R.; Schallert, K.; Siewert, C.; Kohrs, F.; Greve, J.; Maus, I.; Klang, J.; Klocke, M.; Heiermann, M.; Hoffmann, M.; Puttker, S.; Calusinska, M.; Zoun, R.; Saake, G.; Benndorf, D.; Reichl, U. (2019): Metaproteome analysis reveals that syntrophy, competition, and phage-host interaction shape microbial communities in biogas plants. Microbiome,7:(1):69
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935488 OA
Osterloff, J.; Nilssen, I.; Jarnegren, J.; Van Engeland, T.; Buhl-Mortensen, P.; Nattkemper, T. W. (2019): Computer vision enables short- and long-term analysis of Lophelia pertusa polyp behaviour and colour from an underwater observatory. Scientific reports,9:(1):6578
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936260
Arenas-Lopez, C.; Locker, J.; Orol, D.; Walter, F.; Busche, T.; Kalinowski, J.; Minton, N. P.; Kovacs, K.; Winzer, K. (2019): The genetic basis of 3-hydroxypropanoate metabolism in Cupriavidus necator H16. Biotechnology for biofuels,12:(1):150
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936315 OA
Kamal, N.; Ochßner, I.; Schwandner, A.; Viehöver, P.; Hausmann, L.; Töpfer, R.; Weisshaar, B.; Holtgräwe, D. (2019): Characterization of genes and alleles involved in the control of flowering time in grapevine. PLoS One,14:(7):e0214703
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935013
Luvizott, D. M.; Araujo, J. E.; Silva, M. D. C. P.; Dias, A. C. F.; Kraft, B.; Tegetmeyer, H.; Strous, M.; Andreote, F. D. (2019): The rates and players of denitrification, dissimilatory nitrate reduction to ammonia (DNRA) and anaerobic ammonia oxidation (anammox) in mangrove soils ANAIS DA ACADEMIA BRASILEIRA DE CIENCIAS,91:(Suppl. 1):e20180373
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933296
Dostalova, H.; Busche, T.; Holatko, J.; Rucka, L.; Stepanek, V.; Barvik, I.; Nesvera, J.; Kalinowski, J.; Patek, M. (2019): Overlap of Promoter Recognition Specificity of Stress Response Sigma Factors SigD and SigH in Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 FRONTIERS IN MICROBIOLOGY,9:(50):3287
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908574
Luhmann, N.; Lafond, M.; Thévenin, A.; Ouangraoua, A.; Wittler, R.; Chauve, C. (2019): The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,16:(4): 1364-1373.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933285
Herrera-Ubaldo, H.; Lozano-Sotomayor, P.; Ezquer, I.; Di Marzo, M.; Chávez Montes, R. A.; Gómez-Felipe, A.; Pablo-Villa, J.; Diaz-Ramirez, D.; Ballester, P.; Ferrándiz, C.; Sagasser, M.; Colombo, L.; Marsch-Martínez, N.; de Folter, S. (2019): New roles of NO TRANSMITTING TRACT and SEEDSTICK during medial domain development in Arabidopsis fruits Development,146:(1):dev172395
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2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2934220 OA
Pucker, B.; Frey, K. (2019): RNA-Seq read coverage depth of splice sites in fungi. Bielefeld University.
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2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2934226 OA
Pucker, B.; Frey, K. (2019): RNA-Seq read coverage depth of splice sites in animals. Bielefeld University.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2936079
Timoneda, A.; Feng, T.; Sheehan, H.; Walker‐Hale, N.; Pucker, B.; Lopez‐Nieves, S.; Guo, R.; Brockington, S. (2019): The evolution of betalain biosynthesis in Caryophyllales New Phytologist,224:(1): 71-85.
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2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2938013
Pucker, B.; Schilbert, H. (2019): Genomics and Transcriptomics Advance in Plant Sciences. In: Sudhir P. Singh; Santosh Kumar Upadhyay; Ashutosh Pandey; Sunil Kumar (Hrsg.): Molecular Approaches in Plant Biology and Environmental Challenges. Singapore: Springer. (Energy, Environment, and Sustainability, ).
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2019 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 2940489
S. Epping, M.; Grundmann, A.; Gröger, H.; Viefhues, M. (2019): Dielectrophoretic analysis: a tool for studying the impact of organic solvents on whole-cell biocatalysts. In: 23rd International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (MicroTAS2019). S. 1014-1015.
PUB
 
2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2937972 OA
Pucker, B.; Busche, M.; Viehöver, P.; Weisshaar, B.; Stracke, R. (2019): Small sequence variants between the Musa acuminata cultivars Dwarf Cavendish and DH Pahang. Bielefeld University.
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2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2937697 OA
Pucker, B.; Busche, M.; Viehöver, P.; Weisshaar, B.; Stracke, R. (2019): Genome assemblies of Musa acuminata Dwarf Cavendish. Bielefeld University.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2938807 OA
Busche, M.; Pucker, B.; Viehöver, P.; Weisshaar, B.; Stracke, R. (2019): Genome Sequencing of Musa acuminata Dwarf Cavendish Reveals a Duplication of a Large Segment of Chromosome 2 G3: Genes|Genomes|Genetics,10:(1): 37-42.:g3.400847.2019
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2019 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939887
Campanaro, S.; Treu, L.; Rodriguez-R, L. M.; Kovalovszki, A.; Ziels, R. M.; Maus, I.; Zhu, X.; Kougias, P. G.; Basile, A.; Luo, G.; Schlüter, A.; Konstantinidis, K. T.; Angelidaki, I. (2019): The anaerobic digestion microbiome: a collection of 1600 metagenome-assembled genomes shows high species diversity related to methane production bioRxiv
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2936783
Sheehan, H.; Feng, T.; Walker‐Hale, N.; Lopez‐Nieves, S.; Pucker, B.; Guo, R.; Yim, W. C.; Badgami, R.; Timoneda, A.; Zhao, L.; Tiley, H.; Copetti, D.; Sanderson, M. J.; Cushman, J. C.; Moore, M. J.; Smith, S. A.; Brockington, S. F. (2019): Evolution of L‐DOPA 4,5‐dioxygenase activity allows for recurrent specialisation to betalain pigmentation in Caryophyllales New Phytologist,nph.16089
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2019 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935737 OA
Pucker, B.; Feng, T.; Brockington, S. F. (2019): Next generation sequencing to investigate genomic diversity in Caryophyllales bioRxiv
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2019 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934975 OA
Pucker, B. (2019): Mapping-based genome size estimation bioRxiv
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2019 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934778 OA
Baasner, J. - S.; Howard, D.; Pucker, B. (2019): Influence of neighboring small sequence variants on functional impact prediction bioRxiv
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2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2936278 OA
Pucker, B.; Busche, M.; Viehöver, P.; Weisshaar, B.; Stracke, R. (2019): Small sequence variants between the Musa acuminata cultivars Dwarf Cavendish and DH Pahang. Bielefeld University.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939194
Mayer, G.; Quast, C.; Felden, J.; Lange, M.; Prinz, M.; Pühler, A.; Lawerenz, C.; Scholz, U.; Gloeckner, F. O.; Mueller, W.; Marcus, K.; Eisenacher, M. (2019): A generally applicable lightweight method for calculating a value structure for tools and services in bioinformatics infrastructure projects BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS,20:(4): 1215-1221.
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2019 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939260
Gagie, T.; Manzini, G.; Navarro, G.; Stoye, J. (2019): 25 Years of the Burrows-Wheeler Transform. Report from Dagstuhl Seminar 19241. Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik.
PUB | DOI
 
2019 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939202
Willing, E.; Stoye, J.; Dias Vieira Braga, M. (2019): Computing the Inversion-Indel Distance arXiv: 1909.12877
PUB | arXiv
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936910
Nguyen, T. V.; Wibberg, D.; Vigil-Stenman, T.; Berckx, F.; Battenberg, K.; Demchenko, K. N.; Blom, J.; Fernandez, M. P.; Yamanaka, T.; Berry, A. M.; Kalinowski, J.; Brachmann, A.; Pawlowski, K. (2019): Frankia-enriched metagenomes from the earliest diverging symbiotic Frankia cluster: They come in teams. Genome biology and evolution,11:(8): 2273–2291.
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2019 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933775
Perozeni, F.; Cazzaniga, S.; Baier, T.; Zanoni, F.; Zoccatelli, G.; Lauersen, K. J.; Wobbe, L.; Ballottari, M. (2019): Turning a green alga red. Engineering astaxanthin biosynthesis by intragenic pseudogene revival in Chlamydomonas reinhardtii.: Supplementary information bioRxiv
PUB | bioRxiv
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2938370
Ballas, P.; Rückert, C.; Wagener, K.; Drillich, M.; Kampfer, P.; Busse, H. - J.; Ehling-Schulz, M. (2019): Corynebacterium endometrii sp. nov., isolated from the uterus of a cow with endometritis. International journal of systematic and evolutionary microbiology,70:(1): 146-152.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2937250
Schelletter, L.; Albaum, S.; Walter, S.; Noll, T.; Hoffrogge, R. (2019): Clonal variations in CHO IGF signaling investigated by SILAC-based phosphoproteomics and LFQ-MS Applied microbiology and biotechnology,103:(19): 8127-8143.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2937712
Rubert, D.; Martinez, F. H. V.; Stoye, J.; Dörr, D. (In Press): Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants BMC Genomics
PUB
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937344
Rebets, Y.; Nadmid, S.; Paulus, C.; Dahlem, C.; Herrmann, J.; Huebner, H.; Rückert, C.; Kiemer, A. K.; Gmeiner, P.; Kalinowski, J.; Mueller, R.; Luzhetskyy, A. (2019): Perquinolines A-C: Unprecedented Bacterial Tetrahydroisoquinolines Involving an Intriguing Biosynthesis Angewandte Chemie International Edition,58:(37): 12930-12934.
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2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148
Alanko, J.; Bannai, H.; Cazaux, B.; Peterlongo, P.; Stoye, J. (2019): Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear Time. In: Proceedings of WABI 2019. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik . (Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 143). S. 8:1-8:9.
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2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900 OA
Wittler, R. (2019): Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs. In: Katharina Huber; Dan Gusfield (Hrsg.): Proceedings of WABI 2019. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik. (LIPIcs, 143).
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2935647
Reintjes, G.; Tegetmeyer, H.; Burgisser, M.; Orlic, S.; Tews, I.; Zubkov, M.; VoSS, D.; Zielinski, O.; Quast, C.; Glockner, F. O.; Amann, R.; Ferdelman, T. G.; Fuchs, B. M. (2019): On site analysis of bacterial communities of the ultra-oligotrophic South Pacific Gyre. Applied and environmental microbiology,85:(14)
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2936207
Jaeger, D.; Baier, T.; Lauersen, K. J. (2019): Intronserter, an advanced online tool for design of intron containing transgenes Algal Research,42:101588
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2936603
Quehenberger, J.; Albersmeier, A.; Glatzel, H.; Hackl, M.; Kalinowski, J.; Spadiut, O. (2019): A defined cultivation medium for Sulfolobus acidocaldarius JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,301: 56-67.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936087
Mudalungu, C. M.; von Torne, W. J.; Voigt, K.; Rückert, C.; Schmitz, S.; Sekurova, O. N.; Zotchev, S. B.; Sussmuth, R. D. (2019): Noursamycins, Chlorinated Cyclohexapeptides Identified from Molecular Networking of Streptomyces noursei NTR-SR4. Journal of natural products,82:(6): 1478-1486.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936329
Ismail, M.; Frese, M.; Patschkowski, T.; Ortseifen, V.; Niehaus, K.; Sewald, N. (2019): Flavin-Dependent Halogenases from Xanthomonas campestris pv. campestris B100 Prefer Bromination over Chlorination ADVANCED SYNTHESIS & CATALYSIS,361:(11): 2475-2486.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935892
Loi, V. V.; Huyen, N. T. T.; Busche, T.; Tung, Q. N.; Gruhlke, M. C. H.; Kalinowski, J.; Bernhardt, J.; Slusarenko, A. J.; Antelmann, H. (2019): Staphylococcus aureus responds to allicin by global S-thioallylation - Role of the Brx/BSH/YpdA pathway and the disulfide reductase MerA to overcome allicin stress. Free radical biology & medicine,139: 55-69.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936033
Tsolis, K. C.; Hamed, M. B.; Simoens, K.; Koepff, J.; Busche, T.; Rückert, C.; Oldiges, M.; Kalinowski, J.; Anne, J.; Kormanec, J.; Bernaerts, K.; Karamanou, S.; Economou, A. (2019): Secretome Dynamics in a Gram-Positive Bacterial Model MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS,18:(3): 423-436.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936035
Koshla, O. T.; Rokytskyy, I. V.; Ostash, I. S.; Busche, T.; Kalinowski, J.; Moesker, E.; Suessmuth, R. D.; Fedorenko, V. O.; Ostash, B. O. (2019): Secondary Metabolome and Transcriptome of Streptomyces albus J1074 in Liquid Medium SG2 CYTOLOGY AND GENETICS,53:(1): 1-7.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2934570
Castellani, L. G.; Nilsson, J. F.; Wibberg, D.; Schlüter, A.; Pühler, A.; Brom, S.; Pistorio, M.; Tejerizo, G. T. (2019): Insight into the structure, function and conjugative transfer of pLPU83a, an accessory plasmid of Rhizobium favelukesii LPU83 Plasmid,103: 9-16.
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2019 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998 OA
João C. Setubal; Jens Stoye; Bas E. Dutilh (Hrsg.) (2019): Computational Methods for Microbiome Analysis. Lausanne: Frontiers Media.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935580
Baulig, A.; Helmle, I.; Bader, M.; Wolf, F.; Kulik, A.; Al-Dilaimi, A.; Wibberg, D.; Kalinowski, J.; Gross, H.; Kaysser, L. (2019): Biosynthetic reconstitution of deoxysugar phosphoramidate metalloprotease inhibitors using an N-P-bond-forming kinase CHEMICAL SCIENCE,10:(16): 4486-4490.
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2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604 OA
Wittler, R. (2019): Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs arXiv:1905.04165
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2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
Dörr, D.; Stoye, J. (2019): A Perspective on Comparative and Functional Genomics. In: Tandy Warnow (Hrsg.): Bioinformatics and Phylogenetics. Cham: Springer . (Computational Biology, 29). S. 361-372.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934146 OA
Osterloff, J.; Nilssen, I.; Jarnegren, J.; van Engeland, T.; Buhl-Mortensen, P.; Nattkemper, T. W. (2019): Computer vision enables short- and long-term analysis of Lophelia pertusa polyp behaviour and colour from an underwater observatory Scientific Reports
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934613
Hain, C.; Cieslak, C.; Mentz, A.; Stranzenbach, R.; Kalinowski, J.; Stadler, R. (2019): Molekulare Diagnostik bei kutanen T-Zell Lymphomen – Identifizierung neuer potentiell therapierelevanter Biomarke JOURNAL DER DEUTSCHEN DERMATOLOGISCHEN GESELLSCHAFT,17:(Suppl. 1): 1.
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