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3399 Publikationen

2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2921257
Heux, S.; Brautaset, T.; Vorholt, J. A.; Wendisch, V. F.; Portais, J. - C. (2018): Synthetic Methylotrophy: Past, Present, and Future. In: Marina G. Kalyuzhnaya; Xin-Hui Xing (Hrsg.): Methane Biocatalysis: Paving the Way to Sustainability. Cham: Springer. S. 133-152.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920259
Heine, T.; Zimmerling, J.; Ballmann, A.; Kleeberg, S. B.; Rückert, C.; Busche, T.; Winkler, A.; Kalinowski, J.; Poetsch, A.; Scholtissek, A.; Oelschlaegel, M.; Schmidt, G.; Tischler, D. (2018): On the Enigma of Glutathione-Dependent Styrene Degradation in Gordonia rubripertincta CWB2 APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,84:(9):16
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920691
Spohn, M.; Edenhart, S.; Alanjary, M.; Ziemert, N.; Wibberg, D.; Kalinowski, J.; Niedermeyer, T. H. J.; Stegmann, E.; Wohlleben, W. (2018): Identification of a novel aminopolycarboxylic acid siderophore gene cluster encoding the biosynthesis of ethylenediaminesuccinic acid hydroxyarginine (EDHA) METALLOMICS,10:(5): 722-734.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920704
Frickmann, H.; Koeller, T.; Hagen, R. M.; Ebert, K. - P.; Mueller, M.; Wenzel, W.; Gatzer, R.; Schotte, U.; Binder, A.; Skusa, R.; Warnke, P.; Podbielski, A.; Rückert, C.; Kreikemeyer, B. (2018): Molecular Epidemiology of Multidrug-Resistant Bacteria Isolated from Libyan and Syrian Patients with War Injuries in Two Bundeswehr Hospitals in Germany EUROPEAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY,8:(1): 1-11.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918672
Koepff, J.; Morschett, H.; Busche, T.; Winkler, A.; Kalinowski, J.; Wiechert, W.; Oldiges, M. (2018): Differential transcriptomic analysis reveals hidden light response in Streptomyces lividans BIOTECHNOLOGY PROGRESS,34:(1): 287-292.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915516 OA
Maus, I.; Bremges, A.; Stolze, Y.; Hahnke, S.; Cibis, K. G.; Koeck, D. E.; Kim, Y. S.; Kreubel, J.; Hassa, J.; Wibberg, D.; Weimann, A.; Off, S.; Stantscheff, R.; Zverlov, V. V.; Schwarz, W. H.; König, H.; Liebl, W.; Scherer, P.; McHardy, A. C.; Sczyrba, A.; Klocke, M.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2017): Genomics and prevalence of bacterial and archaeal isolates from biogas-producing microbiomes Biotechnology for Biofuels,10:(1):264
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2913876
Sczyrba, A.; Hofman, P.; Belmann, P.; Koslicki, D.; Janssen, S.; Dröge, J.; Gregor, I.; Majda, S.; Fiedler, J.; Dahms, E.; Bremges, A.; Fritz, A.; Garrido-Oter, R.; Jørgensen, T. S.; Shapiro, N.; Blood, P. D.; Gurevich, A.; Bai, Y.; Turaev, D.; DeMaere, M. Z.; Chikhi}, R.; Nagarajan}, N.; Quince, C.; Meyer, F.; Balvočiūtė, M.; Hansen, L. H.; Sørensen, S. J.; Chia, B. K. H.; Denis, B.; Froula, J. L.; Wang, Z.; Egan, R.; Don Kang}, D.; Cook, J. J.; Deltel, C.; Beckstette, M.; Lemaitre, C.; Peterlongo, P.; Rizk, G.; Lavenier, D.; Wu, Y. - W.; Singer, S. W.; Jain}, C.; Strous, M.; Klingenberg, H.; Meinicke, P.; Barton, M.; Lingner, T.; Lin}, H. - H.; Liao}, Y. - C.; Gueiros Z. Silva}, G.; Cuevas, D. A.; Edwards, R. A.; Saha, S.; C. Piro}, V.; Renard, B. Y.; Pop, M.; Klenk}, H. - P.; Göker, M.; Kyrpides, N. C.; Woyke, T.; Vorholt, J. A.; Schulze-Lefert, P.; Rubin, E. M.; Darling, A. E.; Rattei, T.; McHardy, A. C. (2017): Benchmark data sets, software results and reference data for the first CAMI challenge GigaScience Database
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2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Cunha, L.; Dantas, S.; Gagie, T.; Wittler, R.; Kowada, L.; Stoye, J. (2017): Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings arXiv: 1702.01280
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha, L.; Dantas, S.; Gagie, T.; Wittler, R.; Kowada, L.; Stoye, J. (2017): Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. In: Proceedings of CPM 2017. (LIPIcs, 78). S. 19:1-19:9.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901460
Löwes, B.; Chauve, C.; Ponty, Y.; Giegerich, R. (2017): The BRaliBase Dent – a Tale of Benchmark Design and Interpretation Briefings in Bioinformatics,18:(2): 306-311.
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2017 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 2942064
Panhorst, M.; Grotjohann, N. (2017): Biotechnology in our life: ein internationales Gruppenpuzzle. In: Erasmus+ Jahrestagung Bonn (Hrsg.): .
PUB
 
2017 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 2942057
Panhorst, M. (2017): Best-practice Beispiel zur Umsetzung von Lab2Venture Schülerforschungsprojekten.
PUB
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367
Sczyrba, A.; Hofmann, P.; Belmann, P.; Koslicki, D.; Janssen, S.; Dröge, J.; Gregor, I.; Majda, S.; Fiedler, J.; Dahms, E.; Bremges, A.; Fritz, A.; Garrido-Oter, R.; Jørgensen, T. S.; Shapiro, N.; Blood, P. D.; Gurevich, A.; Bai, Y.; Turaev, D.; DeMaere, M. Z.; Chikhi, R.; Nagarajan, N.; Quince, C.; Meyer, F.; Balvočiūtė, M.; Hansen, L. H.; Sørensen, S. J.; Chia, B. K. H.; Denis, B.; Froula, J. L.; Wang, Z.; Egan, R.; Don Kang, D.; Cook, J. J.; Deltel, C.; Beckstette, M.; Lemaitre, C.; Peterlongo, P.; Rizk, G.; Lavenier, D.; Wu, Y. - W.; Singer, S. W.; Jain, C.; Strous, M.; Klingenberg, H.; Meinicke, P.; Barton, M. D.; Lingner, T.; Lin, H. - H.; Liao, Y. - C.; Silva, G. G. Z.; Cuevas, D. A.; Edwards, R. A.; Saha, S.; Piro, V. C.; Renard, B. Y.; Pop, M.; Klenk, H. - P.; Göker, M.; Kyrpides, N. C.; Woyke, T.; Vorholt, J. A.; Schulze-Lefert, P.; Rubin, E. M.; Darling, A. E.; Rattei, T.; McHardy, A. C. (2017): Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software Nature Methods,14:(11): 1063-1071.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2931914
Humbert, P.; Vemmer, M.; Giampà, M.; Bednarz, H.; Niehaus, K.; Patel, A. (2017): Co-encapsulation of amyloglucosidase with starch and Saccharomyces cerevisiae as basis for a long-lasting CO2 release World Journal of Microbiology and Biotechnology,33:(4):71
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907122
Lange, C.; Lehr, M.; Zerulla, K.; Ludwig, P.; Schweitzer, J.; Polen, T.; Wendisch, V. F.; Soppa, J. (2017): Effects of kasugamycin on the translatome of Escherichia coli PlosONE,12:(1):e0168143
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2906474
Jorge, J.; Nguyen, A. Q.; Perez, F.; Kind, S.; Wendisch, V. F. (2017): Improved fermentative production of gamma-aminobutyric acid via the putrescine route: systems metabolic engineering for production from glucose, amino sugars and xylose Biotechnology and Bioengineering,114:(4): 862-873.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912419 OA
Taniguchi, H.; Busche, T.; Patschkowski, T.; Niehaus, K.; Patek, M.; Kalinowski, J.; Wendisch, V. F. (2017): Physiological roles of sigma factor SigD in Corynebacterium glutamicum BMC Microbiology,17:(1):158
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914662 OA
Fernandes de Brito, L.; Irla, M.; Kalinowski, J.; Wendisch, V. F. (2017): Detailed transcriptome analysis of the plant growth promoting Paenibacillus riograndensis SBR5 by using RNA-seq technology BMC Genomics,18:(1):846
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913963 OA
Ruwe, M.; Kalinowski, J.; Persicke, M. (2017): Identification and Functional Characterization of Small Alarmone Synthetases in Corynebacterium glutamicum Frontiers in Microbiology,8:1601
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911903
Capistrano-Gossmann, G. G.; Ries, D.; Holtgräwe, D.; Minoche, A.; Kraft, T.; Frerichmann, S. L. M.; Rosleff Sörensen, T.; Dohm, J. C.; González, I.; Schilhabel, M.; Varrelmann, M.; Tschoep, H.; Uphoff, H.; Schütze, K.; Borchardt, D.; Toerjek, O.; Mechelke, W.; Lein, J. C.; Schechert, A. W.; Frese, L.; Himmelbauer, H.; Weisshaar, B.; Kopisch-Obuch, F. J. (2017): Crop wild relative populations of Beta vulgaris allow direct mapping of agronomically important genes Nature Communications,8:(1):15708
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2912103
Tokovenko, B.; Rückert, C.; Kalinowski, J.; Mohammadipanah, F.; Wink, J.; Rosenkränzer, B.; Myronovskyi, M.; Luzhetskyy, A. (2017): Complete Draft Genome Sequence of the Actinobacterium Nocardiopsis sinuspersici UTMC102 (DSM 45277T), Which Produces Serine Protease. Genome Announc,5:(20):e00362-17
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912114 OA
Verwaaijen, B.; Wibberg, D.; Kröber, M.; Winkler, A.; Zrenner, R.; Bednarz, H.; Niehaus, K.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2017): The Rhizoctonia solani AG1-IB (isolate 7/3/14) transcriptome during interaction with the host plant lettuce (Lactuca sativa L.) PLOS ONE,12:(5):e0177278
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492
Luhmann, N.; Dörr, D.; Chauve, C. (2017): Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes Microbial Genomics,3:(9): e000123.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915619
Romanova, N.; Noll, T. (2017): Engineered and Natural Promoters and Chromatin-Modifying Elements for Recombinant Protein Expression in CHO Cells Biotechnology Journal,13:(3):e1700232
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911814
Dörr, D.; Balaban, M.; Feijão, P.; Chauve, C. (2017): The gene family-free median of three Algorithms for Molecular Biology,12:(1):14
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915524 OA
Pucker, B.; Holtgräwe, D.; Weisshaar, B. (2017): Consideration of non-canonical splice sites improves gene prediction on the Arabidopsis thaliana Niederzenz-1 genome sequence BMC Research Notes,10:(1):667
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2913400
Nouioui, I.; Rückert, C.; Willemse, J.; van Wezel, G. P.; Klenk, H. - P.; Busche, T.; Kalinowski, J.; Bredholt, H.; Zotchev, S. B. (2017): Actinoalloteichus fjordicus sp. nov. isolated from marine sponges: phenotypic, chemotaxonomic and genomic characterisation. Antonie Van Leeuwenhoek. Journal of Microbiology,110:(12): 1705-1717.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2913401
Kämpfer, P.; Rückert, C.; Blom, J.; Goesmann, A.; Wink, J.; Kalinowski, J.; Glaeser, S. P. (2017): Streptomyces phaeopurpureus Shinobu 1957 (Approved Lists 1980) and Streptomyces griseorubiginosus (Ryabova and Preobrazhenskaya 1957) Pridham et al. 1958 (Approved Lists 1980) are heterotypic subjective synonyms International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,67:(8): 3111-3116.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2913404
Grimm, I.; Dumke, J.; Vollmer, T.; Hinse, D.; Rückert, C.; Kalinowski, J.; Knabbe, C.; Dreier, J. (2017): Complete Genome Sequence of the Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus Strain DSM 16831 Genome Announcements,5:(16):e00108-17
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913749
Sant'Anna, F.; Ambrosini, A.; de Souza, R.; Fernandes, G. D.; Bach, E.; Balsanelli, E.; Baura, V.; Fernandes de Brito, L.; Wendisch, V. F.; de Oliveira Pedrosa, F.; de Souza, E. M.; Passaglia, L. (2017): Reclassification of Paenibacillus riograndensis as a genomovar of Paenibacillus sonchi: genome-based metrics improve bacterial taxonomic classification Front. Microbiol.,8:1849
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913154
Jaen, K. E.; Sigala, J. - C.; Olivares-Hernandez, R.; Niehaus, K.; Lara, A. R. (2017): Heterogeneous oxygen availability affects the titer and topology but not the fidelity of plasmid DNA produced by Escherichia coli BMC BIOTECHNOLOGY,17:(1):60
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913216 OA
Venkanna, D.; Südfeld, C.; Baier, T.; Homburg, S. V.; Patel, A.; Wobbe, L.; Kruse, O. (2017): Knock-Down of the IFR1 Protein Perturbs the Homeostasis of Reactive Electrophile Species and Boosts Photosynthetic Hydrogen Production in <i>Chlamydomonas reinhardtii</i> Frontiers in Plant Science,8:1347
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913386 OA
Jaeger, D.; Winkler, A.; Mussgnug, J. H.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Kruse, O. (2017): Time-resolved transcriptome analysis and lipid pathway reconstruction of the oleaginous green microalga Monoraphidium neglectum reveal a model for triacylglycerol and lipid hyperaccumulation Biotechnology for Biofuels,10:(1):197
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913038 OA
Klassen, V.; Blifernez-Klassen, O.; Wibberg, D.; Winkler, A.; Kalinowski, J.; Posten, C.; Kruse, O. (2017): Highly efficient methane generation from untreated microalgae biomass Biotechnology for Biofuels,10:(1):186
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913110 OA
Kulis-Horn, R.; Rückert, C.; Kalinowski, J.; Persicke, M. (2017): Sequence-based identification of inositol monophosphatase-like histidinol-phosphate phosphatases (HisN) in Corynebacterium glutamicum, Actinobacteria, and beyond BMC Microbiology,17:(1):161
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913116 OA
Wolf, T.; Droste, J.; Gren, T.; Ortseifen, V.; Schneiker-Bekel, S.; Zemke, T.; Pühler, A.; Kalinowski, J. (2017): The MalR type regulator AcrC is a transcriptional repressor of acarbose biosynthetic genes in Actinoplanes sp. SE50/110 BMC Genomics,18:(1):562
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913019
Farnberger, J. E.; Lorenz, E.; Richter, N.; Wendisch, V. F.; Kroutil, W. (2017): In vivo Plug-and-play: A Modular Multi-enzyme Single-cell Catalyst for the Asymmetric Amination of Ketoacids and Ketones Microbial Cell Factories,16:(1):132
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911007
Ampattu, B. J.; Hagmann, L.; Liang, C.; Dittrich, M.; Schlüter, A.; Blom, J.; Krol, E.; Goesmann, A.; Becker, A.; Dandekar, T.; Mueller, T.; Schoen, C. (2017): Transcriptomic buffering of cryptic genetic variation contributes to meningococcal virulence BMC Genomics,18:(1):282
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911272
Hillion, M.; Bernhardt, J.; Busche, T.; Rossius, M.; Maaß, S.; Becher, D.; Rawat, M.; Wirtz, M.; Hell, R.; Rückert, C.; Kalinowski, J.; Antelmann, H. (2017): Monitoring global protein thiol-oxidation and protein S-mycothiolation in Mycobacterium smegmatis under hypochlorite stress. Sci Rep,7:(1):1195
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2911274
Crnovčić, I.; Rückert, C.; Semsary, S.; Lang, M.; Kalinowski, J.; Keller, U. (2017): Genetic interrelations in the actinomycin biosynthetic gene clusters of Streptomyces antibioticus IMRU 3720 and Streptomyces chrysomallus ATCC11523, producers of actinomycin X and actinomycin C. Adv Appl Bioinform Chem,10: 29-46.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909432
Celis, J. S.; Edgell, D. R.; Stelbrink, B.; Wibberg, D.; Hauffe, T.; Blom, J.; Kalinowski, J.; Wilke, T. (2017): Evolutionary and biogeographical implications of degraded LAGLIDADG endonuclease functionality and group I intron occurrence in stony corals (Scleractinia) and mushroom corals (Corallimorpharia) PLOS ONE,12:(3):e0173734
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909070
Paulus, C.; Rebets, Y.; Tokovenko, B.; Nadmid, S.; Terekhova, L. P.; Myronovskyi, M.; Zotchev, S. B.; Rückert, C.; Braig, S.; Zahler, S.; Kalinowski, J.; Luzhetskyy, A. (2017): New natural products identified by combined genomics-metabolomics profiling of marine Streptomyces sp MP131-18 SCIENTIFIC REPORTS,7:(1):42382
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909045 OA
Henke, N. A.; Heider, S.; Hannibal, S.; Wendisch, V. F.; Peters-Wendisch, P. (2017): Isoprenoid pyrophosphate-dependent transcriptional regulation of carotenogenesis in Corynebacterium glutamicum Frontiers in Microbiology,8:633
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057 OA
Rubert, D.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time Algorithms for Molecular Biology,12:(1):3
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908531
Hersemann, L.; Wibberg, D.; Blom, J.; Goesmann, A.; Widmer, F.; Vorhölter, F. - J.; Koelliker, R. (2017): Comparative genomics of host adaptive traits in Xanthomonas translucens pv. graminis BMC GENOMICS,18:(1):35
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907915 OA
Taniguchi, H.; Henke, N. A.; Heider, S.; Wendisch, V. F. (2017): Overexpression of the primary sigma factor gene sigA improved carotenoid production by Corynebacterium glutamicum: application to production of beta-carotene and the non-native linear C50 carotenoid bisanhydrobacterioruberin Metabolic Engineering Communications,4: 1-11.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907696 OA
Kleinbölting, N.; Huep, G.; Weisshaar, B. (2017): Enhancing the GABI-Kat Arabidopsis thaliana T-DNA insertion mutant database by incorporating Araport11 annotation Plant and Cell Physiology,58:(1):e7
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916447
Schneefeld, M.; Busche, T.; Geffers, R.; Kalinowski, J.; Bange, F. - C. (2017): The transcriptional regulator LysG (Rv1985c) of Mycobacterium tuberculosis activates lysE (Rv1986) in a lysine-dependent manner PLOS ONE,12:(10):e0186505
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916525
Dostalova, H.; Holatko, J.; Busche, T.; Rucka, L.; Rapoport, A.; Halada, P.; Nesvera, J.; Kalinowski, J.; Patek, M. (2017): Assignment of sigma factors of RNA polymerase to promoters in Corynebacterium glutamicum AMB EXPRESS,7:(1):133
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916526
Golyshina, O. V.; Tran, H.; Reva, O. N.; Lemak, S.; Yakunin, A. F.; Goesmann, A.; Nechitaylo, T. Y.; LaCono, V.; Smedile, F.; Slesarev, A.; Rojo, D.; Barbas, C.; Ferrer, M.; Yakimov, M. M.; Golyshin, P. N. (2017): Metabolic and evolutionary patterns in the extremely acidophilic archaeon Ferroplasma acidiphilum Y-T SCIENTIFIC REPORTS,7:(1):3682
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916490
Wibberg, D.; Genzel, F.; Verwaaijen, B.; Blom, J.; Rupp, O.; Goesmann, A.; Zrenner, R.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2017): Draft genome sequence of the potato pathogen Rhizoctonia solani AG3-PT isolate Ben3 Archives of Microbiology,199:(7): 1065-1068.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910369 OA
Maus, I.; Kim, Y. S.; Wibberg, D.; Stolze, Y.; Off, S.; Antonczyk, S.; Pühler, A.; Scherer, P.; Schlüter, A. (2017): Biphasic Study to Characterize Agricultural Biogas Plants by High-Throughput 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing and Microscopic Analysis Journal of Microbiology and Biotechnology,27:(2): 321-334.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908419 OA
Torres Tejerizo, G. A.; Wibberg, D.; Winkler, A.; Ormeño-Orrillo, E.; Martínez-Romero, E.; Niehaus, K.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Lagares, A.; Schlüter, A.; Pistorio, M. (2017): Genome Sequence of the Symbiotic Type Strain Rhizobium tibeticum CCBAU85039T Genome Announcements,5:(4): e01513-16.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909190 OA
Langenkämper, D.; Zurowietz, M.; Schoening, T.; Nattkemper, T. W. (2017): BIIGLE 2.0 - Browsing and Annotating Large Marine Image Collections Frontiers in Marine Science,4:(March):83
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916403
Hossain, M. S.; Persicke, M.; ElSayed, A. I.; Kalinowski, J.; Dietz, K. - J. (2017): Metabolite profiling at the cellular and subcellular level reveals metabolites associated with salinity tolerance in sugar beet Journal of Experimental Botany,68:(21-22): 5961-5976.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2911058
Tauch, A.; Al-Dilaimi, A. (2017): Bioinformatics in Germany: toward a national-level infrastructure Briefings in Bioinformatics,20:(2): 370-374.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915356
Viefhues, M.; Anselmetti, D. (2017): Microfluidic Devices for Biotechnological Applications Materials Today: Proceedings,4: S208-S213.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915360
Knust, S.; Kreft, D.; Hillmann, R.; Meyer, A.; Viefhues, M.; Reimann, P.; Anselmetti, D. (2017): Measuring DNA Translocation Forces through MoS 2 -Nanopores with Optical Tweezers Materials Today: Proceedings,4: S168-S173.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2917180
Saad, S.; Bhatnagar, S.; Tegetmeyer, H.; Geelhoed, J. S.; Strous, M.; Ruff, S. E. (2017): Transient exposure to oxygen or nitrate reveals ecophysiology of fermentative and sulfate-reducing benthic microbial populations ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,19:(12): 4866-4881.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909153
Yu, J.; Blom, J.; Sczyrba, A.; Goesmann, A. (2017): Rapid protein alignment in the cloud: HAMOND combines fast DIAMOND alignments with Hadoop parallelism Journal of Biotechnology,257: 58-60.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann, S.; Kleinbölting, N.; Jaenicke, S.; Henke, C.; Hassa, J.; Nelkner, J.; Stolze, Y.; Albaum, S.; Schlüter, A.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Stoye, J. (2017): Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research Journal of Biotechnology,261:(SI): 10-23.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908076
Makarewicz, O.; Lucas, M.; Brandt, C.; Herrmann, L.; Albersmeier, A.; Rückert, C.; Blom, J.; Goesmann, A.; van der Linden, M.; Kalinowski, J.; Pletz, M. W. (2017): Whole Genome Sequencing of 39 Invasive Streptococcus pneumoniae Sequence Type 199 Isolates Revealed Switches from Serotype 19A to 15B PLoS One,12:(1):e0169370
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915359
Hillmann, R.; Gilzer, D.; Knust, S.; Biere, N.; Viefhues, M.; Toensing, K.; Kottke, T.; Anselmetti, D. (2017): Preparation of 2D Phospholipid and Copolymer Nanomembranes Materials Today: Proceedings,4: S87-S92.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908402
Schramke, H.; Laermann, V.; Tegetmeyer, H.; Brachmann, A.; Jung, K.; Altendorf, K. (2017): Revisiting regulation of potassium homeostasis in Escherichia coli: the connection to phosphate limitation MicrobiologyOpen,6:(3):e00438
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2017 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2908205
Henke, N. A.; Peters-Wendisch, P.; Wendisch, V. F. (2017): Carotenoid production by Corynebacterium: the workhorse of industrial amino acid production as host for production of a broad spectrum of C40 and C50 carotenoids. In: Dragan Cvetković (Hrsg.): Carotenoids. 1. Rijeka, Croatia: IN TECH d.o.o. S. 159-173.
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2017 | Datenpublikation | PUB-ID: 2930821 OA
Karsten, L.; Bergen, D.; Drake, C.; Dymek, S.; Edich, M.; Haak, M.; Kerkhoff, D.; Kerkhoff, Y.; Liebers, M.; März, C.; Schlüter, L.; Schmidt, O.; Vinke, S.; M. Whitford, C.; Pucker, B.; Droste, J.; Rückert, C.; M. Müller, K.; Kalinowski, J. (2017): Expanding The Genetic Code. Bielefeld University.
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2017 | Datenpublikation | PUB-ID: 2914921 OA
Huang, L.; Krüger, J.; Sczyrba, A. (2017): Sparkhit evaluation data set. Bielefeld University.
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
Rubert, D.; Medeiros, G. L.; Hoshino, E. A.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ. In: Joao Meidanis; Luay Nakhleh (Hrsg.): Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Cham: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 10562). S. 76-100.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910249
Jaeger, D.; Hübner, W.; Huser, T.; Mussgnug, J. H.; Kruse, O. (2017): Nuclear transformation and functional gene expression in the oleaginous microalga Monoraphidium neglectum Journal of Biotechnology,249: 10-15.
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2017 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2909213 OA
Luhmann, N. (2017): Phylogenetic assembly of paleogenomes integrating ancient DNA data. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912983
Boehm, K.; Meyer, F.; Rhomberg, A.; Kalinowski, J.; Donovan, C.; Bramkamp, M. (2017): Novel Chromosome Organization Pattern in Actinomycetales-Overlapping Replication Cycles Combined with Diploidy MBIO,8:(3):e00511-17
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916528
Wolf, T.; Schneiker-Bekel, S.; Neshat, A.; Ortseifen, V.; Wibberg, D.; Zemke, T.; Pühler, A.; Kalinowski, J. (2017): Genome improvement of the acarbose producer Actinoplanes sp SE50/110 and annotation refinement based on RNA-seq analysis JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,251: 112-123.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916547
Hassenrück, C.; Tegetmeyer, H.; Ramette, A.; Fabricius, K. E. (2017): Minor impacts of reduced pH on bacterial biofilms on settlement tiles along natural pH gradients at two CO2 seeps in Papua New Guinea ICES Journal of Marine Science,74:(4): 978-987.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912344
Alfredo Banuelos-Vazquez, L.; Torres Tejerizo, G. A.; Brom, S. (2017): Regulation of conjugative transfer of plasmids and integrative conjugative elements PLASMID,91: 82-89.
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2017 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916878
Mussgnug, J. H. (2017): Nuclear transformation and toolbox development. In: Michael Hippler (Hrsg.): Chlamydomonas: Molecular Genetics and Physiology. 1. Cham: Springer International Publishing. (Microbiology Monographs, 30). S. 27-58.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911997
Omar Draghi, W.; Florencia Del Papa, M.; Barsch, A.; Albicoro, F. J.; Lozano, M. J.; Pühler, A.; Niehaus, K.; Lagares, A. (2017): A metabolomic approach to characterize the acid-tolerance response in Sinorhizobium meliloti METABOLOMICS,13:(6):71
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916506
Marchant, H. K.; Ahmerkamp, S.; Lavik, G.; Tegetmeyer, H.; Graf, J.; Klatt, J. M.; Holtappels, M.; Walpersdorf, E.; Kuypers, M. M. M. (2017): Denitrifying community in coastal sediments performs aerobic and anaerobic respiration simultaneously ISME JOURNAL,11:(8): 1799-1812.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916533
Sun, Y. - Q.; Busche, T.; Rückert, C.; Paulus, C.; Rebets, Y.; Novakova, R.; Kalinowski, J.; Luzhetskyy, A.; Kormanec, J.; Sekurova, O. N.; Zotchev, S. B. (2017): Development of a Biosensor Concept to Detect the Production of Cluster-Specific Secondary Metabolites ACS SYNTHETIC BIOLOGY,6:(6): 1026-1033.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552
da Silva, P. H.; Machado, R.; Dantas, S.; Dias Vieira Braga, M. (2017): Genomic Distance with High Indel Costs IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,14:(3): 728-732.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915361
Valikhani, D.; Bolivar, J. M.; Viefhues, M.; McIlroy, D. N.; Vrouwe, E. X.; Nidetzky, B. (2017): A Spring in Performance: Silica Nanosprings Boost Enzyme Immobilization in Microfluidic Channels ACS Applied Materials & Interfaces,9:(40): 34641-34649.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911017
Kracht, O. N.; Ammann, A. - C.; Stockmann, J.; Wibberg, D.; Kalinowski, J.; Piotrowski, M.; Kerr, R.; Brueck, T.; Kourist, R. (2017): Transcriptome profiling of the Australian arid-land plant Eremophila serrulata (A.DC.) Druce (Scrophulariaceae) for the identification of monoterpene synthases PHYTOCHEMISTRY,136: 15-22.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911396
Müller, B.; Heinrich, C.; Jabs, W.; Kaspar-Schönefeld, S.; Schmidt, A.; Wehmeier, N.; Albaum, S.; Baessmann, C.; Noll, T.; Hoffrogge, R. (2017): Label-free protein quantification of sodium butyrate treated CHO cells by ESI-UHR-TOF-MS Journal of Biotechnology,257: 87-98.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916470
Tomazetto, G.; Hahnke, S.; Langer, T.; Wibberg, D.; Blom, J.; Maus, I.; Pühler, A.; Klocke, M.; Schlüter, A. (2017): The completely annotated genome and comparative genomics of the Peptoniphilaceae bacterium str. ING2-D1G, a novel acidogenic bacterium isolated from a mesophilic biogas reactor Journal of Biotechnology,257: 178-186.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912973
Stark, H.; Wolf, J.; Albersmeier, A.; Pham, T. K.; Hofmann, J. D.; Siebers, B.; Kalinowski, J.; Wright, P. C.; Neumann-Schaal, M.; Schomburg, D. (2017): Oxidative Stickland reactions in an obligate aerobic organism - amino acid catabolism in the Crenarchaeon Sulfolobus solfataricus FEBS JOURNAL,284:(13): 2078-2095.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910507
Steffens, T.; Duda, K.; Lindner, B.; Vorhölter, F. - J.; Bednarz, H.; Niehaus, K.; Holst, O. (2017): The lipopolysaccharide of the crop pathogen Xanthomonas translucens pv. translucens: chemical characterization and determination of signaling events in plant cells GLYCOBIOLOGY,27:(3): 264-274.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910571
Jorge, J.; Perez, F.; Wendisch, V. F. (2017): A new metabolic route for the fermentative production of 5-aminovalerate from glucose and alternative carbon sources Bioresource Technology,245:(SI): 1701–1709.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911994
Wolf, F.; Bauer, J. S.; Bendel, T. M.; Kulik, A.; Kalinowski, J.; Gross, H.; Kaysser, L. (2017): Biosynthesis of the beta-Lactone Proteasome Inhibitors Belactosin and Cystargolide ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION,56:(23): 6665-6668.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911465
Sommer, C.; Dietz, M. S.; Patschkowski, T.; Mathes, T.; Kottke, T. (2017): Light-Induced Conformational Changes in the Plant Cryptochrome Photolyase Homology Region Resolved by Selective Isotope Labeling and Infrared Spectroscopy Photochemistry and Photobiology,93:(3): 881-887.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911321
Lee, J. - H.; Wendisch, V. F. (2017): Production of amino acids - Genetic and metabolic engineering approaches Biores Technol,245:(SI): 1575–1587.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909055
Pfeifenschneider, J.; Brautaset, T.; Wendisch, V. F. (2017): Methanol as carbon source in the bio-economy: Metabolic engineering of aerobic methylotrophic bacteria for production of value-added chemicals Biofuels, Bioproducts and Biorefining,11:(4): 719-731.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910629
Perez, F.; Ziert, C.; Risse, J. M.; Wendisch, V. F. (2017): Improved fermentative production of the compatible solute ectoine by Corynebacterium glutamicum from glucose and alternative carbon sources J Biotechnol,258: 59-68.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911273
Koepff, J.; Keller, M.; Tsolis, C. K.; Busche, T.; Rückert, C.; Hamed, M. B.; Anné, J.; Kalinowski, J.; Wiechert, W.; Economou, A.; Oldiges, M. (2017): Fast and reliable strain characterization of Streptomyces lividans through micro-scale cultivation. Biotechnol Bioeng,114:(9): 2011-2022.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910373
Bartholomäus, A.; Wibberg, D.; Winkler, A.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Varrelmann, M. (2017): Identification of a novel mycovirus isolated from Rhizoctonia solani (AG 2-2 IV) provides further information about genome plasticity within the order Tymovirales Archives of Virology,162:(2): 555-559.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910380
Hamed, A.; Abdel-Razek, A. S.; Frese, M.; Wibberg, D.; El-Haddad, A. F.; Ibrahim, T. M. A.; Kalinowski, J.; Sewald, N.; Shaaban, M. (2017): New oxaphenalene derivative from marine-derived Streptomyces griseorubens sp ASMR4 Zeitschrift für Naturforschung B,72:(1): 53-62.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916406
Lasek, R.; Dziewit, L.; Ciok, A.; Decewicz, P.; Romaniuk, K.; Jedrys, Z.; Wibberg, D.; Schlüter, A.; Pühler, A.; Bartosik, D. (2017): Genome content, metabolic pathways and biotechnological potential of the psychrophilic Arctic bacterium Psychrobacter sp DAB_AL43B, a source and a host of novel Psychrobacter-specific vectors Journal of Biotechnology,263: 64-74.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916444
Schwarzhans, J. P.; Luttermann, T.; Geier, M.; Kalinowski, J.; Friehs, K. (2017): Towards systems metabolic engineering in Pichia pastoris BIOTECHNOLOGY ADVANCES,35:(6): 681-710.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915357
Viefhues, M.; Sun, S.; Valikhani, D.; Nidetzky, B.; Vrouwe, E. X.; Mayr, T.; Bolivar, J. M. (2017): Tailor-made resealable micro(bio)reactors providing easy integration of in situ sensors Journal of Micromechanics and Microengineering,27:(6):065012
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914537
Kalinowski, J.; Ahrens, B.; Al-Dilaimi, A.; Winkler, A.; Wibberg, D.; Schleenbecker, U.; Rückert, C.; Wölfel, R.; Grass, G. (2017): Isolation and whole genome analysis of endospore-forming bacteria from heroin. Forensic Sci Int Genet,32: 1-6.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908570
Probandt, D.; Knittel, K.; Tegetmeyer, H.; Ahmerkamp, S.; Holtappels, M.; Amann, R. (2017): Permeability shapes bacterial communities in sublittoral surface sediments Environmental Microbiology,19:(4): 1584-1599.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909139
Stracke, R.; Turgut-Kara, N.; Weisshaar, B. (2017): The AtMYB12 activation domain maps to a short C-terminal region of the transcription factor Zeitschrift für Naturforschung C,72:(7-8): 251-257.
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