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410 Publikationen

2019 | Herausgeber Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998
Computational Methods for Microbiome Analysis (Frontiers Research Topics). (2019). Computational Methods for Microbiome Analysis (Frontiers Research Topics). (J.C. Setubal, J. Stoye & B.E. Dutilh, Hrsg.). Lausanne: Frontiers Media.
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2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604
Wittler, R. (2019). Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs. arXiv:1905.04165.
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2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
Dörr, D. & Stoye, J. (2019). A Perspective on Comparative and Functional Genomics (Computational Biology). In T. Warnow (Hrsg.), Bioinformatics and Phylogenetics (S. 361-372). Cham: Springer . doi:10.1007/978-3-030-10837-3_14.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933161
Hassan, H. & Shanak, S. (2019). GOTrapper. A tool to navigate through branches of gene ontology hierarchy. BMC Bioinformatics, 20(1): 20. Springer Nature. doi:10.1186/s12859-018-2581-8.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Oey, H., Zakrzewski, M., Gravermann, K., Young, N.D., Korhonen, P.K., Gobert, G.N., Nawaratna, S., Hasan, S., Martínez, D.M., You, H., Lavin, M., Jones, M., Ragan, M.A., Stoye, J., Oleaga, A., Emery, A.M., Webster, B., Rollinson, D., Gasser, R.B., McManus, D.P. & Krause, L. (2019). Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium. PLOS Pathogens, 15(1): e1007513. Public Library of Science. doi:10.1371/journal.ppat.1007513.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
Schulz, T., Stoye, J. & Dörr, D. (2018). GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data. BMC Genomics, 19(Suppl. 5): 308. Springer Nature. doi:10.1186/s12864-018-4622-0.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert, D., Hoshino, E.A., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2018). Computing the family-free DCJ similarity. BMC Bioinformatics, 19(Suppl. 6): 152. BioMed Central. doi:10.1186/s12859-018-2130-5.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann, N., Chauve, C., Stoye, J. & Wittler, R. (2018). Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 15(6), 2094-2100. IEEE. doi:10.1109/TCBB.2018.2816034.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932754
Bhatia, S., Feijão, P. & Francis, A.R. (2018). Position and Content Paradigms in Genome Rearrangements. The Wild and Crazy World of Permutations in Genomics. BULLETIN OF MATHEMATICAL BIOLOGY, 80(12), 3227-3246. Springer. doi:10.1007/s11538-018-0514-3.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919346
Hagenfeld, D., Koch, R., Jünemann, S., Prior, K., Harks, I., Eickholz, P., Hoffmann, T., Kim, T.-S., Kocher, T., Meyle, J., Kaner, D., Schlagenhauf, U., Ehmke, B. & Harmsen, D. (2018). Do we treat our patients or rather periodontal microbes with adjunctive antibiotics in periodontal therapy? A 16S rDNA microbial community analysis. PLOS ONE, 13(4): e0195534. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0195534.
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2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2918485
Holley, G. (2018). Pan-genome Search and Storage. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2919356
Willing, E. (2018). On Distance and Sorting of the Double Cut-and-Join and the Inversion-*indel* Model. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
Cunha, L., Diekmann, Y., Kowada, L. & Stoye, J. (2018). Identifying Maximal Perfect Haplotype Blocks (LNBI). Proceedings of BSB 2018 (S. 26-37). Gehalten auf der BSB 2018. 11th Brazilian Symposium on Bioinformatics, Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-030-01722-4_3.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Holley, G., Wittler, R., Stoye, J. & Hach, F. (2018). Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 25(7), 825-836. Gehalten auf der 21st Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), Mary Ann Liebert, Inc. doi:10.1089/cmb.2018.0068.
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2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
Zekic, T., Holley, G. & Stoye, J. (2018). Pan-genome Storage and Analysis Techniques (Methods in Molecular Biology). In J.C. Setubal, P. Stadler & J. Stoye (Hrsg.), Comparative Genomics. Methods and Protocols (S. 29-53). New York: Springer Verlag.
PUB
 
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
Dörr, D., Feijão, P. & Stoye, J. (2018). Family-Free Genome Comparison (Methods in Molecular Biology). In J.C. Setubal, P. Stadler & J. Stoye (Hrsg.), Comparative Genomics: Methods and Protocols (S. 331-342). New York: Springer Verlag.
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2018 | Herausgeber Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Comparative Genomics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology). (2018). Comparative Genomics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology). (J.C. Setubal, P. Stadler & J. Stoye, Hrsg.). New York: Springer Verlag.
PUB
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Jaenicke, S., Albaum, S., Blumenkamp, P., Linke, B., Stoye, J. & Goesmann, A. (2018). Flexible metagenome analysis using the MGX framework. Microbiome, 6: 76. doi:10.1186/s40168-018-0460-1.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492
Luhmann, N., Dörr, D. & Chauve, C. (2017). Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes. Microbial Genomics, 3(9). Microbiology Society. doi:10.1099/mgen.0.000123.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann, S., Kleinbölting, N., Jaenicke, S., Henke, C., Hassa, J., Nelkner, J., Stolze, Y., Albaum, S., Schlüter, A., Goesmann, A., Sczyrba, A. & Stoye, J. (2017). Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research. Journal of Biotechnology, 261(SI), 10-23. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.08.012.
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