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410 Publikationen

2019 | Herausgeber Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998
Setubal JC, Stoye J, Dutilh BE, eds. Computational Methods for Microbiome Analysis. Frontiers Research Topics. Lausanne: Frontiers Media; 2019.
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2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604
Wittler R. Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs. arXiv:1905.04165. 2019.
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2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
Dörr D, Stoye J. A Perspective on Comparative and Functional Genomics. In: Warnow T, ed. Bioinformatics and Phylogenetics. Computational Biology. Vol 29. Cham: Springer ; 2019: 361-372.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933161
Hassan H, Shanak S. GOTrapper. A tool to navigate through branches of gene ontology hierarchy. BMC Bioinformatics. 2019;20(1): 20.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Oey H, Zakrzewski M, Gravermann K, et al. Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium. PLOS Pathogens. 2019;15(1): e1007513.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
Schulz T, Stoye J, Dörr D. GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data. BMC Genomics. 2018;19(Suppl. 5): 308.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert D, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. Computing the family-free DCJ similarity. BMC Bioinformatics. 2018;19(Suppl. 6): 152.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R. Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2018;15(6):2094-2100.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932754
Bhatia S, Feijão P, Francis AR. Position and Content Paradigms in Genome Rearrangements. The Wild and Crazy World of Permutations in Genomics. BULLETIN OF MATHEMATICAL BIOLOGY. 2018;80(12):3227-3246.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919346
Hagenfeld D, Koch R, Jünemann S, et al. Do we treat our patients or rather periodontal microbes with adjunctive antibiotics in periodontal therapy? A 16S rDNA microbial community analysis. PLOS ONE. 2018;13(4): e0195534.
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2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2918485
Holley G. Pan-genome Search and Storage. Bielefeld: Universität Bielefeld; 2018.
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2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2919356
Willing E. On Distance and Sorting of the Double Cut-and-Join and the Inversion-*indel* Model. Bielefeld: Universität Bielefeld; 2018.
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2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
Cunha L, Diekmann Y, Kowada L, Stoye J. Identifying Maximal Perfect Haplotype Blocks. In: Proceedings of BSB 2018. LNBI. Vol 11228. Springer Verlag; 2018: 26-37.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F. Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2018;25(7):825-836.
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2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
Zekic T, Holley G, Stoye J. Pan-genome Storage and Analysis Techniques. In: Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics. Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 1704. New York: Springer Verlag; 2018: 29-53.
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2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
Dörr D, Feijão P, Stoye J. Family-Free Genome Comparison. In: Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 1704. New York: Springer Verlag; 2018: 331-342.
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2018 | Herausgeber Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 1704. New York: Springer Verlag; 2018.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Jaenicke S, Albaum S, Blumenkamp P, Linke B, Stoye J, Goesmann A. Flexible metagenome analysis using the MGX framework. Microbiome. 2018;6: 76.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492
Luhmann N, Dörr D, Chauve C. Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes. Microbial Genomics. 2017;3(9).
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann S, Kleinbölting N, Jaenicke S, et al. Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research. Journal of Biotechnology. 2017;261(SI):10-23.
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