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415 Publikationen

2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560 OA
Cieliebak, M.; Erlebach, T.; Lipták, Z.; Stoye, J.; Welzl, E. (2004): Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings Discrete Applied Mathematics,137:(1): 27-46.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312 OA
Pollard, D. A.; Bergman, C. M.; Stoye, J.; Celniker, S. E.; Eisen, M. B. (2004): Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA BMC Bioinformatics,5:(1): 6.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569 OA
Gusfield, D.; Stoye, J. (2004): Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string Journal of computer and system sciences,69:(4): 525-546.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773761 OA
Müller, T.; Rahmann, S.; Dandekar, T.; Wolf, M. (2004): Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta) BMC Evolutionary Biology,4:(1): 20.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
Bergeron, A.; Mixtacki, J.; Stoye, J. (2004): Reversal Distance without Hurdles and Fortresses. In: Proc. of CPM 2004. SPRINGER-VERLAG BERLIN. (LNCS, 3109). S. 388-399.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970475 OA
Schürmann, K. - B.; Stoye, J. (2003): Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
Heber, S.; Stoye, J. (2003): The European Conference on Computational Biology Drug Discovery Today,8:(3): 113-114.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
Giegerich, R.; Stoye, J. (2003): Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik Forschung an der Universität Bielefeld,26: 63-68.
PUB
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
Bannert, C.; Stoye, J. (2003): Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data. In: Proc. of GCB 2003. S. 21-25.
PUB
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397 OA
Giegerich, R.; Kurtz, S.; Stoye, J. (2003): Efficient implementation of lazy suffix trees SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE,33:(11): 1035-1049.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403 OA
Sammeth, M.; Morgenstern, B.; Stoye, J. (2003): Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints BIOINFORMATICS,19:(Suppl 2): ii189-ii195.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
Bergeron, A.; Stoye, J. (2003): On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. In: Proc. of COCOON 2003. (LNCS, 2697). S. 68-79.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503 OA
Sammeth, M.; Rothgänger, J.; Esser, W.; Albert, J.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2003): QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis BIOINFORMATICS,19:(12): 1592-1593.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970477 OA
Bergeron, A.; Stoye, J. (2003): On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2017545 OA
Nattkemper, T. W.; Hermann, T.; Schubert, W.; Ritter, H. (2003): Look & Listen: Sonification and Visualization of Multiparameter Micrographs. In: Engineering in Medicine and Biology Society. Proceedings of the 25th Annual International Conference of the IEEE. Cancun, Mexico: IEEE. (2). S. 1311-1314.
PUB | PDF
 
2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
Stoye, J. (2002): Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees. In: Sigrid Schubert; Bernd Reusch; Norbert Jesse (Hrsg.): Lecture Notes in Informatics. (P-20). S. 67-67.
PUB
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Cieliebak, M.; Lipták, Z.; Welzl, E.; Erlebach, T.; Stoye, J. (2002): Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings. In: Proc. of IFIP TCS 2002. S. 143-156.
PUB
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578 OA
Spang, R.; Rehmsmeier, M.; Stoye, J. (2002): A novel approach to remote homology detection: jumping alignments Journal of Computational Biology,9:(5): 747-760.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332 OA
Stoye, J.; Gusfield, D. (2002): Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree Theoretical Computer Science,270:(1-2): 843-856.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329 OA
Bergeron, A.; Heber, S.; Stoye, J. (2002): Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity Bioinformatics,18:(Suppl 2): S54-S63.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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