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414 Publikationen

2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312 OA
Pollard, D.A., Bergman, C.M., Stoye, J., Celniker, S.E., Eisen, M.B.: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 5, 6 (2004).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569 OA
Gusfield, D., Stoye, J.: Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string. Journal of computer and system sciences. 69, 525-546 (2004).
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773761 OA
Müller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M.: Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta). BMC Evolutionary Biology. 4, 20 (2004).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
Bergeron, A., Mixtacki, J., Stoye, J.: Reversal Distance without Hurdles and Fortresses. Proc. of CPM 2004. LNCS. 3109, p. 388-399. SPRINGER-VERLAG BERLIN (2004).
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970475 OA
Schürmann, K.-B., Stoye, J.: Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory. Forschungsberichte. Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Bielefeld (2003).
PUB | PDF
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
Heber, S., Stoye, J.: The European Conference on Computational Biology. Drug Discovery Today. 8, 113-114 (2003).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
Giegerich, R., Stoye, J.: Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik. Forschung an der Universität Bielefeld. 26, 63-68 (2003).
PUB
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
Bannert, C., Stoye, J.: Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data. Proc. of GCB 2003. p. 21-25. (2003).
PUB
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397 OA
Giegerich, R., Kurtz, S., Stoye, J.: Efficient implementation of lazy suffix trees. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE. 33, 1035-1049 (2003).
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403 OA
Sammeth, M., Morgenstern, B., Stoye, J.: Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints. BIOINFORMATICS. 19, ii189-ii195 (2003).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
Bergeron, A., Stoye, J.: On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. Proc. of COCOON 2003. LNCS. 2697, p. 68-79. (2003).
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503 OA
Sammeth, M., Rothgänger, J., Esser, W., Albert, J., Stoye, J., Harmsen, D.: QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis. BIOINFORMATICS. 19, 1592-1593 (2003).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970477 OA
Bergeron, A., Stoye, J.: On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison. Forschungsberichte. Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Bielefeld (2003).
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2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2017545 OA
Nattkemper, T.W., Hermann, T., Schubert, W., Ritter, H.: Look & Listen: Sonification and Visualization of Multiparameter Micrographs. Engineering in Medicine and Biology Society. Proceedings of the 25th Annual International Conference of the IEEE. 2, p. 1311-1314. IEEE, Cancun, Mexico (2003).
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2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
Stoye, J.: Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees. In: Schubert, S., Reusch, B., and Jesse, N. (eds.) Lecture Notes in Informatics. P-20, p. 67-67. (2002).
PUB
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Cieliebak, M., Lipták, Z., Welzl, E., Erlebach, T., Stoye, J.: Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings. Proc. of IFIP TCS 2002. p. 143-156. (2002).
PUB
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578 OA
Spang, R., Rehmsmeier, M., Stoye, J.: A novel approach to remote homology detection: jumping alignments. Journal of Computational Biology. 9, 747-760 (2002).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332 OA
Stoye, J., Gusfield, D.: Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree. Theoretical Computer Science. 270, 843-856 (2002).
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329 OA
Bergeron, A., Heber, S., Stoye, J.: Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity. Bioinformatics. 18, S54-S63 (2002).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
Heber, S., Stoye, J., Frohme, M., Hoheisel, J., Vingron, M.: Resampling Methods in Physical Mapping. Proc. of GfKl 2000. p. 437-444. (2002).
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