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413 Publikationen

2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569
Gusfield, D. & Stoye, J. (2004). Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string. Journal of computer and system sciences, 69(4), 525-546. doi:10.1016/j.jcss.2004.03.004.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773761
Müller, T., Rahmann, S., Dandekar, T. & Wolf, M. (2004). Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta). BMC Evolutionary Biology, 4(1), 20. doi:10.1186/1471-2148-4-20.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2004). Reversal Distance without Hurdles and Fortresses (LNCS). Proc. of CPM 2004 (S. 388-399). Gehalten auf der CPM 2004, SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/978-3-540-27801-6_29.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970475
Schürmann, K.-B. & Stoye, J. (2003). Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory (Forschungsberichte). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
Heber, S. & Stoye, J. (2003). The European Conference on Computational Biology. Drug Discovery Today, 8(3), 113-114. ELSEVIER SCI LTD. doi:10.1016/S1359-6446(02)02587-4.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
Giegerich, R. & Stoye, J. (2003). Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik. Forschung an der Universität Bielefeld, 26, 63-68.
PUB
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
Bannert, C. & Stoye, J. (2003). Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data. Proc. of GCB 2003 (S. 21-25). Gehalten auf der GCB 2003.
PUB
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397
Giegerich, R., Kurtz, S. & Stoye, J. (2003). Efficient implementation of lazy suffix trees. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE, 33(11), 1035-1049. JOHN WILEY & SONS LTD. doi:10.1002/spe.535.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403
Sammeth, M., Morgenstern, B. & Stoye, J. (2003). Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints. BIOINFORMATICS, 19(Suppl 2), ii189-ii195. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btg1077.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
Bergeron, A. & Stoye, J. (2003). On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison (LNCS). Proc. of COCOON 2003 (S. 68-79). Gehalten auf der COCOON 2003. doi:10.1007/3-540-45071-8_9.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503
Sammeth, M., Rothgänger, J., Esser, W., Albert, J., Stoye, J. & Harmsen, D. (2003). QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis. BIOINFORMATICS, 19(12), 1592-1593. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btg197.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970477
Bergeron, A. & Stoye, J. (2003). On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison (Forschungsberichte). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2017545
Nattkemper, T.W., Hermann, T., Schubert, W. & Ritter, H. (2003). Look & Listen: Sonification and Visualization of Multiparameter Micrographs. Engineering in Medicine and Biology Society. Proceedings of the 25th Annual International Conference of the IEEE (S. 1311-1314). Cancun, Mexico: IEEE.
PUB | PDF
 
2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
Stoye, J. (2002). Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees. In S. Schubert, B. Reusch & N. Jesse (Hrsg.), Lecture Notes in Informatics (S. 67-67). Gehalten auf der GI-Jahrestagung 2002: Informatik bewegt.
PUB
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Cieliebak, M., Lipták, Z., Welzl, E., Erlebach, T. & Stoye, J. (2002). Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings. Proc. of IFIP TCS 2002 (S. 143-156). Gehalten auf der IFIP TCS 2002.
PUB
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578
Spang, R., Rehmsmeier, M. & Stoye, J. (2002). A novel approach to remote homology detection: jumping alignments. Journal of Computational Biology, 9(5), 747-760. doi:10.1089/106652702761034172.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332
Stoye, J. & Gusfield, D. (2002). Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree. Theoretical Computer Science, 270(1-2), 843-856. doi:10.1016/S0304-3975(01)00121-9.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329
Bergeron, A., Heber, S. & Stoye, J. (2002). Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity. Bioinformatics, 18(Suppl 2), S54-S63. doi:10.1093/bioinformatics/18.suppl_2.S54.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
Heber, S., Stoye, J., Frohme, M., Hoheisel, J. & Vingron, M. (2002). Resampling Methods in Physical Mapping. Proc. of GfKl 2000 (S. 437-444). Gehalten auf der GfKl 2000.
PUB
 
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918992
Heber, S. & Stoye, J. (2001). Finding all Common Intervals of k Permutations (LNCS). Proc. of CPM 2001 (S. 207-218). Gehalten auf der CPM 2001. doi:10.1007/3-540-48194-X_19.
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