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410 Publikationen

2003 | Report | PUB-ID: 1970475
Schürmann, Klaus-Bernd, and Stoye, Jens. 2003. Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
Heber, Steffen, and Stoye, Jens. 2003. “The European Conference on Computational Biology”. Drug Discovery Today 8 (3): 113-114.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
Giegerich, Robert, and Stoye, Jens. 2003. “Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik”. Forschung an der Universität Bielefeld 26: 63-68.
PUB
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
Bannert, Constantin, and Stoye, Jens. 2003. “Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data”. In Proc. of GCB 2003, 21-25.
PUB
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397
Giegerich, Robert, Kurtz, Stefan, and Stoye, Jens. 2003. “Efficient implementation of lazy suffix trees”. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE 33 (11): 1035-1049.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403
Sammeth, Michael, Morgenstern, Burkhard, and Stoye, Jens. 2003. “Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints”. BIOINFORMATICS 19 (Suppl 2): ii189-ii195.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
Bergeron, Anne, and Stoye, Jens. 2003. “On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison”. In Proc. of COCOON 2003, 2697:68-79. LNCS.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503
Sammeth, Michael, Rothgänger, Jörg, Esser, Wolfram, Albert, Jürgen, Stoye, Jens, and Harmsen, Dag. 2003. “QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis”. BIOINFORMATICS 19 (12): 1592-1593.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970477
Bergeron, Anne, and Stoye, Jens. 2003. On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2017545
Nattkemper, Tim Wilhelm, Hermann, Thomas, Schubert, Walter, and Ritter, Helge. 2003. “Look & Listen: Sonification and Visualization of Multiparameter Micrographs”. In Engineering in Medicine and Biology Society. Proceedings of the 25th Annual International Conference of the IEEE, 2:1311-1314. Cancun, Mexico: IEEE.
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2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
Stoye, Jens. 2002. “Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees”. In Lecture Notes in Informatics, ed. Sigrid Schubert, Bernd Reusch, and Norbert Jesse, P-20:67-67.
PUB
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Cieliebak, Marc, Lipták, Zsuzsanna, Welzl, Emo, Erlebach, Thomas, and Stoye, Jens. 2002. “Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings”. In Proc. of IFIP TCS 2002, 143-156.
PUB
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578
Spang, Rainer, Rehmsmeier, Marc, and Stoye, Jens. 2002. “A novel approach to remote homology detection: jumping alignments”. Journal of Computational Biology 9 (5): 747-760.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332
Stoye, Jens, and Gusfield, Dan. 2002. “Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree”. Theoretical Computer Science 270 (1-2): 843-856.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329
Bergeron, Anne, Heber, Steffen, and Stoye, Jens. 2002. “Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity”. Bioinformatics 18 (Suppl 2): S54-S63.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
Heber, Steffen, Stoye, Jens, Frohme, Marcus, Hoheisel, Jörg, and Vingron, Martin. 2002. “Resampling Methods in Physical Mapping”. In Proc. of GfKl 2000, 437-444.
PUB
 
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918992
Heber, Steffen, and Stoye, Jens. 2001. “Finding all Common Intervals of k Permutations”. In Proc. of CPM 2001, 2089:207-218. LNCS.
PUB | DOI
 
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1880197
Heber, Steffen, and Stoye, Jens. 2001. “Algorithms for Finding Gene Clusters”. In Proc. of WABI 2001, 2149:252-263. LNCS. Berlin: Sppringer.
PUB | DOI
 
2001 | Report | PUB-ID: 1970479
Cieliebak, Marc, Erlebach, Thomas, Lipták, Zsuzsanna, Stoye, Jens, and Welzl, Emo. 2001. Algorithmic Complexity of Protein Identification: Combinatorics of Weighted Strings. Technical Report. ETH Zürich, Dept. of Computer Science.
PUB
 
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918981
Heber, Steffen, Stoye, Jens, Hoheisel, Jörg, and Vingron, Martin. 2000. “Contig Selection in Physical Mapping”. In Proc. of RECOMB 2000, 155-164.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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