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414 Publikationen

2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
João C Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.) (2018): Comparative Genomics: Methods and Protocols. New York: Springer Verlag.
PUB
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Jaenicke, S.; Albaum, S.; Blumenkamp, P.; Linke, B.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2018): Flexible metagenome analysis using the MGX framework Microbiome,6:76
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2908574
Luhmann, N.; Lafond, M.; Thévenin, A.; Ouangraoua, A.; Wittler, R.; Chauve, C. (2017): The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,14
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492
Luhmann, N.; Dörr, D.; Chauve, C. (2017): Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes Microbial Genomics,3:(9)
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann, S.; Kleinbölting, N.; Jaenicke, S.; Henke, C.; Hassa, J.; Nelkner, J.; Stolze, Y.; Albaum, S.; Schlüter, A.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Stoye, J. (2017): Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research Journal of Biotechnology,261:(SI): 10-23.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
Rubert, D.; Medeiros, G. L.; Hoshino, E. A.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ. In: Joao Meidanis; Luay Nakhleh (Hrsg.): Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Cham: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 10562). S. 76-100.
PUB | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
Rubert, D.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time Algorithms for Molecular Biology,12:3
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2909213
Luhmann, N. (2017): Phylogenetic assembly of paleogenomes integrating ancient DNA data. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552
da Silva, P. H.; Machado, R.; Dantas, S.; Dias Vieira Braga, M. (2017): Genomic Distance with High Indel Costs IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,14:(3): 728-732.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha, L.; Dantas, S.; Gagie, T.; Wittler, R.; Kowada, L.; Stoye, J. (2017): Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. In: Proceedings of CPM 2017. (LIPIcs, 78). S. 19:1-19:9.
PUB | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911814
Dörr, D.; Balaban, M.; Feijão, P.; Chauve, C. (2017): The gene family-free median of three Algorithms for Molecular Biology,12:14
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Cunha, L.; Dantas, S.; Gagie, T.; Wittler, R.; Kowada, L.; Stoye, J. (2017): Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings arXiv: 1702.01280
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J.; Hach, F. (2017): Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. In: Proceedings of RECOMB 2017. (Lecture Notes in Bioinformatics, 10229). S. 50-65.
PUB | DOI
 
2017 | Sammelwerksbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2913924
Anselmetti, Y.; Luhmann, N.; Bérard, S.; Tannier, E.; Chauve, C. (In Press): Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization. In: João C. Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.): Comparative Genomics. Springer Verlag. (Methods in Molecular Biology, ).
PUB
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
Schulz, T.; Stoye, J.; Dörr, D. (2017): Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery. In: Proceedings of RECOMB-CG 2017. Berlin: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 1704). S. 197-212.
PUB | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
Dörr, D.; Kowada, L. A. B.; Soares de Araujo, F. E.; Deshpande, S.; Dantas, S.; Moret, B. M. E.; Stoye, J. (2017): New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies Journal of Computational Biology,24:(6): 616-634.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901477
Ahmed Raza, S. E.; Langenkämper, D.; Sirinukunwattana, K.; Epstein, D.; Nattkemper, T. W.; Rajpoot, N. M. (2016): Robust normalization protocols for multiplexed fluorescence bioimage analysis BioData Mining,9:(1):11
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Winter, S.; Jahn, K.; Wehner, S.; Kuchenbecker, L.; Marz, M.; Stoye, J.; Böcker, S. (2016): Finding approximate gene clusters with GECKO 3 Nucleic Acids Research,44:(20): 9600-9610.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
Rubert, D.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2016): A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates. In: Martin Frith; Christian Nørgaard Storm Pedersen (Hrsg.): Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Cham: Springer. (Lecture Notes in Bioinformatics, 9838). S. 293-306.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J. (2016): Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage Algorithms for Molecular Biology,11:3
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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