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414 Publikationen

2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Comparative Genomics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology). (2018). Comparative Genomics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology). (J.C. Setubal, P. Stadler & J. Stoye, Hrsg.). New York: Springer Verlag.
PUB
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Jaenicke, S., Albaum, S., Blumenkamp, P., Linke, B., Stoye, J. & Goesmann, A. (2018). Flexible metagenome analysis using the MGX framework. Microbiome, 6: 76. doi:10.1186/s40168-018-0460-1.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2908574
Luhmann, N., Lafond, M., Thévenin, A., Ouangraoua, A., Wittler, R. & Chauve, C. (2017). The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 14. doi:10.1109/TCBB.2017.2661761.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492
Luhmann, N., Dörr, D. & Chauve, C. (2017). Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes. Microbial Genomics, 3(9). Microbiology Society. doi:10.1099/mgen.0.000123.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann, S., Kleinbölting, N., Jaenicke, S., Henke, C., Hassa, J., Nelkner, J., Stolze, Y., Albaum, S., Schlüter, A., Goesmann, A., Sczyrba, A. & Stoye, J. (2017). Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research. Journal of Biotechnology, 261(SI), 10-23. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.08.012.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
Rubert, D., Medeiros, G.L., Hoshino, E.A., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2017). Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ (Lecture Notes in Bioinformatics). In J. Meidanis & L. Nakhleh (Hrsg.), Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017 (S. 76-100). Gehalten auf der 15th International Workshop, RECOMB CG 2017, Cham: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-67979-2_5.
PUB | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
Rubert, D., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2017). Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time. Algorithms for Molecular Biology, 12: 3. Springer Nature. doi:10.1186/s13015-017-0095-y.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2909213
Luhmann, N. (2017). Phylogenetic assembly of paleogenomes integrating ancient DNA data. Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552
da Silva, P.H., Machado, R., Dantas, S. & Dias Vieira Braga, M. (2017). Genomic Distance with High Indel Costs. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 14(3), 728-732. Ieee Computer Soc. doi:10.1109/TCBB.2016.2555301.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha, L., Dantas, S., Gagie, T., Wittler, R., Kowada, L. & Stoye, J. (2017). Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings (LIPIcs). Proceedings of CPM 2017 (S. 19:1-19:9). Gehalten auf der CPM 2017. doi:10.4230/LIPIcs.CPM.2017.19.
PUB | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911814
Dörr, D., Balaban, M., Feijão, P. & Chauve, C. (2017). The gene family-free median of three. Algorithms for Molecular Biology, 12: 14. Springer Nature. doi:10.1186/s13015-017-0106-z.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Cunha, L., Dantas, S., Gagie, T., Wittler, R., Kowada, L. & Stoye, J. (2017). Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. arXiv: 1702.01280.
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Holley, G., Wittler, R., Stoye, J. & Hach, F. (2017). Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression (Lecture Notes in Bioinformatics). Proceedings of RECOMB 2017 (S. 50-65). Gehalten auf der RECOMB 2017. doi:10.1007/978-3-319-56970-3_4.
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2017 | Sammelwerksbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2913924
Anselmetti, Y., Luhmann, N., Bérard, S., Tannier, E. & Chauve, C. (In Press). Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization (Methods in Molecular Biology). In J.C. Setubal, P. Stadler & J. Stoye (Hrsg.), Comparative Genomics. Springer Verlag.
PUB
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
Schulz, T., Stoye, J. & Dörr, D. (2017). Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery (Lecture Notes in Bioinformatics). Proceedings of RECOMB-CG 2017 (S. 197-212). Gehalten auf der RECOMB-CG 2017, Berlin: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-67979-2_11.
PUB | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
Dörr, D., Kowada, L.A.B., Soares de Araujo, F.E., Deshpande, S., Dantas, S., Moret, B.M.E. & Stoye, J. (2017). New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies. Journal of Computational Biology, 24(6), 616-634. doi:10.1089/cmb.2017.0065.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901477
Ahmed Raza, S.E., Langenkämper, D., Sirinukunwattana, K., Epstein, D., Nattkemper, T.W. & Rajpoot, N.M. (2016). Robust normalization protocols for multiplexed fluorescence bioimage analysis. BioData Mining, 9(1): 11. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/s13040-016-0088-2.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Winter, S., Jahn, K., Wehner, S., Kuchenbecker, L., Marz, M., Stoye, J. & Böcker, S. (2016). Finding approximate gene clusters with GECKO 3. Nucleic Acids Research, 44(20), 9600-9610. doi:10.1093/nar/gkw843.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
Rubert, D., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2016). A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates (Lecture Notes in Bioinformatics). In M. Frith & C.N. Storm Pedersen (Hrsg.), Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016 (S. 293-306). Gehalten auf der 16th International Workshop, WABI 2016, Cham: Springer. doi:10.1007/978-3-319-43681-4_24.
PUB | DOI
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
Holley, G., Wittler, R. & Stoye, J. (2016). Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage. Algorithms for Molecular Biology, 11: 3. BioMedCentral. doi:10.1186/s13015-016-0066-8.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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