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414 Publikationen

2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Comparative Genomics: Methods and Protocols
Setubal JC, Stadler P, Stoye J (Eds) (2018) Methods in Molecular Biology; 1704.
New York: Springer Verlag.
PUB
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Flexible metagenome analysis using the MGX framework
Jaenicke S, Albaum S, Blumenkamp P, Linke B, Stoye J, Goesmann A (2018)
Microbiome 6: 76.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2908574
The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies
Luhmann N, Lafond M, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C (2017)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 14.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492 PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research
Jünemann S, Kleinbölting N, Jaenicke S, Henke C, Hassa J, Nelkner J, Stolze Y, Albaum S, Schlüter A, Goesmann A, Sczyrba A, et al. (2017)
Journal of Biotechnology 261(SI): 10-23.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ
Rubert D, Medeiros GL, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2017)
In: Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Meidanis J, Nakhleh L (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 10562. Cham: Springer Verlag: 76-100.
PUB | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time
Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2017)
Algorithms for Molecular Biology 12: 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2909213
Phylogenetic assembly of paleogenomes integrating ancient DNA data
Luhmann N (2017)
Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552
Genomic Distance with High Indel Costs
da Silva PH, Machado R, Dantas S, Dias Vieira Braga M (2017)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 14(3): 728-732.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J (2017)
In: Proceedings of CPM 2017. LIPIcs, 78. 19:1-19:9.
PUB | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911814
The gene family-free median of three
Dörr D, Balaban M, Feijão P, Chauve C (2017)
Algorithms for Molecular Biology 12: 14.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J (2017)
arXiv: 1702.01280.
PUB
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F (2017)
In: Proceedings of RECOMB 2017. Lecture Notes in Bioinformatics, 10229. 50-65.
PUB | DOI
 
2017 | Sammelwerksbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2913924
Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization
Anselmetti Y, Luhmann N, Bérard S, Tannier E, Chauve C (In Press)
In: Comparative Genomics. Setubal JC, Stadler P, Stoye J (Eds); Methods in Molecular Biology. Springer Verlag.
PUB
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery
Schulz T, Stoye J, Dörr D (2017)
In: Proceedings of RECOMB-CG 2017. Lecture Notes in Bioinformatics, 1704. Berlin: Springer Verlag: 197-212.
PUB | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies
Dörr D, Kowada LAB, Soares de Araujo FE, Deshpande S, Dantas S, Moret BME, Stoye J (2017)
Journal of Computational Biology 24(6): 616-634.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901477
Robust normalization protocols for multiplexed fluorescence bioimage analysis
Ahmed Raza SE, Langenkämper D, Sirinukunwattana K, Epstein D, Nattkemper TW, Rajpoot NM (2016)
BioData Mining 9(1): 11.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Finding approximate gene clusters with GECKO 3
Winter S, Jahn K, Wehner S, Kuchenbecker L, Marz M, Stoye J, Böcker S (2016)
Nucleic Acids Research 44(20): 9600-9610.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates
Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2016)
In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Frith M, Storm Pedersen CN (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 9838. Cham: Springer: 293-306.
PUB | DOI
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage
Holley G, Wittler R, Stoye J (2016)
Algorithms for Molecular Biology 11: 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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