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414 Publikationen

2019 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2937712
Rubert D, Martinez FHV, Stoye J, Dörr D (In Press)
Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants.
BMC Genomics.
PUB
 
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148
Alanko J, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Stoye J (2019)
Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear Time.
In: Proceedings of WABI 2019. Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 143. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik : 8:1-8:9.
PUB | DOI
 
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900
Wittler R (2019)
Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs.
In: Proceedings of WABI 2019. Huber K, Gusfield D (Eds); LIPIcs, 143. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik.
PUB | DOI | Download (ext.)
 
2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2936848
Dörr D, Rubert D (2019)
Supplementary Data for "Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants".
Bielefeld University.
PUB | Dateien verfügbar | DOI
 
2019 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998
Setubal JC, Stoye J, Dutilh BE (Eds) (2019)
Computational Methods for Microbiome Analysis. Frontiers Research Topics.
Lausanne: Frontiers Media.
PUB | Download (ext.)
 
2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604
Wittler R (2019)
Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs.
arXiv:1905.04165.
PUB | PDF
 
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
Dörr D, Stoye J (2019)
A Perspective on Comparative and Functional Genomics.
In: Bioinformatics and Phylogenetics. Warnow T (Ed); Computational Biology, 29. Cham: Springer : 361-372.
PUB | DOI
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933161
Hassan H, Shanak S (2019)
GOTrapper. A tool to navigate through branches of gene ontology hierarchy.
BMC Bioinformatics 20(1): 20.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Oey H, Zakrzewski M, Gravermann K, Young ND, Korhonen PK, Gobert GN, Nawaratna S, Hasan S, Martínez DM, You H, Lavin M, Jones M, Ragan MA, Stoye J, Oleaga A, Emery AM, Webster B, Rollinson D, Gasser RB, McManus DP, Krause L (2019)
Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium.
PLOS Pathogens 15(1): e1007513.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
Schulz T, Stoye J, Dörr D (2018)
GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data.
BMC Genomics 19(Suppl. 5): 308.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert D, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2018)
Computing the family-free DCJ similarity.
BMC Bioinformatics 19(Suppl. 6): 152.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R (2018)
Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework.
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 15(6): 2094-2100.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932754
Bhatia S, Feijão P, Francis AR (2018)
Position and Content Paradigms in Genome Rearrangements. The Wild and Crazy World of Permutations in Genomics.
BULLETIN OF MATHEMATICAL BIOLOGY 80(12): 3227-3246.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919346
Hagenfeld D, Koch R, Jünemann S, Prior K, Harks I, Eickholz P, Hoffmann T, Kim T-S, Kocher T, Meyle J, Kaner D, Schlagenhauf U, Ehmke B, Harmsen D (2018)
Do we treat our patients or rather periodontal microbes with adjunctive antibiotics in periodontal therapy? A 16S rDNA microbial community analysis.
PLOS ONE 13(4): e0195534.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2919356
Willing E (2018)
On Distance and Sorting of the Double Cut-and-Join and the Inversion-*indel* Model.
Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2918485
Holley G (2018)
Pan-genome Search and Storage.
Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
Cunha L, Diekmann Y, Kowada L, Stoye J (2018)
Identifying Maximal Perfect Haplotype Blocks.
In: Proceedings of BSB 2018. LNBI, 11228. Springer Verlag: 26-37.
PUB | DOI
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F (2018)
Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression.
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 25(7): 825-836.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
Zekic T, Holley G, Stoye J (2018)
Pan-genome Storage and Analysis Techniques.
In: Comparative Genomics. Methods and Protocols. Setubal JC, Stadler P, Stoye J (Eds); Methods in Molecular Biology, 1704. New York: Springer Verlag: 29-53.
PUB
 
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
Dörr D, Feijão P, Stoye J (2018)
Family-Free Genome Comparison.
In: Comparative Genomics: Methods and Protocols. Setubal JC, Stadler P, Stoye J (Eds); Methods in Molecular Biology, 1704. New York: Springer Verlag: 331-342.
PUB
 

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