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414 Publikationen

2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison Nature biotechnology,31:(12): 1148.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2492825
Reuther, S.; Schmetzer, H.; Schuster, F. R.; Krell, P.; Grabrucker, C.; Liepert, A.; Kroell, T.; Kolb, H. - J.; Borkhardt, A.; Buhmann, R. (2013): In vitro-induced response patterns of antileukemic T cells: characterization by spectratyping and immunophenotyping Clinical and Experimental Medicine,13:(1): 29-48.
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2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643
Bergeron, A.; Stoye, J. (2013): The Genesis of the DCJ Formula. In: Cedric Chauve; Nadia El-Mabrouk; Eric Tannier (Hrsg.): Models and Algorithms for Genome Evolution. Springer Verlag. (Computational Biology Series, 19). S. 63-81.
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2013 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2604883
Blom, J. (2013): Comparative genomics on gene and single nucleotide level. Bielefeld: Universitätsbibliothek.
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2013 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2594322
Janowski, S. J. (2013): VANESA - A bioinformatics software application for the modeling, visualization, analysis, and simulation of biological networks in systems biology applications. Bielefeld: Bielefeld University.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361
Krell, P.; Reuther, S.; Fischer, U.; Keller, T.; Weber, S.; Gombert, M.; Schuster, F. R.; Asang, C.; Stepensky, P.; Strahm, B.; Meisel, R.; Stoye, J.; Borkhardt, A. (2013): Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis Haematologica,98:(9): 1388-1396.
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2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323
Gerlach, W.; Stoye, J. (2013): Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. In: Karen E. Nelson (Hrsg.): Encyclopedia of Metagenomics. Springer Verlag.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2625914
Bergmann, T.; Maeder, U.; Fiebich, M.; Dickob, M.; Nattkemper, T. W.; Anselmetti, D. (2013): Categorization of two-photon microscopy images of human cartilage into states of osteoarthritis Osteoarthritis And Cartilage,21:(8): 1074-1082.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Updating benchtop sequencing performance comparison Nature Biotechnology,31:(4): 294-296.
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2013 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2616537
Aaron Darling; Jens Stoye (Hrsg.) (2013): Algorithms in Bioinformatics, In: Aaron Darling; Jens Stoye (Hrsg.), Lecture Notes in Bioinformatics,8126
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn, K.; Winter, S.; Stoye, J.; Böcker, S. (2013): Statistics for approximate gene clusters BMC Bioinformatics,14:(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S14.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
Schwientek, P.; Wendler, S.; Neshat, A.; Eirich, C.; Rückert, C.; Klein, A.; Wehmeier, U. F.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Pühler, A. (2013): Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media Journal of Biotechnology,167:(2): 166-177.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548286
Luque-Almagro, V. M.; Acera, F.; Igeño, M. I.; Wibberg, D.; Roldán, M. D.; Sáez, L. P.; Hennig, M.; Quesada, A.; Huertas, M. J.; Blom, J.; Merchán, F.; Escribano, M. P.; Jaenicke, S.; Estepa, J.; Guijo, M. I.; Martínez-Luque, M.; Macías, D.; Szczepanowski, R.; Becerra, G.; Ramirez, S.; Carmona, M. I.; Gutiérrez, O.; Manso, I.; Pühler, A.; Castillo, F.; Moreno-Vivián, C.; Schlüter, A.; Blasco, R. (2013): Draft whole genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Environmental Microbiology,15:(1): 253-270.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092
Wittler, R. (2013): Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering BMC Genomics,14:(Suppl 1): S12.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529309
Bolzan de Campos, S.; Youn, J. - W.; Farina, R.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Szczepanowski, R.; Beneduzi, A.; Vargas, L. K.; Wendisch, V. F.; Passaglia, L. (2013): Changes in Root Bacterial Communities Associated to Two Different Development Stages of Canola (*Brassica napus* L. var oleifera) Evaluated through Next-Generation Sequencing Microbial Ecology,65:(3): 593-601.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659331
Feijão, P.; Meidanis, J. (2013): Extending the Algebraic Formalism for Genome Rearrangements to Include Linear Chromosomes IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,10:(4): 819-831.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560353
Dörr, D.; Gronau, I.; Moran, S.; Yavneh, I. (2012): Stochastic errors vs. modeling errors in distance based phylogenetic reconstructions Algorithms for Molecular Biology,7:(1): 22.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr, D.; Thévenin, A.; Stoye, J. (2012): Gene family assignment-free comparative genomics BMC Bioinformatics,13:(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S3.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498160
Schröder, J.; Maus, I.; Meyer, K.; Wördemann, S.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Schneider, J.; Trost, E.; Tauch, A. (2012): Complete genome sequence, lifestyle, and multi-drug resistance of the human pathogen Corynebacterium resistens DSM 45100 isolated from blood samples of a leukemia patient BMC Genomics,13:(1):141
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Hoffmann, N.; Keck, M.; Neuweger, H.; Wilhelm, M.; Högy, P.; Niehaus, K.; Stoye, J. (2012): Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets BMC Bioinformatics,13:(1): 21.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512644
Jahn, K.; Sudek, H.; Stoye, J. (2012): Multiple genome comparison based on overlap regions of pairwise local alignments BMC Bioinformatics,13:(Suppl. 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S7.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513347
Trost, E.; Blom, J.; de Castro Soares, S.; Huang, I. - H.; Al-Dilaimi, A.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Dorella, F. A.; Rocha, F. S.; Miyoshi, A.; Azevedo, V.; Schneider, M. P.; Silva, A.; Camello, T. C.; Sabbadini, P. S.; Santos, C. S.; Santos, L. S.; Hirata, R. J.; Mattos-Guaraldi, A. L.; Efstratiou, A.; Schmitt, M. P.; Ton-That, H.; Tauch, A. (2012): Pangenomic Study of Corynebacterium diphtheriae That Provides Insights into the Genomic Diversity of Pathogenic Isolates from Cases of Classical Diphtheria, Endocarditis, and Pneumonia Journal of bacteriology,194:(12): 3199-3215.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490949
Zschuttig, A.; Zimmermann, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Pohlmann, C.; Gunzer, F. (2012): Identification and Characterization of Microcin S, a New Antibacterial Peptide Produced by Probiotic Escherichia coli G3/10 PLoS ONE,7:(3): e33351.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709879
Doerr, D.; Hu, K.; Renly, S.; Edlund, S.; Davis, M. (2012): Accelerating investigation of food-borne disease outbreaks using pro-active geospatial modeling of food supply chains HealthGIS '12: Proceedings of the First ACM SIGSPATIAL International Workshop on Use of GIS in Public Health, 44-47.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2527519
Ruijter, J. M.; Pfaffl, M. W.; Zhao, S.; Spiess, A. N.; Boggy, G.; Blom, J.; Rutledge, R. G.; Sisti, D.; Lievens, A.; De Preter, K.; Derveaux, S.; Hellemans, J.; Vandesompele, J. (2012): Evaluation of qPCR curve analysis methods for reliable biomarker discovery: Bias, resolution, precision, and implications Methods. A companion to methods in enzymology (San Diego, Calif.),59:(1): 32-46.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553484
Marschall, T.; Herms, I.; Kaltenbach, H. - M.; Rahmann, S. (2012): Probabilistic Arithmetic Automata and Their Applications Ieee/Acm Transactions On Computational Biology And Bioinformatics,9:(6): 1737-1750.
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2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2468026
Gerlach, W. (2012): Taxonomic classification of metagenomic sequences. Bielefeld: Universität.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300
Manuch, J.; Patterson, M.; Wittler, R.; Chauve, C.; Tannier, E. (2012): Linearization of ancestral multichromosomal genomes BMC Bioinformatics,13:(Proc. of RECOMB-CG 2012)
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659289
Canavez, F. C.; Luche, D. D.; Stothard, P.; Leite, K. R. M.; Sousa-Canavez, J. M.; Plastow, G.; Meidanis, J.; Souza, M. A.; Feijão, P.; Moore, S. S.; Camara-Lopes, L. H. (2012): Genome Sequence and Assembly of Bos indicus Journal of Heredity,103:(3): 342-348.
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2012 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659385
Mira, C.; Feijão, P.; Souza, M. A.; Moura, A.; Meidanis, J.; Lima, G.; Schmitz, R.; Bossolan, R. P.; Freitas, I. T. (2012): A GRASP-based Heuristic for the Project Portfolio Selection Problem. In: 2012 IEEE 15th International Conference on Computational Science and Engineering. S. 36-41.
PUB | DOI | WoS
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553455
De Maayer, P.; Chan, W. - Y.; Blom, J.; Venter, S. N.; Duffy, B.; Smits, T. H. M.; Coutinho, T. A. (2012): The large universal Pantoea plasmid LPP-1 plays a major role in biological and ecological diversification Bmc Genomics,13:(1): 625.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060
Schwientek, P.; Szczepanowski, R.; Rückert, C.; Kalinowski, J.; Klein, A.; Selber, K.; Wehmeier, U. F.; Stoye, J.; Pühler, A. (2012): The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 BMC Genomics,13:(1):112
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659280
Biller, P.; Feijão, P.; Meidanis, J. (2012): Rearrangement-Based Phylogeny Using the Single-Cut-or-Join Operation. IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics,10:(1): 122-134.
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2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510416
Juha Kärkkäinen; Jens Stoye (Hrsg.) (2012): Combinatorial Pattern Matching, In: Juha Kärkkäinen; Jens Stoye (Hrsg.), Lecture Notes in Computer Science,7354
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2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382
Hoffmann, N.; Stoye, J. (2012): Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics. In: Ute Roessner (Hrsg.): Metabolomics. InTech. S. 73-98.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker, R.; Sickinger, C.; Pedersen, C. N. S.; Stoye, J. (2012): UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ Bioinformatics,28:(19): 2509-2511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2542210
Parreira, V. R.; Costa, M.; Eikmeyer, F. G.; Blom, J.; Prescott, J. F. (2012): Sequence of Two Plasmids from Clostridium perfringens Chicken Necrotic Enteritis Isolates and Comparison with C. perfringens Conjugative Plasmids PLoS ONE,7:(11): e49753.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2533144
Zakrzewski, M. (2012): Development of computational methods for the analysis of metagenome and metatranscriptome data. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2493233
Burcsi, P.; Cicalese, F.; Fici, G.; Lipták, Z. (2012): ALGORITHMS FOR JUMBLED PATTERN MATCHING IN STRINGS International Journal of Foundations of Computer Science,23:(02): 357-374.
PUB | DOI | WoS | arXiv
 
2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2517237
Bunkowski, A. (2012): MCC-IMS data analysis using automated spectra processing and explorative visualisation methods. Bielefeld: Bielefeld University.
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2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2484427
Schwientek, P. (2012): Genomics and transcriptomics of the industrial acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526281
Zischka, M.; Kuenne, C.; Blom, J.; Dabrowski, P. W.; Linke, B.; Hain, T.; Nitsche, A.; Goesmann, A.; Larsen, J.; Jensen, L. B.; Witte, W.; Werner, G. (2012): Complete Genome Sequence of the Porcine Isolate Enterococcus faecalis D32 Journal of Bacteriology,194:(19): 5490-5491.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526298
Maus, I.; Wibberg, D.; Stantscheff, R.; Eikmeyer, F. G.; Seffner, A.; Boelter, J.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Jaenicke, S.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Complete Genome Sequence of the Hydrogenotrophic, Methanogenic Archaeon Methanoculleus bourgensis Strain MS2T, Isolated from a Sewage Sludge Digester Journal of Bacteriology,194:(19): 5487-5488.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526933
Dohrmann, A. B.; Küting, M.; Jünemann, S.; Jaenicke, S.; Schlüter, A.; Tebbe, C. C. (2012): Importance of rare taxa for bacterial diversity in the rhizosphere of Bt- and conventional maize varieties The ISME journal,7:(1): 37-49.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann, S.; Prior, K.; Szczepanowski, R.; Harks, I.; Ehmke, B.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2012): Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing PLoS ONE,7:(8): e41606.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501312
Gorzolka, K.; Lissel, M.; Kessler, N.; Loch-Ahring, S.; Niehaus, K. (2012): Metabolite fingerprinting of barley whole seeds, endosperms, and embryos during industrial malting Journal of Biotechnology,159:(3): 177-187.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490286
Vogel, U.; Szczepanowski, R.; Claus, H.; Jünemann, S.; Prior, K.; Harmsen, D. (2012): Ion Torrent PGM sequencing for genomic typing of Neisseria meningitidis for rapid determination of multiple layers of typing information Journal of clinical microbiology,50:(6): 1889-1894.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396558
Dias Vieira Braga, M.; Machado, R.; Ribeiro, L. C.; Stoye, J. (2011): On the weight of indels in genomic distances BMC Bioinformatics,12:(Suppl 9: RECOMB-CG 2011):S13
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396509
Dias Vieira Braga, M.; Machado, R.; Ribeiro, L. C.; Stoye, J. (2011): Genomic distance under gene substitutions BMC Bioinformatics,12:(Suppl 9: Proc. of RECOMB-CG 2011):S8
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