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410 Publikationen

2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111
New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies
Kowada LAB, Doerr D, Dantas S, Stoye J (2016)
In: Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016. Singh M (Ed); Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI), 9649. Springer: 204-224.
PUB | DOI
 
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901740
The SCJ small parsimony problem for weighted gene adjacencies
Luhmann N, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C (2016)
In: Proceedings 12th International Symposium, ISBRA 2016. Lecture Notes in Computer Science, 9683. Springer International Publishing: 200-210.
PUB | DOI | Download (ext.) | arXiv
 
2016 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912258
Genfamilienfreier Genomvergleich
Hölldobler S (Ed) (2016)
LNI D-16: 91-100.
PUB | Download (ext.)
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911748
Complete Genome Sequence ofAcinetobacter baumanniiCIP 70.10, a Susceptible Reference Strain for Comparative Genome Analyses
Krahn T, Wibberg D, Maus I, Winkler A, Pühler A, Poirel L, Schlüter A (2015)
Genome Announcements 3(4): e00850-15.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
Sorting linear genomes with rearrangements and indels
Dias Vieira Braga M, Stoye J (2015)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 12(3): 500-506.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366
On the family-free DCJ distance and similarity
Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2015)
Algorithms for Molecular Biology 10: 13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2715682
Maui-VIA: a user-friendly software for visual identification, alignment, correction, and quantification of gas chromatography–mass spectrometry data
Henning P, Kuich JL, Hoffmann N, Stefan K (2015)
Frontiers in Bioengineering and Biotechnology 2(84).
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2766708
Next-generation-sequencing of recurrent childhood high hyperdiploid acute lymphoblastic leukemia reveals mutations typically associated with high risk patients
Chen C, Bartenhagen C, Gombert M, Okpanyi V, Binder V, Röttgers S, Bradtke J, Teigler-Schlegel A, Harbott J, Ginzel S, Thiele R, et al. (2015)
Leukemia research.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612
Repeat- and error-aware comparison of deletions
Wittler R, Marschall T, Schönhuth A, Makinen V (2015)
Bioinformatics 31(18): 2947-2954.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage
Holley G, Wittler R, Stoye J (2015)
In: Proceedings of WABI 2015. LNBI, 9289. 217-230.
PUB
 
2015 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2786037 PUB | Dateien verfügbar
 
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780229 PUB | Download (ext.)
 
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780232 PUB | Download (ext.)
 
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684241
On the family-free DCJ distance
Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2014)
In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2014. Brown D, Morgenstern B (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 8701. Berlin ; Heidelberg: Springer Verlag: 174-186.
PUB | DOI
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033
Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings
Dörr D, Stoye J, Böcker S, Jahn K (2014)
BMC Genomics 15(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014): S2.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362
Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets
Lechner M, Hernandez-Rosales M, Dörr D, Wieseke N, Thévenin A, Stoye J, Hartmann RK, Prohaska SJ, Stadler PF (2014)
PLoS ONE 9(8): e105015.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers
Jünemann S, Prior K, Albersmeier A, Albaum S, Kalinowski J, Goesmann A, Stoye J, Harmsen D (2014)
PLOS ONE 9(9): e107014.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2723541
Bioinformatic methods for the analysis and comparison of metagenomes and metatranscriptomes
Ander C (2014)
Bielefeld: Universitätsbibliothek Bielefeld.
PUB | PDF
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences
Hilker R, Stadermann KB, Doppmeier D, Kalinowski J, Stoye J, Straube J, Winnebald J, Goesmann A (2014)
Bioinformatics 30(16): 2247-2254.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038
Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts
Schwientek P, Neshat A, Kalinowski J, Klein A, Rückert C, Schneiker-Bekel S, Wendler S, Stoye J, Pühler A (2014)
Journal of Biotechnology 190: 85-95.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988
Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing
Jakobi T, Brinkrolf K, Tauch A, Noll T, Stoye J, Pühler A, Goesmann A (2014)
Journal of Biotechnology 190: 64-75.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R (2014)
In: Proc. of BSB 2014. Sérgio C (Ed); LNBI, 8826. Springer Verlag: 135-143.
PUB | DOI
 
2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2677466
Computational methods for high-throughput metabolomics
Hoffmann N (2014)
Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2014 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693552
Suffix Tree Construction
Stoye J (2014)
In: Encyclopedia of Algorithms. Kao M-Y (Ed); Springer Verlag.
PUB | DOI
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2691246
Genomic Inverse PCR for Exploration of Ligated Breakpoints (GIPFEL), a New Method to Detect Translocations in Leukemia
Fueller E, Schaefer D, Fischer U, Krell P, Stanulla M, Borkhardt A, Slany RK (2014)
PloS one 9(8): 104419.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry
Hoffmann N, Wilhelm M, Doebbe A, Niehaus K, Stoye J (2014)
Bioinformatics 30(7): 988-995.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693409
Metatranskriptomik der Mikrobiota aus der menschlichen Achselhöhle
Fredrich E, Ander C, Stoye J, Brune I, Tauch A (2014)
BIOspektrum 20(5): 294-296.
PUB | DOI
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2691732
Carbohydrate-active enzymes identified by metagenomic analysis of deep-sea sediment bacteria
Klippel B, Sahm K, Basner A, Wiebusch S, John P, Lorenz U, Peters A, Abe F, Takahashi K, Kaiser O, Goesmann A, et al. (2014)
Extremophiles 18(5): 853-863.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2691279
A New Workflow for Whole-Genome Sequencing of Single Human Cells
Binder V, Bartenhagen C, Okpanyi V, Gombert M, Moehlendick B, Behrens B, Klein H-U, Rieder H, Krell P, Dugas M, Stoecklein NH, et al. (2014)
Human mutation.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma
Henrich B, Rumming M, Sczyrba A, Velleuer E, Dietrich R, Gerlach W, Gombert M, Rahn S, Stoye J, Borkhardt A, Fischer U (2014)
PLoS ONE 9(3): e92297.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2673418 PUB | PDF
 
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611641
Restricted DCJ-Indel Model Revisited
Dias Vieira Braga M, Stoye J (2013)
In: Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2013. Setubal JC, Almeida NF (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 8213. Cham: Springer Verlag: 36-46.
PUB | DOI
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611630
On the Inversion-Indel Distance
Willing E, Zaccaria S, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2013)
BMC Bioinformatics 14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
The Potential of Family-Free Genome Comparison
Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, Jahn K, Stoye J, Thévenin A, Wittler R (2013)
In: Models and Algorithms for Genome Evolution. Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E (Eds); Computational Biology Series, 19. Springer Verlag: 287-307.
PUB | DOI
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences
Ander C, Schulz-Trieglaff OB, Stoye J, Cox AJ (2013)
BMC Bioinformatics 14(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013): S2.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2555342
Genome sequence of the plant growth promoting strain Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum B9601-Y2 and expression of mersacidin and other secondary metabolites
He P, Hao K, Blom J, Rückert C, Vater J, Mao Z, Wu Y, Hou M, He P, He Y, Borriss R (2013)
Journal of biotechnology 164(2): 281-291.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison
Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, Albersmeier A, John U, Kalinowski J, Mellmann A, Goesmann A, von Haeseler A, Stoye J, Harmsen D (2013)
Nature biotechnology 31(12): 1148.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2492825
In vitro-induced response patterns of antileukemic T cells: characterization by spectratyping and immunophenotyping
Reuther S, Schmetzer H, Schuster FR, Krell P, Grabrucker C, Liepert A, Kroell T, Kolb H-J, Borkhardt A, Buhmann R (2013)
Clinical and Experimental Medicine 13(1): 29-48.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643
The Genesis of the DCJ Formula
Bergeron A, Stoye J (2013)
In: Models and Algorithms for Genome Evolution. Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E (Eds); Computational Biology Series, 19. Springer Verlag: 63-81.
PUB | DOI
 
2013 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2604883
Comparative genomics on gene and single nucleotide level
Blom J (2013)
Bielefeld: Universitätsbibliothek.
PUB | PDF
 
2013 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2594322 PUB | PDF
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361
Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis
Krell P, Reuther S, Fischer U, Keller T, Weber S, Gombert M, Schuster FR, Asang C, Stepensky P, Strahm B, Meisel R, et al. (2013)
Haematologica 98(9): 1388-1396.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323
Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3
Gerlach W, Stoye J (2013)
In: Encyclopedia of Metagenomics. Nelson KE (Ed); Springer Verlag.
PUB | DOI
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Updating benchtop sequencing performance comparison
Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, Albersmeier A, John U, Kalinowski J, Mellmann A, Goesmann A, von Haeseler A, Stoye J, Harmsen D (2013)
Nature Biotechnology 31(4): 294-296.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2625914
Categorization of two-photon microscopy images of human cartilage into states of osteoarthritis
Bergmann T, Maeder U, Fiebich M, Dickob M, Nattkemper TW, Anselmetti D (2013)
Osteoarthritis And Cartilage 21(8): 1074-1082.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2616537
Algorithms in Bioinformatics
Darling A, Stoye J (Eds) (2013)
Lecture Notes in Bioinformatics 8126.
PUB | DOI
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Statistics for approximate gene clusters
Jahn K, Winter S, Stoye J, Böcker S (2013)
BMC Bioinformatics 14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S14.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media
Schwientek P, Wendler S, Neshat A, Eirich C, Rückert C, Klein A, Wehmeier UF, Kalinowski J, Stoye J, Pühler A (2013)
Journal of Biotechnology 167(2): 166-177.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548286
Draft whole genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344
Luque-Almagro VM, Acera F, Igeño MI, Wibberg D, Roldán MD, Sáez LP, Hennig M, Quesada A, Huertas MJ, Blom J, Merchán F, et al. (2013)
Environmental Microbiology 15(1): 253-270.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092
Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering
Wittler R (2013)
BMC Genomics 14(Suppl 1): S12.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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