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421 Publikationen

2005 | Report | PUB-ID: 1970472 OA
Schürmann K-B, Stoye J. Counting Suffix Arrays and Strings. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2005.
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309420
Zimmermann J, Lipták Z, Hazelhurst S. A Method for Evaluating the Quality of String Dissimilarity Measures and Clustering Algorithms for EST Clustering. In: Proc. BIBE. 2004: 301-309.
PUB
 
2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
Giegerich R, Stoye J, eds. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004. Lecture Notes in Informatics. 2004;P-53.
PUB
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286
Michael M, Dieterich C, Stoye J. Suboptimal Local Alignments across Multiple Scoring Schemes. In: Proc. of WABI 2004. LNBI. Vol 3240. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2004: 99-110.
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260
Schmidt T, Stoye J. Quadratic Time Algorithms for Finding Common Intervals in Two and More Sequences. In: Proc. of CPM 2004. LNCS. Vol 3109. 2004: 347-358.
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554 OA
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB. Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 2004;5(1):73.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560 OA
Cieliebak M, Erlebach T, Lipták Z, Stoye J, Welzl E. Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings. Discrete Applied Mathematics. 2004;137(1):27-46.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312 OA
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB. Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 2004;5(1):6.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569 OA
Gusfield D, Stoye J. Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string. Journal of computer and system sciences. 2004;69(4):525-546.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773761 OA
Müller T, Rahmann S, Dandekar T, Wolf M. Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta). BMC Evolutionary Biology. 2004;4(1):20.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. Reversal Distance without Hurdles and Fortresses. In: Proc. of CPM 2004. LNCS. Vol 3109. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2004: 388-399.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970475 OA
Schürmann K-B, Stoye J. Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2003.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
Heber S, Stoye J. The European Conference on Computational Biology. Drug Discovery Today. 2003;8(3):113-114.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
Giegerich R, Stoye J. Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik. Forschung an der Universität Bielefeld. 2003;26:63-68.
PUB
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
Bannert C, Stoye J. Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data. In: Proc. of GCB 2003. 2003: 21-25.
PUB
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397 OA
Giegerich R, Kurtz S, Stoye J. Efficient implementation of lazy suffix trees. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE. 2003;33(11):1035-1049.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403 OA
Sammeth M, Morgenstern B, Stoye J. Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints. BIOINFORMATICS. 2003;19(Suppl 2):ii189-ii195.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
Bergeron A, Stoye J. On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. In: Proc. of COCOON 2003. LNCS. Vol 2697. 2003: 68-79.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503 OA
Sammeth M, Rothgänger J, Esser W, Albert J, Stoye J, Harmsen D. QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis. BIOINFORMATICS. 2003;19(12):1592-1593.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970477 OA
Bergeron A, Stoye J. On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2003.
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2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2017545 OA
Nattkemper TW, Hermann T, Schubert W, Ritter H. Look & Listen: Sonification and Visualization of Multiparameter Micrographs. In: Engineering in Medicine and Biology Society. Proceedings of the 25th Annual International Conference of the IEEE. Vol 2. Cancun, Mexico: IEEE; 2003: 1311-1314.
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2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
Stoye J. Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees. In: Schubert S, Reusch B, Jesse N, eds. Lecture Notes in Informatics. Vol P-20. 2002: 67-67.
PUB
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Cieliebak M, Lipták Z, Welzl E, Erlebach T, Stoye J. Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings. In: Proc. of IFIP TCS 2002. 2002: 143-156.
PUB
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578 OA
Spang R, Rehmsmeier M, Stoye J. A novel approach to remote homology detection: jumping alignments. Journal of Computational Biology. 2002;9(5):747-760.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332 OA
Stoye J, Gusfield D. Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree. Theoretical Computer Science. 2002;270(1-2):843-856.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329 OA
Bergeron A, Heber S, Stoye J. Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity. Bioinformatics. 2002;18(Suppl 2):S54-S63.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
Heber S, Stoye J, Frohme M, Hoheisel J, Vingron M. Resampling Methods in Physical Mapping. In: Proc. of GfKl 2000. 2002: 437-444.
PUB
 
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918992
Heber S, Stoye J. Finding all Common Intervals of k Permutations. In: Proc. of CPM 2001. LNCS. Vol 2089. 2001: 207-218.
PUB | DOI
 
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1880197
Heber S, Stoye J. Algorithms for Finding Gene Clusters. In: Proc. of WABI 2001. LNCS. Vol 2149. Berlin: Sppringer; 2001: 252-263.
PUB | DOI
 
2001 | Report | PUB-ID: 1970479
Cieliebak M, Erlebach T, Lipták Z, Stoye J, Welzl E. Algorithmic Complexity of Protein Identification: Combinatorics of Weighted Strings. Technical Report. ETH Zürich, Dept. of Computer Science; 2001.
PUB
 
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918981
Heber S, Stoye J, Hoheisel J, Vingron M. Contig Selection in Physical Mapping. In: Proc. of RECOMB 2000. 2000: 155-164.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2000 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918817
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J. Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. In: Crochemore M, Gąsieniec L, eds. Matching Patterns (Journal of Discrete Algorithms). 2000: 77-104.
PUB
 
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773345 OA
Krause A, Stoye J, Vingron M. The SYSTERS protein sequence cluster set. Nucleic Acids Research. 2000;28(1):270-272.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773572 OA
Heber S, Stoye J, Frohme M, Hoheisel J, Vingron M. Contig selection in physical mapping. Journal of Computational Biology. 2000;7(3-4):395-408.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918985
Spang R, Rehmsmeier M, Stoye J. Sequence Database Search Using Jumping Alignments. In: Proc. of ISMB 2000. 2000: 367-375.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
2000 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918813
Bornberg-Bauer E, Rost U, Stoye J, Vingron M, eds. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2000. Berlin: Logos Verlag; 2000.
PUB
 
1999 | Report | PUB-ID: 1970509
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J. Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. Report. BRICS, Department of Computer Science, University of Aarhus; 1999.
PUB
 
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918971
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J. Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. In: Proc. of CPM 1999. LNCS. Vol 1645. 1999: 134-149.
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1998 | Report | PUB-ID: 1970515
Stoye J, Gusfield D. Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree. Report. Department of Computer Science, University of California, Davis; 1998.
PUB
 
1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918964
Stoye J, Gusfield D. Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree (Preliminary Version). In: Proc. of CPM 1998. LNCS. Vol 1448. 1998: 140-152.
PUB | DOI
 
1998 | Report | PUB-ID: 1970513
Gusfield D, Stoye J. Linear Time Algorithms for Finding and Representing all the Tandem Repeats in a String. Report. Department of Computer Science, University of California, Davis; 1998.
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