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414 Publikationen

2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374666
Twellmann, T., Lichte, O., Saalbach, A., Wismüller, A., & Nattkemper, T. W. (2005). An Adaptive Colour Scale for Comparison of Pseudo Colouring Techniques for DCE-MRI Data. Presented at the Workshop für Bildverarbeiteung für die Medzin
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500567
Mäkinen, V., & Navarro, G. (2005). Succinct Suffix Arrays based on Run-Length Encoding. Proc. 16th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2005), 3537, 45-56. doi:10.1007/11496656_5
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374187
Saalbach, A., Ontrup, J., Ritter, H., & Nattkemper, T. W. (2005). Image fusion based on topographic mappings using the hyperbolic space. Information Visualization, 4(4), 266-275. doi:10.1057/palgrave.ivs.9500106
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500564
Mäkinen, V. (2005). Peak Alignment using Restricted Edit Distances. Proc. 6th International Symposium on Computational Biology and Genome Informatics (CBGI 2005)
PUB
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970470 OA
Sammeth, M., & Stoye, J. (2005). Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI) (Forschungsberichte). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld. doi:10.1007/11557067_23
PUB | PDF | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308909
Cicalese, F., & Laber, E. S. (2005). A new strategy for querying priced information. Proc. 37th Annual ACM Symposium on Theory of Computing (STOC 2005), 674-683.
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2306287 OA
Schmidt, T. (2005). Efficient algorithms for gene cluster detection in prokaryotic genomes. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308848
Carvalho Jr. de, S., & Rahmann, S. (2005). Searching for the Shortest Common Supersequence. Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik.
PUB
 
2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308862
Cicalese, F., Damaschke, P., Tansini, L., & Werth, S. (2005). Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries. Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik. doi:10.1007/11533719_94
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308867
Cicalese, F., Damaschke, P., Tansini, L., & Werth, S. (2005). Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries. Proc. 11th Annual International Conference on Computing and Combinatorics (COCOON 2005), 935-944. doi:10.1007/11533719_94
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308944
Ehrich, M., Böcker, S., & Boom van den, D. (2005). Multiplexed discovery of sequence polymorphisms using base-specific cleavage and MALDI-TOF MS. Nucleic Acids Res., 33(4), e38. doi:10.1093/nar/gni038
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919012
Schürmann, K. - B., & Stoye, J. (2005). An Incomplex Algorithm for Fast Suffix Array Construction. Proc. of ALENEX/ANALCO 2005, 77-85
PUB
 
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918824
Bergeron, A., Mixtacki, J., & Stoye, J. (2005). Chapter 10: The Inversion Distance Problem. In O. Gascuel (Ed.), Mathematics of Evolution and Phylogeny (pp. 262-290). Oxford University Press.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603220
Bergeron, A., Mixtacki, J., & Stoye, J. (2005). On Sorting by Translocations. Proc. of RECOMB 2005, LNBI, 3500, 615-629. SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/11415770_47
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168 OA
Krause, A., Stoye, J., & Vingron, M. (2005). Large scale hierarchical clustering of protein sequences. BMC Bioinformatics, 6(1), 15. doi:10.1186/1471-2105-6-15
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302 OA
Bartels, D., Kespohl, S., Albaum, S., Drüke, T., Goesmann, A., Herold, J., Kaiser, O., et al. (2005). BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison. Bioinformatics, 21(7), 853-859. doi:10.1093/bioinformatics/bti091
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602793
Böcker, S., & Kaltenbach, H. M. (2005). Mass spectra alignments and their significance. COMBINATORIAL PATTERN MATCHING, PROCEEDINGS, 3537, 429-441. SPRINGER-VERLAG BERLIN.
PUB | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918947
Böcker, S., & Stoye, J. (2005). Informatische Methoden zur Protein-Identifikation. LaborPraxis, 29(10), 24-26.
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301827 OA
Sammeth, M. (2005). Integrated multiple sequence alignment. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601348
Bannert, C., & Stoye, J. (2005). Protein Annotation by Secondary Structure Based Alignments (PASSTA). Proc. of CompLife 2005, LNBI, 3695, 79-90. Springer-Verlag. doi:10.1007/11560500_8
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603216
Rasmussen, K. R., Stoye, J., & Myers, E. W. (2005). Efficient q-Gram Filters for Finding All ε-Matches Over a Given Length. Proc. of RECOMB 2005, LNBI, 3500, 189-203. SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/11415770_15
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601361
Sammeth, M., Weniger, T., Harmsen, D., & Stoye, J. (2005). Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI). Proc. of WABI 2005, LNBI, 3692, 276-290. SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/11557067_23
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919026
Schürmann, K. - B., & Stoye, J. (2005). Counting Suffix Arrays and Strings. Proc. of SPIRE 2005, 3772, 55-66. doi:10.1007/11575832_8
PUB | DOI
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970472 OA
Schürmann, K. - B., & Stoye, J. (2005). Counting Suffix Arrays and Strings (Forschungsberichte). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309420
Zimmermann, J., Lipták, Z., & Hazelhurst, S. (2004). A Method for Evaluating the Quality of String Dissimilarity Measures and Clustering Algorithms for EST Clustering. Proc. BIBE, 301-309
PUB
 
2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
Giegerich R., & Stoye J. (Eds.) (2004). Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004. Lecture Notes in Informatics, P-53
PUB
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286
Michael, M., Dieterich, C., & Stoye, J. (2004). Suboptimal Local Alignments across Multiple Scoring Schemes. Proc. of WABI 2004, LNBI, 3240, 99-110. SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/978-3-540-30219-3_9
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260
Schmidt, T., & Stoye, J. (2004). Quadratic Time Algorithms for Finding Common Intervals in Two and More Sequences. Proc. of CPM 2004, LNCS, 3109, 347-358. doi:10.1007/978-3-540-27801-6_26
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554 OA
Pollard, D. A., Bergman, C. M., Stoye, J., Celniker, S. E., & Eisen, M. B. (2004). Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics, 5(1), 73. doi:10.1186/1471-2105-5-73
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560 OA
Cieliebak, M., Erlebach, T., Lipták, Z., Stoye, J., & Welzl, E. (2004). Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings. Discrete Applied Mathematics, 137(1), 27-46. doi:10.1016/S0166-218X(03)00187-2
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312 OA
Pollard, D. A., Bergman, C. M., Stoye, J., Celniker, S. E., & Eisen, M. B. (2004). Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics, 5(1), 6. doi:10.1186/1471-2105-5-6
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569 OA
Gusfield, D., & Stoye, J. (2004). Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string. Journal of computer and system sciences, 69(4), 525-546. doi:10.1016/j.jcss.2004.03.004
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773761 OA
Müller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., & Wolf, M. (2004). Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta). BMC Evolutionary Biology, 4(1), 20. doi:10.1186/1471-2148-4-20
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
Bergeron, A., Mixtacki, J., & Stoye, J. (2004). Reversal Distance without Hurdles and Fortresses. Proc. of CPM 2004, LNCS, 3109, 388-399. SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/978-3-540-27801-6_29
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970475 OA
Schürmann, K. - B., & Stoye, J. (2003). Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory (Forschungsberichte). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
Heber, S., & Stoye, J. (2003). The European Conference on Computational Biology. Drug Discovery Today, 8(3), 113-114. doi:10.1016/S1359-6446(02)02587-4
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
Giegerich, R., & Stoye, J. (2003). Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik. Forschung an der Universität Bielefeld, 26, 63-68.
PUB
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
Bannert, C., & Stoye, J. (2003). Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data. Proc. of GCB 2003, 21-25
PUB
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397 OA
Giegerich, R., Kurtz, S., & Stoye, J. (2003). Efficient implementation of lazy suffix trees. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE, 33(11), 1035-1049. doi:10.1002/spe.535
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403 OA
Sammeth, M., Morgenstern, B., & Stoye, J. (2003). Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints. BIOINFORMATICS, 19(Suppl 2), ii189-ii195. doi:10.1093/bioinformatics/btg1077
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
Bergeron, A., & Stoye, J. (2003). On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. Proc. of COCOON 2003, LNCS, 2697, 68-79. doi:10.1007/3-540-45071-8_9
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503 OA
Sammeth, M., Rothgänger, J., Esser, W., Albert, J., Stoye, J., & Harmsen, D. (2003). QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis. BIOINFORMATICS, 19(12), 1592-1593. doi:10.1093/bioinformatics/btg197
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970477 OA
Bergeron, A., & Stoye, J. (2003). On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison (Forschungsberichte). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2017545 OA
Nattkemper, T. W., Hermann, T., Schubert, W., & Ritter, H. (2003). Look & Listen: Sonification and Visualization of Multiparameter Micrographs. Engineering in Medicine and Biology Society. Proceedings of the 25th Annual International Conference of the IEEE, 2, 1311-1314. Cancun, Mexico: IEEE.
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2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
Stoye, J. (2002). Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees. In S. Schubert, B. Reusch, & N. Jesse (Eds.), Lecture Notes in Informatics (Vol. P-20, pp. 67-67).
PUB
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Cieliebak, M., Lipták, Z., Welzl, E., Erlebach, T., & Stoye, J. (2002). Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings. Proc. of IFIP TCS 2002, 143-156
PUB
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578 OA
Spang, R., Rehmsmeier, M., & Stoye, J. (2002). A novel approach to remote homology detection: jumping alignments. Journal of Computational Biology, 9(5), 747-760. doi:10.1089/106652702761034172
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332 OA
Stoye, J., & Gusfield, D. (2002). Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree. Theoretical Computer Science, 270(1-2), 843-856. doi:10.1016/S0304-3975(01)00121-9
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329 OA
Bergeron, A., Heber, S., & Stoye, J. (2002). Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity. Bioinformatics, 18(Suppl 2), S54-S63. doi:10.1093/bioinformatics/18.suppl_2.S54
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
Heber, S., Stoye, J., Frohme, M., Hoheisel, J., & Vingron, M. (2002). Resampling Methods in Physical Mapping. Proc. of GfKl 2000, 437-444
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