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414 Publikationen

2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773632 OA
Baumbach, J.; Brinkrolf, K.; Czaja, L. F.; Rahmann, S.; Tauch, A. (2006): CoryneRegNet: An ontology-based data warehouse of corynebacterial transcription factors and regulatory networks BMC Genomics,7:(1): 24.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631957
Krause, L.; Diaz, N. N.; Bartels, D.; Edwards, R. A.; Pühler, A.; Rohwer, F.; Meyer, F.; Stoye, J. (2006): Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment BIOINFORMATICS,22:(14): e281-e289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309191
Rahmann, S. (2005): Algorithmen für das Design von DNA-Microarrays. In: Dorothea Wagner (Hrsg.): Ausgezeichnete Informatikdissertationen 2004. Bonn: Ges. für Informatik . (Lecture Notes in Informatics, 5). S. 145-154.
PUB
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773695 OA
Röpcke, S.; Grossmann, S.; Rahmann, S.; Vingron, M. (2005): T-Reg Comparator: an analysis tool for the comparison of position weight matrices Nucleic Acids Research,33:(Web Server): W438-W441.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2302056 OA
Lipták, Z. (2005): Strings in proteomics and transcriptomics : algorithmic and combinatorial questions in mass spectrometry and EST clustering. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | Datei
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601941
Grossmann, J.; Roos, F. F.; Cieliebak, M.; Lipták, Z.; Mathis, L. K.; Müller, M.; Gruissem, W.; Baginsky, S. (2005): AUDENS: A tool for automated peptide de novo sequencing Journal of Proteome Research,4:(5): 1768-1774.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603101
Cicalese, F.; Damaschke, P.; Vaccaro, U. (2005): Optimal group testing strategies with interval queries and their application to splice site detection. In: Vaidy S. Sunderam; Geert Dick van Albada; Peter M. A. Sloot; Jack J. Dongarra (Hrsg.): Computational Science – ICCS 2005. 5th International Conference, Atlanta, GA, USA, May 22-25, 2005. Proceedings, Part II. Berlin: Springer. (Lecture Notes in Computer Science, 3515). S. 1029-1037.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601085
Cicalese, F.; Laber, E. S. (2005): An optimal algorithm for querying priced information: Monotone Boolean functions and game trees. In: Gerth Stølting Brodal; Stefano Leonardi (Hrsg.): Algorithms – ESA 2005. 13th Annual European Symposium, Palma de Mallorca, Spain, October 3-6, 2005. Proceedings. Berlin: Springer. (Lecture Notes in Computer Science, 3669). S. 664-676.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308882
Cicalese, F.; Deppe, C. (2005): Q-ary Ulam-Rényi game with constrained lies Electronic Notes in Discrete Mathematics,21: 255-261.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374546
Saalbach, A.; Twellmann, T.; Nattkemper, T. W.; Wismüller, A.; Ontrup, J.; Ritter, H. (2005): A hyperbolic topographic mapping for proximity data. In: Proc. of the IASTED International Conference of Artificial Intelligence and Applications. (2005). S. 106-111.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374666
Twellmann, T.; Lichte, O.; Saalbach, A.; Wismüller, A.; Nattkemper, T. W. (2005): An Adaptive Colour Scale for Comparison of Pseudo Colouring Techniques for DCE-MRI Data. Workshop für Bildverarbeituing für die Medizin 2005.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500567
Mäkinen, V.; Navarro, G. (2005): Succinct Suffix Arrays based on Run-Length Encoding. In: Proc. 16th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2005). (3537). S. 45-56.
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374187
Saalbach, A.; Ontrup, J.; Ritter, H.; Nattkemper, T. W. (2005): Image fusion based on topographic mappings using the hyperbolic space Information Visualization,4:(4): 266-275.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500564
Mäkinen, V. (2005): Peak Alignment using Restricted Edit Distances. In: Proc. 6th International Symposium on Computational Biology and Genome Informatics (CBGI 2005).
PUB
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970470 OA
Sammeth, M.; Stoye, J. (2005): Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308909
Cicalese, F.; Laber, E. S. (2005): A new strategy for querying priced information. In: Proc. 37th Annual ACM Symposium on Theory of Computing (STOC 2005). S. 674-683.
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2306287 OA
Schmidt, T. (2005): Efficient algorithms for gene cluster detection in prokaryotic genomes. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308848
Carvalho Jr. de, S.; Rahmann, S. (2005): Searching for the Shortest Common Supersequence. Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik.
PUB
 
2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308862
Cicalese, F.; Damaschke, P.; Tansini, L.; Werth, S. (2005): Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries. Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308867
Cicalese, F.; Damaschke, P.; Tansini, L.; Werth, S. (2005): Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries. In: Proc. 11th Annual International Conference on Computing and Combinatorics (COCOON 2005). (Lecture Notes in Computer Science, 3595, ). S. 935-944.
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308944
Ehrich, M.; Böcker, S.; Boom van den, D. (2005): Multiplexed discovery of sequence polymorphisms using base-specific cleavage and MALDI-TOF MS Nucleic Acids Res.,33:(4): e38.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919012
Schürmann, K. - B.; Stoye, J. (2005): An Incomplex Algorithm for Fast Suffix Array Construction. In: Proc. of ALENEX/ANALCO 2005. S. 77-85.
PUB
 
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918824
Bergeron, A.; Mixtacki, J.; Stoye, J. (2005): Chapter 10: The Inversion Distance Problem. In: Olivier Gascuel (Hrsg.): Mathematics of Evolution and Phylogeny. Oxford University Press. S. 262-290.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603220
Bergeron, A.; Mixtacki, J.; Stoye, J. (2005): On Sorting by Translocations. In: Proc. of RECOMB 2005. SPRINGER-VERLAG BERLIN. (LNBI, 3500). S. 615-629.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168 OA
Krause, A.; Stoye, J.; Vingron, M. (2005): Large scale hierarchical clustering of protein sequences BMC Bioinformatics,6:(1): 15.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302 OA
Bartels, D.; Kespohl, S.; Albaum, S.; Drüke, T.; Goesmann, A.; Herold, J.; Kaiser, O.; Pühler, A.; Pfeiffer, F.; Raddatz, G.; Stoye, J.; Meyer, F.; Schuster, S. C. (2005): BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison Bioinformatics,21:(7): 853-859.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602793
Böcker, S.; Kaltenbach, H. M. (2005): Mass spectra alignments and their significance. In: COMBINATORIAL PATTERN MATCHING, PROCEEDINGS. SPRINGER-VERLAG BERLIN. (3537). S. 429-441.
PUB | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918947
Böcker, S.; Stoye, J. (2005): Informatische Methoden zur Protein-Identifikation LaborPraxis,29:(10): 24-26.
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301827 OA
Sammeth, M. (2005): Integrated multiple sequence alignment. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601348
Bannert, C.; Stoye, J. (2005): Protein Annotation by Secondary Structure Based Alignments (PASSTA). In: Proc. of CompLife 2005. Springer-Verlag. (LNBI, 3695). S. 79-90.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603216
Rasmussen, K. R.; Stoye, J.; Myers, E. W. (2005): Efficient q-Gram Filters for Finding All ε-Matches Over a Given Length. In: Proc. of RECOMB 2005. SPRINGER-VERLAG BERLIN. (LNBI, 3500). S. 189-203.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601361
Sammeth, M.; Weniger, T.; Harmsen, D.; Stoye, J. (2005): Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI). In: Proc. of WABI 2005. SPRINGER-VERLAG BERLIN. (LNBI, 3692). S. 276-290.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919026
Schürmann, K. - B.; Stoye, J. (2005): Counting Suffix Arrays and Strings. In: Proc. of SPIRE 2005. (LNCS, 3772). S. 55-66.
PUB | DOI
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970472 OA
Schürmann, K. - B.; Stoye, J. (2005): Counting Suffix Arrays and Strings. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309420
Zimmermann, J.; Lipták, Z.; Hazelhurst, S. (2004): A Method for Evaluating the Quality of String Dissimilarity Measures and Clustering Algorithms for EST Clustering. In: Proc. BIBE. S. 301-309.
PUB
 
2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
Robert Giegerich; Jens Stoye (Hrsg.) (2004): Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004, In: Robert Giegerich; Jens Stoye (Hrsg.), Lecture Notes in Informatics,P-53
PUB
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286
Michael, M.; Dieterich, C.; Stoye, J. (2004): Suboptimal Local Alignments across Multiple Scoring Schemes. In: Proc. of WABI 2004. SPRINGER-VERLAG BERLIN. (LNBI, 3240). S. 99-110.
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260
Schmidt, T.; Stoye, J. (2004): Quadratic Time Algorithms for Finding Common Intervals in Two and More Sequences. In: Proc. of CPM 2004. (LNCS, 3109). S. 347-358.
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554 OA
Pollard, D. A.; Bergman, C. M.; Stoye, J.; Celniker, S. E.; Eisen, M. B. (2004): Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA BMC Bioinformatics,5:(1): 73.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560 OA
Cieliebak, M.; Erlebach, T.; Lipták, Z.; Stoye, J.; Welzl, E. (2004): Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings Discrete Applied Mathematics,137:(1): 27-46.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312 OA
Pollard, D. A.; Bergman, C. M.; Stoye, J.; Celniker, S. E.; Eisen, M. B. (2004): Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA BMC Bioinformatics,5:(1): 6.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569 OA
Gusfield, D.; Stoye, J. (2004): Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string Journal of computer and system sciences,69:(4): 525-546.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773761 OA
Müller, T.; Rahmann, S.; Dandekar, T.; Wolf, M. (2004): Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta) BMC Evolutionary Biology,4:(1): 20.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
Bergeron, A.; Mixtacki, J.; Stoye, J. (2004): Reversal Distance without Hurdles and Fortresses. In: Proc. of CPM 2004. SPRINGER-VERLAG BERLIN. (LNCS, 3109). S. 388-399.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970475 OA
Schürmann, K. - B.; Stoye, J. (2003): Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
Heber, S.; Stoye, J. (2003): The European Conference on Computational Biology Drug Discovery Today,8:(3): 113-114.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
Giegerich, R.; Stoye, J. (2003): Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik Forschung an der Universität Bielefeld,26: 63-68.
PUB
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
Bannert, C.; Stoye, J. (2003): Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data. In: Proc. of GCB 2003. S. 21-25.
PUB
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397 OA
Giegerich, R.; Kurtz, S.; Stoye, J. (2003): Efficient implementation of lazy suffix trees SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE,33:(11): 1035-1049.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403 OA
Sammeth, M.; Morgenstern, B.; Stoye, J. (2003): Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints BIOINFORMATICS,19:(Suppl 2): ii189-ii195.
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