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421 Publikationen

2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599570
Rasmussen, K.R., Stoye, J., Myers, E.W.: Efficient q-gram filters for finding all epsilon-matches over a given length. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 13, 296-308 (2006).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599574
Bergeron, A., Mixtacki, J., Stoye, J.: On sorting by translocations. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 13, 567-578 (2006).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596811
Bergeron, A., Mixtacki, J., Stoye, J.: A Unifying View of Genome Rearrangements. Proc. of WABI 2006. LNBI. 4175, p. 163-173. SPRINGER-VERLAG BERLIN (2006).
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597213
Sammeth, M., Stoye, J.: Comparing tandem repeats with duplications and excisions of variable degree. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 3, 395-407 (2006).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597313
Bergeron, A., Stoye, J.: On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 13, 1340-1354 (2006).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918946
Stoye, J.: Index Structures in Biological Sequence Analysis: From Simplicity to Complexity and Back. Presented at the JOBIM 2006, Bordeaux, France (2006).
PUB
 
2006 | Report | PUB-ID: 1970464 OA
Chauve, C., Diekmann, Y., Heber, S., Mixtacki, J., Rahmann, S., Stoye, J.: On Common Intervals with Errors. Forschungsberichte. Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Bielefeld (2006).
PUB | PDF
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773632 OA
Baumbach, J., Brinkrolf, K., Czaja, L.F., Rahmann, S., Tauch, A.: CoryneRegNet: An ontology-based data warehouse of corynebacterial transcription factors and regulatory networks. BMC Genomics. 7, 24 (2006).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631957
Krause, L., Diaz, N.N., Bartels, D., Edwards, R.A., Pühler, A., Rohwer, F., Meyer, F., Stoye, J.: Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment. BIOINFORMATICS. 22, e281-e289 (2006).
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2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309191
Rahmann, S.: Algorithmen für das Design von DNA-Microarrays. In: Wagner, D. (ed.) Ausgezeichnete Informatikdissertationen 2004. Lecture Notes in Informatics. 5, p. 145-154. Ges. für Informatik , Bonn (2005).
PUB
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773695 OA
Röpcke, S., Grossmann, S., Rahmann, S., Vingron, M.: T-Reg Comparator: an analysis tool for the comparison of position weight matrices. Nucleic Acids Research. 33, W438-W441 (2005).
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2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2302056 OA
Lipták, Z.: Strings in proteomics and transcriptomics : algorithmic and combinatorial questions in mass spectrometry and EST clustering. Bielefeld University, Bielefeld (Germany) (2005).
PUB | Datei
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601941
Grossmann, J., Roos, F.F., Cieliebak, M., Lipták, Z., Mathis, L.K., Müller, M., Gruissem, W., Baginsky, S.: AUDENS: A tool for automated peptide de novo sequencing. Journal of Proteome Research. 4, 1768-1774 (2005).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603101
Cicalese, F., Damaschke, P., Vaccaro, U.: Optimal group testing strategies with interval queries and their application to splice site detection. In: Sunderam, V.S., van Albada, G.D., Sloot, P.M.A., and Dongarra, J.J. (eds.) Computational Science – ICCS 2005. 5th International Conference, Atlanta, GA, USA, May 22-25, 2005. Proceedings, Part II. Lecture Notes in Computer Science. 3515, p. 1029-1037. Springer, Berlin (2005).
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601085
Cicalese, F., Laber, E.S.: An optimal algorithm for querying priced information: Monotone Boolean functions and game trees. In: Stølting Brodal, G. and Leonardi, S. (eds.) Algorithms – ESA 2005. 13th Annual European Symposium, Palma de Mallorca, Spain, October 3-6, 2005. Proceedings. Lecture Notes in Computer Science. 3669, p. 664-676. Springer, Berlin (2005).
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308882
Cicalese, F., Deppe, C.: Q-ary Ulam-Rényi game with constrained lies. Electronic Notes in Discrete Mathematics. 21, 255-261 (2005).
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374546
Saalbach, A., Twellmann, T., Nattkemper, T.W., Wismüller, A., Ontrup, J., Ritter, H.: A hyperbolic topographic mapping for proximity data. Proc. of the IASTED International Conference of Artificial Intelligence and Applications. 2005, p. 106-111. (2005).
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374666
Twellmann, T., Lichte, O., Saalbach, A., Wismüller, A., Nattkemper, T.W.: An Adaptive Colour Scale for Comparison of Pseudo Colouring Techniques for DCE-MRI Data. Presented at the Workshop für Bildverarbeiteung für die Medzin (2005).
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500567
Mäkinen, V., Navarro, G.: Succinct Suffix Arrays based on Run-Length Encoding. Proc. 16th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2005). 3537, p. 45-56. (2005).
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374187
Saalbach, A., Ontrup, J., Ritter, H., Nattkemper, T.W.: Image fusion based on topographic mappings using the hyperbolic space. Information Visualization. 4, 266-275 (2005).
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500564
Mäkinen, V.: Peak Alignment using Restricted Edit Distances. Proc. 6th International Symposium on Computational Biology and Genome Informatics (CBGI 2005). (2005).
PUB
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970470 OA
Sammeth, M., Stoye, J.: Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI). Forschungsberichte. Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Bielefeld (2005).
PUB | PDF | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308909
Cicalese, F., Laber, E.S.: A new strategy for querying priced information. Proc. 37th Annual ACM Symposium on Theory of Computing (STOC 2005). p. 674-683. (2005).
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2306287 OA
Schmidt, T.: Efficient algorithms for gene cluster detection in prokaryotic genomes. Bielefeld University, Bielefeld (Germany) (2005).
PUB | PDF
 
2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308848
Carvalho Jr. de, S., Rahmann, S.: Searching for the Shortest Common Supersequence. Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik (2005).
PUB
 
2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308862
Cicalese, F., Damaschke, P., Tansini, L., Werth, S.: Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries. Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik (2005).
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308867
Cicalese, F., Damaschke, P., Tansini, L., Werth, S.: Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries. Proc. 11th Annual International Conference on Computing and Combinatorics (COCOON 2005). Lecture Notes in Computer Science, 3595. p. 935-944. (2005).
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308944
Ehrich, M., Böcker, S., Boom van den, D.: Multiplexed discovery of sequence polymorphisms using base-specific cleavage and MALDI-TOF MS. Nucleic Acids Res. 33, e38 (2005).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919012
Schürmann, K.-B., Stoye, J.: An Incomplex Algorithm for Fast Suffix Array Construction. Proc. of ALENEX/ANALCO 2005. p. 77-85. (2005).
PUB
 
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918824
Bergeron, A., Mixtacki, J., Stoye, J.: Chapter 10: The Inversion Distance Problem. In: Gascuel, O. (ed.) Mathematics of Evolution and Phylogeny. p. 262-290. Oxford University Press (2005).
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603220
Bergeron, A., Mixtacki, J., Stoye, J.: On Sorting by Translocations. Proc. of RECOMB 2005. LNBI. 3500, p. 615-629. SPRINGER-VERLAG BERLIN (2005).
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168 OA
Krause, A., Stoye, J., Vingron, M.: Large scale hierarchical clustering of protein sequences. BMC Bioinformatics. 6, 15 (2005).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302 OA
Bartels, D., Kespohl, S., Albaum, S., Drüke, T., Goesmann, A., Herold, J., Kaiser, O., Pühler, A., Pfeiffer, F., Raddatz, G., Stoye, J., Meyer, F., Schuster, S.C.: BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison. Bioinformatics. 21, 853-859 (2005).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602793
Böcker, S., Kaltenbach, H.M.: Mass spectra alignments and their significance. COMBINATORIAL PATTERN MATCHING, PROCEEDINGS. 3537, p. 429-441. SPRINGER-VERLAG BERLIN (2005).
PUB | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918947
Böcker, S., Stoye, J.: Informatische Methoden zur Protein-Identifikation. LaborPraxis. 29, 24-26 (2005).
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301827 OA
Sammeth, M.: Integrated multiple sequence alignment. Bielefeld University, Bielefeld (Germany) (2005).
PUB | PDF
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601348
Bannert, C., Stoye, J.: Protein Annotation by Secondary Structure Based Alignments (PASSTA). Proc. of CompLife 2005. LNBI. 3695, p. 79-90. Springer-Verlag (2005).
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601361
Sammeth, M., Weniger, T., Harmsen, D., Stoye, J.: Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI). Proc. of WABI 2005. LNBI. 3692, p. 276-290. SPRINGER-VERLAG BERLIN (2005).
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603216
Rasmussen, K.R., Stoye, J., Myers, E.W.: Efficient q-Gram Filters for Finding All ε-Matches Over a Given Length. Proc. of RECOMB 2005. LNBI. 3500, p. 189-203. SPRINGER-VERLAG BERLIN (2005).
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919026
Schürmann, K.-B., Stoye, J.: Counting Suffix Arrays and Strings. Proc. of SPIRE 2005. LNCS. 3772, p. 55-66. (2005).
PUB | DOI
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970472 OA
Schürmann, K.-B., Stoye, J.: Counting Suffix Arrays and Strings. Forschungsberichte. Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Bielefeld (2005).
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309420
Zimmermann, J., Lipták, Z., Hazelhurst, S.: A Method for Evaluating the Quality of String Dissimilarity Measures and Clustering Algorithms for EST Clustering. Proc. BIBE. p. 301-309. (2004).
PUB
 
2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
Giegerich, R., Stoye, J. eds: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004. Lecture Notes in Informatics. P-53, (2004).
PUB
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286
Michael, M., Dieterich, C., Stoye, J.: Suboptimal Local Alignments across Multiple Scoring Schemes. Proc. of WABI 2004. LNBI. 3240, p. 99-110. SPRINGER-VERLAG BERLIN (2004).
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260
Schmidt, T., Stoye, J.: Quadratic Time Algorithms for Finding Common Intervals in Two and More Sequences. Proc. of CPM 2004. LNCS. 3109, p. 347-358. (2004).
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554 OA
Pollard, D.A., Bergman, C.M., Stoye, J., Celniker, S.E., Eisen, M.B.: Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 5, 73 (2004).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560 OA
Cieliebak, M., Erlebach, T., Lipták, Z., Stoye, J., Welzl, E.: Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings. Discrete Applied Mathematics. 137, 27-46 (2004).
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312 OA
Pollard, D.A., Bergman, C.M., Stoye, J., Celniker, S.E., Eisen, M.B.: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 5, 6 (2004).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569 OA
Gusfield, D., Stoye, J.: Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string. Journal of computer and system sciences. 69, 525-546 (2004).
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773761 OA
Müller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M.: Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta). BMC Evolutionary Biology. 4, 20 (2004).
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