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421 Publikationen

2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939618 OA
Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time
Alanko J, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Stoye J (2020)
Algorithms for Molecular Biology 15: 2.
PUB | PDF
 
2020 | Konferenzbeitrag | Angenommen | PUB-ID: 2939729
Computing the rearrangement distance of natural genomes
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (Accepted)
In: Proceedings of RECOMB 2020. LNBI. .
PUB
 
2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861
Computing the rearrangement distance of natural genomes
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
arXiv:2001.02139.
PUB | arXiv
 
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Angenommen | PUB-ID: 2939598
Horizontal Gene Transfer Phylogenetics: A Random Walk Approach
Sevillya G, Dörr D, Lerner Y, Stoye J, Steel M, Snir S (Accepted)
Molecular Biology and Evolution.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2020 | Preprint | PUB-ID: 2940602
HASLR: Fast Hybrid Assembly of Long Reads
Haghshenas E, Asghari H, Stoye J, Chauve C, Hach F (2020) .
PUB | bioRxiv
 
2020 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2940338 OA
The MGX framework for microbial community analysis
Jaenicke S (2020)
Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF | DOI
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908574
The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies
Luhmann N, Lafond M, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C (2019)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 16(4).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933161 OA
GOTrapper. A tool to navigate through branches of gene ontology hierarchy
Hassan H, Shanak S (2019)
BMC Bioinformatics 20(1): 20.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939260
25 Years of the Burrows-Wheeler Transform. Report from Dagstuhl Seminar 19241
Gagie T, Manzini G, Navarro G, Stoye J (2019) Dagstuhl Reports; 9(6).
Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik.
PUB | DOI
 
2019 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939202
Computing the Inversion-Indel Distance
Willing E, Stoye J, Dias Vieira Braga M (2019)
arXiv: 1909.12877.
PUB | arXiv
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2937712
Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants
Rubert D, Martinez FHV, Stoye J, Dörr D (In Press)
BMC Genomics.
PUB
 
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148
Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear Time
Alanko J, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Stoye J (2019)
In: Proceedings of WABI 2019. Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 143. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik : 8:1-8:9.
PUB | DOI
 
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900 OA
Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs
Wittler R (2019)
In: Proceedings of WABI 2019. Huber K, Gusfield D (Eds); LIPIcs, 143. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik.
PUB | DOI | Download (ext.)
 
2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2936848 OA PUB | Dateien verfügbar | DOI
 
2019 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998 OA
Computational Methods for Microbiome Analysis
Setubal JC, Stoye J, Dutilh BE (Eds) (2019) Frontiers Research Topics.
Lausanne: Frontiers Media.
PUB | Download (ext.)
 
2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604 OA PUB | PDF
 
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
A Perspective on Comparative and Functional Genomics
Dörr D, Stoye J (2019)
In: Bioinformatics and Phylogenetics. Warnow T (Ed); Computational Biology, 29. Cham: Springer : 361-372.
PUB | DOI
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium
Oey H, Zakrzewski M, Gravermann K, Young ND, Korhonen PK, Gobert GN, Nawaratna S, Hasan S, Martínez DM, You H, Lavin M, et al. (2019)
PLOS Pathogens 15(1): e1007513.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F (2018)
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 25(7): 825-836.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913924
Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization
Anselmetti Y, Luhmann N, Bérard S, Tannier E, Chauve C (2018)
In: Comparative Genomics: Methods and Protocols. Setubal JC, Stoye J, Stadler P (Eds); Methods in Molecular Biology, 1704. New York, NY: Humana Press: 343-362.
PUB | DOI
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005 OA
GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data
Schulz T, Stoye J, Dörr D (2018)
BMC Genomics 19(Suppl. 5): 308.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006 OA
Computing the family-free DCJ similarity
Rubert D, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2018)
BMC Bioinformatics 19(Suppl. 6): 152.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
Pan-genome Storage and Analysis Techniques
Zekic T, Holley G, Stoye J (2018)
In: Comparative Genomics. Methods and Protocols. Setubal JC, Stadler P, Stoye J (Eds); Methods in Molecular Biology, 1704. New York: Springer Verlag: 29-53.
PUB | DOI
 
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
Family-Free Genome Comparison
Dörr D, Feijão P, Stoye J (2018)
In: Comparative Genomics: Methods and Protocols. Setubal JC, Stadler P, Stoye J (Eds); Methods in Molecular Biology, 1704. New York: Springer Verlag: 331-342.
PUB | DOI
 
2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Comparative Genomics: Methods and Protocols
Setubal JC, Stadler P, Stoye J (Eds) (2018) Methods in Molecular Biology; 1704.
New York: Springer Verlag.
PUB | DOI
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R (2018)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 15(6): 2094-2100.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932754
Position and Content Paradigms in Genome Rearrangements. The Wild and Crazy World of Permutations in Genomics
Bhatia S, Feijão P, Francis AR (2018)
BULLETIN OF MATHEMATICAL BIOLOGY 80(12): 3227-3246.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919346
Do we treat our patients or rather periodontal microbes with adjunctive antibiotics in periodontal therapy? A 16S rDNA microbial community analysis
Hagenfeld D, Koch R, Jünemann S, Prior K, Harks I, Eickholz P, Hoffmann T, Kim T-S, Kocher T, Meyle J, Kaner D, et al. (2018)
PLOS ONE 13(4): e0195534.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2918485 OA
Pan-genome Search and Storage
Holley G (2018)
Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2919356 OA PUB | PDF
 
2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
Identifying Maximal Perfect Haplotype Blocks
Cunha L, Diekmann Y, Kowada L, Stoye J (2018)
In: Proceedings of BSB 2018. LNBI, 11228. Springer Verlag: 26-37.
PUB | DOI
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Flexible metagenome analysis using the MGX framework
Jaenicke S, Albaum S, Blumenkamp P, Linke B, Stoye J, Goesmann A (2018)
Microbiome 6: 76.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057 OA
Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time
Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2017)
Algorithms for Molecular Biology 12: 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J (2017)
arXiv: 1702.01280.
PUB | arXiv
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J (2017)
In: Proceedings of CPM 2017. LIPIcs, 78. 19:1-19:9.
PUB | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492 PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556 OA
Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research
Jünemann S, Kleinbölting N, Jaenicke S, Henke C, Hassa J, Nelkner J, Stolze Y, Albaum S, Schlüter A, Goesmann A, Sczyrba A, et al. (2017)
Journal of Biotechnology 261(SI): 10-23.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ
Rubert D, Medeiros GL, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2017)
In: Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Meidanis J, Nakhleh L (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 10562. Cham: Springer Verlag: 76-100.
PUB | DOI
 
2017 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2909213 OA
Phylogenetic assembly of paleogenomes integrating ancient DNA data
Luhmann N (2017)
Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552
Genomic Distance with High Indel Costs
da Silva PH, Machado R, Dantas S, Dias Vieira Braga M (2017)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 14(3): 728-732.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911814
The gene family-free median of three
Dörr D, Balaban M, Feijão P, Chauve C (2017)
Algorithms for Molecular Biology 12: 14.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F (2017)
In: Proceedings of RECOMB 2017. Lecture Notes in Bioinformatics, 10229. 50-65.
PUB | DOI
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery
Schulz T, Stoye J, Dörr D (2017)
In: Proceedings of RECOMB-CG 2017. Lecture Notes in Bioinformatics, 1704. Berlin: Springer Verlag: 197-212.
PUB | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies
Dörr D, Kowada LAB, Soares de Araujo FE, Deshpande S, Dantas S, Moret BME, Stoye J (2017)
Journal of Computational Biology 24(6): 616-634.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901477
Robust normalization protocols for multiplexed fluorescence bioimage analysis
Ahmed Raza SE, Langenkämper D, Sirinukunwattana K, Epstein D, Nattkemper TW, Rajpoot NM (2016)
BioData Mining 9(1): 11.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Finding approximate gene clusters with GECKO 3
Winter S, Jahn K, Wehner S, Kuchenbecker L, Marz M, Stoye J, Böcker S (2016)
Nucleic Acids Research 44(20): 9600-9610.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates
Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2016)
In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Frith M, Storm Pedersen CN (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 9838. Cham: Springer: 293-306.
PUB | DOI
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129 OA
Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage
Holley G, Wittler R, Stoye J (2016)
Algorithms for Molecular Biology 11: 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2906743 OA
Assembling the microbial dark matter
Bremges A (2016)
Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2902049 OA
Gene family-free genome comparison
Dörr D (2016)
Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 

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