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413 Publikationen

2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148
J. Alanko, H. Bannai, B. Cazaux, P. Peterlongo, and J. Stoye, in Proceedings of WABI 2019, Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum Für Informatik , Dagstuhl, 2019, p. 8:1-8:9.
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2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900
R. Wittler, in Proceedings of WABI 2019 (Eds.: K. Huber, D. Gusfield), Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum Fuer Informatik, Dagstuhl, Germany, 2019.
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2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2936848
D. Dörr, and D. Rubert, Supplementary Data for "Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants", Bielefeld University, 2019.
PUB | Dateien verfügbar | DOI
 
2019 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998
Computational Methods for Microbiome Analysis, Frontiers Media, Lausanne, 2019.
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2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604
R. Wittler, “Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs”, arXiv:1905.04165, 2019.
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2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
D. Dörr, and J. Stoye, in Bioinformatics and Phylogenetics (Ed.: T. Warnow), Springer , Cham, 2019, p. 361-372.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933161
H. Hassan, and S. Shanak, “GOTrapper. A tool to navigate through branches of gene ontology hierarchy”, BMC Bioinformatics, 2019, 20, : 20.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
H. Oey, M. Zakrzewski, K. Gravermann, N. D. Young, P. K. Korhonen, G. N. Gobert, S. Nawaratna, S. Hasan, D. M. Martínez, H. You, et al., “Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium”, PLOS Pathogens, 2019, 15, : e1007513.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
T. Schulz, J. Stoye, and D. Dörr, “GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data”, BMC Genomics, 2018, 19, : 308.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
D. Rubert, E. A. Hoshino, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, “Computing the family-free DCJ similarity”, BMC Bioinformatics, 2018, 19, : 152.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
N. Luhmann, C. Chauve, J. Stoye, and R. Wittler, “Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2018, 15, 2094-2100.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932754
S. Bhatia, P. Feijão, and A. R. Francis, “Position and Content Paradigms in Genome Rearrangements. The Wild and Crazy World of Permutations in Genomics”, BULLETIN OF MATHEMATICAL BIOLOGY, 2018, 80, 3227-3246.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919346
D. Hagenfeld, R. Koch, S. Jünemann, K. Prior, I. Harks, P. Eickholz, T. Hoffmann, T. - S. Kim, T. Kocher, J. Meyle, et al., “Do we treat our patients or rather periodontal microbes with adjunctive antibiotics in periodontal therapy? A 16S rDNA microbial community analysis”, PLOS ONE, 2018, 13, : e0195534.
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2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2918485
G. Holley, Pan-genome Search and Storage, Universität Bielefeld, Bielefeld, 2018.
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2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2919356
E. Willing, On Distance and Sorting of the Double Cut-and-Join and the Inversion-*indel* Model, Universität Bielefeld, Bielefeld, 2018.
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2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
L. Cunha, Y. Diekmann, L. Kowada, and J. Stoye, in Proceedings of BSB 2018, Springer Verlag, 2018, p. 26-37.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
G. Holley, R. Wittler, J. Stoye, and F. Hach, “Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression”, JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2018, 25, 825-836.
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2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
T. Zekic, G. Holley, and J. Stoye, in Comparative Genomics. Methods and Protocols (Eds.: J.C. Setubal, P. Stadler, J. Stoye), Springer Verlag, New York, 2018, p. 29-53.
PUB
 
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
D. Dörr, P. Feijão, and J. Stoye, in Comparative Genomics: Methods and Protocols (Eds.: J.C. Setubal, P. Stadler, J. Stoye), Springer Verlag, New York, 2018, p. 331-342.
PUB
 
2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Comparative Genomics: Methods and Protocols, Springer Verlag, New York, 2018.
PUB
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
S. Jaenicke, S. Albaum, P. Blumenkamp, B. Linke, J. Stoye, and A. Goesmann, “Flexible metagenome analysis using the MGX framework”, Microbiome, 2018, 6, : 76.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2908574
N. Luhmann, M. Lafond, A. Thévenin, A. Ouangraoua, R. Wittler, and C. Chauve, “The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2017, 14.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492
N. Luhmann, D. Dörr, and C. Chauve, “Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes”, Microbial Genomics, 2017, 3.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
S. Jünemann, N. Kleinbölting, S. Jaenicke, C. Henke, J. Hassa, J. Nelkner, Y. Stolze, S. Albaum, A. Schlüter, A. Goesmann, et al., “Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research”, Journal of Biotechnology, 2017, 261, 10-23.
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
D. Rubert, G. L. Medeiros, E. A. Hoshino, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, in Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017 (Eds.: J. Meidanis, L. Nakhleh), Springer Verlag, Cham, 2017, p. 76-100.
PUB | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
D. Rubert, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, “Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time”, Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12, : 3.
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2017 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2909213
N. Luhmann, Phylogenetic assembly of paleogenomes integrating ancient DNA data, Universität Bielefeld, Bielefeld, 2017.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552
P. H. da Silva, R. Machado, S. Dantas, and M. Dias Vieira Braga, “Genomic Distance with High Indel Costs”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2017, 14, 728-732.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911814
D. Dörr, M. Balaban, P. Feijão, and C. Chauve, “The gene family-free median of three”, Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12, : 14.
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
L. Cunha, S. Dantas, T. Gagie, R. Wittler, L. Kowada, and J. Stoye, in Proceedings of CPM 2017, 2017, p. 19:1-19:9.
PUB | DOI
 
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
L. Cunha, S. Dantas, T. Gagie, R. Wittler, L. Kowada, and J. Stoye, “Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings”, arXiv: 1702.01280, 2017.
PUB
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
G. Holley, R. Wittler, J. Stoye, and F. Hach, in Proceedings of RECOMB 2017, 2017, p. 50-65.
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2017 | Sammelwerksbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2913924
Y. Anselmetti, N. Luhmann, S. Bérard, E. Tannier, and C. Chauve, in Comparative Genomics (Eds.: J.C. Setubal, P. Stadler, J. Stoye), Springer Verlag, In Press.
PUB
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
T. Schulz, J. Stoye, and D. Dörr, in Proceedings of RECOMB-CG 2017, Springer Verlag, Berlin, 2017, p. 197-212.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
D. Dörr, L. A. B. Kowada, F. E. Soares de Araujo, S. Deshpande, S. Dantas, B. M. E. Moret, and J. Stoye, “New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies”, Journal of Computational Biology, 2017, 24, 616-634.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901477
S. E. Ahmed Raza, D. Langenkämper, K. Sirinukunwattana, D. Epstein, T. W. Nattkemper, and N. M. Rajpoot, “Robust normalization protocols for multiplexed fluorescence bioimage analysis”, BioData Mining, 2016, 9, : 11.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
S. Winter, K. Jahn, S. Wehner, L. Kuchenbecker, M. Marz, J. Stoye, and S. Böcker, “Finding approximate gene clusters with GECKO 3”, Nucleic Acids Research, 2016, 44, 9600-9610.
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2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
D. Rubert, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, in Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016 (Eds.: M. Frith, C.N. Storm Pedersen), Springer, Cham, 2016, p. 293-306.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
G. Holley, R. Wittler, and J. Stoye, “Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage”, Algorithms for Molecular Biology, 2016, 11, : 3.
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2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2902049
D. Dörr, Gene family-free genome comparison, Universität Bielefeld, Bielefeld, 2016.
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2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2906743
A. Bremges, Assembling the microbial dark matter, Universität Bielefeld, Bielefeld, 2016.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900943
D. Langenkämper, T. Jakobi, D. Feld, L. Jelonek, A. Goesmann, and T. W. Nattkemper, “Comparison of Acceleration Techniques for Selected Low-Level Bioinformatics Operations”, Frontiers in Genetics, 2016, 7, : 5.
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2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901740
N. Luhmann, A. Thévenin, A. Ouangraoua, R. Wittler, and C. Chauve, in Proceedings 12th International Symposium, ISBRA 2016, Springer International Publishing, 2016, p. 200-210.
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2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111
L. A. B. Kowada, D. Doerr, S. Dantas, and J. Stoye, in Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016 (Ed.: M. Singh), Springer, 2016, p. 204-224.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900421
L. Krause, K. Nones, K. A. Loffler, D. Nancarrow, H. Oey, Y. H. Tang, N. J. Wayte, A. M. Patch, K. Patel, S. Brosda, et al., “Identification of the CIMP-like subtype and aberrant methylation of members of the chromosomal segregation and spindle assembly pathways in esophageal adenocarcinoma”, Carcinogenesis, 2016, 37, 356-365.
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2016 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912258
“Genfamilienfreier Genomvergleich”, LNI, 2016, D-16, 91-100.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911748
T. Krahn, D. Wibberg, I. Maus, A. Winkler, A. Pühler, L. Poirel, and A. Schlüter, “Complete Genome Sequence ofAcinetobacter baumanniiCIP 70.10, a Susceptible Reference Strain for Comparative Genome Analyses”, Genome Announcements, 2015, 3, e00850-15.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “Sorting linear genomes with rearrangements and indels”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2015, 12, 500-506.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366
F. H. Viduani Martinez, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “On the family-free DCJ distance and similarity”, Algorithms for Molecular Biology, 2015, 10, : 13.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2715682
P. Henning, J. L. Kuich, N. Hoffmann, and K. Stefan, “Maui-VIA: a user-friendly software for visual identification, alignment, correction, and quantification of gas chromatography–mass spectrometry data”, Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2015, 2.
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