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421 Publikationen

2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939618 OA
Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time
Alanko J, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Stoye J (2020)
Algorithms for Molecular Biology 15: 2.
PUB | PDF
 
2020 | Konferenzbeitrag | Angenommen | PUB-ID: 2939729
Computing the rearrangement distance of natural genomes
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (Accepted)
In: Proceedings of RECOMB 2020. LNBI. .
PUB
 
2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861
Computing the rearrangement distance of natural genomes
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
arXiv:2001.02139.
PUB | arXiv
 
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Angenommen | PUB-ID: 2939598
Horizontal Gene Transfer Phylogenetics: A Random Walk Approach
Sevillya G, Dörr D, Lerner Y, Stoye J, Steel M, Snir S (Accepted)
Molecular Biology and Evolution.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2020 | Preprint | PUB-ID: 2940602
HASLR: Fast Hybrid Assembly of Long Reads
Haghshenas E, Asghari H, Stoye J, Chauve C, Hach F (2020) .
PUB | bioRxiv
 
2020 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2940338 OA
The MGX framework for microbial community analysis
Jaenicke S (2020)
Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF | DOI
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908574
The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies
Luhmann N, Lafond M, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C (2019)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 16(4).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933161 OA
GOTrapper. A tool to navigate through branches of gene ontology hierarchy
Hassan H, Shanak S (2019)
BMC Bioinformatics 20(1): 20.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939260
25 Years of the Burrows-Wheeler Transform. Report from Dagstuhl Seminar 19241
Gagie T, Manzini G, Navarro G, Stoye J (2019) Dagstuhl Reports; 9(6).
Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik.
PUB | DOI
 
2019 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939202
Computing the Inversion-Indel Distance
Willing E, Stoye J, Dias Vieira Braga M (2019)
arXiv: 1909.12877.
PUB | arXiv
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2937712
Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants
Rubert D, Martinez FHV, Stoye J, Dörr D (In Press)
BMC Genomics.
PUB
 
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148
Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear Time
Alanko J, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Stoye J (2019)
In: Proceedings of WABI 2019. Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 143. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik : 8:1-8:9.
PUB | DOI
 
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900 OA
Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs
Wittler R (2019)
In: Proceedings of WABI 2019. Huber K, Gusfield D (Eds); LIPIcs, 143. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik.
PUB | DOI | Download (ext.)
 
2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2936848 OA PUB | Dateien verfügbar | DOI
 
2019 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998 OA
Computational Methods for Microbiome Analysis
Setubal JC, Stoye J, Dutilh BE (Eds) (2019) Frontiers Research Topics.
Lausanne: Frontiers Media.
PUB | Download (ext.)
 
2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604 OA PUB | PDF
 
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
A Perspective on Comparative and Functional Genomics
Dörr D, Stoye J (2019)
In: Bioinformatics and Phylogenetics. Warnow T (Ed); Computational Biology, 29. Cham: Springer : 361-372.
PUB | DOI
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium
Oey H, Zakrzewski M, Gravermann K, Young ND, Korhonen PK, Gobert GN, Nawaratna S, Hasan S, Martínez DM, You H, Lavin M, et al. (2019)
PLOS Pathogens 15(1): e1007513.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F (2018)
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 25(7): 825-836.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913924
Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization
Anselmetti Y, Luhmann N, Bérard S, Tannier E, Chauve C (2018)
In: Comparative Genomics: Methods and Protocols. Setubal JC, Stoye J, Stadler P (Eds); Methods in Molecular Biology, 1704. New York, NY: Humana Press: 343-362.
PUB | DOI
 

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