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414 Publikationen

2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison Nature biotechnology,31:(12): 1148.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2492825
Reuther, S.; Schmetzer, H.; Schuster, F. R.; Krell, P.; Grabrucker, C.; Liepert, A.; Kroell, T.; Kolb, H. - J.; Borkhardt, A.; Buhmann, R. (2013): In vitro-induced response patterns of antileukemic T cells: characterization by spectratyping and immunophenotyping Clinical and Experimental Medicine,13:(1): 29-48.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643
Bergeron, A.; Stoye, J. (2013): The Genesis of the DCJ Formula. In: Cedric Chauve; Nadia El-Mabrouk; Eric Tannier (Hrsg.): Models and Algorithms for Genome Evolution. Springer Verlag. (Computational Biology Series, 19). S. 63-81.
PUB | DOI
 
2013 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2604883
Blom, J. (2013): Comparative genomics on gene and single nucleotide level. Bielefeld: Universitätsbibliothek.
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2013 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2594322
Janowski, S. J. (2013): VANESA - A bioinformatics software application for the modeling, visualization, analysis, and simulation of biological networks in systems biology applications. Bielefeld: Bielefeld University.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361
Krell, P.; Reuther, S.; Fischer, U.; Keller, T.; Weber, S.; Gombert, M.; Schuster, F. R.; Asang, C.; Stepensky, P.; Strahm, B.; Meisel, R.; Stoye, J.; Borkhardt, A. (2013): Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis Haematologica,98:(9): 1388-1396.
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2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323
Gerlach, W.; Stoye, J. (2013): Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. In: Karen E. Nelson (Hrsg.): Encyclopedia of Metagenomics. Springer Verlag.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2625914
Bergmann, T.; Maeder, U.; Fiebich, M.; Dickob, M.; Nattkemper, T. W.; Anselmetti, D. (2013): Categorization of two-photon microscopy images of human cartilage into states of osteoarthritis Osteoarthritis And Cartilage,21:(8): 1074-1082.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Updating benchtop sequencing performance comparison Nature Biotechnology,31:(4): 294-296.
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2013 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2616537
Aaron Darling; Jens Stoye (Hrsg.) (2013): Algorithms in Bioinformatics, In: Aaron Darling; Jens Stoye (Hrsg.), Lecture Notes in Bioinformatics,8126
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn, K.; Winter, S.; Stoye, J.; Böcker, S. (2013): Statistics for approximate gene clusters BMC Bioinformatics,14:(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S14.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
Schwientek, P.; Wendler, S.; Neshat, A.; Eirich, C.; Rückert, C.; Klein, A.; Wehmeier, U. F.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Pühler, A. (2013): Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media Journal of Biotechnology,167:(2): 166-177.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548286
Luque-Almagro, V. M.; Acera, F.; Igeño, M. I.; Wibberg, D.; Roldán, M. D.; Sáez, L. P.; Hennig, M.; Quesada, A.; Huertas, M. J.; Blom, J.; Merchán, F.; Escribano, M. P.; Jaenicke, S.; Estepa, J.; Guijo, M. I.; Martínez-Luque, M.; Macías, D.; Szczepanowski, R.; Becerra, G.; Ramirez, S.; Carmona, M. I.; Gutiérrez, O.; Manso, I.; Pühler, A.; Castillo, F.; Moreno-Vivián, C.; Schlüter, A.; Blasco, R. (2013): Draft whole genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Environmental Microbiology,15:(1): 253-270.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092
Wittler, R. (2013): Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering BMC Genomics,14:(Suppl 1): S12.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529309
Bolzan de Campos, S.; Youn, J. - W.; Farina, R.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Szczepanowski, R.; Beneduzi, A.; Vargas, L. K.; Wendisch, V. F.; Passaglia, L. (2013): Changes in Root Bacterial Communities Associated to Two Different Development Stages of Canola (*Brassica napus* L. var oleifera) Evaluated through Next-Generation Sequencing Microbial Ecology,65:(3): 593-601.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659331
Feijão, P.; Meidanis, J. (2013): Extending the Algebraic Formalism for Genome Rearrangements to Include Linear Chromosomes IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,10:(4): 819-831.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560353
Dörr, D.; Gronau, I.; Moran, S.; Yavneh, I. (2012): Stochastic errors vs. modeling errors in distance based phylogenetic reconstructions Algorithms for Molecular Biology,7:(1): 22.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr, D.; Thévenin, A.; Stoye, J. (2012): Gene family assignment-free comparative genomics BMC Bioinformatics,13:(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S3.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498160
Schröder, J.; Maus, I.; Meyer, K.; Wördemann, S.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Schneider, J.; Trost, E.; Tauch, A. (2012): Complete genome sequence, lifestyle, and multi-drug resistance of the human pathogen Corynebacterium resistens DSM 45100 isolated from blood samples of a leukemia patient BMC Genomics,13:(1):141
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Hoffmann, N.; Keck, M.; Neuweger, H.; Wilhelm, M.; Högy, P.; Niehaus, K.; Stoye, J. (2012): Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets BMC Bioinformatics,13:(1): 21.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512644
Jahn, K.; Sudek, H.; Stoye, J. (2012): Multiple genome comparison based on overlap regions of pairwise local alignments BMC Bioinformatics,13:(Suppl. 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S7.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513347
Trost, E.; Blom, J.; de Castro Soares, S.; Huang, I. - H.; Al-Dilaimi, A.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Dorella, F. A.; Rocha, F. S.; Miyoshi, A.; Azevedo, V.; Schneider, M. P.; Silva, A.; Camello, T. C.; Sabbadini, P. S.; Santos, C. S.; Santos, L. S.; Hirata, R. J.; Mattos-Guaraldi, A. L.; Efstratiou, A.; Schmitt, M. P.; Ton-That, H.; Tauch, A. (2012): Pangenomic Study of Corynebacterium diphtheriae That Provides Insights into the Genomic Diversity of Pathogenic Isolates from Cases of Classical Diphtheria, Endocarditis, and Pneumonia Journal of bacteriology,194:(12): 3199-3215.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490949
Zschuttig, A.; Zimmermann, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Pohlmann, C.; Gunzer, F. (2012): Identification and Characterization of Microcin S, a New Antibacterial Peptide Produced by Probiotic Escherichia coli G3/10 PLoS ONE,7:(3): e33351.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709879
Doerr, D.; Hu, K.; Renly, S.; Edlund, S.; Davis, M. (2012): Accelerating investigation of food-borne disease outbreaks using pro-active geospatial modeling of food supply chains HealthGIS '12: Proceedings of the First ACM SIGSPATIAL International Workshop on Use of GIS in Public Health, 44-47.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2527519
Ruijter, J. M.; Pfaffl, M. W.; Zhao, S.; Spiess, A. N.; Boggy, G.; Blom, J.; Rutledge, R. G.; Sisti, D.; Lievens, A.; De Preter, K.; Derveaux, S.; Hellemans, J.; Vandesompele, J. (2012): Evaluation of qPCR curve analysis methods for reliable biomarker discovery: Bias, resolution, precision, and implications Methods. A companion to methods in enzymology (San Diego, Calif.),59:(1): 32-46.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553484
Marschall, T.; Herms, I.; Kaltenbach, H. - M.; Rahmann, S. (2012): Probabilistic Arithmetic Automata and Their Applications Ieee/Acm Transactions On Computational Biology And Bioinformatics,9:(6): 1737-1750.
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2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2468026
Gerlach, W. (2012): Taxonomic classification of metagenomic sequences. Bielefeld: Universität.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300
Manuch, J.; Patterson, M.; Wittler, R.; Chauve, C.; Tannier, E. (2012): Linearization of ancestral multichromosomal genomes BMC Bioinformatics,13:(Proc. of RECOMB-CG 2012)
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659289
Canavez, F. C.; Luche, D. D.; Stothard, P.; Leite, K. R. M.; Sousa-Canavez, J. M.; Plastow, G.; Meidanis, J.; Souza, M. A.; Feijão, P.; Moore, S. S.; Camara-Lopes, L. H. (2012): Genome Sequence and Assembly of Bos indicus Journal of Heredity,103:(3): 342-348.
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2012 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659385
Mira, C.; Feijão, P.; Souza, M. A.; Moura, A.; Meidanis, J.; Lima, G.; Schmitz, R.; Bossolan, R. P.; Freitas, I. T. (2012): A GRASP-based Heuristic for the Project Portfolio Selection Problem. In: 2012 IEEE 15th International Conference on Computational Science and Engineering. S. 36-41.
PUB | DOI | WoS
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553455
De Maayer, P.; Chan, W. - Y.; Blom, J.; Venter, S. N.; Duffy, B.; Smits, T. H. M.; Coutinho, T. A. (2012): The large universal Pantoea plasmid LPP-1 plays a major role in biological and ecological diversification Bmc Genomics,13:(1): 625.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060
Schwientek, P.; Szczepanowski, R.; Rückert, C.; Kalinowski, J.; Klein, A.; Selber, K.; Wehmeier, U. F.; Stoye, J.; Pühler, A. (2012): The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 BMC Genomics,13:(1):112
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659280
Biller, P.; Feijão, P.; Meidanis, J. (2012): Rearrangement-Based Phylogeny Using the Single-Cut-or-Join Operation. IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics,10:(1): 122-134.
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2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510416
Juha Kärkkäinen; Jens Stoye (Hrsg.) (2012): Combinatorial Pattern Matching, In: Juha Kärkkäinen; Jens Stoye (Hrsg.), Lecture Notes in Computer Science,7354
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2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382
Hoffmann, N.; Stoye, J. (2012): Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics. In: Ute Roessner (Hrsg.): Metabolomics. InTech. S. 73-98.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker, R.; Sickinger, C.; Pedersen, C. N. S.; Stoye, J. (2012): UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ Bioinformatics,28:(19): 2509-2511.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2542210
Parreira, V. R.; Costa, M.; Eikmeyer, F. G.; Blom, J.; Prescott, J. F. (2012): Sequence of Two Plasmids from Clostridium perfringens Chicken Necrotic Enteritis Isolates and Comparison with C. perfringens Conjugative Plasmids PLoS ONE,7:(11): e49753.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2533144
Zakrzewski, M. (2012): Development of computational methods for the analysis of metagenome and metatranscriptome data. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2493233
Burcsi, P.; Cicalese, F.; Fici, G.; Lipták, Z. (2012): ALGORITHMS FOR JUMBLED PATTERN MATCHING IN STRINGS International Journal of Foundations of Computer Science,23:(02): 357-374.
PUB | DOI | WoS | arXiv
 
2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2517237
Bunkowski, A. (2012): MCC-IMS data analysis using automated spectra processing and explorative visualisation methods. Bielefeld: Bielefeld University.
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2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2484427
Schwientek, P. (2012): Genomics and transcriptomics of the industrial acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526281
Zischka, M.; Kuenne, C.; Blom, J.; Dabrowski, P. W.; Linke, B.; Hain, T.; Nitsche, A.; Goesmann, A.; Larsen, J.; Jensen, L. B.; Witte, W.; Werner, G. (2012): Complete Genome Sequence of the Porcine Isolate Enterococcus faecalis D32 Journal of Bacteriology,194:(19): 5490-5491.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526298
Maus, I.; Wibberg, D.; Stantscheff, R.; Eikmeyer, F. G.; Seffner, A.; Boelter, J.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Jaenicke, S.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Complete Genome Sequence of the Hydrogenotrophic, Methanogenic Archaeon Methanoculleus bourgensis Strain MS2T, Isolated from a Sewage Sludge Digester Journal of Bacteriology,194:(19): 5487-5488.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526933
Dohrmann, A. B.; Küting, M.; Jünemann, S.; Jaenicke, S.; Schlüter, A.; Tebbe, C. C. (2012): Importance of rare taxa for bacterial diversity in the rhizosphere of Bt- and conventional maize varieties The ISME journal,7:(1): 37-49.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann, S.; Prior, K.; Szczepanowski, R.; Harks, I.; Ehmke, B.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2012): Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing PLoS ONE,7:(8): e41606.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501312
Gorzolka, K.; Lissel, M.; Kessler, N.; Loch-Ahring, S.; Niehaus, K. (2012): Metabolite fingerprinting of barley whole seeds, endosperms, and embryos during industrial malting Journal of Biotechnology,159:(3): 177-187.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490286
Vogel, U.; Szczepanowski, R.; Claus, H.; Jünemann, S.; Prior, K.; Harmsen, D. (2012): Ion Torrent PGM sequencing for genomic typing of Neisseria meningitidis for rapid determination of multiple layers of typing information Journal of clinical microbiology,50:(6): 1889-1894.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396558
Dias Vieira Braga, M.; Machado, R.; Ribeiro, L. C.; Stoye, J. (2011): On the weight of indels in genomic distances BMC Bioinformatics,12:(Suppl 9: RECOMB-CG 2011):S13
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396509
Dias Vieira Braga, M.; Machado, R.; Ribeiro, L. C.; Stoye, J. (2011): Genomic distance under gene substitutions BMC Bioinformatics,12:(Suppl 9: Proc. of RECOMB-CG 2011):S8
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794
Dias Vieira Braga, M.; Willing, E.; Stoye, J. (2011): Double Cut and Join with Insertions and Deletions Journal of Computational Biology,18:(9): 1167-1184.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790
Kovac, J.; Warren, R.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2011): Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation Journal of Computational Biology,18:(9): 1231-1241.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354746
Schwientek, P.; Szczepanowski, R.; Rückert, C.; Stoye, J.; Pühler, A. (2011): Sequencing of high G + C microbial genomes using the ultrafast pyrosequencing technology Journal of Biotechnology,155:(1): 68-77.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375634
Pothier, J. F.; Vorhölter, F. - J.; Blom, J.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Smits, T. H.; Duffy, B. (2011): The ubiquitous plasmid pXap41 in the invasive phytopathogen Xanthomonas arboricola pv. pruni: complete sequence and comparative genomic analysis FEMS Microbiology Letters,323:(1): 52-60.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2404767
Niu, B.; Rückert, C.; Blom, J.; Wang, Q.; Borriss, R. (2011): The Genome of the Plant Growth-Promoting Rhizobacterium Paenibacillus polymyxa M-1 Contains Nine Sites Dedicated to Nonribosomal Synthesis of Lipopeptides and Polyketides. Journal of Bacteriology,193:(20): 5862-5863.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354731
Wibberg, D.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Kollin, F.; Rupp, O.; Scharf, B.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Setubal, J. C.; Schmitt, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2011): Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid Journal of Biotechnology,155:(1): 50-62.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659339
Feijão, P.; Meidanis, J. (2011): SCJ: A Breakpoint-Like Distance that Simplifies Several Rearrangement Problems IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,8:(5): 1318-1329.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326511
Rückert, C.; Blom, J.; Chen, X. H.; Reva, O.; Borriss, R. (2011): Genome sequence of B. amyloliquefaciens type strain DSM7(T) reveals differences to plant-associated B. amyloliquefaciens FZB42 Journal of Biotechnology,155:(1): 78-85.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2373808
Herold, J.; Loyek, C.; Nattkemper, T. W. (2011): Multivariate Image Mining Wiley Interdisciplinary Reviews: DATA MINING AND KNOWLEDGE DISCOVERY,1:(1): 2-13.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659373
Mira, C.; Feijão, P.; Duque-Estrada, T.; Meidanis, J.; Joly, C. A. (2011): The SinBiota 2.0 Biodiversity Information System. In: 2011 IEEE Seventh International Conference on eScience. S. 142-149.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2401639
Fici, G.; Lipták, Z. (2011): On prefix normal words. In: Giancarlo Mauri; Alberto Leporati (Hrsg.): Development in Language Theory. 15th International Conference (DLT 2011). Proceedings. Berlin ; Heidelberg: Springer. (Lecture Notes in Computer Science, 6795). S. 228-238.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2401665
Hazelhurst, S.; Lipták, Z. (2011): KABOOM! A new suffix-array based algorithm for clustering expression data Bioinformatics,27:(24): 3348-3355.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375954
Borriss, R.; Chen, X. - H.; Rückert, C.; Blom, J.; Becker, A.; Baumgarth, B.; Fan, B.; Pukall, R.; Schumann, P.; Sproer, C.; Junge, H.; Vater, J.; Pühler, A.; Klenk, H. - P. (2011): Relationship of Bacillus amyloliquefaciens clades associated with strains DSM 7T and FZB42T: a proposal for Bacillus amyloliquefaciens subsp. amyloliquefaciens subsp. nov. and Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum subsp. nov. based on complete genome sequence comparisons Int J Syst Evol Microbiol,61:(8): 1786-1801.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2472468
Llop, P.; Cabrefiga, J.; Smits, T. H. M.; Dreo, T.; Barbé, S.; Pulawska, J.; Bultreys, A.; Blom, J.; Duffy, B.; Montesinos, E.; Lopez, M. M. (2011): Erwinia amylovora novel plasmid pEI70: Complete sequence, biogeography, and role in aggressiveness in the fire blight phytopathogen PLoS one,6:(12): e28651.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2423955
Cicalese, F.; Erdős, P. L. P.; Lipták, Z. (2011): Efficient Reconstruction of RC-Equivalent Strings. In: Proc. WOCA. (6460). S. 349-362.
PUB | DOI
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326445
Schneider, J.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Linke, B.; Brinkrolf, K.; Neuweger, H.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2011): RAPYD - Rapid Annotation Platform for Yeast Data Journal of Biotechnology,155:(1): 118-126.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2307104
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Blom, J.; Goesmann, A.; Ishimaru, C. A.; Frey, J. E.; Stockwell, V. O.; Duffy, B. (2011): Metabolic Versatility and Antibacterial Metabolite Biosynthesis Are Distinguishing Genomic Features of the Fire Blight Antagonist Pantoea vagans C9-1 PLoS ONE,6:(7): e22247.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2448409
Imperi, F.; Antunes, L.; Blom, J.; Villa, L.; Iacono, M.; Visca, P.; Carattoli, A. (2011): The genomics of Acinetobacter baumannii: Insights into genome plasticity, antimicrobial resistance and pathogenicity IUBMB life,63:(12): 1068-1074.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326455
Krol, E.; Blom, J.; Winnebald, J.; Berhoerster, A.; Barnett, M. J.; Goesmann, A.; Baumbach, J.; Becker, A. (2011): RhizoRegNet-A database of rhizobial transcription factors and regulatory networks Journal of Biotechnology,155:(1): 127-134.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326518
Szczepanowski, R.; Eikmeyer, F. G.; Harfmann, J.; Blom, J.; Rogers, L. M.; Top, E. M.; Schlüter, A. (2011): Sequencing and comparative analysis of IncP-1 alpha antibiotic resistance plasmids reveal a highly conserved backbone and differences within accessory regions Journal of Biotechnology,155:(1): 95-103.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973
Wittler, R.; Chauve, C. (2011): Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes BMC Bioinformatics,12:(Suppl. 9): S21.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2425344
Cicalese, F.; Erdős, P. L. P.; Lipták, Z. (2011): Efficient Reconstruction of RC-Equivalent Strings. In: Combinatorial Algorithms : 21st International Workshop, IWOCA 2010, London, UK, July 26-28, 2010, Revised Selected Papers. Berlin, Heidelberg: Springer. (Lecture Notes in Computer Science, 6460). S. 349-362.
PUB | DOI
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290032
Joseph, B.; Schwarz, R. F.; Linke, B.; Blom, J.; Becker, A.; Claus, H.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Mueller, T.; Vogel, U.; Schoen, C. (2011): Virulence Evolution of the Human Pathogen Neisseria meningitidis by Recombination in the Core and Accessory Genome PLoS ONE,6:(4): e18441.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093389
Schoen, C.; Weber-Lehmann, J.; Blom, J.; Joseph, B.; Goesmann, A.; Strittmatter, A.; Frosch, M. (2011): Whole-Genome Sequence of the Transformable Neisseria meningitidis Serogroup A Strain WUE2594 Journal of Bacteriology,193:(8): 2064-2065.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289887
Hinse, D.; Vollmer, T.; Rückert, C.; Blom, J.; Kalinowski, J.; Knabbe, C.; Dreier, J. (2011): Complete Genome Analysis of Streptococcus gallolyticus subsp gallolyticus, an Emerging Pathogen of Infective Endocarditis Clinical Chemistry and Laboratory Medicine,49: S837.
PUB | WoS
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom, J.; Jakobi, T.; Doppmeier, D.; Jaenicke, S.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2011): Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming Bioinformatics,27:(10): 1351-1358.
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2011 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2324501
Husemann, P.; Tauch, A. (2011): Bioinformatic approaches for genome finishing. Bielefeld: Universitätsbibliothek Bielefeld.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2425310
Wolfsheimer, S.; Herms, I.; Rahmann, S.; Hartmann, A. K. (2011): Accurate statistics for local sequence alignment with position-dependent scoring by rare-event sampling BMC Bioinformatics,12:(1): 47-2105.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310613
Chauve, C.; Maňuch, J.; Patterson, M.; Wittler, R. (2011): Tractability results for the Consecutive-Ones Property with multiplicity. In: Proceedings of CPM 2011. (6661). S. 90-103.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289928
Kant, R.; Blom, J.; Palva, A.; Siezen, R. J.; de Vos, W. M. (2011): Comparative genomics of Lactobacillus Microbial Biotechnology,4:(3): 323-332.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2492807
Schuster, F. R.; Hubner, B.; Führer, M.; Eckermann, O.; Gombert, M.; Dornmair, K.; Binder, V.; Reuther, S.; Krell, P.; Keller, T.; Borkhardt, A. (2011): Highly skewed T-cell receptor V-beta chain repertoire in the bone marrow is associated with response to immunosuppressive drug therapy in children with very severe aplastic anemia Blood Cancer Journal,1:(3): e8.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892
Schneiker-Bekel, S.; Wibberg, D.; Bekel, T.; Blom, J.; Linke, B.; Neuweger, H.; Stiens, M.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (In Press): The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome Journal of Biotechnology,155:(1): 20-33.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918550
Heber, S.; Mayr, R.; Stoye, J. (2011): Common Intervals of Multiple Permutations Algorithmica,60:(2): 175-206.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2036058
Margaret, I.; Becker, A.; Blom, J.; Bonilla, I.; Goesmann, A.; Göttfert, M.; Lloret, J.; Mittard-Runte, V.; Rückert, C.; Ruiz-Sainz, J. - E.; Vinardell, J. M.; Weidner, S. (2011): Symbiotic properties and first analyses of the genomic sequence of the fast growing model strain Sinorhizobium fredii HH103 nodulating soybean Journal of Biotechnology,155:(1): 11-19.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2087955
Hackl, M.; Jakobi, T.; Blom, J.; Doppmeier, D.; Brinkrolf, K.; Szczepanowski, R.; Bernhart, S. H.; Höner zu Siederdissen, C.; Bort, J. A. H.; Wieser, M.; Kunert, R.; Jeffs, S.; Hofacker, I. L.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Borth, N.; Grillari, J. (2011): Next-generation sequencing of the Chinese hamster ovary microRNA transcriptome: Identification, annotation and profiling of microRNAs as targets for cellular engineering Journal of Biotechnology,153:(1-2): 62-75.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2298170
Gerlach, W.; Stoye, J. (2011): Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. Nucleic Acids Res,39:(14): e91.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003418
Powney, R.; Smits, T. H. M.; Sawbridge, T.; Frey, B.; Blom, J.; Frey, J. E.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J.; Duffy, B.; Rodoni, B. (2011): Genome Sequence of an Erwinia amylovora Strain with Pathogenicity Restricted to Rubus Plants Journal of Bacteriology,193:(3): 785-786.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897974
Erdős, P. L.; Soukup, L.; Stoye, J. (2011): Balanced Vertices in Trees and a Simpler Algorithm to Compute the Genomic Distance Applied Mathematics Letters,24:(1): 82-86.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787
Wittler, R.; Maňuch, J.; Patterson, M.; Stoye, J. (2011): Consistency of Sequence-Based Gene Clusters Journal of Computational Biology,18:(9): 1023-1039.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093398
Brankatschk, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Duffy, B. (2011): Genome of a European Fresh-Vegetable Food Safety Outbreak Strain of Salmonella enterica subsp enterica Serovar Weltevreden Journal of Bacteriology,193:(8): 2066.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091779
Hufsky, F.; Kuchenbecker, L.; Jahn, K.; Stoye, J.; Böcker, S. (2011): Swiftly Computing Center Strings BMC Bioinformatics,12:(1): 106.
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2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301939
Wittler, R. (2010): Phylogeny-based analysis of gene clusters. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907492
Bergeron, A.; Mixtacki, J.; Stoye, J. (2010): A New Linear Time Algorithm to Compute the Genomic Distance Via the Double Cut and Join Distance. In: Alberto Apostolico; Andreas Dress; Laxmi Parida (Hrsg.): Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Germany. (Dagstuhl Seminar Proceedings, 10231).
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2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2303705
Jahn, K. (2010): Approximate common intervals based gene cluster models. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301975
Wittkop, T. (2010): Clustering biological data by unraveling hidden transitive substructures. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308298
Bunkowski, A.; Maddula, S.; Davies, A. N.; Westhoff, M.; Litterst, P.; Bödeker, B.; Baumbach, J. I. (2010): One-year time series of investigations of analytes within human breath using ion mobility spectrometry Int. J. Ion Mobility Spectrometry,13:(3-4): 141-148.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2425329
Bunkowski, A. (2010): Software tool for coupling chromatographic total ion current dependencies of GC/MSD and MCC/IMS Int. J. Ion Mobil. Spectrom.,13:(3-4): 169-175.
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2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2445157
Bergeron, A.; Mixtacki, J.; Stoye, J. (2010): Computing the Genomic Distance in Linear Time. In: Alberto Apostolico; Andreas Dress; Laxmi Parida (Hrsg.): Dagstuhl Seminar Proceedings: 10231 Abstracts Collection : Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. (10231). S. 18.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929692
Schneider, J.; Vorhölter, F. - J.; Trost, E.; Blom, J.; Musa, Y. R.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Schatschneider, S.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2010): CARMEN - Comparative Analysis and in silico Reconstruction of organism-specific MEtabolic Networks Genetics and Molecular Research,9:(3): 1660-1672.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2425332
Burcsi, P.; Cicalese, F.; Fici, G.; Lipták, Z. (2010): On Table Arrangements, Scrabble Freaks, and Jumbled Pattern Matching. In: Paolo Boldi (Hrsg.): Fun with Algorithms: 5th International Conference, FUN 2010, Ischia, Italy, June 2-4, 2010. Proceedings. Berlin, Heidelberg: Springer. (Lecture Notes in Computer Science, 6099). S. 89-101.
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