Please note that PUB no longer supports Internet Explorer versions 8 or 9 (or earlier).

We recommend upgrading to the latest Internet Explorer, Google Chrome, or Firefox.

410 Publikationen

2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111
New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies
Kowada LAB, Doerr D, Dantas S, Stoye J (2016)
In: Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016. Singh M (Ed); Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI), 9649. Springer: 204-224.
PUB | DOI
 
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901740
The SCJ small parsimony problem for weighted gene adjacencies
Luhmann N, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C (2016)
In: Proceedings 12th International Symposium, ISBRA 2016. Lecture Notes in Computer Science, 9683. Springer International Publishing: 200-210.
PUB | DOI | Download (ext.) | arXiv
 
2016 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912258
Genfamilienfreier Genomvergleich
Hölldobler S (Ed) (2016)
LNI D-16: 91-100.
PUB | Download (ext.)
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911748
Complete Genome Sequence ofAcinetobacter baumanniiCIP 70.10, a Susceptible Reference Strain for Comparative Genome Analyses
Krahn T, Wibberg D, Maus I, Winkler A, Pühler A, Poirel L, Schlüter A (2015)
Genome Announcements 3(4): e00850-15.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
Sorting linear genomes with rearrangements and indels
Dias Vieira Braga M, Stoye J (2015)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 12(3): 500-506.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366
On the family-free DCJ distance and similarity
Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2015)
Algorithms for Molecular Biology 10: 13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2715682
Maui-VIA: a user-friendly software for visual identification, alignment, correction, and quantification of gas chromatography–mass spectrometry data
Henning P, Kuich JL, Hoffmann N, Stefan K (2015)
Frontiers in Bioengineering and Biotechnology 2(84).
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2766708
Next-generation-sequencing of recurrent childhood high hyperdiploid acute lymphoblastic leukemia reveals mutations typically associated with high risk patients
Chen C, Bartenhagen C, Gombert M, Okpanyi V, Binder V, Röttgers S, Bradtke J, Teigler-Schlegel A, Harbott J, Ginzel S, Thiele R, et al. (2015)
Leukemia research.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612
Repeat- and error-aware comparison of deletions
Wittler R, Marschall T, Schönhuth A, Makinen V (2015)
Bioinformatics 31(18): 2947-2954.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage
Holley G, Wittler R, Stoye J (2015)
In: Proceedings of WABI 2015. LNBI, 9289. 217-230.
PUB
 
2015 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2786037 PUB | Dateien verfügbar
 
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780229 PUB | Download (ext.)
 
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780232 PUB | Download (ext.)
 
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684241
On the family-free DCJ distance
Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2014)
In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2014. Brown D, Morgenstern B (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 8701. Berlin ; Heidelberg: Springer Verlag: 174-186.
PUB | DOI
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033
Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings
Dörr D, Stoye J, Böcker S, Jahn K (2014)
BMC Genomics 15(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014): S2.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362
Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets
Lechner M, Hernandez-Rosales M, Dörr D, Wieseke N, Thévenin A, Stoye J, Hartmann RK, Prohaska SJ, Stadler PF (2014)
PLoS ONE 9(8): e105015.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers
Jünemann S, Prior K, Albersmeier A, Albaum S, Kalinowski J, Goesmann A, Stoye J, Harmsen D (2014)
PLOS ONE 9(9): e107014.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2723541
Bioinformatic methods for the analysis and comparison of metagenomes and metatranscriptomes
Ander C (2014)
Bielefeld: Universitätsbibliothek Bielefeld.
PUB | PDF
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences
Hilker R, Stadermann KB, Doppmeier D, Kalinowski J, Stoye J, Straube J, Winnebald J, Goesmann A (2014)
Bioinformatics 30(16): 2247-2254.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038
Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts
Schwientek P, Neshat A, Kalinowski J, Klein A, Rückert C, Schneiker-Bekel S, Wendler S, Stoye J, Pühler A (2014)
Journal of Biotechnology 190: 85-95.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988
Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing
Jakobi T, Brinkrolf K, Tauch A, Noll T, Stoye J, Pühler A, Goesmann A (2014)
Journal of Biotechnology 190: 64-75.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R (2014)
In: Proc. of BSB 2014. Sérgio C (Ed); LNBI, 8826. Springer Verlag: 135-143.
PUB | DOI
 
2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2677466
Computational methods for high-throughput metabolomics
Hoffmann N (2014)
Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2014 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693552
Suffix Tree Construction
Stoye J (2014)
In: Encyclopedia of Algorithms. Kao M-Y (Ed); Springer Verlag.
PUB | DOI
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2691246
Genomic Inverse PCR for Exploration of Ligated Breakpoints (GIPFEL), a New Method to Detect Translocations in Leukemia
Fueller E, Schaefer D, Fischer U, Krell P, Stanulla M, Borkhardt A, Slany RK (2014)
PloS one 9(8): 104419.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry
Hoffmann N, Wilhelm M, Doebbe A, Niehaus K, Stoye J (2014)
Bioinformatics 30(7): 988-995.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693409
Metatranskriptomik der Mikrobiota aus der menschlichen Achselhöhle
Fredrich E, Ander C, Stoye J, Brune I, Tauch A (2014)
BIOspektrum 20(5): 294-296.
PUB | DOI
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2691732
Carbohydrate-active enzymes identified by metagenomic analysis of deep-sea sediment bacteria
Klippel B, Sahm K, Basner A, Wiebusch S, John P, Lorenz U, Peters A, Abe F, Takahashi K, Kaiser O, Goesmann A, et al. (2014)
Extremophiles 18(5): 853-863.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2691279
A New Workflow for Whole-Genome Sequencing of Single Human Cells
Binder V, Bartenhagen C, Okpanyi V, Gombert M, Moehlendick B, Behrens B, Klein H-U, Rieder H, Krell P, Dugas M, Stoecklein NH, et al. (2014)
Human mutation.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2673418 PUB | PDF
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma
Henrich B, Rumming M, Sczyrba A, Velleuer E, Dietrich R, Gerlach W, Gombert M, Rahn S, Stoye J, Borkhardt A, Fischer U (2014)
PLoS ONE 9(3): e92297.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611641
Restricted DCJ-Indel Model Revisited
Dias Vieira Braga M, Stoye J (2013)
In: Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2013. Setubal JC, Almeida NF (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 8213. Cham: Springer Verlag: 36-46.
PUB | DOI
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611630
On the Inversion-Indel Distance
Willing E, Zaccaria S, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2013)
BMC Bioinformatics 14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
The Potential of Family-Free Genome Comparison
Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, Jahn K, Stoye J, Thévenin A, Wittler R (2013)
In: Models and Algorithms for Genome Evolution. Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E (Eds); Computational Biology Series, 19. Springer Verlag: 287-307.
PUB | DOI
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences
Ander C, Schulz-Trieglaff OB, Stoye J, Cox AJ (2013)
BMC Bioinformatics 14(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013): S2.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2555342
Genome sequence of the plant growth promoting strain Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum B9601-Y2 and expression of mersacidin and other secondary metabolites
He P, Hao K, Blom J, Rückert C, Vater J, Mao Z, Wu Y, Hou M, He P, He Y, Borriss R (2013)
Journal of biotechnology 164(2): 281-291.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison
Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, Albersmeier A, John U, Kalinowski J, Mellmann A, Goesmann A, von Haeseler A, Stoye J, Harmsen D (2013)
Nature biotechnology 31(12): 1148.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2492825
In vitro-induced response patterns of antileukemic T cells: characterization by spectratyping and immunophenotyping
Reuther S, Schmetzer H, Schuster FR, Krell P, Grabrucker C, Liepert A, Kroell T, Kolb H-J, Borkhardt A, Buhmann R (2013)
Clinical and Experimental Medicine 13(1): 29-48.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643
The Genesis of the DCJ Formula
Bergeron A, Stoye J (2013)
In: Models and Algorithms for Genome Evolution. Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E (Eds); Computational Biology Series, 19. Springer Verlag: 63-81.
PUB | DOI
 
2013 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2604883
Comparative genomics on gene and single nucleotide level
Blom J (2013)
Bielefeld: Universitätsbibliothek.
PUB | PDF
 
2013 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2594322 PUB | PDF
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361
Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis
Krell P, Reuther S, Fischer U, Keller T, Weber S, Gombert M, Schuster FR, Asang C, Stepensky P, Strahm B, Meisel R, et al. (2013)
Haematologica 98(9): 1388-1396.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323
Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3
Gerlach W, Stoye J (2013)
In: Encyclopedia of Metagenomics. Nelson KE (Ed); Springer Verlag.
PUB | DOI
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Updating benchtop sequencing performance comparison
Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, Albersmeier A, John U, Kalinowski J, Mellmann A, Goesmann A, von Haeseler A, Stoye J, Harmsen D (2013)
Nature Biotechnology 31(4): 294-296.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2625914
Categorization of two-photon microscopy images of human cartilage into states of osteoarthritis
Bergmann T, Maeder U, Fiebich M, Dickob M, Nattkemper TW, Anselmetti D (2013)
Osteoarthritis And Cartilage 21(8): 1074-1082.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2616537
Algorithms in Bioinformatics
Darling A, Stoye J (Eds) (2013)
Lecture Notes in Bioinformatics 8126.
PUB | DOI
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Statistics for approximate gene clusters
Jahn K, Winter S, Stoye J, Böcker S (2013)
BMC Bioinformatics 14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S14.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media
Schwientek P, Wendler S, Neshat A, Eirich C, Rückert C, Klein A, Wehmeier UF, Kalinowski J, Stoye J, Pühler A (2013)
Journal of Biotechnology 167(2): 166-177.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548286
Draft whole genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344
Luque-Almagro VM, Acera F, Igeño MI, Wibberg D, Roldán MD, Sáez LP, Hennig M, Quesada A, Huertas MJ, Blom J, Merchán F, et al. (2013)
Environmental Microbiology 15(1): 253-270.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092
Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering
Wittler R (2013)
BMC Genomics 14(Suppl 1): S12.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529309
Changes in Root Bacterial Communities Associated to Two Different Development Stages of Canola (*Brassica napus* L. var oleifera) Evaluated through Next-Generation Sequencing
Bolzan de Campos S, Youn J-W, Farina R, Jaenicke S, Jünemann S, Szczepanowski R, Beneduzi A, Vargas LK, Wendisch VF, Passaglia L (2013)
Microbial Ecology 65(3): 593-601.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659331
Extending the Algebraic Formalism for Genome Rearrangements to Include Linear Chromosomes
Feijão P, Meidanis J (2013)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 10(4): 819-831.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets
Zakrzewski M, Bekel T, Ander C, Pühler A, Rupp O, Stoye J, Schlüter A, Goesmann A (2013)
Journal of Biotechnology 167(2): 156-165.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560353
Stochastic errors vs. modeling errors in distance based phylogenetic reconstructions
Dörr D, Gronau I, Moran S, Yavneh I (2012)
Algorithms for Molecular Biology 7(1): 22.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Gene family assignment-free comparative genomics
Dörr D, Thévenin A, Stoye J (2012)
BMC Bioinformatics 13(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498160
Complete genome sequence, lifestyle, and multi-drug resistance of the human pathogen Corynebacterium resistens DSM 45100 isolated from blood samples of a leukemia patient
Schröder J, Maus I, Meyer K, Wördemann S, Blom J, Jaenicke S, Schneider J, Trost E, Tauch A (2012)
BMC Genomics 13(1): 141.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets
Hoffmann N, Keck M, Neuweger H, Wilhelm M, Högy P, Niehaus K, Stoye J (2012)
BMC Bioinformatics 13(1): 21.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512644
Multiple genome comparison based on overlap regions of pairwise local alignments
Jahn K, Sudek H, Stoye J (2012)
BMC Bioinformatics 13(Suppl. 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S7.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513347
Pangenomic Study of Corynebacterium diphtheriae That Provides Insights into the Genomic Diversity of Pathogenic Isolates from Cases of Classical Diphtheria, Endocarditis, and Pneumonia
Trost E, Blom J, de Castro Soares S, Huang I-H, Al-Dilaimi A, Schröder J, Jaenicke S, Dorella FA, Rocha FS, Miyoshi A, Azevedo V, et al. (2012)
Journal of bacteriology 194(12): 3199-3215.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490949
Identification and Characterization of Microcin S, a New Antibacterial Peptide Produced by Probiotic Escherichia coli G3/10
Zschuttig A, Zimmermann K, Blom J, Goesmann A, Pohlmann C, Gunzer F (2012)
PLoS ONE 7(3): e33351.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709879
Accelerating investigation of food-borne disease outbreaks using pro-active geospatial modeling of food supply chains
Doerr D, Hu K, Renly S, Edlund S, Davis M (2012)
HealthGIS '12: Proceedings of the First ACM SIGSPATIAL International Workshop on Use of GIS in Public Health: 44-47.
PUB | Download (ext.)
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2527519
Evaluation of qPCR curve analysis methods for reliable biomarker discovery: Bias, resolution, precision, and implications
Ruijter JM, Pfaffl MW, Zhao S, Spiess AN, Boggy G, Blom J, Rutledge RG, Sisti D, Lievens A, De Preter K, Derveaux S, et al. (2012)
Methods. A companion to methods in enzymology (San Diego, Calif.) 59(1): 32-46.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553484
Probabilistic Arithmetic Automata and Their Applications
Marschall T, Herms I, Kaltenbach H-M, Rahmann S (2012)
Ieee/Acm Transactions On Computational Biology And Bioinformatics 9(6): 1737-1750.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2468026
Taxonomic classification of metagenomic sequences
Gerlach W (2012)
Bielefeld: Universität.
PUB | PDF
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300
Linearization of ancestral multichromosomal genomes
Manuch J, Patterson M, Wittler R, Chauve C, Tannier E (2012)
BMC Bioinformatics 13(Proc. of RECOMB-CG 2012).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659289
Genome Sequence and Assembly of Bos indicus
Canavez FC, Luche DD, Stothard P, Leite KRM, Sousa-Canavez JM, Plastow G, Meidanis J, Souza MA, Feijão P, Moore SS, Camara-Lopes LH (2012)
Journal of Heredity 103(3): 342-348.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659385
A GRASP-based Heuristic for the Project Portfolio Selection Problem
Mira C, Feijão P, Souza MA, Moura A, Meidanis J, Lima G, Schmitz R, Bossolan RP, Freitas IT (2012)
In: 2012 IEEE 15th International Conference on Computational Science and Engineering. 36-41.
PUB | DOI | WoS
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553455
The large universal Pantoea plasmid LPP-1 plays a major role in biological and ecological diversification
De Maayer P, Chan W-Y, Blom J, Venter SN, Duffy B, Smits THM, Coutinho TA (2012)
Bmc Genomics 13(1): 625.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060
The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110
Schwientek P, Szczepanowski R, Rückert C, Kalinowski J, Klein A, Selber K, Wehmeier UF, Stoye J, Pühler A (2012)
BMC Genomics 13(1): 112.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659280
Rearrangement-Based Phylogeny Using the Single-Cut-or-Join Operation.
Biller P, Feijão P, Meidanis J (2012)
IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics 10(1): 122-134.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510416
Combinatorial Pattern Matching
Kärkkäinen J, Stoye J (Eds) (2012)
Lecture Notes in Computer Science 7354.
PUB | DOI
 
2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382
Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics
Hoffmann N, Stoye J (2012)
In: Metabolomics. Roessner U (Ed); InTech: 73-98.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ
Hilker R, Sickinger C, Pedersen CNS, Stoye J (2012)
Bioinformatics 28(19): 2509-2511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2542210 PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2533144 PUB | PDF
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2493233
ALGORITHMS FOR JUMBLED PATTERN MATCHING IN STRINGS
Burcsi P, Cicalese F, Fici G, Lipták Z (2012)
International Journal of Foundations of Computer Science 23(02): 357-374.
PUB | DOI | WoS | arXiv
 
2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2484427 PUB | PDF
 
2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2517237 PUB | PDF
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526281
Complete Genome Sequence of the Porcine Isolate Enterococcus faecalis D32
Zischka M, Kuenne C, Blom J, Dabrowski PW, Linke B, Hain T, Nitsche A, Goesmann A, Larsen J, Jensen LB, Witte W, et al. (2012)
Journal of Bacteriology 194(19): 5490-5491.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526298
Complete Genome Sequence of the Hydrogenotrophic, Methanogenic Archaeon Methanoculleus bourgensis Strain MS2T, Isolated from a Sewage Sludge Digester
Maus I, Wibberg D, Stantscheff R, Eikmeyer FG, Seffner A, Boelter J, Szczepanowski R, Blom J, Jaenicke S, König H, Pühler A, et al. (2012)
Journal of Bacteriology 194(19): 5487-5488.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526933
Importance of rare taxa for bacterial diversity in the rhizosphere of Bt- and conventional maize varieties
Dohrmann AB, Küting M, Jünemann S, Jaenicke S, Schlüter A, Tebbe CC (2012)
The ISME journal 7(1): 37-49.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing
Jünemann S, Prior K, Szczepanowski R, Harks I, Ehmke B, Goesmann A, Stoye J, Harmsen D (2012)
PLoS ONE 7(8): e41606.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501312
Metabolite fingerprinting of barley whole seeds, endosperms, and embryos during industrial malting
Gorzolka K, Lissel M, Kessler N, Loch-Ahring S, Niehaus K (2012)
Journal of Biotechnology 159(3): 177-187.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490286
Ion Torrent PGM sequencing for genomic typing of Neisseria meningitidis for rapid determination of multiple layers of typing information
Vogel U, Szczepanowski R, Claus H, Jünemann S, Prior K, Harmsen D (2012)
Journal of clinical microbiology 50(6): 1889-1894.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396558
On the weight of indels in genomic distances
Dias Vieira Braga M, Machado R, Ribeiro LC, Stoye J (2011)
BMC Bioinformatics 12(Suppl 9: RECOMB-CG 2011): S13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396509
Genomic distance under gene substitutions
Dias Vieira Braga M, Machado R, Ribeiro LC, Stoye J (2011)
BMC Bioinformatics 12(Suppl 9: Proc. of RECOMB-CG 2011): S8.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794
Double Cut and Join with Insertions and Deletions
Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J (2011)
Journal of Computational Biology 18(9): 1167-1184.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790
Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation
Kovac J, Warren R, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2011)
Journal of Computational Biology 18(9): 1231-1241.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354746
Sequencing of high G + C microbial genomes using the ultrafast pyrosequencing technology
Schwientek P, Szczepanowski R, Rückert C, Stoye J, Pühler A (2011)
Journal of Biotechnology 155(1): 68-77.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375634
The ubiquitous plasmid pXap41 in the invasive phytopathogen Xanthomonas arboricola pv. pruni: complete sequence and comparative genomic analysis
Pothier JF, Vorhölter F-J, Blom J, Goesmann A, Pühler A, Smits TH, Duffy B (2011)
FEMS Microbiology Letters 323(1): 52-60.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2404767 PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354731
Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid
Wibberg D, Blom J, Jaenicke S, Kollin F, Rupp O, Scharf B, Schneiker-Bekel S, Szczepanowski R, Goesmann A, Setubal JC, Schmitt R, et al. (2011)
Journal of Biotechnology 155(1): 50-62.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659339
SCJ: A Breakpoint-Like Distance that Simplifies Several Rearrangement Problems
Feijão P, Meidanis J (2011)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 8(5): 1318-1329.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326511
Genome sequence of B. amyloliquefaciens type strain DSM7(T) reveals differences to plant-associated B. amyloliquefaciens FZB42
Rückert C, Blom J, Chen XH, Reva O, Borriss R (2011)
Journal of Biotechnology 155(1): 78-85.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2373808
Multivariate Image Mining
Herold J, Loyek C, Nattkemper TW (2011)
Wiley Interdisciplinary Reviews: DATA MINING AND KNOWLEDGE DISCOVERY 1(1): 2-13.
PUB | DOI | WoS
 
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659373
The SinBiota 2.0 Biodiversity Information System
Mira C, Feijão P, Duque-Estrada T, Meidanis J, Joly CA (2011)
In: 2011 IEEE Seventh International Conference on eScience. 142-149.
PUB | DOI
 
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2401639
On prefix normal words
Fici G, Lipták Z (2011)
In: Development in Language Theory. 15th International Conference (DLT 2011). Proceedings. Mauri G, Leporati A (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 6795. Berlin ; Heidelberg: Springer: 228-238.
PUB | DOI
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2401665
KABOOM! A new suffix-array based algorithm for clustering expression data
Hazelhurst S, Lipták Z (2011)
Bioinformatics 27(24): 3348-3355.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375954 PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2472468
Erwinia amylovora novel plasmid pEI70: Complete sequence, biogeography, and role in aggressiveness in the fire blight phytopathogen
Llop P, Cabrefiga J, Smits THM, Dreo T, Barbé S, Pulawska J, Bultreys A, Blom J, Duffy B, Montesinos E, Lopez MM (2011)
PLoS one 6(12): e28651.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

Filter und Suchbegriffe

department=66100

Suche

Publikationen filtern

Darstellung / Sortierung

Export / Einbettung