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414 Publikationen

2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773632
CoryneRegNet: An ontology-based data warehouse of corynebacterial transcription factors and regulatory networks
Baumbach J, Brinkrolf K, Czaja LF, Rahmann S, Tauch A (2006)
BMC Genomics 7(1): 24.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631957
Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment
Krause L, Diaz NN, Bartels D, Edwards RA, Pühler A, Rohwer F, Meyer F, Stoye J (2006)
BIOINFORMATICS 22(14): e281-e289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309191
Algorithmen für das Design von DNA-Microarrays
Rahmann S (2005)
In: Ausgezeichnete Informatikdissertationen 2004. Wagner D (Ed); Lecture Notes in Informatics, 5. Bonn: Ges. für Informatik : 145-154.
PUB
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773695
T-Reg Comparator: an analysis tool for the comparison of position weight matrices
Röpcke S, Grossmann S, Rahmann S, Vingron M (2005)
Nucleic Acids Research 33(Web Server): W438-W441.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2302056 PUB | Datei
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601941
AUDENS: A tool for automated peptide de novo sequencing
Grossmann J, Roos FF, Cieliebak M, Lipták Z, Mathis LK, Müller M, Gruissem W, Baginsky S (2005)
Journal of Proteome Research 4(5): 1768-1774.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603101
Optimal group testing strategies with interval queries and their application to splice site detection
Cicalese F, Damaschke P, Vaccaro U (2005)
In: Computational Science – ICCS 2005. 5th International Conference, Atlanta, GA, USA, May 22-25, 2005. Proceedings, Part II. Sunderam VS, van Albada GD, Sloot PMA, Dongarra JJ (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 3515. Berlin: Springer: 1029-1037.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601085
An optimal algorithm for querying priced information: Monotone Boolean functions and game trees
Cicalese F, Laber ES (2005)
In: Algorithms – ESA 2005. 13th Annual European Symposium, Palma de Mallorca, Spain, October 3-6, 2005. Proceedings. Stølting Brodal G, Leonardi S (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 3669. Berlin: Springer: 664-676.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308882
Q-ary Ulam-Rényi game with constrained lies
Cicalese F, Deppe C (2005)
Electronic Notes in Discrete Mathematics 21: 255-261.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374546
A hyperbolic topographic mapping for proximity data
Saalbach A, Twellmann T, Nattkemper TW, Wismüller A, Ontrup J, Ritter H (2005)
In: Proc. of the IASTED International Conference of Artificial Intelligence and Applications., 2005. 106-111.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374666
An Adaptive Colour Scale for Comparison of Pseudo Colouring Techniques for DCE-MRI Data
Twellmann T, Lichte O, Saalbach A, Wismüller A, Nattkemper TW (2005)
Presented at the Workshop für Bildverarbeiteung für die Medzin.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500567
Succinct Suffix Arrays based on Run-Length Encoding
Mäkinen V, Navarro G (2005)
In: Proc. 16th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2005)., 3537. 45-56.
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374187
Image fusion based on topographic mappings using the hyperbolic space
Saalbach A, Ontrup J, Ritter H, Nattkemper TW (2005)
Information Visualization 4(4): 266-275.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500564
Peak Alignment using Restricted Edit Distances
Mäkinen V (2005)
In: Proc. 6th International Symposium on Computational Biology and Genome Informatics (CBGI 2005).
PUB
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970470
Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI)
Sammeth M, Stoye J (2005) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308909
A new strategy for querying priced information.
Cicalese F, Laber ES (2005)
In: Proc. 37th Annual ACM Symposium on Theory of Computing (STOC 2005). 674-683.
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2306287
Efficient algorithms for gene cluster detection in prokaryotic genomes
Schmidt T (2005)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308848
Searching for the Shortest Common Supersequence
Carvalho Jr. de S, Rahmann S (2005)
Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik.
PUB
 
2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308862
Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries
Cicalese F, Damaschke P, Tansini L, Werth S (2005)
Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308867
Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries
Cicalese F, Damaschke P, Tansini L, Werth S (2005)
In: Proc. 11th Annual International Conference on Computing and Combinatorics (COCOON 2005). Lecture Notes in Computer Science, 3595. 935-944.
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308944
Multiplexed discovery of sequence polymorphisms using base-specific cleavage and MALDI-TOF MS
Ehrich M, Böcker S, Boom van den D (2005)
Nucleic Acids Res. 33(4): e38.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919012
An Incomplex Algorithm for Fast Suffix Array Construction
Schürmann K-B, Stoye J (2005)
In: Proc. of ALENEX/ANALCO 2005. 77-85.
PUB
 
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918824
Chapter 10: The Inversion Distance Problem
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2005)
In: Mathematics of Evolution and Phylogeny. Gascuel O (Ed); Oxford University Press: 262-290.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603220
On Sorting by Translocations
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2005)
In: Proc. of RECOMB 2005. LNBI, 3500. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 615-629.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168
Large scale hierarchical clustering of protein sequences
Krause A, Stoye J, Vingron M (2005)
BMC Bioinformatics 6(1): 15.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302
BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison
Bartels D, Kespohl S, Albaum S, Drüke T, Goesmann A, Herold J, Kaiser O, Pühler A, Pfeiffer F, Raddatz G, Stoye J, et al. (2005)
Bioinformatics 21(7): 853-859.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602793
Mass spectra alignments and their significance
Böcker S, Kaltenbach HM (2005)
In: COMBINATORIAL PATTERN MATCHING, PROCEEDINGS., 3537. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 429-441.
PUB | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918947
Informatische Methoden zur Protein-Identifikation
Böcker S, Stoye J (2005)
LaborPraxis 29(10): 24-26.
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301827
Integrated multiple sequence alignment
Sammeth M (2005)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601348
Protein Annotation by Secondary Structure Based Alignments (PASSTA)
Bannert C, Stoye J (2005)
In: Proc. of CompLife 2005. LNBI, 3695. Springer-Verlag: 79-90.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603216
Efficient q-Gram Filters for Finding All ε-Matches Over a Given Length
Rasmussen KR, Stoye J, Myers EW (2005)
In: Proc. of RECOMB 2005. LNBI, 3500. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 189-203.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601361
Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI)
Sammeth M, Weniger T, Harmsen D, Stoye J (2005)
In: Proc. of WABI 2005. LNBI, 3692. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 276-290.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919026
Counting Suffix Arrays and Strings
Schürmann K-B, Stoye J (2005)
In: Proc. of SPIRE 2005. LNCS, 3772. 55-66.
PUB | DOI
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970472
Counting Suffix Arrays and Strings
Schürmann K-B, Stoye J (2005) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309420 PUB
 
2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004
Giegerich R, Stoye J (Eds) (2004)
Lecture Notes in Informatics P-53.
PUB
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286
Suboptimal Local Alignments across Multiple Scoring Schemes
Michael M, Dieterich C, Stoye J (2004)
In: Proc. of WABI 2004. LNBI, 3240. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 99-110.
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260
Quadratic Time Algorithms for Finding Common Intervals in Two and More Sequences
Schmidt T, Stoye J (2004)
In: Proc. of CPM 2004. LNCS, 3109. 347-358.
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB (2004)
BMC Bioinformatics 5(1): 73.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560
Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings
Cieliebak M, Erlebach T, Lipták Z, Stoye J, Welzl E (2004)
Discrete Applied Mathematics 137(1): 27-46.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312
Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB (2004)
BMC Bioinformatics 5(1): 6.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569
Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string
Gusfield D, Stoye J (2004)
Journal of computer and system sciences 69(4): 525-546.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773761
Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta)
Müller T, Rahmann S, Dandekar T, Wolf M (2004)
BMC Evolutionary Biology 4(1): 20.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
Reversal Distance without Hurdles and Fortresses
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2004)
In: Proc. of CPM 2004. LNCS, 3109. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 388-399.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970475
Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory
Schürmann K-B, Stoye J (2003) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
The European Conference on Computational Biology
Heber S, Stoye J (2003)
Drug Discovery Today 8(3): 113-114.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik
Giegerich R, Stoye J (2003)
Forschung an der Universität Bielefeld 26: 63-68.
PUB
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data
Bannert C, Stoye J (2003)
In: Proc. of GCB 2003. 21-25.
PUB
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397
Efficient implementation of lazy suffix trees
Giegerich R, Kurtz S, Stoye J (2003)
SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE 33(11): 1035-1049.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403
Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints
Sammeth M, Morgenstern B, Stoye J (2003)
BIOINFORMATICS 19(Suppl 2): ii189-ii195.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison
Bergeron A, Stoye J (2003)
In: Proc. of COCOON 2003. LNCS, 2697. 68-79.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503
QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis
Sammeth M, Rothgänger J, Esser W, Albert J, Stoye J, Harmsen D (2003)
BIOINFORMATICS 19(12): 1592-1593.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970477
On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison
Bergeron A, Stoye J (2003) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2017545
Look & Listen: Sonification and Visualization of Multiparameter Micrographs
Nattkemper TW, Hermann T, Schubert W, Ritter H (2003)
In: Engineering in Medicine and Biology Society. Proceedings of the 25th Annual International Conference of the IEEE., 2. Cancun, Mexico: IEEE: 1311-1314.
PUB | PDF
 
2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees
Stoye J (2002)
In: Lecture Notes in Informatics. Schubert S, Reusch B, Jesse N (Eds); , P-20(Ergänzungsband). 67-67.
PUB
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings
Cieliebak M, Lipták Z, Welzl E, Erlebach T, Stoye J (2002)
In: Proc. of IFIP TCS 2002. 143-156.
PUB
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578
A novel approach to remote homology detection: jumping alignments
Spang R, Rehmsmeier M, Stoye J (2002)
Journal of Computational Biology 9(5): 747-760.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332
Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree
Stoye J, Gusfield D (2002)
Theoretical Computer Science 270(1-2): 843-856.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329
Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity
Bergeron A, Heber S, Stoye J (2002)
Bioinformatics 18(Suppl 2): S54-S63.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
Resampling Methods in Physical Mapping
Heber S, Stoye J, Frohme M, Hoheisel J, Vingron M (2002)
In: Proc. of GfKl 2000. 437-444.
PUB
 
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918992
Finding all Common Intervals of k Permutations
Heber S, Stoye J (2001)
In: Proc. of CPM 2001. LNCS, 2089. 207-218.
PUB | DOI
 
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1880197
Algorithms for Finding Gene Clusters
Heber S, Stoye J (2001)
In: Proc. of WABI 2001. LNCS, 2149. Berlin: Sppringer: 252-263.
PUB | DOI
 
2001 | Report | PUB-ID: 1970479
Algorithmic Complexity of Protein Identification: Combinatorics of Weighted Strings
Cieliebak M, Erlebach T, Lipták Z, Stoye J, Welzl E (2001) Technical Report.
ETH Zürich, Dept. of Computer Science.
PUB
 
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918981
Contig Selection in Physical Mapping
Heber S, Stoye J, Hoheisel J, Vingron M (2000)
In: Proc. of RECOMB 2000. 155-164.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2000 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918817
Finding Maximal Pairs with Bounded Gap
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J (2000)
In: Matching Patterns (Journal of Discrete Algorithms). Crochemore M, Gąsieniec L (Eds); 77-104.
PUB
 
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773345
The SYSTERS protein sequence cluster set
Krause A, Stoye J, Vingron M (2000)
Nucleic Acids Research 28(1): 270-272.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773572
Contig selection in physical mapping
Heber S, Stoye J, Frohme M, Hoheisel J, Vingron M (2000)
Journal of Computational Biology 7(3-4): 395-408.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918985
Sequence Database Search Using Jumping Alignments
Spang R, Rehmsmeier M, Stoye J (2000)
In: Proc. of ISMB 2000. 367-375.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
2000 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918813
Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2000
Bornberg-Bauer E, Rost U, Stoye J, Vingron M (Eds) (2000)
Berlin: Logos Verlag.
PUB
 
1999 | Report | PUB-ID: 1970509
Finding Maximal Pairs with Bounded Gap
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J (1999) Report.
BRICS, Department of Computer Science, University of Aarhus.
PUB
 
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918971
Finding Maximal Pairs with Bounded Gap
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J (1999)
In: Proc. of CPM 1999. LNCS, 1645. 134-149.
PUB | DOI
 
1998 | Report | PUB-ID: 1970515
Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree
Stoye J, Gusfield D (1998) Report.
Department of Computer Science, University of California, Davis.
PUB
 
1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918964
Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree (Preliminary Version)
Stoye J, Gusfield D (1998)
In: Proc. of CPM 1998. LNCS, 1448. 140-152.
PUB | DOI
 
1998 | Report | PUB-ID: 1970513
Linear Time Algorithms for Finding and Representing all the Tandem Repeats in a String
Gusfield D, Stoye J (1998) Report.
Department of Computer Science, University of California, Davis.
PUB
 

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