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414 Publikationen

2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499125
Single-Crossover Dynamics: Finite versus Infinite Populations.
Baake E, Herms I (2007)
Bull. Math. Biol. 70(2): 603-624.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499132 PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499168
Improving the design of GeneChip arrays by combining placement and embedding
Carvalho Jr. de SA, Rahmann S (2007)
In: Computational Systems Bioformatics Conference. 417-427.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499442
Discovering biomarkers for myocardial infarction from SELDI-TOF spectra
Höner zu Siederdissen C, Ragg S, Rahmann S (2007)
In: Advances in Data Analysis. Proceedings of the 30th Annual Conference of the Gesellschaft für Klassifikation e.V. Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge Organization. Springer: 569-576.
PUB | DOI
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631047
Genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus Ankara, the ancestor of modified vaccinia virus Ankara
Meisinger-Henschel C, Schmidt M, Lukassen S, Linke B, Krause L, Konietzny S, Goesmann A, Howley P, Chaplin P, Suter M, Hausmann J (2007)
JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 88(12): 3249-3259.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918432
Character Sets of Strings
Didier G, Schmidt T, Stoye J, Tsur D (2007)
Journal of Discrete Algorithms 5(2): 330-340.
PUB | DOI
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783712 OA
SAMPI: protein identification with mass spectra alignments
Kaltenbach H-M, Wilke A, Böcker S (2007)
BMC Bioinformatics 8(1): 102.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754 OA
CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data
Neuweger H, Baumbach J, Albaum S, Bekel T, Dondrup M, Hüser AT, Kalinowski J, Oehm S, Pühler A, Rahmann S, Weile J, et al. (2007)
BMC Systems Biology 1(1): 55.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327
Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum
Schneiker-Bekel S, Perlova O, Kaiser O, Gerth K, Alici A, Altmeyer MO, Bartels D, Bekel T, Beyer S, Bode E, Bode HB, et al. (2007)
Nature Biotechnology 25(11): 1281-1289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902192
Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation
Välimäki N, Gerlach W, Dixit K, Mäkinen V (2007)
In: Proceedings of 6th Workshop on Experimental Algorithms (WEA'07). Springer-Verlag: 217-228.
PUB
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594917
Compressed suffix tree - a basis for genome-scale sequence analysis
Välimäki N, Gerlach W, Dixit K, Mäkinen V (2007)
BIOINFORMATICS 23(5): 629-630.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594020
CoryneRegNet 3.0 - An interactive systems biology platform for the analysis of gene regulatory networks in corynebacteria and Escherichia coli
Baumbach J, Wittkop T, Rademacher K, Rahmann S, Brinkrolf K, Tauch A (2007)
JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY 129(2): 279-289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2303359 OA
Suffix arrays in theory and practice
Schürmann K-B (2007)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1595253
An incomplex algorithm for fast suffix array construction
Schürmann K-B, Stoye J (2007)
SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE 37(3): 309-329.
PUB | DOI | WoS
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630749
A method for linking computed image features to histological semantics in neuropathology
Lessmann B, Nattkemper TW, Hans VH, Degenhard A (2007)
Journal of Biomedical Informatics 40(6): 631-641.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783345 OA
GISMO - gene identification using a support vector machine for ORF classification
Krause L, McHardy AC, Nattkemper TW, Pühler A, Stoye J, Meyer F (2007)
Nucleic Acids Research 35(2): 540-549.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018416
Breas
Nattkemper TW, Degenhard A, Twellmann T (2007)
In: Cancer Imaging - Lung and breast carcinomas. Hayat MA (Ed); , 1. Academic Press: 309-324.
PUB
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630781
Based Upon Repeat Pattern (BURP): an algorithm to characterize the long-term evolution of Staphylococcus aureus populations based on spa polymorphisms
Mellmann A, Weniger T, Berssenbrügge C, Rothgänger J, Sammeth M, Stoye J, Harmsen D (2007)
BMC MICROBIOLOGY 7(1): 98.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499677
On the Competitive Ratio of Evaluating Priced Functions
Cicalese F, Laber E (2006)
In: Proc. 17th Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA 2006). 944-953.
PUB
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596815
Integer linear programs for discovering approximate gene clusters
Rahmann S, Klau GW (2006)
In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2006. Bücher P, Moret BME (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 4175. Berlin: Springer: 298-309.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374232
Visual Exploration of Pathology Images by a Discrete Wavelet Transform Preprocessed Locally Linear Embedding.
Varini C, Lessmann B, Degenhard A, Hans VH, Nattkemper TW (2006)
In: Bildverarbeitung für die Medizin. Handels H, Ehrhardt J, Horsch A, Meinzer H-P, Tolxdorff T (Eds); Springer: 66-70.
PUB | Download (ext.)
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499511
Sequencing from Compomers: The Puzzle
Böcker S (2006)
Theor. Comput. Syst. 39(3): 455-471.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499624
Q-ary Ulam-Rényi game with constrained lies
Cicalese F, Deppe C (2006)
In: General Theory of Information Transfer and Combinatorics. Ahlswede R, Bäumer L, Cai N, Aydinian H, Blinovsky V, Deppe C, Masurian H (Eds); Lecture notes in computer science, 4123. Springer: 663-679.
PUB | DOI
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659363
AMiGA: the arthropodan mitochondrial genomes accessible database
Feijão P, Neiva LS, Azeredo-Espin AML d., Lessinger AC (2006)
Bioinformatics 22(7): 902-903.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374254
Content Based Image Retrieval for Dynamic Time Series Data
Lessmann B, Nattkemper TW, Huth J, Loyek C, Kessar P, Khazen M, Pointon L, Leach MO, Degenhard A (2006)
In: Proceedings of BVM. 61-65.
PUB
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374494
Peak intensity prediction for pmf mass spectra using support vector regression
Timm W, Böcker S, Twellmann T, Nattkemper TW (2006)
In: Proc. of the 7th International FLINS Conference on Applied Artificial Intelligence. 565-572.
PUB | DOI
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499499
CoryneRegNet 2: An integrative bioinformatics approach for reconstruction and comparison of transcriptional regulatory networks in prokaryotes
Baumbach J, Brinkrolf K, Wittkop T, Tauch A, Rahmann S (2006)
Journal of Integrative Bioinformatics 3(2): 24.
PUB | DOI
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902179 PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499664
A Note on Approximation of Uniform Distributions from Variable-to-Fixed Length Codes
Cicalese F, Gargano L, Vaccaro U (2006)
IEEE Transactions on Information Theory 52(8): 3772-3777.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499515
Decomposing metabolomic isotope patterns
Böcker S, Pervukhin A, Lipták Z, Letzel M (2006)
In: Proc. WABI., 4175. 12-23.
PUB | DOI
 
2006 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2305885 OA
Computational methods for splice site prediction
Taher L (2006)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499562
Improving the layout of oligonucleotide microarrays: Pivot Partitioning
Carvalho Jr. de SA, Rahmann S (2006)
In: Proc. 6th Workshop of Algorithms in Bioinformatics., 4175. 321-332.
PUB | DOI
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599943
Panta rhei (QAlign2): an open graphical environment for sequence analysis
Sammeth M, Griebel T, Tille F, Stoye J (2006)
BIOINFORMATICS 22(7): 889-890.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599570
Efficient q-gram filters for finding all epsilon-matches over a given length
Rasmussen KR, Stoye J, Myers EW (2006)
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 13(2): 296-308.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599574
On sorting by translocations
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2006)
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 13(2): 567-578.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596811
A Unifying View of Genome Rearrangements
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2006)
In: Proc. of WABI 2006. LNBI, 4175. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 163-173.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597213
Comparing tandem repeats with duplications and excisions of variable degree
Sammeth M, Stoye J (2006)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 3(4): 395-407.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597313
On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison
Bergeron A, Stoye J (2006)
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 13(7): 1340-1354.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918946
Index Structures in Biological Sequence Analysis: From Simplicity to Complexity and Back
Stoye J (2006)
Presented at the JOBIM 2006, Bordeaux, France.
PUB
 
2006 | Report | PUB-ID: 1970464 OA
On Common Intervals with Errors
Chauve C, Diekmann Y, Heber S, Mixtacki J, Rahmann S, Stoye J (2006) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773632 OA
CoryneRegNet: An ontology-based data warehouse of corynebacterial transcription factors and regulatory networks
Baumbach J, Brinkrolf K, Czaja LF, Rahmann S, Tauch A (2006)
BMC Genomics 7(1): 24.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631957
Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment
Krause L, Diaz NN, Bartels D, Edwards RA, Pühler A, Rohwer F, Meyer F, Stoye J (2006)
BIOINFORMATICS 22(14): e281-e289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309191
Algorithmen für das Design von DNA-Microarrays
Rahmann S (2005)
In: Ausgezeichnete Informatikdissertationen 2004. Wagner D (Ed); Lecture Notes in Informatics, 5. Bonn: Ges. für Informatik : 145-154.
PUB
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773695 OA
T-Reg Comparator: an analysis tool for the comparison of position weight matrices
Röpcke S, Grossmann S, Rahmann S, Vingron M (2005)
Nucleic Acids Research 33(Web Server): W438-W441.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2302056 OA PUB | Datei
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601941
AUDENS: A tool for automated peptide de novo sequencing
Grossmann J, Roos FF, Cieliebak M, Lipták Z, Mathis LK, Müller M, Gruissem W, Baginsky S (2005)
Journal of Proteome Research 4(5): 1768-1774.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603101
Optimal group testing strategies with interval queries and their application to splice site detection
Cicalese F, Damaschke P, Vaccaro U (2005)
In: Computational Science – ICCS 2005. 5th International Conference, Atlanta, GA, USA, May 22-25, 2005. Proceedings, Part II. Sunderam VS, van Albada GD, Sloot PMA, Dongarra JJ (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 3515. Berlin: Springer: 1029-1037.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601085
An optimal algorithm for querying priced information: Monotone Boolean functions and game trees
Cicalese F, Laber ES (2005)
In: Algorithms – ESA 2005. 13th Annual European Symposium, Palma de Mallorca, Spain, October 3-6, 2005. Proceedings. Stølting Brodal G, Leonardi S (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 3669. Berlin: Springer: 664-676.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308882
Q-ary Ulam-Rényi game with constrained lies
Cicalese F, Deppe C (2005)
Electronic Notes in Discrete Mathematics 21: 255-261.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374546
A hyperbolic topographic mapping for proximity data
Saalbach A, Twellmann T, Nattkemper TW, Wismüller A, Ontrup J, Ritter H (2005)
In: Proc. of the IASTED International Conference of Artificial Intelligence and Applications., 2005. 106-111.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374666
An Adaptive Colour Scale for Comparison of Pseudo Colouring Techniques for DCE-MRI Data
Twellmann T, Lichte O, Saalbach A, Wismüller A, Nattkemper TW (2005)
Presented at the Workshop für Bildverarbeiteung für die Medzin.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500567
Succinct Suffix Arrays based on Run-Length Encoding
Mäkinen V, Navarro G (2005)
In: Proc. 16th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2005)., 3537. 45-56.
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374187
Image fusion based on topographic mappings using the hyperbolic space
Saalbach A, Ontrup J, Ritter H, Nattkemper TW (2005)
Information Visualization 4(4): 266-275.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500564
Peak Alignment using Restricted Edit Distances
Mäkinen V (2005)
In: Proc. 6th International Symposium on Computational Biology and Genome Informatics (CBGI 2005).
PUB
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970470 OA
Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI)
Sammeth M, Stoye J (2005) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308909
A new strategy for querying priced information.
Cicalese F, Laber ES (2005)
In: Proc. 37th Annual ACM Symposium on Theory of Computing (STOC 2005). 674-683.
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2306287 OA
Efficient algorithms for gene cluster detection in prokaryotic genomes
Schmidt T (2005)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308848
Searching for the Shortest Common Supersequence
Carvalho Jr. de S, Rahmann S (2005)
Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik.
PUB
 
2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308862
Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries
Cicalese F, Damaschke P, Tansini L, Werth S (2005)
Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308867
Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries
Cicalese F, Damaschke P, Tansini L, Werth S (2005)
In: Proc. 11th Annual International Conference on Computing and Combinatorics (COCOON 2005). Lecture Notes in Computer Science, 3595. 935-944.
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308944
Multiplexed discovery of sequence polymorphisms using base-specific cleavage and MALDI-TOF MS
Ehrich M, Böcker S, Boom van den D (2005)
Nucleic Acids Res. 33(4): e38.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919012
An Incomplex Algorithm for Fast Suffix Array Construction
Schürmann K-B, Stoye J (2005)
In: Proc. of ALENEX/ANALCO 2005. 77-85.
PUB
 
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918824
Chapter 10: The Inversion Distance Problem
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2005)
In: Mathematics of Evolution and Phylogeny. Gascuel O (Ed); Oxford University Press: 262-290.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603220
On Sorting by Translocations
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2005)
In: Proc. of RECOMB 2005. LNBI, 3500. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 615-629.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168 OA
Large scale hierarchical clustering of protein sequences
Krause A, Stoye J, Vingron M (2005)
BMC Bioinformatics 6(1): 15.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302 OA
BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison
Bartels D, Kespohl S, Albaum S, Drüke T, Goesmann A, Herold J, Kaiser O, Pühler A, Pfeiffer F, Raddatz G, Stoye J, et al. (2005)
Bioinformatics 21(7): 853-859.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602793
Mass spectra alignments and their significance
Böcker S, Kaltenbach HM (2005)
In: COMBINATORIAL PATTERN MATCHING, PROCEEDINGS., 3537. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 429-441.
PUB | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918947
Informatische Methoden zur Protein-Identifikation
Böcker S, Stoye J (2005)
LaborPraxis 29(10): 24-26.
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301827 OA
Integrated multiple sequence alignment
Sammeth M (2005)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601348
Protein Annotation by Secondary Structure Based Alignments (PASSTA)
Bannert C, Stoye J (2005)
In: Proc. of CompLife 2005. LNBI, 3695. Springer-Verlag: 79-90.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603216
Efficient q-Gram Filters for Finding All ε-Matches Over a Given Length
Rasmussen KR, Stoye J, Myers EW (2005)
In: Proc. of RECOMB 2005. LNBI, 3500. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 189-203.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601361
Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI)
Sammeth M, Weniger T, Harmsen D, Stoye J (2005)
In: Proc. of WABI 2005. LNBI, 3692. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 276-290.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919026
Counting Suffix Arrays and Strings
Schürmann K-B, Stoye J (2005)
In: Proc. of SPIRE 2005. LNCS, 3772. 55-66.
PUB | DOI
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970472 OA
Counting Suffix Arrays and Strings
Schürmann K-B, Stoye J (2005) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309420 PUB
 
2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004
Giegerich R, Stoye J (Eds) (2004)
Lecture Notes in Informatics P-53.
PUB
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286
Suboptimal Local Alignments across Multiple Scoring Schemes
Michael M, Dieterich C, Stoye J (2004)
In: Proc. of WABI 2004. LNBI, 3240. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 99-110.
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260
Quadratic Time Algorithms for Finding Common Intervals in Two and More Sequences
Schmidt T, Stoye J (2004)
In: Proc. of CPM 2004. LNCS, 3109. 347-358.
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554 OA
Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB (2004)
BMC Bioinformatics 5(1): 73.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560 OA
Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings
Cieliebak M, Erlebach T, Lipták Z, Stoye J, Welzl E (2004)
Discrete Applied Mathematics 137(1): 27-46.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312 OA
Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB (2004)
BMC Bioinformatics 5(1): 6.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569 OA
Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string
Gusfield D, Stoye J (2004)
Journal of computer and system sciences 69(4): 525-546.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773761 OA
Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta)
Müller T, Rahmann S, Dandekar T, Wolf M (2004)
BMC Evolutionary Biology 4(1): 20.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
Reversal Distance without Hurdles and Fortresses
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2004)
In: Proc. of CPM 2004. LNCS, 3109. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 388-399.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970475 OA
Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory
Schürmann K-B, Stoye J (2003) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
The European Conference on Computational Biology
Heber S, Stoye J (2003)
Drug Discovery Today 8(3): 113-114.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik
Giegerich R, Stoye J (2003)
Forschung an der Universität Bielefeld 26: 63-68.
PUB
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data
Bannert C, Stoye J (2003)
In: Proc. of GCB 2003. 21-25.
PUB
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397 OA
Efficient implementation of lazy suffix trees
Giegerich R, Kurtz S, Stoye J (2003)
SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE 33(11): 1035-1049.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403 OA
Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints
Sammeth M, Morgenstern B, Stoye J (2003)
BIOINFORMATICS 19(Suppl 2): ii189-ii195.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison
Bergeron A, Stoye J (2003)
In: Proc. of COCOON 2003. LNCS, 2697. 68-79.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503 OA
QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis
Sammeth M, Rothgänger J, Esser W, Albert J, Stoye J, Harmsen D (2003)
BIOINFORMATICS 19(12): 1592-1593.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970477 OA
On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison
Bergeron A, Stoye J (2003) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2017545 OA
Look & Listen: Sonification and Visualization of Multiparameter Micrographs
Nattkemper TW, Hermann T, Schubert W, Ritter H (2003)
In: Engineering in Medicine and Biology Society. Proceedings of the 25th Annual International Conference of the IEEE., 2. Cancun, Mexico: IEEE: 1311-1314.
PUB | PDF
 
2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees
Stoye J (2002)
In: Lecture Notes in Informatics. Schubert S, Reusch B, Jesse N (Eds); , P-20(Ergänzungsband). 67-67.
PUB
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings
Cieliebak M, Lipták Z, Welzl E, Erlebach T, Stoye J (2002)
In: Proc. of IFIP TCS 2002. 143-156.
PUB
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578 OA
A novel approach to remote homology detection: jumping alignments
Spang R, Rehmsmeier M, Stoye J (2002)
Journal of Computational Biology 9(5): 747-760.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332 OA
Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree
Stoye J, Gusfield D (2002)
Theoretical Computer Science 270(1-2): 843-856.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329 OA
Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity
Bergeron A, Heber S, Stoye J (2002)
Bioinformatics 18(Suppl 2): S54-S63.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
Resampling Methods in Physical Mapping
Heber S, Stoye J, Frohme M, Hoheisel J, Vingron M (2002)
In: Proc. of GfKl 2000. 437-444.
PUB
 

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