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414 Publikationen

2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499125
E. Baake, and I. Herms, “Single-Crossover Dynamics: Finite versus Infinite Populations.”, Bull. Math. Biol., 2007, 70, 603-624.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499132
J. Baumbach, “CoryneRegNet 4.0 – A reference database for corynebacterial gene regulatory networks.”, BMC Bioinformatics, 2007, 8, 429.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499168
S. A. Carvalho Jr. de, and S. Rahmann, in Computational Systems Bioformatics Conference, 2007, p. 417-427.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499442
C. Höner zu Siederdissen, S. Ragg, and S. Rahmann, in Advances in Data Analysis. Proceedings of the 30th Annual Conference of the Gesellschaft für Klassifikation e.V., Springer, 2007, p. 569-576.
PUB | DOI
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631047
C. Meisinger-Henschel, M. Schmidt, S. Lukassen, B. Linke, L. Krause, S. Konietzny, A. Goesmann, P. Howley, P. Chaplin, M. Suter, et al., “Genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus Ankara, the ancestor of modified vaccinia virus Ankara”, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, 2007, 88, 3249-3259.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918432
G. Didier, T. Schmidt, J. Stoye, and D. Tsur, “Character Sets of Strings”, Journal of Discrete Algorithms, 2007, 5, 330-340.
PUB | DOI
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783712
H. - M. Kaltenbach, A. Wilke, and S. Böcker, “SAMPI: protein identification with mass spectra alignments”, BMC Bioinformatics, 2007, 8, 102.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754
H. Neuweger, J. Baumbach, S. Albaum, T. Bekel, M. Dondrup, A. T. Hüser, J. Kalinowski, S. Oehm, A. Pühler, S. Rahmann, et al., “CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data”, BMC Systems Biology, 2007, 1, 55.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327
S. Schneiker-Bekel, O. Perlova, O. Kaiser, K. Gerth, A. Alici, M. O. Altmeyer, D. Bartels, T. Bekel, S. Beyer, E. Bode, et al., “Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum”, Nature Biotechnology, 2007, 25, 1281-1289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902192
N. Välimäki, W. Gerlach, K. Dixit, and V. Mäkinen, in Proceedings of 6th Workshop on Experimental Algorithms (WEA'07), Springer-Verlag, 2007, p. 217-228.
PUB
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594917
N. Välimäki, W. Gerlach, K. Dixit, and V. Mäkinen, “Compressed suffix tree - a basis for genome-scale sequence analysis”, BIOINFORMATICS, 2007, 23, 629-630.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594020
J. Baumbach, T. Wittkop, K. Rademacher, S. Rahmann, K. Brinkrolf, and A. Tauch, “CoryneRegNet 3.0 - An interactive systems biology platform for the analysis of gene regulatory networks in corynebacteria and Escherichia coli”, JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 2007, 129, 279-289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2303359
K. - B. Schürmann, Suffix arrays in theory and practice, Bielefeld University, Bielefeld (Germany), 2007.
PUB | PDF
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1595253
K. - B. Schürmann, and J. Stoye, “An incomplex algorithm for fast suffix array construction”, SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE, 2007, 37, 309-329.
PUB | DOI | WoS
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630749
B. Lessmann, T. W. Nattkemper, V. H. Hans, and A. Degenhard, “A method for linking computed image features to histological semantics in neuropathology”, Journal of Biomedical Informatics, 2007, 40, 631-641.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783345
L. Krause, A. C. McHardy, T. W. Nattkemper, A. Pühler, J. Stoye, and F. Meyer, “GISMO - gene identification using a support vector machine for ORF classification”, Nucleic Acids Research, 2007, 35, 540-549.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018416
T. W. Nattkemper, A. Degenhard, and T. Twellmann, in Cancer Imaging - Lung and breast carcinomas (Ed.: M.A. Hayat), Academic Press, 2007, p. 309-324.
PUB
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630781
A. Mellmann, T. Weniger, C. Berssenbrügge, J. Rothgänger, M. Sammeth, J. Stoye, and D. Harmsen, “Based Upon Repeat Pattern (BURP): an algorithm to characterize the long-term evolution of Staphylococcus aureus populations based on spa polymorphisms”, BMC MICROBIOLOGY, 2007, 7, 98.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499677
F. Cicalese, and E. Laber, in Proc. 17th Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA 2006), 2006, p. 944-953.
PUB
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596815
S. Rahmann, and G. W. Klau, in Algorithms in Bioinformatics. WABI 2006 (Eds.: P. Bücher, B.M.E. Moret), Springer, Berlin, 2006, p. 298-309.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374232
C. Varini, B. Lessmann, A. Degenhard, V. H. Hans, and T. W. Nattkemper, in Bildverarbeitung für die Medizin (Eds.: H. Handels, J. Ehrhardt, A. Horsch, H.-P. Meinzer, T. Tolxdorff), Springer, 2006, p. 66-70.
PUB | Download (ext.)
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499511
S. Böcker, “Sequencing from Compomers: The Puzzle”, Theor. Comput. Syst., 2006, 39, 455-471.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499624
F. Cicalese, and C. Deppe, in General Theory of Information Transfer and Combinatorics (Eds.: R. Ahlswede, L. Bäumer, N. Cai, H. Aydinian, V. Blinovsky, C. Deppe, H. Masurian), Springer, 2006, p. 663-679.
PUB | DOI
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659363
P. Feijão, L. S. Neiva, A. M. L. d. Azeredo-Espin, and A. C. Lessinger, “AMiGA: the arthropodan mitochondrial genomes accessible database”, Bioinformatics, 2006, 22, 902-903.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374254
B. Lessmann, T. W. Nattkemper, J. Huth, C. Loyek, P. Kessar, M. Khazen, L. Pointon, M. O. Leach, and A. Degenhard, in Proceedings of BVM, 2006, p. 61-65.
PUB
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374494
W. Timm, S. Böcker, T. Twellmann, and T. W. Nattkemper, in Proc. of the 7th International FLINS Conference on Applied Artificial Intelligence, 2006, p. 565-572.
PUB | DOI
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499499
J. Baumbach, K. Brinkrolf, T. Wittkop, A. Tauch, and S. Rahmann, “CoryneRegNet 2: An integrative bioinformatics approach for reconstruction and comparison of transcriptional regulatory networks in prokaryotes”, Journal of Integrative Bioinformatics, 2006, 3, 24.
PUB | DOI
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902179
W. Gerlach, and R. Giegerich, “GUUGle: a utility for fast exact matching under RNA complementary rules including G-U base pairing.”, Bioinformatics, 2006, 22, 762-764.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499664
F. Cicalese, L. Gargano, and U. Vaccaro, “A Note on Approximation of Uniform Distributions from Variable-to-Fixed Length Codes”, IEEE Transactions on Information Theory, 2006, 52, 3772-3777.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499515
S. Böcker, A. Pervukhin, Z. Lipták, and M. Letzel, in Proc. WABI, 2006, p. 12-23.
PUB | DOI
 
2006 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2305885
L. Taher, Computational methods for splice site prediction, Bielefeld University, Bielefeld (Germany), 2006.
PUB | PDF
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499562
S. A. Carvalho Jr. de, and S. Rahmann, in Proc. 6th Workshop of Algorithms in Bioinformatics, 2006, p. 321-332.
PUB | DOI
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599943
M. Sammeth, T. Griebel, F. Tille, and J. Stoye, “Panta rhei (QAlign2): an open graphical environment for sequence analysis”, BIOINFORMATICS, 2006, 22, 889-890.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599570
K. R. Rasmussen, J. Stoye, and E. W. Myers, “Efficient q-gram filters for finding all epsilon-matches over a given length”, JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2006, 13, 296-308.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599574
A. Bergeron, J. Mixtacki, and J. Stoye, “On sorting by translocations”, JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2006, 13, 567-578.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596811
A. Bergeron, J. Mixtacki, and J. Stoye, in Proc. of WABI 2006, Springer-Verlag Berlin, 2006, p. 163-173.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597213
M. Sammeth, and J. Stoye, “Comparing tandem repeats with duplications and excisions of variable degree”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2006, 3, 395-407.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597313
A. Bergeron, and J. Stoye, “On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison”, JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2006, 13, 1340-1354.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918946
J. Stoye, 2006, p. 3-3.
PUB
 
2006 | Report | PUB-ID: 1970464
C. Chauve, Y. Diekmann, S. Heber, J. Mixtacki, S. Rahmann, and J. Stoye, On Common Intervals with Errors, Technische Fakultät Der Universität Bielefeld, Bielefeld, 2006.
PUB | PDF
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773632
J. Baumbach, K. Brinkrolf, L. F. Czaja, S. Rahmann, and A. Tauch, “CoryneRegNet: An ontology-based data warehouse of corynebacterial transcription factors and regulatory networks”, BMC Genomics, 2006, 7, 24.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631957
L. Krause, N. N. Diaz, D. Bartels, R. A. Edwards, A. Pühler, F. Rohwer, F. Meyer, and J. Stoye, “Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment”, BIOINFORMATICS, 2006, 22, e281-e289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309191
S. Rahmann, in Ausgezeichnete Informatikdissertationen 2004 (Ed.: D. Wagner), Ges. Für Informatik , Bonn, 2005, p. 145-154.
PUB
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773695
S. Röpcke, S. Grossmann, S. Rahmann, and M. Vingron, “T-Reg Comparator: an analysis tool for the comparison of position weight matrices”, Nucleic Acids Research, 2005, 33, W438-W441.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2302056
Z. Lipták, Strings in proteomics and transcriptomics : algorithmic and combinatorial questions in mass spectrometry and EST clustering, Bielefeld University, Bielefeld (Germany), 2005.
PUB | Datei
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601941
J. Grossmann, F. F. Roos, M. Cieliebak, Z. Lipták, L. K. Mathis, M. Müller, W. Gruissem, and S. Baginsky, “AUDENS: A tool for automated peptide de novo sequencing”, Journal of Proteome Research, 2005, 4, 1768-1774.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603101
F. Cicalese, P. Damaschke, and U. Vaccaro, in Computational Science – ICCS 2005. 5th International Conference, Atlanta, GA, USA, May 22-25, 2005. Proceedings, Part II (Eds.: V.S. Sunderam, G.D. van Albada, P.M.A. Sloot, J.J. Dongarra), Springer, Berlin, 2005, p. 1029-1037.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601085
F. Cicalese, and E. S. Laber, in Algorithms – ESA 2005. 13th Annual European Symposium, Palma de Mallorca, Spain, October 3-6, 2005. Proceedings (Eds.: G. Stølting Brodal, S. Leonardi), Springer, Berlin, 2005, p. 664-676.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308882
F. Cicalese, and C. Deppe, “Q-ary Ulam-Rényi game with constrained lies”, Electronic Notes in Discrete Mathematics, 2005, 21, 255-261.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374546
A. Saalbach, T. Twellmann, T. W. Nattkemper, A. Wismüller, J. Ontrup, and H. Ritter, in Proc. of the IASTED International Conference of Artificial Intelligence and Applications, 2005, p. 106-111.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374666
T. Twellmann, O. Lichte, A. Saalbach, A. Wismüller, and T. W. Nattkemper, Workshop Für Bildverarbeituing Für Die Medizin 2005, 2005.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500567
V. Mäkinen, and G. Navarro, in Proc. 16th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2005), 2005, p. 45-56.
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374187
A. Saalbach, J. Ontrup, H. Ritter, and T. W. Nattkemper, “Image fusion based on topographic mappings using the hyperbolic space”, Information Visualization, 2005, 4, 266-275.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500564
V. Mäkinen, in Proc. 6th International Symposium on Computational Biology and Genome Informatics (CBGI 2005), 2005.
PUB
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970470
M. Sammeth, and J. Stoye, Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI), Technische Fakultät Der Universität Bielefeld, Bielefeld, 2005.
PUB | PDF | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308909
F. Cicalese, and E. S. Laber, in Proc. 37th Annual ACM Symposium on Theory of Computing (STOC 2005), 2005, p. 674-683.
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2306287
T. Schmidt, Efficient algorithms for gene cluster detection in prokaryotic genomes, Bielefeld University, Bielefeld (Germany), 2005.
PUB | PDF
 
2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308848
S. Carvalho Jr. de, and S. Rahmann, Searching for the Shortest Common Supersequence, Technische Fakultät Der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik, 2005.
PUB
 
2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308862
F. Cicalese, P. Damaschke, L. Tansini, and S. Werth, Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries, Technische Fakultät Der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik, 2005.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308867
F. Cicalese, P. Damaschke, L. Tansini, and S. Werth, in Proc. 11th Annual International Conference on Computing and Combinatorics (COCOON 2005), 2005, p. 935-944.
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308944
M. Ehrich, S. Böcker, and D. Boom van den, “Multiplexed discovery of sequence polymorphisms using base-specific cleavage and MALDI-TOF MS”, Nucleic Acids Res., 2005, 33, e38.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919012
K. - B. Schürmann, and J. Stoye, in Proc. of ALENEX/ANALCO 2005, 2005, p. 77-85.
PUB
 
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918824
A. Bergeron, J. Mixtacki, and J. Stoye, in Mathematics of Evolution and Phylogeny (Ed.: O. Gascuel), Oxford University Press, 2005, p. 262-290.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603220
A. Bergeron, J. Mixtacki, and J. Stoye, in Proc. of RECOMB 2005, Springer-Verlag Berlin, 2005, p. 615-629.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168
A. Krause, J. Stoye, and M. Vingron, “Large scale hierarchical clustering of protein sequences”, BMC Bioinformatics, 2005, 6, 15.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302
D. Bartels, S. Kespohl, S. Albaum, T. Drüke, A. Goesmann, J. Herold, O. Kaiser, A. Pühler, F. Pfeiffer, G. Raddatz, et al., “BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison”, Bioinformatics, 2005, 21, 853-859.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602793
S. Böcker, and H. M. Kaltenbach, in COMBINATORIAL PATTERN MATCHING, PROCEEDINGS, Springer-Verlag Berlin, 2005, p. 429-441.
PUB | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918947
S. Böcker, and J. Stoye, “Informatische Methoden zur Protein-Identifikation”, LaborPraxis, 2005, 29, 24-26.
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301827
M. Sammeth, Integrated multiple sequence alignment, Bielefeld University, Bielefeld (Germany), 2005.
PUB | PDF
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601348
C. Bannert, and J. Stoye, in Proc. of CompLife 2005, Springer-Verlag, 2005, p. 79-90.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603216
K. R. Rasmussen, J. Stoye, and E. W. Myers, in Proc. of RECOMB 2005, Springer-Verlag Berlin, 2005, p. 189-203.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601361
M. Sammeth, T. Weniger, D. Harmsen, and J. Stoye, in Proc. of WABI 2005, Springer-Verlag Berlin, 2005, p. 276-290.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919026
K. - B. Schürmann, and J. Stoye, in Proc. of SPIRE 2005, 2005, p. 55-66.
PUB | DOI
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970472
K. - B. Schürmann, and J. Stoye, Counting Suffix Arrays and Strings, Technische Fakultät Der Universität Bielefeld, Bielefeld, 2005.
PUB | PDF
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309420
J. Zimmermann, Z. Lipták, and S. Hazelhurst, in Proc. BIBE, 2004, p. 301-309.
PUB
 
2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
“Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004”, Lecture Notes in Informatics, 2004, P-53.
PUB
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286
M. Michael, C. Dieterich, and J. Stoye, in Proc. of WABI 2004, Springer-Verlag Berlin, 2004, p. 99-110.
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260
T. Schmidt, and J. Stoye, in Proc. of CPM 2004, 2004, p. 347-358.
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
D. A. Pollard, C. M. Bergman, J. Stoye, S. E. Celniker, and M. B. Eisen, “Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA”, BMC Bioinformatics, 2004, 5, 73.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560
M. Cieliebak, T. Erlebach, Z. Lipták, J. Stoye, and E. Welzl, “Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings”, Discrete Applied Mathematics, 2004, 137, 27-46.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312
D. A. Pollard, C. M. Bergman, J. Stoye, S. E. Celniker, and M. B. Eisen, “Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA”, BMC Bioinformatics, 2004, 5, 6.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569
D. Gusfield, and J. Stoye, “Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string”, Journal of computer and system sciences, 2004, 69, 525-546.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773761
T. Müller, S. Rahmann, T. Dandekar, and M. Wolf, “Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta)”, BMC Evolutionary Biology, 2004, 4, 20.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
A. Bergeron, J. Mixtacki, and J. Stoye, in Proc. of CPM 2004, Springer-Verlag Berlin, 2004, p. 388-399.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970475
K. - B. Schürmann, and J. Stoye, Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory, Technische Fakultät Der Universität Bielefeld, Bielefeld, 2003.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
S. Heber, and J. Stoye, “The European Conference on Computational Biology”, Drug Discovery Today, 2003, 8, 113-114.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
R. Giegerich, and J. Stoye, “Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik”, Forschung an der Universität Bielefeld, 2003, 26, 63-68.
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2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
C. Bannert, and J. Stoye, in Proc. of GCB 2003, 2003, p. 21-25.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397
R. Giegerich, S. Kurtz, and J. Stoye, “Efficient implementation of lazy suffix trees”, SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE, 2003, 33, 1035-1049.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403
M. Sammeth, B. Morgenstern, and J. Stoye, “Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints”, BIOINFORMATICS, 2003, 19, ii189-ii195.
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2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
A. Bergeron, and J. Stoye, in Proc. of COCOON 2003, 2003, p. 68-79.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503
M. Sammeth, J. Rothgänger, W. Esser, J. Albert, J. Stoye, and D. Harmsen, “QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis”, BIOINFORMATICS, 2003, 19, 1592-1593.
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2003 | Report | PUB-ID: 1970477
A. Bergeron, and J. Stoye, On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison, Technische Fakultät Der Universität Bielefeld, Bielefeld, 2003.
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2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2017545
T. W. Nattkemper, T. Hermann, W. Schubert, and H. Ritter, in Engineering in Medicine and Biology Society. Proceedings of the 25th Annual International Conference of the IEEE, Ieee, Cancun, Mexico, 2003, p. 1311-1314.
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2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
J. Stoye, in Lecture Notes in Informatics (Eds.: S. Schubert, B. Reusch, N. Jesse), 2002, p. 67-67.
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2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
M. Cieliebak, Z. Lipták, E. Welzl, T. Erlebach, and J. Stoye, in Proc. of IFIP TCS 2002, 2002, p. 143-156.
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578
R. Spang, M. Rehmsmeier, and J. Stoye, “A novel approach to remote homology detection: jumping alignments”, Journal of Computational Biology, 2002, 9, 747-760.
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332
J. Stoye, and D. Gusfield, “Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree”, Theoretical Computer Science, 2002, 270, 843-856.
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329
A. Bergeron, S. Heber, and J. Stoye, “Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity”, Bioinformatics, 2002, 18, S54-S63.
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2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
S. Heber, J. Stoye, M. Frohme, J. Hoheisel, and M. Vingron, in Proc. of GfKl 2000, 2002, p. 437-444.
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