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414 Publikationen

2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499125
Baake E, Herms I. Single-Crossover Dynamics: Finite versus Infinite Populations. Bull. Math. Biol. 2007;70(2):603-624.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499132
Baumbach J. CoryneRegNet 4.0 – A reference database for corynebacterial gene regulatory networks. BMC Bioinformatics. 2007;8(1):429.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499168
Carvalho Jr. de SA, Rahmann S. Improving the design of GeneChip arrays by combining placement and embedding. In: Computational Systems Bioformatics Conference. 2007: 417-427.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499442
Höner zu Siederdissen C, Ragg S, Rahmann S. Discovering biomarkers for myocardial infarction from SELDI-TOF spectra. In: Advances in Data Analysis. Proceedings of the 30th Annual Conference of the Gesellschaft für Klassifikation e.V. Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge Organization. Springer; 2007: 569-576.
PUB | DOI
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631047
Meisinger-Henschel C, Schmidt M, Lukassen S, et al. Genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus Ankara, the ancestor of modified vaccinia virus Ankara. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY. 2007;88(12):3249-3259.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918432
Didier G, Schmidt T, Stoye J, Tsur D. Character Sets of Strings. Journal of Discrete Algorithms. 2007;5(2):330-340.
PUB | DOI
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783712
Kaltenbach H-M, Wilke A, Böcker S. SAMPI: protein identification with mass spectra alignments. BMC Bioinformatics. 2007;8(1):102.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754
Neuweger H, Baumbach J, Albaum S, et al. CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data. BMC Systems Biology. 2007;1(1):55.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327
Schneiker-Bekel S, Perlova O, Kaiser O, et al. Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum. Nature Biotechnology. 2007;25(11):1281-1289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902192
Välimäki N, Gerlach W, Dixit K, Mäkinen V. Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation. In: Proceedings of 6th Workshop on Experimental Algorithms (WEA'07). Springer-Verlag; 2007: 217-228.
PUB
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594917
Välimäki N, Gerlach W, Dixit K, Mäkinen V. Compressed suffix tree - a basis for genome-scale sequence analysis. BIOINFORMATICS. 2007;23(5):629-630.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594020
Baumbach J, Wittkop T, Rademacher K, Rahmann S, Brinkrolf K, Tauch A. CoryneRegNet 3.0 - An interactive systems biology platform for the analysis of gene regulatory networks in corynebacteria and Escherichia coli. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY. 2007;129(2):279-289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2303359
Schürmann K-B. Suffix arrays in theory and practice. Bielefeld (Germany): Bielefeld University; 2007.
PUB | PDF
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1595253
Schürmann K-B, Stoye J. An incomplex algorithm for fast suffix array construction. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE. 2007;37(3):309-329.
PUB | DOI | WoS
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630749
Lessmann B, Nattkemper TW, Hans VH, Degenhard A. A method for linking computed image features to histological semantics in neuropathology. Journal of Biomedical Informatics. 2007;40(6):631-641.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783345
Krause L, McHardy AC, Nattkemper TW, Pühler A, Stoye J, Meyer F. GISMO - gene identification using a support vector machine for ORF classification. Nucleic Acids Research. 2007;35(2):540-549.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018416
Nattkemper TW, Degenhard A, Twellmann T. Breas. In: Hayat MA, ed. Cancer Imaging - Lung and breast carcinomas. Vol 1. Academic Press; 2007: 309-324.
PUB
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630781
Mellmann A, Weniger T, Berssenbrügge C, et al. Based Upon Repeat Pattern (BURP): an algorithm to characterize the long-term evolution of Staphylococcus aureus populations based on spa polymorphisms. BMC MICROBIOLOGY. 2007;7(1):98.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499677
Cicalese F, Laber E. On the Competitive Ratio of Evaluating Priced Functions. In: Proc. 17th Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA 2006). 2006: 944-953.
PUB
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596815
Rahmann S, Klau GW. Integer linear programs for discovering approximate gene clusters. In: Bücher P, Moret BME, eds. Algorithms in Bioinformatics. WABI 2006. Lecture Notes in Computer Science. Vol 4175. Berlin: Springer; 2006: 298-309.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374232
Varini C, Lessmann B, Degenhard A, Hans VH, Nattkemper TW. Visual Exploration of Pathology Images by a Discrete Wavelet Transform Preprocessed Locally Linear Embedding. In: Handels H, Ehrhardt J, Horsch A, Meinzer H-P, Tolxdorff T, eds. Bildverarbeitung für die Medizin. Springer; 2006: 66-70.
PUB | Download (ext.)
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499511
Böcker S. Sequencing from Compomers: The Puzzle. Theor. Comput. Syst. 2006;39(3):455-471.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499624
Cicalese F, Deppe C. Q-ary Ulam-Rényi game with constrained lies. In: Ahlswede R, Bäumer L, Cai N, et al., eds. General Theory of Information Transfer and Combinatorics. Lecture notes in computer science. Vol 4123. Springer; 2006: 663-679.
PUB | DOI
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659363
Feijão P, Neiva LS, Azeredo-Espin AML d., Lessinger AC. AMiGA: the arthropodan mitochondrial genomes accessible database. Bioinformatics. 2006;22(7):902-903.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374254
Lessmann B, Nattkemper TW, Huth J, et al. Content Based Image Retrieval for Dynamic Time Series Data. In: Proceedings of BVM. 2006: 61-65.
PUB
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374494
Timm W, Böcker S, Twellmann T, Nattkemper TW. Peak intensity prediction for pmf mass spectra using support vector regression. In: Proc. of the 7th International FLINS Conference on Applied Artificial Intelligence. 2006: 565-572.
PUB | DOI
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499499
Baumbach J, Brinkrolf K, Wittkop T, Tauch A, Rahmann S. CoryneRegNet 2: An integrative bioinformatics approach for reconstruction and comparison of transcriptional regulatory networks in prokaryotes. Journal of Integrative Bioinformatics. 2006;3(2):24.
PUB | DOI
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902179
Gerlach W, Giegerich R. GUUGle: a utility for fast exact matching under RNA complementary rules including G-U base pairing. Bioinformatics. 2006;22(6):762-764.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499664
Cicalese F, Gargano L, Vaccaro U. A Note on Approximation of Uniform Distributions from Variable-to-Fixed Length Codes. IEEE Transactions on Information Theory. 2006;52(8):3772-3777.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499515
Böcker S, Pervukhin A, Lipták Z, Letzel M. Decomposing metabolomic isotope patterns. In: Proc. WABI. Vol 4175. 2006: 12-23.
PUB | DOI
 
2006 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2305885
Taher L. Computational methods for splice site prediction. Bielefeld (Germany): Bielefeld University; 2006.
PUB | PDF
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499562
Carvalho Jr. de SA, Rahmann S. Improving the layout of oligonucleotide microarrays: Pivot Partitioning. In: Proc. 6th Workshop of Algorithms in Bioinformatics. Vol 4175. 2006: 321-332.
PUB | DOI
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599943
Sammeth M, Griebel T, Tille F, Stoye J. Panta rhei (QAlign2): an open graphical environment for sequence analysis. BIOINFORMATICS. 2006;22(7):889-890.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599570
Rasmussen KR, Stoye J, Myers EW. Efficient q-gram filters for finding all epsilon-matches over a given length. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2006;13(2):296-308.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599574
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. On sorting by translocations. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2006;13(2):567-578.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596811
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. A Unifying View of Genome Rearrangements. In: Proc. of WABI 2006. LNBI. Vol 4175. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2006: 163-173.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597213
Sammeth M, Stoye J. Comparing tandem repeats with duplications and excisions of variable degree. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2006;3(4):395-407.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597313
Bergeron A, Stoye J. On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2006;13(7):1340-1354.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918946
Stoye J. Index Structures in Biological Sequence Analysis: From Simplicity to Complexity and Back. Presented at the JOBIM 2006, Bordeaux, France.
PUB
 
2006 | Report | PUB-ID: 1970464
Chauve C, Diekmann Y, Heber S, Mixtacki J, Rahmann S, Stoye J. On Common Intervals with Errors. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2006.
PUB | PDF
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773632
Baumbach J, Brinkrolf K, Czaja LF, Rahmann S, Tauch A. CoryneRegNet: An ontology-based data warehouse of corynebacterial transcription factors and regulatory networks. BMC Genomics. 2006;7(1):24.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631957
Krause L, Diaz NN, Bartels D, et al. Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment. BIOINFORMATICS. 2006;22(14):e281-e289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309191
Rahmann S. Algorithmen für das Design von DNA-Microarrays. In: Wagner D, ed. Ausgezeichnete Informatikdissertationen 2004. Lecture Notes in Informatics. Vol 5. Bonn: Ges. für Informatik ; 2005: 145-154.
PUB
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773695
Röpcke S, Grossmann S, Rahmann S, Vingron M. T-Reg Comparator: an analysis tool for the comparison of position weight matrices. Nucleic Acids Research. 2005;33(Web Server):W438-W441.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2302056
Lipták Z. Strings in proteomics and transcriptomics : algorithmic and combinatorial questions in mass spectrometry and EST clustering. Bielefeld (Germany): Bielefeld University; 2005.
PUB | Datei
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601941
Grossmann J, Roos FF, Cieliebak M, et al. AUDENS: A tool for automated peptide de novo sequencing. Journal of Proteome Research. 2005;4(5):1768-1774.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603101
Cicalese F, Damaschke P, Vaccaro U. Optimal group testing strategies with interval queries and their application to splice site detection. In: Sunderam VS, van Albada GD, Sloot PMA, Dongarra JJ, eds. Computational Science – ICCS 2005. 5th International Conference, Atlanta, GA, USA, May 22-25, 2005. Proceedings, Part II. Lecture Notes in Computer Science. Vol 3515. Berlin: Springer; 2005: 1029-1037.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601085
Cicalese F, Laber ES. An optimal algorithm for querying priced information: Monotone Boolean functions and game trees. In: Stølting Brodal G, Leonardi S, eds. Algorithms – ESA 2005. 13th Annual European Symposium, Palma de Mallorca, Spain, October 3-6, 2005. Proceedings. Lecture Notes in Computer Science. Vol 3669. Berlin: Springer; 2005: 664-676.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308882
Cicalese F, Deppe C. Q-ary Ulam-Rényi game with constrained lies. Electronic Notes in Discrete Mathematics. 2005;21:255-261.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374546
Saalbach A, Twellmann T, Nattkemper TW, Wismüller A, Ontrup J, Ritter H. A hyperbolic topographic mapping for proximity data. In: Proc. of the IASTED International Conference of Artificial Intelligence and Applications. Vol 2005. 2005: 106-111.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374666
Twellmann T, Lichte O, Saalbach A, Wismüller A, Nattkemper TW. An Adaptive Colour Scale for Comparison of Pseudo Colouring Techniques for DCE-MRI Data. Presented at the Workshop für Bildverarbeiteung für die Medzin.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500567
Mäkinen V, Navarro G. Succinct Suffix Arrays based on Run-Length Encoding. In: Proc. 16th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2005). Vol 3537. 2005: 45-56.
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374187
Saalbach A, Ontrup J, Ritter H, Nattkemper TW. Image fusion based on topographic mappings using the hyperbolic space. Information Visualization. 2005;4(4):266-275.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500564
Mäkinen V. Peak Alignment using Restricted Edit Distances. In: Proc. 6th International Symposium on Computational Biology and Genome Informatics (CBGI 2005). 2005.
PUB
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970470
Sammeth M, Stoye J. Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI). Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2005.
PUB | PDF | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308909
Cicalese F, Laber ES. A new strategy for querying priced information. In: Proc. 37th Annual ACM Symposium on Theory of Computing (STOC 2005). 2005: 674-683.
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2306287
Schmidt T. Efficient algorithms for gene cluster detection in prokaryotic genomes. Bielefeld (Germany): Bielefeld University; 2005.
PUB | PDF
 
2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308848
Carvalho Jr. de S, Rahmann S. Searching for the Shortest Common Supersequence. Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik; 2005.
PUB
 
2005 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308862
Cicalese F, Damaschke P, Tansini L, Werth S. Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries. Technische Fakultät der Universität Bielefeld, Abteilung Informationstechnik; 2005.
PUB | DOI
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308867
Cicalese F, Damaschke P, Tansini L, Werth S. Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries. In: Proc. 11th Annual International Conference on Computing and Combinatorics (COCOON 2005). Lecture Notes in Computer Science, 3595. 2005: 935-944.
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308944
Ehrich M, Böcker S, Boom van den D. Multiplexed discovery of sequence polymorphisms using base-specific cleavage and MALDI-TOF MS. Nucleic Acids Res. 2005;33(4):e38.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919012
Schürmann K-B, Stoye J. An Incomplex Algorithm for Fast Suffix Array Construction. In: Proc. of ALENEX/ANALCO 2005. 2005: 77-85.
PUB
 
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918824
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. Chapter 10: The Inversion Distance Problem. In: Gascuel O, ed. Mathematics of Evolution and Phylogeny. Oxford University Press; 2005: 262-290.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603220
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. On Sorting by Translocations. In: Proc. of RECOMB 2005. LNBI. Vol 3500. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2005: 615-629.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168
Krause A, Stoye J, Vingron M. Large scale hierarchical clustering of protein sequences. BMC Bioinformatics. 2005;6(1):15.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302
Bartels D, Kespohl S, Albaum S, et al. BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison. Bioinformatics. 2005;21(7):853-859.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602793
Böcker S, Kaltenbach HM. Mass spectra alignments and their significance. In: COMBINATORIAL PATTERN MATCHING, PROCEEDINGS. Vol 3537. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2005: 429-441.
PUB | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918947
Böcker S, Stoye J. Informatische Methoden zur Protein-Identifikation. LaborPraxis. 2005;29(10):24-26.
PUB
 
2005 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301827
Sammeth M. Integrated multiple sequence alignment. Bielefeld (Germany): Bielefeld University; 2005.
PUB | PDF
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601348
Bannert C, Stoye J. Protein Annotation by Secondary Structure Based Alignments (PASSTA). In: Proc. of CompLife 2005. LNBI. Vol 3695. Springer-Verlag; 2005: 79-90.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603216
Rasmussen KR, Stoye J, Myers EW. Efficient q-Gram Filters for Finding All ε-Matches Over a Given Length. In: Proc. of RECOMB 2005. LNBI. Vol 3500. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2005: 189-203.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601361
Sammeth M, Weniger T, Harmsen D, Stoye J. Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI). In: Proc. of WABI 2005. LNBI. Vol 3692. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2005: 276-290.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919026
Schürmann K-B, Stoye J. Counting Suffix Arrays and Strings. In: Proc. of SPIRE 2005. LNCS. Vol 3772. 2005: 55-66.
PUB | DOI
 
2005 | Report | PUB-ID: 1970472
Schürmann K-B, Stoye J. Counting Suffix Arrays and Strings. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2005.
PUB | PDF
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2309420
Zimmermann J, Lipták Z, Hazelhurst S. A Method for Evaluating the Quality of String Dissimilarity Measures and Clustering Algorithms for EST Clustering. In: Proc. BIBE. 2004: 301-309.
PUB
 
2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
Giegerich R, Stoye J, eds. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004. Lecture Notes in Informatics. 2004;P-53.
PUB
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286
Michael M, Dieterich C, Stoye J. Suboptimal Local Alignments across Multiple Scoring Schemes. In: Proc. of WABI 2004. LNBI. Vol 3240. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2004: 99-110.
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260
Schmidt T, Stoye J. Quadratic Time Algorithms for Finding Common Intervals in Two and More Sequences. In: Proc. of CPM 2004. LNCS. Vol 3109. 2004: 347-358.
PUB | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB. Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 2004;5(1):73.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560
Cieliebak M, Erlebach T, Lipták Z, Stoye J, Welzl E. Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings. Discrete Applied Mathematics. 2004;137(1):27-46.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB. Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 2004;5(1):6.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569
Gusfield D, Stoye J. Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string. Journal of computer and system sciences. 2004;69(4):525-546.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773761
Müller T, Rahmann S, Dandekar T, Wolf M. Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta). BMC Evolutionary Biology. 2004;4(1):20.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. Reversal Distance without Hurdles and Fortresses. In: Proc. of CPM 2004. LNCS. Vol 3109. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2004: 388-399.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970475
Schürmann K-B, Stoye J. Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2003.
PUB | PDF
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
Heber S, Stoye J. The European Conference on Computational Biology. Drug Discovery Today. 2003;8(3):113-114.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
Giegerich R, Stoye J. Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik. Forschung an der Universität Bielefeld. 2003;26:63-68.
PUB
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
Bannert C, Stoye J. Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data. In: Proc. of GCB 2003. 2003: 21-25.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397
Giegerich R, Kurtz S, Stoye J. Efficient implementation of lazy suffix trees. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE. 2003;33(11):1035-1049.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403
Sammeth M, Morgenstern B, Stoye J. Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints. BIOINFORMATICS. 2003;19(Suppl 2):ii189-ii195.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
Bergeron A, Stoye J. On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. In: Proc. of COCOON 2003. LNCS. Vol 2697. 2003: 68-79.
PUB | DOI | WoS
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503
Sammeth M, Rothgänger J, Esser W, Albert J, Stoye J, Harmsen D. QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis. BIOINFORMATICS. 2003;19(12):1592-1593.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Report | PUB-ID: 1970477
Bergeron A, Stoye J. On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2003.
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2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2017545
Nattkemper TW, Hermann T, Schubert W, Ritter H. Look & Listen: Sonification and Visualization of Multiparameter Micrographs. In: Engineering in Medicine and Biology Society. Proceedings of the 25th Annual International Conference of the IEEE. Vol 2. Cancun, Mexico: IEEE; 2003: 1311-1314.
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2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
Stoye J. Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees. In: Schubert S, Reusch B, Jesse N, eds. Lecture Notes in Informatics. Vol P-20. 2002: 67-67.
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2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Cieliebak M, Lipták Z, Welzl E, Erlebach T, Stoye J. Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings. In: Proc. of IFIP TCS 2002. 2002: 143-156.
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578
Spang R, Rehmsmeier M, Stoye J. A novel approach to remote homology detection: jumping alignments. Journal of Computational Biology. 2002;9(5):747-760.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332
Stoye J, Gusfield D. Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree. Theoretical Computer Science. 2002;270(1-2):843-856.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329
Bergeron A, Heber S, Stoye J. Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity. Bioinformatics. 2002;18(Suppl 2):S54-S63.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
Heber S, Stoye J, Frohme M, Hoheisel J, Vingron M. Resampling Methods in Physical Mapping. In: Proc. of GfKl 2000. 2002: 437-444.
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