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419 Publikationen

2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919211
Hufsky, F., Kuchenbecker, L., Jahn, K., Stoye, J. & Böcker, S. (2010). Swiftly Computing Center Strings (LNBI). Proc. of WABI 2010 (S. 325-336). Gehalten auf der WABI 2010. doi:10.1007/978-3-642-15294-8_27.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919216
Kovac, J., Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2010). The Problem of Chromosome Reincorporation in DCJ Sorting and Halving (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2010 (S. 13-24). Gehalten auf der Recomb-CG 2010. doi:10.1007/978-3-642-16181-0_2.
PUB | DOI
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1794419
Herold, J., Zhou, L., Abouna, S., Pelengaris, S., Epstein, D., Khan, M. & Nattkemper, T.W. (2010). Integrating semantic annotation and information visualization for the analysis of multichannel fluorescence micrographs from pancreatic tissue. Computerized Medical Imaging and Graphics, 34(6), 446-452. Elsevier BV. doi:10.1016/j.compmedimag.2009.10.004.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898025
Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2010). The Solution Space of Sorting by DCJ. Journal of Computational Biology, 17(9), 1145-1165. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2010.0109.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919215
Dias Vieira Braga, M., Willing, E. & Stoye, J. (2010). Genomic Distance with DCJ and Indels (LNBI). Proc. of WABI 2010 (S. 90-101). Gehalten auf der WABI 2010. doi:10.1007/978-3-642-15294-8_8.
PUB | DOI
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929860
Schwientek, P., Ellinghaus, P., Steppan, S., D'Urso, D., Seewald, M., Kassner, A., Cebulla, R., Schulte-Eistrup, S., Morshuis, M., Roefe, D., El Banayosy, A., Koerfer, R. & Milting, H. (2010). Global gene expression analysis in nonfailing and failing myocardium pre- and postpulsatile and nonpulsatile ventricular assist device support. PHYSIOLOGICAL GENOMICS, 42(3), 397-405. American Physiological Society. doi:10.1152/physiolgenomics.00030.2010.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1930110
Joseph, B., Schneiker-Bekel, S., Schramm-Glueck, A., Blom, J., Claus, H., Linke, B., Schwarz, R.F., Becker, A., Goesmann, A., Frosch, M. & Schoen, C. (2010). Comparative Genome Biology of a Serogroup B Carriage and Disease Strain Supports a Polygenic Nature of Meningococcal Virulence. JOURNAL OF BACTERIOLOGY, 192(20), 5363-5377. American Society for Microbiology. doi:10.1128/JB.00883-10.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589663
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2009). A New Linear Time Algorithm to Compute the Genomic Distance via the Double Cut and Join Distance. Theoretical Computer Science, 410(51), 5300-5316. Elsevier BV. doi:10.1016/j.tcs.2009.09.008.
PUB | DOI | WoS
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427059
Escoffier, B., Milanič, M. & Paschos, V.T. (2009). Simple and fast reoptimizations for the Steiner tree problem. Algorithmic Operations Research, 4(2), 86-94.
PUB
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308924
Cicalese, F. & Milanic, M. (2009). Competitive evaluation of threshold functions in the priced information model. Annals of Operations Research, 188(1), 111-132. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s10479-009-0622-4.
PUB | DOI | WoS
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2426437
Bunkowski, A., Bödeker, B., Bader, S., Westhoff, M., Litterst, P. & Baumbach, J.I. (2009). MCC/IMS signals in human breath related to sarcoidosis-results of a feasibility study using an automated peak finding procedure. Journal of Breath Research, 3(4), 046001. IOP Publishing. doi:10.1088/1752-7155/3/4/046001.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2426487
Böcker, S., Lipták, Z., Pervukhin, A. & Letzel, M.C. (2009). SIRIUS: decomposing isotope patterns for metabolite identification. Bioinformatics, 25(2), 218-224. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btn603.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2426653
Cicalese, F., Jacobs, T., Laber, E.S. & Molinaro, M. (2009). On the Complexity of Searching in Trees: Average-case Minimization.
PUB | arXiv
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2426660
Cicalese, F., Manne, F. & Xin, Q. (2009). Faster Deterministic Communication in Radio Networks. Algorithmica, 54(2), 226-242. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s00453-007-9136-0.
PUB | DOI | WoS
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427118
Engelmann, J.A., Rahmann, S., Wolf, M., Schultz, J., Fritzilas, E., Kneitz, S., Dandekar, T. & Müller, T. (2009). Modeling cross-hybridization on phylogenetic DNA microarrays increases the detection power of closely related species. Molecular Ecology Resources, 9(1), 83-93. Wiley-Blackwell. doi:10.1111/j.1755-0998.2008.02199.x.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2305073 OA
Oehm, S. (2009). Comparing organisms on the level of metabolism. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2009 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301318 OA
Neuweger, H. (2009). MeltDB : a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2009 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659405
Feijão, P. & Meidanis, J. (2009). SCJ: A Variant of Breakpoint Distance for Which Sorting, Genome Median and Genome Halving Problems Are Easy (Lecture Notes in Computer Science). In S.L. Salzberg & T. Warnow (Hrsg.), Algorithms in Bioinformatics (S. 85-96). doi:10.1007/978-3-642-04241-6_8.
PUB | DOI
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427161
Kamiński, M., Lozin, V.V. & Milanič, M. (2009). Recent developments on graphs of bounded clique-width. Discrete Appl. Math., 157(12), 2747-2761. Elsevier BV. doi:10.1016/j.dam.2008.08.022.
PUB | DOI | WoS
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427173
Kamiński, M., Medvedev, P. & Milanič, M. (2009). On the plane-width of graphs. Electronic Notes in Discrete Mathematics, 34, 633-637. Elsevier BV. doi:10.1016/j.endm.2009.07.107.
PUB | DOI
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919206
Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2009). Counting All DCJ Sorting Scenarios (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2009 (S. 36-47). Gehalten auf der Recomb-CG 2009. doi:10.1007/978-3-642-04744-2_4.
PUB | DOI
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2426605
Cicalese, F., Fici, G. & Lipták, Z. (2009). Searching for Jumbled Patterns in Strings. Proc. of the Prague Stringology Conference 2009 (S. 105-117).
PUB
 
2009 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2303240 OA
Gagie, T. (2009). New algorithms and lower bounds for sequential-access data compression. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2009 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2302608 OA
Herms, I. (2009). Probabilistic arithmetic automata : applications of a stochastic computational framework in biological sequence analysis. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2406118
Välimäki, N., Mäkinen, V., Gerlach, W. & Dixit, K. (2009). Engineering a compressed suffix tree implementation. Journal of Experimental Algorithmics (JEA), 14, 4.2-2:4.23. Association for Computing Machinery (ACM). doi:10.1145/1498698.1594228.
PUB | DOI
 
2009 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2304745 OA
Fritzilas, E. (2009). Combinatorial aspects of low-rank matrix factorization and two applications in bioinformatics. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
PUB | PDF
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919207
Blin, G. & Stoye, J. (2009). Finding Nested Common Intervals Efficiently (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2009 (S. 59-69). Gehalten auf der Recomb-CG 2009. doi:10.1007/978-3-642-04744-2_6.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018390
Herold, J., Abouna, S., Zhou, L., Pelengaris, S., Epstein, D.B.A., Khan, M. & Nattkemper, T.W. (2009). A way towards analyzing high-content bioimage data by means of semantic annotation and visual data mining. SPIE Medical Imaging. doi:10.1117/12.811710.
PUB | DOI
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018422
Ontrup, J., Ehnert, N., Bergmann, M. & Nattkemper, T.W. (2009). BIIGLE - Web 2.0 enabled labelling and exploring of images from the Arctic deep-sea observatory HAUSGARTEN. OCEANS 2009 - Europe. Gehalten auf der OCEANS 2009, Bremen. doi:10.1109/oceanse.2009.5278332.
PUB | DOI
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018427
Qureshi, H., Rajpoot, N., Nattkemper, T.W. & Hans, V. (2009). A Robust Adaptive Wavelet-based Method for Classification of Meningioma Histology Images. MICCAI«2009 Workshop on Optical Tissue Image Analysis in Microscopy, Histology, and Endoscopy. Gehalten auf der OPTIMHisE.
PUB
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783187 OA
Blom, J., Albaum, S., Doppmeier, D., Pühler, A., Vorhölter, F.-J., Zakrzewski, M. & Goesmann, A. (2009). EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes. BMC Bioinformatics, 10(1): 154. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-10-154.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636062
Ontrup, J., Ritter, H., Scholz, S. & Wagner, R. (2009). Detecting, Assessing, and Monitoring Relevant Topics in Virtual Information Environments. IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 21(3), 415-427. Institute of Electrical & Electronics Engineers (IEEE). doi:10.1109/TKDE.2008.149.
PUB | DOI | WoS
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898137
Jahn, K. & Stoye, J. (2009). Approximative Gencluster und ihre Anwendung in der komparativen Genomik. Informatik-Spektrum, 32(4), 288-300. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s00287-009-0350-9.
PUB | DOI
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893884
Husemann, P. & Stoye, J. (2009). Phylogenetic Comparative Assembly (LNBI). Proc. of WABI 2009 (S. 145-156). Gehalten auf der WABI 2009. doi:10.1007/978-3-642-04241-6_13.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635314 OA
Diaz, N.N., Krause, L., Goesmann, A., Niehaus, K. & Nattkemper, T.W. (2009). TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach. BMC Bioinformatics, 10(1), 56. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-10-56.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321 OA
Dondrup, M., Albaum, S., Griebel, T., Henckel, K., Jünemann, S., Kahlke, T., Kleindt, C.K., Kuester, H., Linke, B., Mertens, D., Mittard-Runte, V., Neuweger, H., Runte, K.J., Tauch, A., Tille, F., Pühler, A. & Goesmann, A. (2009). EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data. BMC Bioinformatics, 10(1): 50. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-10-50.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591507
Stoye, J. & Wittler, R. (2009). A Unified Approach for Reconstructing Ancient Gene Clusters. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 6(3), 387-400. Institute of Electrical & Electronics Engineers (IEEE). doi:10.1109/TCBB.2008.135.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098 OA
Gerlach, W., Jünemann, S., Tille, F., Goesmann, A. & Stoye, J. (2009). WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads. BMC Bioinformatics, 10(1), 430. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-10-430.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Albaum, S., Neuweger, H., Fraenzel, B., Lange, S., Mertens, D., Troetschel, C., Wolters, D., Kalinowski, J., Nattkemper, T.W. & Goesmann, A. (2009). Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments. Bioinformatics, 25(23), 3128-3134. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btp568.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204
Brudno, M., Medvedev, P., Stoye, J. & De La Vega, F.M. (2009). A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG). BIOINFORMATICS, 25(21), 2863-2864. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btp525.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588783
Purser, A., Bergmann, M., Ontrup, J. & Nattkemper, T.W. (2009). Use of machine-learning algorithms for the automated detection of cold-water coral habitats: a pilot study. Marine Ecology Progress Series, 397, 241-251. Inter-Research Science Center. doi:10.3354/meps08154.
PUB | DOI | WoS
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898105
Böcker, S., Jahn, K., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2009). Computation of Median Gene Clusters. Journal of Computational Biology, 16(8), 1085-1099. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2009.0098.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319
Hoffmann, N. & Stoye, J. (2009). ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data. Bioinformatics, 25(16), 2080-2081. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btp343.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588760 OA
Dias Vieira Braga, M., Gautier, C. & Sagot, M.-F. (2009). An asymmetric approach to preserve common intervals while sorting by reversals. Algorithms for Molecular Biology, 4(1), 16. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1748-7188-4-16.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919209
Medvedev, P. & Stoye, J. (2009). Rearrangement Models and Single-Cut Operations (Lecture Notes in Computer Science). Comparative Genomics : International Workshop, RECOMB-CG 2009, Budapest, Hungary, September 27-29, 2009. Proceedings (S. 84-97). Gehalten auf der Recomb-CG 2009, Berlin, Heidelberg: Springer. doi:10.1007/978-3-642-04744-2_8.
PUB | DOI
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018440
Schoening, T., Ehnert, N., Ontrup, J. & Nattkemper, T.W. (2009). BIIGLE Tools - A Web 2.0 Approach for Visual Bioimage Database Mining. IV 09 - Intl. Conference on Information Visualization. doi:10.1109/iv.2009.71.
PUB | DOI
 
2009 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918945
Stoye, J. (2009). Computational Short Read Metagenomics (S. 3-4). Gehalten auf der JOBIM 2009.
PUB
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447
Bekel, T., Henckel, K., Küster, H., Meyer, F., Mittard-Runte, V., Neuweger, H., Paarmann, D., Rupp, O., Zakrzewski, M., Pühler, A., Stoye, J. & Goesmann, A. (2009). The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies. Journal of Biotechnology, 140(1-2), 3-12. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2009.01.006.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634615
Zeschnigk, M., Martin, M., Betzl, G., Kalbe, A., Sirsch, C., Buiting, K., Gross, S., Fritzilas, E., Frey, B., Rahmann, S. & Horsthemke, B. (2009). Massive parallel bisulfite sequencing of CG-rich DNA fragments reveals that methylation of many X-chromosomal CpG islands in female blood DNA is incomplete. HUMAN MOLECULAR GENETICS, 18(8), 1439-1448. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/hmg/ddp054.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427252
Alekseev, V.E., Lozin, V.V., Malyshev, D. & Milanič, M. (2008). The Maximum Independent Set Problem in Planar Graphs. Proc. MFCS 2008 (S. 96-107). doi:10.1007/978-3-540-85238-4_7.
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2008 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2306324 OA
Baumbach, J. (2008). CoryneRegNet : a reference database and analysis platform for corynebacterial gene regulatory networks. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2008 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2302950 OA
Zakotnik, J. (2008). The double cut and join operation and its applications to genome rearrangements. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659345
Oliveira, M.T., Barau, J.G., Junqueira, A.C.M., Feijão, P., Rosa, A.C. da, Abreu, C.F., Azeredo-Espin, A.M.L. & Lessinger, A.C. (2008). Structure and evolution of the mitochondrial genomes of Haematobia irritans and Stomoxys calcitrans: The Muscidae (Diptera: Calyptratae) perspective. Molecular Phylogenetics and Evolution, 48(3), 850-857. doi:10.1016/j.ympev.2008.05.022.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308903
Cicalese, F. & Laber, E.S. (2008). Function Evaluation Via Linear Programming in the Priced Information Model. Proc. ICALP 2008 (S. 173-185). doi:10.1007/978-3-540-70575-8_15.
PUB | DOI
 
2008 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308927 OA
Cicalese, F. & Milanivc, M. (2008). On Parsimony Haplotyping (Forschungsberichte der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik / Universität Bielefeld). Bielefeld: Universität Bielefeld, Technische Fakultät.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308974
Fritzilas, E., Rios-Solis, Y.A. & Rahmann, S. (2008). Structural Identifiability in Low-Rank Matrix Factorization (Lecture Notes in Computer Science, 5092). In X. Hu & J. Wang (Hrsg.), Computing and Combinatorics 14th Annual International Conference, COCOON 2008 Dalian, China, June 27-29, 2008 Proceedings (S. 140-148). Gehalten auf der 14th Annual International Conference, COCOON 2008, Berlin u.a.: Springer. doi:10.1007/978-3-540-69733-6_15.
PUB | DOI
 
2008 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499103
Milanivc, M. & Monnot, J. (2008). The Complexity of the Exact Weighted Independent Set Problem. Combinatorial optimization and theoretical computer science: interfaces and perspectives : 30th anniversary of the LAMSADE (S. 393-432). doi:10.1002/9780470611098.ch16.
PUB | DOI
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499108
Mixtacki, J. (2008). Genome Halving under DCJ Revisited (Lecture Notes in Computer Science, 5092). In X. Hu & J. Wang (Hrsg.), Computing and Combinatorics. 14th Annual International Conference, COCOON 2008 Dalian, China, June 27-29, 2008 Proceedings (S. 276-286). Gehalten auf der 14th Annual International Conference, COCOON 2008.
PUB
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919198
Quitzau, J.A.A. & Stoye, J. (2008). Detecting Repeat Families in Incompletely Sequenced Genomes (LNBI). Proc. of WABI 2008 (S. 342-353). Gehalten auf der WABI 2008. doi:10.1007/978-3-540-87361-7_29.
PUB | DOI
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498846
Boyar, J. & Medvedev, P. (2008). The relative worst order ratio applied to seat reservation. ACM Transactions on Algorithms, 4(4), 1-22. doi:10.1145/1383369.1383379.
PUB | DOI | WoS
 
2008 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499065
Cicalese, F. & Milanic, M. (2008). Computing with Priced Information: game trees and the value dependent cost model. Technische Fakultät, Universität Bielefeld.
PUB
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499072
Herms, I. & Rahmann, S. (2008). Computing Alignment Seed Sensitivity with Probabilistic Arithmetic Automata (Lecture Notes in Computer Science, 5251). In K.A. Crandall & J. Lagergren (Hrsg.), Algorithms in Bioinformatics: 8th International Workshop, WABI 2008, Karlsruhe, Germany, September 15-19, 2008. Proceedings (S. 318-329). Gehalten auf der 8th International Workshop, WABI 2008, Berlin u.a.: Springer. doi:10.1007/978-3-540-87361-7_27.
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2008 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308930 OA
Cicalese, F. & Milanivc, M. (2008). Computing with Priced Information: game trees and the value dependent cost model (Forschungsberichte der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik / Universität Bielefeld). Bielefeld: Universität Bielefeld, Technische Fakultät.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499098
Lozin, V.V. & Milanic, M. (2008). A polynomial algorithm to find an independent set of maximum weight in a fork-free graph. J. Discr. Alg., 6(4), 595-604. doi:10.1016/j.jda.2008.04.001.
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2008 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499120
Rahmann, S. & Klau, G.W. (2008). Integer Linear Programming Techniques for Discovering Approximate Gene Clusters. In I.I. Mǎndoiu & A. Zelikovsky (Hrsg.), Bioinformatics Algorithms: Techniques and Applications (S. 203-222). Wiley Interscience. doi:10.1002/9780470253441.ch9.
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2008 | Report | PUB-ID: 1970459 OA
Quitzau, J.A.A. & Stoye, J. (2008). A space efficient representation for sparse de Bruijn subgraphs (Forschungsberichte der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik / Universität Bielefeld). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2008 | Report | PUB-ID: 1970461 OA
Ejaz, T., Rahmann, S. & Stoye, J. (2008). Online Abelian Pattern Matching (Forschungsberichte der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik / Universität Bielefeld). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
Neuweger, H., Albaum, S., Dondrup, M., Persicke, M., Watt, T., Niehaus, K., Stoye, J. & Goesmann, A. (2008). MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data. Bioinformatics, 24(23), 2726-2732. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btn452.
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2008 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2305571 OA
Bannert, C. (2008). Flexible protein annotation with sequence- and secondary structure information. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2008 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918834
Stoye, J. (2008). Suffix Tree Construction in RAM (1997; Farach-Colton). In M.-Y. Kao (Hrsg.), Encyclopedia of Algorithms (S. 925-928). Springer Verlag. doi:10.1007/978-0-387-30162-4_414.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919192
Böcker, S., Jahn, K., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2008). Computation of Median Gene Clusters (LNBI). Proc. of RECOMB 2008 (S. 331-345). Gehalten auf der RECOMB 2008. doi:10.1007/978-3-540-78839-3_28.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919200
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2008). On Computing the Breakpoint Reuse Rate in Rearrangement Scenarios (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2008 (S. 226-240). Gehalten auf der Recomb-CG 2008. doi:10.1007/978-3-540-87989-3_17.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018405
Loyek, C., Woermann, F.G. & Nattkemper, T.W. (2008). Detection of Focal Cortical Dysplasia in MRI Using Textural Features. Proceedings of BVM 2008 (S. 432-436). Berlin, Heidelberg: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-540-78640-5_87.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636280 OA
Timm, W., Scherbart, A., Boecker, S., Kohlbacher, O. & Nattkemper, T.W. (2008). Peak intensity prediction in MALDI-TOF mass spectrometry: A machine learning study to support quantitative proteomics. BMC Bioinformatics, 9(1), 443. BIOMED CENTRAL LTD. doi:10.1186/1471-2105-9-443.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592257
Schoen, C., Blom, J., Claus, H., Schramm-Glueck, A., Brandt, P., Mueller, T., Goesmann, A., Joseph, B., Konietzny, S., Kurzai, O., Schmitt, C., Friedrich, T., Linke, B., Vogel, U. & Frosch, M. (2008). Whole-genome comparison of disease and carriage strains provides insights into virulence evolution in Neisseria meningitidis. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 105(9), 3473-3478. NATL ACAD SCIENCES. doi:10.1073/pnas.0800151105.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587304
Hazelhurst, S., Hide, W., Lipták, Z., Nogueira, R. & Starfield, R. (2008). An overview of the wcd EST clustering tool. BIOINFORMATICS, 24(13), 1542-1546. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btn203.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592737
Boecker, S., Lipták, Z., Martin, M., Pervukhin, A. & Sudek, H. (2008). DECOMP - from interpreting mass spectrometry peaks to solving the money changing problem. BIOINFORMATICS, 24(4), 591-593. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btm631.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587078
Schürmann, K.-B. & Stoye, J. (2008). Counting suffix arrays and strings. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 395(2-3), 220-234. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.tcs.2008.01.011.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586009
Krause, L., Diaz, N.N., Edwards, R.A., Gartemann, K.-H., Krömeke, H., Neuweger, H., Pühler, A., Runte, K.J., Schlüter, A., Stoye, J., Szczepanowski, R., Tauch, A. & Goesmann, A. (2008). Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 136(1-2), 91-101. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.06.003.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587052
Martin, C., Diaz, N.N., Ontrup, J. & Nattkemper, T.W. (2008). Hyperbolic SOM-based clustering of DNA fragment features for taxonomic visualization and classification. Bioinformatics, 24(14), 1568-1574. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btn257.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586785 OA
Oehm, S., Gilbert, D., Tauch, A., Stoye, J. & Goesmann, A. (2008). Comparative Pathway Analyzer - a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organisms. NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 36(Web Server), W433-W437. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/nar/gkn284.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585939
Tauch, A., Schneider, J., Szczepanowski, R., Tilker, A., Viehöver, P., Gartemann, K.-H., Arnold, W., Blom, J., Brinkrolf, K., Brune, I., Goetker, S., Weisshaar, B., Goesmann, A., Droege, M. & Pühler, A. (2008). Ultrafast pyrosequencing of Corynebacterium kroppenstedtii DSM44385 revealed insights into the physiology of a lipophilic corynebacterium that lacks mycolic acids. Journal of Biotechnology, 136(1-2), 22-30. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.03.004.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364 OA
Krause, L., Diaz, N.N., Goesmann, A., Kelley, S., Nattkemper, T.W., Rohwer, F., Edwards, R.A. & Stoye, J. (2008). Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments. Nucleic Acids Research, 36(7), 2230-2239. doi:10.1093/nar/gkn038.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919195
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2008). HP Distance via Double Cut and Join Distance (Lecture Notes in Computer Science, 5029). Combinatorial Pattern Matching. 19th Annual Symposium, CPM 2008, Pisa, Italy, June 18-20, 2008 Proceedings (S. 56-68). Gehalten auf der 19th Annual Symposium, CPM 2008. doi:10.1007/978-3-540-69068-9_8.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018409
Martin, C. & Nattkemper, T.W. (2008). A Tree Index to Support Clustering Based Exploratory Data Analysis (Communications in Computer and Information Science). Bioinformatics Research and Development : Second International Conference, BIRD 2008 Vienna, Austria, July 7-9, 2008 Proceedings (S. 1-15). Gehalten auf der BIRD«08 (2nd International Conference on Bioinformatics Research and Development), Berlin, Heidelberg: Springer. doi:10.1007/978-3-540-70600-7_1.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018435
Scherbart, A., Timm, W., Böcker, S. & Nattkemper, T.W. (2008). Improved Mass Spectrometry Peak Intensity Prediction by Adaptive Feature Weighting. International Conference on Neural Information Processing. Gehalten auf der ICONIP 2008, Auckland, New Zealand. doi:10.1007/978-3-642-02490-0_63.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018381
Albaum, S., Neuweger, H., Lange, S., Mertens, D., Runte, K., Kalinowski, J., Nattkemper, T.W. & Goesmann, A. (2008). ProSE - "Software as a Service" for Quantitative Proteomics (Poster abstract). HUPO 7th Annual World Congress.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018398
Herold, J., Friedenberger, M., Bode, M., Rajpoot, N., Schubert, W. & Nattkemper, T.W. (2008). Flexible Synapse Detection in Fluorescence Micrographs by Modeling Human Expert Grading. Proc. of 2008 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Gehalten auf der ISBI. doi:10.1109/isbi.2008.4541254.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018432
Scherbart, A. & Nattkemper, T.W. (2008). The Diversity of Regression Ensembles Combining Bagging and Random Subspace Method. International Conference on Neural Information Processing. Gehalten auf der ICONIP 2008. doi:10.1007/978-3-642-03040-6_111.
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2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018412
Martin, C., Díaz Solórzano, N.N., Ontrup, J. & Nattkemper, T.W. (2007). Genome feature exploration using hyperbolic Self-Organizing Maps. Proceedings of the 6th International Workshop on Self-Organizing Maps (WSOM 2007). Gehalten auf der WSOM 2007, Bielefeld: Bielefeld University. doi:10.2390/biecoll-wsom2007-140 .
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2007 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499308
Escoffier, B., Milanič, M. & Paschos, V.T. (2007). Simple and fast reoptimizations for the Steiner tree problem. DIMACS, Center for Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, NJ.
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2007 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308810 OA
Böcker, S., Letzel, M., Lipták, Z. & Pervukhin, A. (2007). Identifying metabolites with integer decomposition techniques, using only their mass spectrometric isotope patterns (Forschungsberichte der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik / Universität Bielefeld). Bielefeld: Technical Faculty, Bielefeld University.
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2007 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2302005 OA
Krause, L. (2007). From single genomes to natural microbial communities : novel methods for the high-throughput analysis of genomic sequences. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499472
Lozin, V.V. & Milanic, M. (2007). Tree-width and Optimization in Bounded Degree Graphs. Proc. 33rd International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science (WG 2007) (S. 45-54). doi:10.1007/978-3-540-74839-7_5.
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2007 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2305131 OA
Carvalho Junior, S.A. de. (2007). Algorithms for improving the design and production of oligonucleotide microarrays. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2007 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308854 OA
Cicalese, F. & Quitzau, J.A.A. (2007). 2-Stage Fault Tolerant Interval Group Testing (Forschungsberichte der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik / Universität Bielefeld). Bielefeld: Universität Bielefeld, Technische Fakultät.
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2007 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499449
Kaminski, M., Lozin, V.V. & Milanic, M. (2007). Recent Developments on Graphs of Bounded Clique-width. Rutgers Center for Operations Research, Rutgers University, NJ.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499456
Klau, G.W., Rahmann, S., Schliep, A., Vingron, M. & Reinert, K. (2007). Integer linear programming approaches for non-unique probe selection. Discrete Applied Mathematics, 155(6-7), 840-856. doi:10.1016/j.dam.2005.09.021.
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2007 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918828
Schmidt, T. & Stoye, J. (2007). Chapter 12: Gecko and GhostFam - Rigorous and Efficient Gene Cluster Detection in Prokaryotic Genomes (Methods in Molecular Biology). In N.H. Bergman (Hrsg.), Comparative Genomics, Volume 2 (S. 165-182). Totowa, NJ: Humana Press Inc. doi:10.1007/978-1-59745-515-2_12.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499284
Cicalese, F., Damaschke, P., Tansini, L. & Werth, S. (2007). Overlaps help: Improved bounds for group testing with interval queries. Discrete Applied Mathematics, 155(3), 288-299. doi:10.1016/j.dam.2006.07.002.
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