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414 Publikationen

2019 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2937712
Rubert, D.; Martinez, F. H. V.; Stoye, J.; Dörr, D. (In Press): Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants BMC Genomics
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2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148
Alanko, J.; Bannai, H.; Cazaux, B.; Peterlongo, P.; Stoye, J. (2019): Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear Time. In: Proceedings of WABI 2019. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik . (Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 143). S. 8:1-8:9.
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2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900
Wittler, R. (2019): Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs. In: Katharina Huber; Dan Gusfield (Hrsg.): Proceedings of WABI 2019. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik. (LIPIcs, 143).
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2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2936848
Dörr, D.; Rubert, D. (2019): Supplementary Data for "Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants". Bielefeld University.
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2019 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998
João C. Setubal; Jens Stoye; Bas E. Dutilh (Hrsg.) (2019): Computational Methods for Microbiome Analysis. Lausanne: Frontiers Media.
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2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604
Wittler, R. (2019): Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs arXiv:1905.04165
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2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
Dörr, D.; Stoye, J. (2019): A Perspective on Comparative and Functional Genomics. In: Tandy Warnow (Hrsg.): Bioinformatics and Phylogenetics. Cham: Springer . (Computational Biology, 29). S. 361-372.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933161
Hassan, H.; Shanak, S. (2019): GOTrapper. A tool to navigate through branches of gene ontology hierarchy BMC Bioinformatics,20:(1):20
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Oey, H.; Zakrzewski, M.; Gravermann, K.; Young, N. D.; Korhonen, P. K.; Gobert, G. N.; Nawaratna, S.; Hasan, S.; Martínez, D. M.; You, H.; Lavin, M.; Jones, M.; Ragan, M. A.; Stoye, J.; Oleaga, A.; Emery, A. M.; Webster, B.; Rollinson, D.; Gasser, R. B.; McManus, D. P.; Krause, L. (2019): Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium PLOS Pathogens,15:(1):e1007513
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
Schulz, T.; Stoye, J.; Dörr, D. (2018): GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data BMC Genomics,19:(Suppl. 5):308
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert, D.; Hoshino, E. A.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2018): Computing the family-free DCJ similarity BMC Bioinformatics,19:(Suppl. 6):152
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann, N.; Chauve, C.; Stoye, J.; Wittler, R. (2018): Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,15:(6): 2094-2100.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932754
Bhatia, S.; Feijão, P.; Francis, A. R. (2018): Position and Content Paradigms in Genome Rearrangements. The Wild and Crazy World of Permutations in Genomics BULLETIN OF MATHEMATICAL BIOLOGY,80:(12): 3227-3246.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919346
Hagenfeld, D.; Koch, R.; Jünemann, S.; Prior, K.; Harks, I.; Eickholz, P.; Hoffmann, T.; Kim, T. - S.; Kocher, T.; Meyle, J.; Kaner, D.; Schlagenhauf, U.; Ehmke, B.; Harmsen, D. (2018): Do we treat our patients or rather periodontal microbes with adjunctive antibiotics in periodontal therapy? A 16S rDNA microbial community analysis PLOS ONE,13:(4):e0195534
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2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2918485
Holley, G. (2018): Pan-genome Search and Storage. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2919356
Willing, E. (2018): On Distance and Sorting of the Double Cut-and-Join and the Inversion-*indel* Model. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
Cunha, L.; Diekmann, Y.; Kowada, L.; Stoye, J. (2018): Identifying Maximal Perfect Haplotype Blocks. In: Proceedings of BSB 2018. Springer Verlag. (LNBI, 11228). S. 26-37.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J.; Hach, F. (2018): Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY,25:(7): 825-836.
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2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
Zekic, T.; Holley, G.; Stoye, J. (2018): Pan-genome Storage and Analysis Techniques. In: João C. Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.): Comparative Genomics. Methods and Protocols. New York: Springer Verlag. (Methods in Molecular Biology, 1704). S. 29-53.
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2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
Dörr, D.; Feijão, P.; Stoye, J. (2018): Family-Free Genome Comparison. In: João C. Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.): Comparative Genomics: Methods and Protocols. New York: Springer Verlag. (Methods in Molecular Biology, 1704). S. 331-342.
PUB
 
2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
João C Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.) (2018): Comparative Genomics: Methods and Protocols. New York: Springer Verlag.
PUB
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Jaenicke, S.; Albaum, S.; Blumenkamp, P.; Linke, B.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2018): Flexible metagenome analysis using the MGX framework Microbiome,6:76
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2908574
Luhmann, N.; Lafond, M.; Thévenin, A.; Ouangraoua, A.; Wittler, R.; Chauve, C. (2017): The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,14
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492
Luhmann, N.; Dörr, D.; Chauve, C. (2017): Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes Microbial Genomics,3:(9)
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann, S.; Kleinbölting, N.; Jaenicke, S.; Henke, C.; Hassa, J.; Nelkner, J.; Stolze, Y.; Albaum, S.; Schlüter, A.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Stoye, J. (2017): Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research Journal of Biotechnology,261:(SI): 10-23.
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
Rubert, D.; Medeiros, G. L.; Hoshino, E. A.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ. In: Joao Meidanis; Luay Nakhleh (Hrsg.): Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Cham: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 10562). S. 76-100.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
Rubert, D.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time Algorithms for Molecular Biology,12:3
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2017 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2909213
Luhmann, N. (2017): Phylogenetic assembly of paleogenomes integrating ancient DNA data. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552
da Silva, P. H.; Machado, R.; Dantas, S.; Dias Vieira Braga, M. (2017): Genomic Distance with High Indel Costs IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,14:(3): 728-732.
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha, L.; Dantas, S.; Gagie, T.; Wittler, R.; Kowada, L.; Stoye, J. (2017): Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. In: Proceedings of CPM 2017. (LIPIcs, 78). S. 19:1-19:9.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911814
Dörr, D.; Balaban, M.; Feijão, P.; Chauve, C. (2017): The gene family-free median of three Algorithms for Molecular Biology,12:14
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2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Cunha, L.; Dantas, S.; Gagie, T.; Wittler, R.; Kowada, L.; Stoye, J. (2017): Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings arXiv: 1702.01280
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J.; Hach, F. (2017): Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. In: Proceedings of RECOMB 2017. (Lecture Notes in Bioinformatics, 10229). S. 50-65.
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2017 | Sammelwerksbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2913924
Anselmetti, Y.; Luhmann, N.; Bérard, S.; Tannier, E.; Chauve, C. (In Press): Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization. In: João C. Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.): Comparative Genomics. Springer Verlag. (Methods in Molecular Biology, ).
PUB
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
Schulz, T.; Stoye, J.; Dörr, D. (2017): Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery. In: Proceedings of RECOMB-CG 2017. Berlin: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 1704). S. 197-212.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
Dörr, D.; Kowada, L. A. B.; Soares de Araujo, F. E.; Deshpande, S.; Dantas, S.; Moret, B. M. E.; Stoye, J. (2017): New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies Journal of Computational Biology,24:(6): 616-634.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901477
Ahmed Raza, S. E.; Langenkämper, D.; Sirinukunwattana, K.; Epstein, D.; Nattkemper, T. W.; Rajpoot, N. M. (2016): Robust normalization protocols for multiplexed fluorescence bioimage analysis BioData Mining,9:(1):11
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Winter, S.; Jahn, K.; Wehner, S.; Kuchenbecker, L.; Marz, M.; Stoye, J.; Böcker, S. (2016): Finding approximate gene clusters with GECKO 3 Nucleic Acids Research,44:(20): 9600-9610.
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2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
Rubert, D.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2016): A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates. In: Martin Frith; Christian Nørgaard Storm Pedersen (Hrsg.): Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Cham: Springer. (Lecture Notes in Bioinformatics, 9838). S. 293-306.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J. (2016): Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage Algorithms for Molecular Biology,11:3
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2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2906743
Bremges, A. (2016): Assembling the microbial dark matter. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2902049
Dörr, D. (2016): Gene family-free genome comparison. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900943
Langenkämper, D.; Jakobi, T.; Feld, D.; Jelonek, L.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2016): Comparison of Acceleration Techniques for Selected Low-Level Bioinformatics Operations Frontiers in Genetics,7:5
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2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111
Kowada, L. A. B.; Doerr, D.; Dantas, S.; Stoye, J. (2016): New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies. In: Mona Singh (Hrsg.): Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016. Springer. (Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI), 9649). S. 204-224.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900421
Krause, L.; Nones, K.; Loffler, K. A.; Nancarrow, D.; Oey, H.; Tang, Y. H.; Wayte, N. J.; Patch, A. M.; Patel, K.; Brosda, S.; Manning, S.; Lampe, G.; Clouston, A.; Thomas, J.; Stoye, J.; Hussey, D. J.; Watson, D. I.; Lord, R. V.; Phillips, W. A.; Gotley, D.; Smithers, B. M.; Whiteman, D. C.; Hayward, N. K.; Grimmond, S. M.; Waddell, N.; Barbour, A. P. (2016): Identification of the CIMP-like subtype and aberrant methylation of members of the chromosomal segregation and spindle assembly pathways in esophageal adenocarcinoma Carcinogenesis,37:(4): 356-365.
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2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901740
Luhmann, N.; Thévenin, A.; Ouangraoua, A.; Wittler, R.; Chauve, C. (2016): The SCJ small parsimony problem for weighted gene adjacencies. In: Proceedings 12th International Symposium, ISBRA 2016. Springer International Publishing. (Lecture Notes in Computer Science, 9683). S. 200-210.
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2016 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912258
Steffen Hölldobler (Hrsg.) (2016): Genfamilienfreier Genomvergleich, In: Steffen Hölldobler (Hrsg.), LNI,D-16: 91-100.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911748
Krahn, T.; Wibberg, D.; Maus, I.; Winkler, A.; Pühler, A.; Poirel, L.; Schlüter, A. (2015): Complete Genome Sequence ofAcinetobacter baumanniiCIP 70.10, a Susceptible Reference Strain for Comparative Genome Analyses Genome Announcements,3:(4): e00850-15.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2015): Sorting linear genomes with rearrangements and indels IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,12:(3): 500-506.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366
Viduani Martinez, F. H.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2015): On the family-free DCJ distance and similarity Algorithms for Molecular Biology,10:13
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2715682
Henning, P.; Kuich, J. L.; Hoffmann, N.; Stefan, K. (2015): Maui-VIA: a user-friendly software for visual identification, alignment, correction, and quantification of gas chromatography–mass spectrometry data Frontiers in Bioengineering and Biotechnology,2:(84)
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2766708
Chen, C.; Bartenhagen, C.; Gombert, M.; Okpanyi, V.; Binder, V.; Röttgers, S.; Bradtke, J.; Teigler-Schlegel, A.; Harbott, J.; Ginzel, S.; Thiele, R.; Husemann, P.; Krell, P.; Borkhardt, A.; Dugas, M.; Hu, J.; Fischer, U. (2015): Next-generation-sequencing of recurrent childhood high hyperdiploid acute lymphoblastic leukemia reveals mutations typically associated with high risk patients Leukemia research
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612
Wittler, R.; Marschall, T.; Schönhuth, A.; Makinen, V. (2015): Repeat- and error-aware comparison of deletions Bioinformatics,31:(18): 2947-2954.
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2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J. (2015): Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage. In: Proceedings of WABI 2015. (LNBI, 9289). S. 217-230.
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2015 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2786037
Hilker, R. (2015): Development of a read mapping analysis software and computational pan genome analysis of 20 Pseudomonas aeruginosa strains. Bielefeld: Bielefeld University.
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2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780229
Joao Meidanis; Jens Stoye (Hrsg.) (2015): Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Bioinformatics, In: Joao Meidanis; Jens Stoye (Hrsg.), BMC Bioinformatics,16:(Supplement 14)
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2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780232
Joao Meidanis; Jens Stoye (Hrsg.) (2015): Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Genomics, In: Joao Meidanis; Jens Stoye (Hrsg.), BMC Genomics,16:(Supplement 10)
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2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684241
Viduani Martinez, F. H.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2014): On the family-free DCJ distance. In: Dan Brown; Burkhard Morgenstern (Hrsg.): Algorithms in Bioinformatics. WABI 2014. Berlin ; Heidelberg: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 8701). S. 174-186.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033
Dörr, D.; Stoye, J.; Böcker, S.; Jahn, K. (2014): Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings BMC Genomics,15:(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014): S2.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362
Lechner, M.; Hernandez-Rosales, M.; Dörr, D.; Wieseke, N.; Thévenin, A.; Stoye, J.; Hartmann, R. K.; Prohaska, S. J.; Stadler, P. F. (2014): Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets PLoS ONE,9:(8): e105015.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
Jünemann, S.; Prior, K.; Albersmeier, A.; Albaum, S.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2014): GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers PLOS ONE,9:(9): e107014.
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2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2723541
Ander, C. (2014): Bioinformatic methods for the analysis and comparison of metagenomes and metatranscriptomes. Bielefeld: Universitätsbibliothek Bielefeld.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker, R.; Stadermann, K. B.; Doppmeier, D.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Straube, J.; Winnebald, J.; Goesmann, A. (2014): ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences Bioinformatics,30:(16): 2247-2254.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038
Schwientek, P.; Neshat, A.; Kalinowski, J.; Klein, A.; Rückert, C.; Schneiker-Bekel, S.; Wendler, S.; Stoye, J.; Pühler, A. (2014): Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts Journal of Biotechnology,190: 85-95.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988
Jakobi, T.; Brinkrolf, K.; Tauch, A.; Noll, T.; Stoye, J.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2014): Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing Journal of Biotechnology,190: 64-75.
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2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
Luhmann, N.; Chauve, C.; Stoye, J.; Wittler, R. (2014): Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. In: Campos Sérgio (Hrsg.): Proc. of BSB 2014. Springer Verlag. (LNBI, 8826). S. 135-143.
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2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2677466
Hoffmann, N. (2014): Computational methods for high-throughput metabolomics. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2691246
Fueller, E.; Schaefer, D.; Fischer, U.; Krell, P.; Stanulla, M.; Borkhardt, A.; Slany, R. K. (2014): Genomic Inverse PCR for Exploration of Ligated Breakpoints (GIPFEL), a New Method to Detect Translocations in Leukemia PloS one,9:(8): 104419.
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2014 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693552
Stoye, J. (2014): Suffix Tree Construction. In: M.-Y. Kao (Hrsg.): Encyclopedia of Algorithms. Springer Verlag.
PUB | DOI
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693409
Fredrich, E.; Ander, C.; Stoye, J.; Brune, I.; Tauch, A. (2014): Metatranskriptomik der Mikrobiota aus der menschlichen Achselhöhle BIOspektrum,20:(5): 294-296.
PUB | DOI
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
Hoffmann, N.; Wilhelm, M.; Doebbe, A.; Niehaus, K.; Stoye, J. (2014): BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry Bioinformatics,30:(7): 988-995.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2691732
Klippel, B.; Sahm, K.; Basner, A.; Wiebusch, S.; John, P.; Lorenz, U.; Peters, A.; Abe, F.; Takahashi, K.; Kaiser, O.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Grote, R.; Horikoshi, K.; Antranikian, G. (2014): Carbohydrate-active enzymes identified by metagenomic analysis of deep-sea sediment bacteria Extremophiles,18:(5): 853-863.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2691279
Binder, V.; Bartenhagen, C.; Okpanyi, V.; Gombert, M.; Moehlendick, B.; Behrens, B.; Klein, H. - U.; Rieder, H.; Krell, P.; Dugas, M.; Stoecklein, N. H.; Borkhardt, A. (2014): A New Workflow for Whole-Genome Sequencing of Single Human Cells Human mutation
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
Henrich, B.; Rumming, M.; Sczyrba, A.; Velleuer, E.; Dietrich, R.; Gerlach, W.; Gombert, M.; Rahn, S.; Stoye, J.; Borkhardt, A.; Fischer, U. (2014): Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma PLoS ONE,9:(3): e92297.
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2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2673418
Mascher, M. (2014): POPSEQ Anchoring and ordering contig assemblies from next generation sequencing data by population sequencing. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611641
Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2013): Restricted DCJ-Indel Model Revisited. In: João C. Setubal; Nalvo F. Almeida (Hrsg.): Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2013. Cham: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 8213). S. 36-46.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611630
Willing, E.; Zaccaria, S.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2013): On the Inversion-Indel Distance BMC Bioinformatics,14:(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013):S3
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2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
Dias Vieira Braga, M.; Chauve, C.; Dörr, D.; Jahn, K.; Stoye, J.; Thévenin, A.; Wittler, R. (2013): The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Cedric Chauve; Nadia El-Mabrouk; Eric Tannier (Hrsg.): Models and Algorithms for Genome Evolution. Springer Verlag. (Computational Biology Series, 19). S. 287-307.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
Ander, C.; Schulz-Trieglaff, O. B.; Stoye, J.; Cox, A. J. (2013): metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences BMC Bioinformatics,14:(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013): S2.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2555342
He, P.; Hao, K.; Blom, J.; Rückert, C.; Vater, J.; Mao, Z.; Wu, Y.; Hou, M.; He, P.; He, Y.; Borriss, R. (2013): Genome sequence of the plant growth promoting strain Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum B9601-Y2 and expression of mersacidin and other secondary metabolites Journal of biotechnology,164:(2): 281-291.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison Nature biotechnology,31:(12): 1148.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2492825
Reuther, S.; Schmetzer, H.; Schuster, F. R.; Krell, P.; Grabrucker, C.; Liepert, A.; Kroell, T.; Kolb, H. - J.; Borkhardt, A.; Buhmann, R. (2013): In vitro-induced response patterns of antileukemic T cells: characterization by spectratyping and immunophenotyping Clinical and Experimental Medicine,13:(1): 29-48.
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2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643
Bergeron, A.; Stoye, J. (2013): The Genesis of the DCJ Formula. In: Cedric Chauve; Nadia El-Mabrouk; Eric Tannier (Hrsg.): Models and Algorithms for Genome Evolution. Springer Verlag. (Computational Biology Series, 19). S. 63-81.
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2013 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2604883
Blom, J. (2013): Comparative genomics on gene and single nucleotide level. Bielefeld: Universitätsbibliothek.
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2013 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2594322
Janowski, S. J. (2013): VANESA - A bioinformatics software application for the modeling, visualization, analysis, and simulation of biological networks in systems biology applications. Bielefeld: Bielefeld University.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361
Krell, P.; Reuther, S.; Fischer, U.; Keller, T.; Weber, S.; Gombert, M.; Schuster, F. R.; Asang, C.; Stepensky, P.; Strahm, B.; Meisel, R.; Stoye, J.; Borkhardt, A. (2013): Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis Haematologica,98:(9): 1388-1396.
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2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323
Gerlach, W.; Stoye, J. (2013): Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. In: Karen E. Nelson (Hrsg.): Encyclopedia of Metagenomics. Springer Verlag.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2625914
Bergmann, T.; Maeder, U.; Fiebich, M.; Dickob, M.; Nattkemper, T. W.; Anselmetti, D. (2013): Categorization of two-photon microscopy images of human cartilage into states of osteoarthritis Osteoarthritis And Cartilage,21:(8): 1074-1082.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Updating benchtop sequencing performance comparison Nature Biotechnology,31:(4): 294-296.
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2013 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2616537
Aaron Darling; Jens Stoye (Hrsg.) (2013): Algorithms in Bioinformatics, In: Aaron Darling; Jens Stoye (Hrsg.), Lecture Notes in Bioinformatics,8126
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn, K.; Winter, S.; Stoye, J.; Böcker, S. (2013): Statistics for approximate gene clusters BMC Bioinformatics,14:(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S14.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
Schwientek, P.; Wendler, S.; Neshat, A.; Eirich, C.; Rückert, C.; Klein, A.; Wehmeier, U. F.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Pühler, A. (2013): Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media Journal of Biotechnology,167:(2): 166-177.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548286
Luque-Almagro, V. M.; Acera, F.; Igeño, M. I.; Wibberg, D.; Roldán, M. D.; Sáez, L. P.; Hennig, M.; Quesada, A.; Huertas, M. J.; Blom, J.; Merchán, F.; Escribano, M. P.; Jaenicke, S.; Estepa, J.; Guijo, M. I.; Martínez-Luque, M.; Macías, D.; Szczepanowski, R.; Becerra, G.; Ramirez, S.; Carmona, M. I.; Gutiérrez, O.; Manso, I.; Pühler, A.; Castillo, F.; Moreno-Vivián, C.; Schlüter, A.; Blasco, R. (2013): Draft whole genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Environmental Microbiology,15:(1): 253-270.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092
Wittler, R. (2013): Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering BMC Genomics,14:(Suppl 1): S12.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529309
Bolzan de Campos, S.; Youn, J. - W.; Farina, R.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Szczepanowski, R.; Beneduzi, A.; Vargas, L. K.; Wendisch, V. F.; Passaglia, L. (2013): Changes in Root Bacterial Communities Associated to Two Different Development Stages of Canola (*Brassica napus* L. var oleifera) Evaluated through Next-Generation Sequencing Microbial Ecology,65:(3): 593-601.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659331
Feijão, P.; Meidanis, J. (2013): Extending the Algebraic Formalism for Genome Rearrangements to Include Linear Chromosomes IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,10:(4): 819-831.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560353
Dörr, D.; Gronau, I.; Moran, S.; Yavneh, I. (2012): Stochastic errors vs. modeling errors in distance based phylogenetic reconstructions Algorithms for Molecular Biology,7:(1): 22.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr, D.; Thévenin, A.; Stoye, J. (2012): Gene family assignment-free comparative genomics BMC Bioinformatics,13:(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S3.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498160
Schröder, J.; Maus, I.; Meyer, K.; Wördemann, S.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Schneider, J.; Trost, E.; Tauch, A. (2012): Complete genome sequence, lifestyle, and multi-drug resistance of the human pathogen Corynebacterium resistens DSM 45100 isolated from blood samples of a leukemia patient BMC Genomics,13:(1):141
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