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771 Publikationen

2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2770185 OA
Nolla Ardevol, V. (2014). Anaerobic digestion of the microalga Spirulina at alkaline conditions (pH~10; 2.0 M Na+): biogas production and metagenome analysis. Bielefeld: Bielefeld University.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker, R., Stadermann, K.B., Doppmeier, D., Kalinowski, J., Stoye, J., Straube, J., Winnebald, J. & Goesmann, A. (2014). ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences. Bioinformatics, 30(16), 2247-2254. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btu205.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2678005
Heitkam, T., Holtgräwe, D., Dohm, J.C., Minoche, A.E., Himmelbauer, H., Weisshaar, B. & Schmidt, T. (2014). Profiling of extensively diversified plant LINEs reveals distinct plant-specific subclades. The Plant Journal, 79(3), 385-397. Wiley-Blackwell. doi:10.1111/tpj.12565.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038
Schwientek, P., Neshat, A., Kalinowski, J., Klein, A., Rückert, C., Schneiker-Bekel, S., Wendler, S., Stoye, J. & Pühler, A. (2014). Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts. Journal of Biotechnology, 190, 85-95. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.03.013.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2647992
Flinspach, K., Rückert, C., Kalinowski, J., Heide, L. & Apel, A.K. (2014). Draft Genome Sequence of Streptomyces niveus NCIMB 11891, Producer of the Aminocoumarin Antibiotic Novobiocin. Genome announcements, 2(1), e01146-13. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.01146-13.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2653196
Wilson, M.C., Mori, T., Rückert, C., Uria, A.R., Helf, M.J., Takada, K., Gernert, C., Steffens, U.A.E., Heycke, N., Schmitt, S., Rinke, C., Helfrich, E.J.N., Brachmann, A.O., Gurgui, C., Wakimoto, T., Kracht, M., Crüsemann, M., Hentschel, U., Abe, I., Matsunaga, S., Kalinowski, J., Takeyama, H. & Piel, J. (2014). An environmental bacterial taxon with a large and distinct metabolic repertoire. Nature, 506(7486), 58-62. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nature12959.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2705365
Tippelt, A., Albersmeier, A., Brinkrolf, K., Rückert, C., Fernández-Natal, I., Soriano, F. & Tauch, A. (2014). Complete Genome Sequence of Corynebacterium ureicelerivorans DSM 45051, a Lipophilic and Urea-Splitting Isolate from the Blood Culture of a Septicemia Patient. Genome announcements, 2(6). American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.01211-14.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643981
Bolger, M.E., Weisshaar, B., Scholz, U., Stein, N., Usadel, B. & Mayer, K.F.X. (2014). Plant genome sequencing — applications for crop improvement. Current Opinion in Biotechnology, 26(4), 31-37. Elsevier BV. doi:10.1016/j.copbio.2013.08.019.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693289
Al-Dilaimi, A., Albersmeier, A., Kalinowski, J. & Rückert, C. (2014). Complete Genome Sequence of Corynebacterium vitaeruminis DSM 20294T, isolated from the cow rumen as a vitamin B producer. Journal of Biotechnology, 189, 70-71. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.08.036.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693296
Walter, F., Albersmeier, A., Kalinowski, J. & Rückert, C. (2014). Complete Genome Sequence of Corynebacterium casei LMG S-19264T (=DSM 44701T), isolated from a smear-ripened cheese. Journal of Biotechnology, 189, 76-77. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.08.038.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988
Jakobi, T., Brinkrolf, K., Tauch, A., Noll, T., Stoye, J., Pühler, A. & Goesmann, A. (2014). Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing. Journal of Biotechnology, 190, 64-75. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.07.437.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631517
Hackmann, C., Korneli, C., Kutyniok, M., Köster, T., Wiedenlübbert, M., Müller, C. & Staiger, D. (2014). Salicylic acid-dependent and -independent impact of an RNA-binding protein on plant immunity. Plant, Cell & Environment, 37(3), 696-706. Wiley-Blackwell. doi:10.1111/pce.12188.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2701280
Noll, T., Pühler, A., Weisshaar, B. & Wendisch, V.F. (2014). The Genomics Revolution and its Impact on Future Biotechnology. Journal of Biotechnology, 190: 1. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.10.009.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687120
Albersmeier, A., Bomholt, C., Glaub, A., Rückert, C., Soriano, F., Fernández-Natal, I. & Tauch, A. (2014). Draft Genome Sequence of the Multidrug-Resistant Clinical Isolate Dermabacter hominis 1368. Genome announcements, 2(4). American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.00728-14.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693409
Fredrich, E., Ander, C., Stoye, J., Brune, I. & Tauch, A. (2014). Metatranskriptomik der Mikrobiota aus der menschlichen Achselhöhle. BIOspektrum, 20(5), 294-296. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s12268-014-0468-4.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676806
Busche, T., Pfeifer-Sancar, K., Rückert, C. & Kalinowski, J. (2014). Identifizierung von Promotoren in Corynebacterium glutamicum. BIOspektrum, 20(3), 284-287. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s12268-014-0442-1.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
Hoffmann, N., Wilhelm, M., Doebbe, A., Niehaus, K. & Stoye, J. (2014). BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry. Bioinformatics, 30(7), 988-995. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btt738.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643946
Dohm, J.C., Minoche, A.E., Holtgräwe, D., Capella-Gutiérrez, S., Zakrzewski, F., Tafer, H., Rupp, O., Rosleff Sörensen, T., Stracke, R., Reinhardt, R., Goesmann, A., Kraft, T., Schulz, B., Stadler, P.F., Schmidt, T., Gabaldón, T., Lehrach, H., Weisshaar, B. & Himmelbauer, H. (2014). The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet (Beta vulgaris). Nature, 505(7484), 546-549. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nature12817.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2647986
Rückert, C., Kalinowski, J., Heide, L. & Apel, A.K. (2014). Draft Genome Sequence of Streptomyces roseochromogenes subsp. oscitans DS 12.976, Producer of the Aminocoumarin Antibiotic Clorobiocin. Genome announcements, 2(1), e01147-13. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.01147-13.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2651944
Tielen, P., Wibberg, D., Blom, J., Rosin, N., Meyer, A.-K., Bunk, B., Schobert, M., Tüpker, R., Schatschneider, S., Rückert, C., Albersmeier, A., Goesmann, A., Vorhölter, F.-J., Jahn, D. & Pühler, A. (2014). Genome Sequence of the Small-Colony Variant Pseudomonas aeruginosa MH27, Isolated from a Chronic Urethral Catheter Infection. Genome announcements, 2(1). American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.01174-13.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689749
Milse, J., Petri, K., Rückert, C. & Kalinowski, J. (2014). Transcriptional response of Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 to hydrogen peroxide stress and characterization of the OxyR regulon. Journal of Biotechnology, 190, 40-54. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.07.452.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689802
Fechter, I., Hausmann, L., Zyprian, E., Daum, M., Holtgräwe, D., Weisshaar, B. & Töpfer, R. (2014). QTL analysis of flowering time and ripening traits suggests an impact of a genomic region on linkage group 1 in Vitis. Theoretical and Applied Genetics, 127(9), 1857-1872. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s00122-014-2310-2.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2664976
Rückert, C., Szczepanowski, R., Albersmeier, A., Goesmann, A., Fischer, N., Steinkämper, A., Pühler, A., Biener, R., Schwartz, D. & Kalinowski, J. (2014). Complete Genome Sequence of the Actinobacterium Actinoplanes friuliensis HAG 010964, producer of the lipopeptide antibiotic friulimycin. Journal of biotechnology, 178, 41-42. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.03.011.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2662843
Myronovskyi, M., Tokovenko, B., Brötz, E., Rückert, C., Kalinowski, J. & Luzhetskyy, A. (2014). Genome rearrangements of Streptomyces albus J1074 lead to the carotenoid gene cluster activation. Applied microbiology and biotechnology, 98(2), 795-806. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s00253-013-5440-6.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684495
Dally, N., Xiao, K., Holtgräwe, D. & Jung, C. (2014). The B2 flowering time locus of beet encodes a zinc finger transcription factor. Proceedings of the National Academy of Sciences, 111(28), 10365-10370. Proceedings of the National Academy of Sciences. doi:10.1073/pnas.1404829111.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685861
Torres Tejerizo, G., Pistorio, M., Althabegoiti, M.J., Cervantes, L., Wibberg, D., Schlüter, A., Pühler, A., Lagares, A., Romero, D. & Brom, S. (2014). Rhizobial plasmid pLPU83a is able to switch between different transfer machineries depending on its genomic background. FEMS Microbiology Ecology, 88(3), 565-578. Oxford University Press (OUP). doi:10.1111/1574-6941.12325.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2679186
Appelhagen, I., Thiedig, K., Nordholt, N., Schmidt, N., Huep, G., Sagasser, M. & Weisshaar, B. (2014). Update on transparent testa mutants from Arabidopsis thaliana: characterisation of new alleles from an isogenic collection. Planta, 240(5), 955-970. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s00425-014-2088-0.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2675608
Wibberg, D., Torres Tejerizo, G., Florencia Del Papa, M., Martini, C., Pühler, A., Lagares, A., Schlüter, A. & Pistorio, M. (2014). Genome sequence of the acid-tolerant strain Rhizobium sp LPU83. Journal of Biotechnology, 176, 40-41. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.02.008.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2668850
Zakrzewski, F., Schubert, V., Viehöver, P., Minoche, A.E., Dohm, J.C., Himmelbauer, H., Weisshaar, B. & Schmidt, T. (2014). The CHH motif in sugar beet satellite DNA: a modulator for cytosine methylation. The Plant Journal, 78(6), 937-950. Wiley-Blackwell. doi:10.1111/tpj.12519.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693535
Stegmann, E., Albersmeier, A., Spohn, M., Gert, H., Weber, T., Wohlleben, W., Kalinowski, J. & Rückert, C. (2014). Complete Genome Sequence of the Actinobacterium Amycolatopsis japonica MG417-CF17T (=DSM 44213T) producing (S,S)-N,N'-ethylenediaminedisuccinic acid. Journal of biotechnology, 189, 46-47. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.08.034.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2705374
Möllmann, S., Albersmeier, A., Rückert, C. & Tauch, A. (2014). Complete Genome Sequence of Corynebacterium imitans DSM 44264, Isolated from a Five-Month-Old Boy with Suspected Pharyngeal Diphtheria. Genome announcements, 2(6). American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.01210-14.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676082
Ian, E., Malko, D.B., Sekurova, O.N., Bredholt, H., Rückert, C., Borisova, M.E., Albersmeier, A., Kalinowski, J., Gelfand, M.S. & Zotchev, S.B. (2014). Genomics of Sponge-Associated Streptomyces spp. Closely Related to Streptomyces albus J1074: Insights into Marine Adaptation and Secondary Metabolite Biosynthesis Potential. PloS one, 9(5): e96719. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0096719.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2662834
Glaub, A., Bomholt, C., Gravermann, K., Brinkrolf, K., Albersmeier, A., Rückert, C. & Tauch, A. (2014). Complete Genome Sequence of Corynebacterium falsenii DSM 44353 To Study the Evolution of Corynebacterium Cluster 3 Species. Genome announcements, 2(2). American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.00158-14.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2582332
Guimarães, L.C., Soares, S.C., Albersmeier, A., Blom, J., Jaenicke, S., Azevedo, V., Soriano, F., Tauch, A. & Trost, E. (2013). Complete Genome Sequence of Corynebacterium urealyticum Strain DSM 7111, Isolated from a 9-Year-Old Patient with Alkaline-Encrusted Cystitis. Genome announcements, 1(3): e00264-13. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.00264-13.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2624418 OA
Staiger, D., Shin, J., Johansson, M. & Davis, S.J. (2013). The circadian clock goes genomic. Genome Biology, 14(6): 208. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/gb-2013-14-6-208.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631977 OA
Petri, K., Walter, F., Persicke, M., Rückert, C. & Kalinowski, J. (2013). A novel type of N-acetylglutamate synthase is involved in the first step of arginine biosynthesis in Corynebacterium glutamicum. BMC Genomics, 14(1): 713. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-14-713.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2605193 OA
Eikmeyer, F.G., Rademacher, A., Hanreich, A., Hennig, M., Jaenicke, S., Maus, I., Wibberg, D., Zakrzewski, M., Pühler, A., Klocke, M. & Schlüter, A. (2013). Detailed analysis of metagenome datasets obtained from biogas-producing microbial communities residing in biogas reactors does not indicate the presence of putative pathogenic microorganisms. Biotechnology for Biofuels, 6(1): 49. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1754-6834-6-49.
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2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1923975
Wendisch, V.F. & Polen, T. (2013). Transcriptome/proteome analysis of Corynebacterium glutamicum (Microbiology Monographs). In H. Yukawa & M. Inui (Hrsg.), Corynebacterium glutamicum: Biology and Biotechnology (S. 173-216). Heidelberg, Germany: Springer. doi:10.1007/978-3-642-29857-8_6.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2644101 OA
Schaffert, L., Albersmeier, A., Bednarz, H., Niehaus, K., Kalinowski, J. & Rückert, C. (2013). Genome sequence of the marine bacterium Corynebacterium maris type strain Coryn-1T (= DSM 45190T). Standards in Genomic Sciences, 8(3), 516-524. The Genomic Standards Consortium. doi:10.4056/sigs.4057796.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631969 OA
Mentz, A., Neshat, A., Pfeifer-Sancar, K., Pühler, A., Rückert, C. & Kalinowski, J. (2013). Comprehensive discovery and characterization of small RNAs in Corynebacterium glutamicum ATCC 13032. BMC Genomics, 14(1): 714. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-14-714.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643373 OA
Pfeifer-Sancar, K., Mentz, A., Rückert, C. & Kalinowski, J. (2013). Comprehensive analysis of the Corynebacterium glutamicum transcriptome using an improved RNAseq technique. BMC Genomics, 14(1): 888. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-14-888.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2555342
He, P., Hao, K., Blom, J., Rückert, C., Vater, J., Mao, Z., Wu, Y., Hou, M., He, P., He, Y. & Borriss, R. (2013). Genome sequence of the plant growth promoting strain Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum B9601-Y2 and expression of mersacidin and other secondary metabolites. Journal of biotechnology, 164(2), 281-291. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.12.014.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2614869
Soares, S.C., Trost, E., Ramos, R.T.J., Carneiro, A.R., Santos, A.R., Pinto, A.C., Barbosa, E., Aburjaile, F., Ali, A., Diniz, C.A.A., Hassan, S.S., Fiaux, K., Guimarães, L.C., Bakhtiar, S.M., Pereira, U., Almeida, S.S., Abreu, V.A.C., Rocha, F.S., Dorella, F.A., Miyoshi, A., Silva, A., Azevedo, V. & Tauch, A. (2013). Genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi strain 258 and prediction of antigenic targets to improve biotechnological vaccine production. Journal of Biotechnology, 167(2), 135-141. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.11.003.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S., Sedlazeck, F.J., Prior, K., Albersmeier, A., John, U., Kalinowski, J., Mellmann, A., Goesmann, A., von Haeseler, A., Stoye, J. & Harmsen, D. (2013). Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature biotechnology, 31(12), 1148. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nbt1213-1148e.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2637220
Wu, H., Qiao, J., Blom, J., Rückert, C., Reva, O., Gao, X. & Borriss, R. (2013). The Rhizobacterium Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum NAU-B3 Contains a Large Inversion within the Central Portion of the Genome. Genome announcements, 1(6), e00941-13. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.00941-13.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2633427
Wibberg, D., Blom, J., Rückert, C., Winkler, A., Albersmeier, A., Pühler, A., Schlüter, A. & Scharf, B.E. (2013). Draft Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti RU11/001, a model organism for flagellum structure, motility and chemotaxis. Journal of Biotechnology, 168(4), 731-733. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2013.10.015.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2632946
Köhler, K.A.K., Rückert, C., Schatschneider, S., Vorhölter, F.-J., Szczepanowski, R., Blank, L.M., Niehaus, K., Goesmann, A., Pühler, A., Kalinowski, J. & Schmid, A. (2013). Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain VLB120 a solvent tolerant, styrene degrading bacterium, isolated from forest soil. Journal of Biotechnology, 168(4), 729-730. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2013.10.016.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2629570
Huep, G., Kleinbölting, N., Appelhagen, I., Viehöver, P. & Weisshaar, B. (2013). Insertionslinien als Werkzeuge für funktionelle Genomforschung. BIOspektrum, 19(6), 639-641. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s12268-013-0367-0.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2558460
Roetzer, A., Diel, R., Kohl, T.A., Rückert, C., Nübel, U., Blom, J., Wirth, T., Jaenicke, S., Schuback, S., Rüsch-Gerdes, S., Supply, P., Kalinowski, J. & Niemann, S. (2013). Whole Genome Sequencing versus Traditional Genotyping for Investigation of a Mycobacterium tuberculosis Outbreak: A Longitudinal Molecular Epidemiological Study. PLoS medicine, 10(2): e1001387. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pmed.1001387.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631956
Rückert, C., Szczepanowski, R., Albersmeier, A., Goesmann, A., Iftime, D., Musiol, E.M., Blin, K., Wohlleben, W., Pühler, A., Kalinowski, J. & Weber, T. (2013). Complete genome sequence of the kirromycin producer Streptomyces collinus Tü 365 consisting of a linear chromosome and two linear plasmids. Journal of Biotechnology, 168(4), 739-740. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2013.10.004.
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