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771 Publikationen

2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643373 OA
Pfeifer-Sancar, K., Mentz, A., Rückert, C., & Kalinowski, J. (2013). Comprehensive analysis of the Corynebacterium glutamicum transcriptome using an improved RNAseq technique. BMC Genomics, 14(1), 888. doi:10.1186/1471-2164-14-888
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2555342
He, P., Hao, K., Blom, J., Rückert, C., Vater, J., Mao, Z., Wu, Y., et al. (2013). Genome sequence of the plant growth promoting strain Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum B9601-Y2 and expression of mersacidin and other secondary metabolites. Journal of biotechnology, 164(2), 281-291. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.12.014
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2614869
Soares, S. C., Trost, E., Ramos, R. T. J., Carneiro, A. R., Santos, A. R., Pinto, A. C., Barbosa, E., et al. (2013). Genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi strain 258 and prediction of antigenic targets to improve biotechnological vaccine production. Journal of Biotechnology, 167(2), 135-141. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.11.003
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S., Sedlazeck, F. J., Prior, K., Albersmeier, A., John, U., Kalinowski, J., Mellmann, A., et al. (2013). Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature biotechnology, 31(12), 1148. doi:10.1038/nbt1213-1148e
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2637220
Wu, H., Qiao, J., Blom, J., Rückert, C., Reva, O., Gao, X., & Borriss, R. (2013). The Rhizobacterium Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum NAU-B3 Contains a Large Inversion within the Central Portion of the Genome. Genome announcements, 1(6), e00941-13. doi:10.1128/genomeA.00941-13
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2633427
Wibberg, D., Blom, J., Rückert, C., Winkler, A., Albersmeier, A., Pühler, A., Schlüter, A., et al. (2013). Draft Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti RU11/001, a model organism for flagellum structure, motility and chemotaxis. Journal of Biotechnology, 168(4), 731-733. doi:10.1016/j.jbiotec.2013.10.015
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2632946
Köhler, K. A. K., Rückert, C., Schatschneider, S., Vorhölter, F. - J., Szczepanowski, R., Blank, L. M., Niehaus, K., et al. (2013). Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain VLB120 a solvent tolerant, styrene degrading bacterium, isolated from forest soil. Journal of Biotechnology, 168(4), 729-730. doi:10.1016/j.jbiotec.2013.10.016
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2629570
Huep, G., Kleinbölting, N., Appelhagen, I., Viehöver, P., & Weisshaar, B. (2013). Insertionslinien als Werkzeuge für funktionelle Genomforschung. BIOspektrum, 19(6), 639-641. doi:10.1007/s12268-013-0367-0
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2558460
Roetzer, A., Diel, R., Kohl, T. A., Rückert, C., Nübel, U., Blom, J., Wirth, T., et al. (2013). Whole Genome Sequencing versus Traditional Genotyping for Investigation of a Mycobacterium tuberculosis Outbreak: A Longitudinal Molecular Epidemiological Study. PLoS medicine, 10(2), e1001387. doi:10.1371/journal.pmed.1001387
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631956
Rückert, C., Szczepanowski, R., Albersmeier, A., Goesmann, A., Iftime, D., Musiol, E. M., Blin, K., et al. (2013). Complete genome sequence of the kirromycin producer Streptomyces collinus Tü 365 consisting of a linear chromosome and two linear plasmids. Journal of Biotechnology, 168(4), 739-740. doi:10.1016/j.jbiotec.2013.10.004
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2629377
Bomholt, C., Glaub, A., Gravermann, K., Albersmeier, A., Brinkrolf, K., Rückert, C., & Tauch, A. (2013). Whole-Genome Sequence of the Clinical Strain Corynebacterium argentoratense DSM 44202, Isolated from a Human Throat Specimen. Genome announcements, 1(5), e00793-13. doi:10.1128/genomeA.00793-13
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S., Sedlazeck, F. J., Prior, K., Albersmeier, A., John, U., Kalinowski, J., Mellmann, A., et al. (2013). Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature Biotechnology, 31(4), 294-296. doi:10.1038/nbt.2522
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2629112
Lummer, M., Humpert, F., Wiedenlübbert, M., Sauer, M., Schüttpelz, M., & Staiger, D. (2013). A new set of reversibly photoswitchable fluorescent proteins for use in transgenic plants. Molecular plant, 6(5), 1518-1530. doi:10.1093/mp/sst040
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557779
Weidner, S., Baumgarth, B., Göttfert, M., Jaenicke, S., Pühler, A., Schneiker-Bekel, S., Serrania, J., et al. (2013). Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti Rm41. Genome Announcements, 1(1), e00013-12. doi:10.1128/genomeA.00013-12
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2614036
Baumgart, M., Unthan, S., Rückert, C., Sivalingam, J., Grünberger, A., Kalinowski, J., Bott, M., et al. (2013). Construction of a prophage-free variant of Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 - a platform strain for basic research and industrial biotechnology. Applied and environmental microbiology, 79(19), 6006-6015. doi:10.1128/AEM.01634-13
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
Schwientek, P., Wendler, S., Neshat, A., Eirich, C., Rückert, C., Klein, A., Wehmeier, U. F., et al. (2013). Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media. Journal of Biotechnology, 167(2), 166-177. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.10.019
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548779
Zaprasis, A., Brill, J., Thüring, M., Wünsche, G., Heun, M., Barzantny, H., Hoffmann, T., et al. (2013). Osmoprotection of Bacillus subtilis through Import and Proteolysis of Proline-Containing Peptides. Applied and environmental microbiology, 79(2), 576-587. doi:10.1128/AEM.01934-12
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2555355
Plassmeier, J., Busche, T., Molck, S., Persicke, M., Pühler, A., Rückert, C., & Kalinowski, J. (2013). A propionate-inducible expression system based on the Corynebacterium glutamicum prpD2 promoter and PrpR activator and its application for the redirection of amino acid biosynthesis pathways. Journal of Biotechnology, 163(2), 225-232. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.08.009
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2648007
Rückert, C., Albersmeier, A., Al-Dilaimi, A., Bednarz, H., Niehaus, K., Szczepanowski, R., & Kalinowski, J. (2013). Genome sequence of the squalene-degrading bacterium Corynebacterium terpenotabidum type strain Y-11T (= DSM 44721T). Standards in Genomic Sciences, 9(3), 505-513. doi:10.4056/sigs.4588337
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239 OA
Hoffmann, N., Keck, M., Neuweger, H., Wilhelm, M., Högy, P., Niehaus, K., & Stoye, J. (2012). Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets. BMC Bioinformatics, 13(1), 21. doi:10.1186/1471-2105-13-21
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060 OA
Schwientek, P., Szczepanowski, R., Rückert, C., Kalinowski, J., Klein, A., Selber, K., Wehmeier, U. F., et al. (2012). The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110. BMC Genomics, 13(1), 112. doi:10.1186/1471-2164-13-112
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2549356
Strous, M., Kraft, B., Bisdorf, R., & Tegetmeyer, H. (2012). The binning of metagenomic contigs for microbial physiology of mixed cultures. Frontiers in Microbiology, 3, 410. doi:10.3389/fmicb.2012.00410
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2518071
Astals, S., Nolla Ardevol, V., & Mata-Alvarez, J. (2012). Anaerobic co-digestion of pig manure and crude glycerol at mesophilic conditions: Biogas and digestate. Bioresource Technology, 110, 63-70. doi:10.1016/j.biortech.2012.01.080
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2352741
Heidbreder, M., Zander, C., Malkusch, S., Widera, D., Kaltschmidt, B., Kaltschmidt, C., Nair, D., et al. (2012). TNF-alpha alpha influences the lateral dynamics of TNF receptor I in living cells. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, 1823(10), 1984-1989. doi:10.1016/j.bbamcr.2012.06.026
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2352758
Hauser, S., Widera, D., Qunneis, F., Müller, J., Zander, C., Greiner, J., Strauss, C., et al. (2012). Isolation of Novel Multipotent Neural Crest-Derived Stem Cells from Adult Human Inferior Turbinate. Stem Cells and Development, 21(5), 742-756. doi:10.1089/scd.2011.0419
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551038
Rückert, C., Albersmeier, A., Al-Dilaimi, A., Niehaus, K., Szczepanowski, R., & Kalinowski, J. (2012). Genome sequence of the halotolerant bacterium Corynebacterium halotolerans type strain YIM 70093T (= DSM 44683T). Standards in Genomic Sciences, 7(2), 284-293. doi:10.4056/sigs.3236691
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607124
Martin, C., Luo, J., Lebouteiller, B., Mock, H. P., Matros, A., Peterek, S., Schijlen, E. G. W. M., et al. (2012). Combining Genomics and Metabolomics for the Discovery of Regulatory Genes and Their Use in Metabolic Engineering to Produce 'Healthy Foods'. Acta Horticulturae, 941, 73-84.
PUB
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2485565
Imielski, Y., Schwamborn, J. C., Lüningschrör, P., Heimann, P., Holzberg, M., Werner, H., Leske, O., et al. (2012). Regrowing the adult brain: NF-kappaB controls functional circuit formation and tissue homeostasis in the dentate gyrus. PLoS ONE, 7(2), e30838. doi:10.1371/journal.pone.0030838
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2473849
Weidner, S., Becker, A., Bonilla, I., Jaenicke, S., Lloret, J., Margaret, I., Pühler, A., et al. (2012). Genome Sequence of the Soybean Symbiont Sinorhizobium fredii HH103. Journal of Bacteriology, 194(6), 1617-1618. doi:10.1128/JB.06729-11
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2448791 OA
Kleinbölting, N., Huep, G., Klotgen, A., Viehöver, P., & Weisshaar, B. (2012). GABI-Kat SimpleSearch: new features of the Arabidopsis thaliana T-DNA mutant database. Nucleic Acids Research, 40(D1), D1211-D1215. doi:10.1093/nar/gkr1047
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513347
Trost, E., Blom, J., de Castro Soares, S., Huang, I. - H., Al-Dilaimi, A., Schröder, J., Jaenicke, S., et al. (2012). Pangenomic Study of Corynebacterium diphtheriae That Provides Insights into the Genomic Diversity of Pathogenic Isolates from Cases of Classical Diphtheria, Endocarditis, and Pneumonia. Journal of bacteriology, 194(12), 3199-3215. doi:10.1128/JB.00183-12
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2530221
Jankowitsch, F., Schwarz, J., Rückert, C., Gust, B., Szczepanowski, R., Blom, J., Pelzer, S., et al. (2012). The genome sequence of the bacterium Streptomyces davawensis JCM 4913 and heterologous production of the unique antibiotic roseoflavin. Journal of bacteriology, 194(24), 6818-6827. doi:10.1128/JB.01592-12
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2530872
Rückert, C., Licht, K., Kalinowski, J., Espírito Santo, C., Antwerpen, M., Hanczaruk, M., Reischl, U., et al. (2012). Draft Genome Sequence of Bacillus anthracis UR-1, Isolated from a German Heroin User. Journal of bacteriology, 194(21), 5997-5998. doi:10.1128/JB.01410-12
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486155
Junker, A., Mönke, G., Rutten, T., Keilwagen, J., Seifert, M., Thi, T. M. N., Renou, J. - P., et al. (2012). Elongation-related functions of LEAFY COTYLEDON1 during the development of Arabidopsis thaliana. The Plant Journal, 71(3), 427-442. doi:10.1111/j.1365-313X.2012.04999.x
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548248
Antwerpen, M., Proença, D. N., Rückert, C., Licht, K., Kalinowski, J., Hanczaruk, M., Tiemann, C., et al. (2012). Draft genome sequence of Bacillus anthracis BF-1, Isolated from Bavarian cattle. Journal of bacteriology, 194(22), 6360-6361. doi:10.1128/JB.01676-12
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2460882
Fechter, I., Hausmann, L., Daum, M., Rosleff Sörensen, T., Viehöver, P., Weisshaar, B., & Töpfer, R. (2012). Candidate genes within a 143 kb region of the flower sex locus in Vitis. Molecular Genetics and Genomics, 287(3), 247-259. doi:10.1007/s00438-012-0674-z
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2454417
Dohm, J. C., Lange, C., Holtgräwe, D., Rosleff Sörensen, T., Borchardt, D., Schulz, B., Lehrach, H., et al. (2012). Palaeohexaploid Ancestry for Caryophyllales Inferred from Extensive Gene-Based Physical and Genetic Mapping of the Sugar Beet Genome (Beta vulgaris). The Plant Journal, 70(3), 528-540. doi:10.1111/j.1365-313X.2011.04898.x
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2536068
Nolla Ardevol, V., Strous, M., Sorokin, D. Y., Merkel, A. Y., & Tegetmeyer, H. (2012). Activity and diversity of haloalkaliphilic methanogens in Central Asian soda lakes. Journal of Biotechnology, 161(2), 167-173. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.04.003
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2532965
Wollrab, C., Heitkam, T., Holtgräwe, D., Weisshaar, B., Minoche, A. E., Dohm, J. C., Himmelbauer, H., et al. (2012). Evolutionary reshuffling in the Errantivirus lineage Elbe within the Beta vulgaris genome. The Plant Journal, 72(4), 636-651. doi:10.1111/j.1365-313X.2012.05107.x
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2398758
Lüningschrör, P., Stoecker, B., Kaltschmidt, B., & Kaltschmidt, C. (2012). miR-290 cluster modulates pluripotency by repressing canonical NF-κB signaling. Stem Cells, 30(4), 655-664. doi:10.1002/stem.1033
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2425069
Peters-Wendisch, P., Stansen, K. C., Götker, S., & Wendisch, V. F. (2012). Biotin protein ligase from Corynebacterium glutamicum: role for growth and L-lysine production. Applied Microbiology and Biotechnology, 93(6), 2493-2502. doi:10.1007/s00253-011-3771-8
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501701
Beckert, P., Hillemann, D., Kohl, T., Kalinowski, J., Richter, E., Niemann, S., & Feuerriegel, S. (2012). rplC T460C Identified as a Dominant Mutation in Linezolid-Resistant Mycobacterium tuberculosis Strains. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 56(5), 2743-2745. doi:10.1128/AAC.06227-11
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498922
Pin, P. A., Zhang, W., Vogt, S. H., Dally, N., Büttner, B., Schulze-Buxloh, G., Jelly, N. S., et al. (2012). The Role of a Pseudo-Response Regulator Gene in Life Cycle Adaptation and Domestication of Beet. Current Biology, 22(12), 1095-1101. doi:10.1016/j.cub.2012.04.007
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486204
Blom, J., Rückert, C., Niu, B., Wang, Q., & Borriss, R. (2012). The Complete Genome of Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum CAU B946 Contains a Gene Cluster for Nonribosomal Synthesis of Iturin A. Journal of bacteriology, 194(7), 1845-1846. doi:10.1128/JB.06762-11
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526
Hackl, M., Jadhav, V., Jakobi, T., Rupp, O., Brinkrolf, K., Goesmann, A., Pühler, A., et al. (2012). Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines. Journal of Biotechnology, 158(3), 151-155. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.01.019
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2405255
Persicke, M., Rückert, C., Plassmeier, J., Stutz, L., Kessler, N., Kalinowski, J., Goesmann, A., et al. (2012). MSEA: metabolite set enrichment analysis in the MeltDB metabolomics software platform: metabolic profiling of Corynebacterium glutamicum as an example. Metabolomics, 8(2), 310-322. doi:10.1007/s11306-011-0311-6
PUB | DOI | WoS
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2457584
Menzel, G., Krebs, C., Diez, M., Holtgräwe, D., Weisshaar, B., Minoche, A. E., Dohm, J. C., et al. (2012). Survey of sugar beet (Beta vulgaris L.) hAT transposons and MITE-like hATpin derivatives. Plant Molecular Biology, 78(4-5), 393-405. doi:10.1007/s11103-011-9872-z
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2530885
Brinkrolf, K., Schneider, J., Knecht, M., Rückert, C., & Tauch, A. (2012). Draft Genome Sequence of Turicella otitidis ATCC 51513, Isolated from Middle Ear Fluid from a Child with Otitis Media. Journal of Bacteriology, 194(21), 5968-5969. doi:10.1128/JB.01412-12
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2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2484427 OA
Schwientek, P. (2012). Genomics and transcriptomics of the industrial acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110. Bielefeld: Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2502106
Hao, K., He, P., Blom, J., Rückert, C., Mao, Z., Wu, Y., He, Y., et al. (2012). The Genome of Plant Growth-Promoting Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum Strain YAU B9601-Y2 Contains a Gene Cluster for Mersacidin Synthesis. Journal of bacteriology, 194(12), 3264-3265. doi:10.1128/JB.00545-12
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2944855
Persicke, M., Plassmeier, J., Neuweger, H., Rückert, C., Pühler, A., & Kalinowski, J. (2011). Erratum to “Size exclusion chromatography—An improved method to harvest Corynebacterium glutamicum cells for the analysis of cytosolic metabolites” [J. Biotechnol. 154 (2–3) (2011) 171–178]. Journal of Biotechnology, 155(2), 266-267. doi:10.1016/j.jbiotec.2011.06.006
PUB | DOI
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2442587 OA
Schröder, J., Maus, I., Trost, E., & Tauch, A. (2011). Complete genome sequence of Corynebacterium variabile DSM 44702 isolated from the surface of smear-ripened cheeses and insights into cheese ripening and flavor generation. BMC Genomics, 12(1), 545. doi:10.1186/1471-2164-12-545
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2411830
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2095465
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Wenke, T., Dobel, T., Rosleff Sörensen, T., Junghans, H., Weisshaar, B., & Schmidt, T. (2011). Targeted identification of short interspersed nuclear element families shows their widespread existence and extreme heterogeneity in plant genomes. The Plant Cell, 23(9), 3117-3128. doi:10.1105/tpc.111.088682
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Imielski, Y., Schwamborn, J. C., Lüningschrör, P., Heimann, P., Holzberg, M., Werner, H., Leske, O., et al. (2011). Regrowing the adult brain: NF-κB controls functional circuit formation and tissue homeostasis in the dentate gyrus. PLOS one, 7(2), e30838. doi:10.1371/journal.pone.0030838
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2454721
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2453768
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