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485 Publikationen

2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900 OA
Wittler, R. (2019): Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs. In: Katharina Huber; Dan Gusfield (Hrsg.): Proceedings of WABI 2019. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik. (LIPIcs, 143).
PUB | DOI | Download (ext.)
 
2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604 OA
Wittler, R. (2019): Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs arXiv:1905.04165
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2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
Dörr, D.; Stoye, J. (2019): A Perspective on Comparative and Functional Genomics. In: Tandy Warnow (Hrsg.): Bioinformatics and Phylogenetics. Cham: Springer . (Computational Biology, 29). S. 361-372.
PUB | DOI
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Oey, H.; Zakrzewski, M.; Gravermann, K.; Young, N. D.; Korhonen, P. K.; Gobert, G. N.; Nawaratna, S.; Hasan, S.; Martínez, D. M.; You, H.; Lavin, M.; Jones, M.; Ragan, M. A.; Stoye, J.; Oleaga, A.; Emery, A. M.; Webster, B.; Rollinson, D.; Gasser, R. B.; McManus, D. P.; Krause, L. (2019): Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium PLOS Pathogens,15:(1):e1007513
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005 OA
Schulz, T.; Stoye, J.; Dörr, D. (2018): GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data BMC Genomics,19:(Suppl. 5):308
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006 OA
Rubert, D.; Hoshino, E. A.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2018): Computing the family-free DCJ similarity BMC Bioinformatics,19:(Suppl. 6):152
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann, N.; Chauve, C.; Stoye, J.; Wittler, R. (2018): Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,15:(6): 2094-2100.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
Zekic, T.; Holley, G.; Stoye, J. (2018): Pan-genome Storage and Analysis Techniques. In: João C. Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.): Comparative Genomics. Methods and Protocols. New York: Springer Verlag. (Methods in Molecular Biology, 1704). S. 29-53.
PUB
 
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
Dörr, D.; Feijão, P.; Stoye, J. (2018): Family-Free Genome Comparison. In: João C. Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.): Comparative Genomics: Methods and Protocols. New York: Springer Verlag. (Methods in Molecular Biology, 1704). S. 331-342.
PUB
 
2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
João C Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.) (2018): Comparative Genomics: Methods and Protocols. New York: Springer Verlag.
PUB
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Jaenicke, S.; Albaum, S.; Blumenkamp, P.; Linke, B.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2018): Flexible metagenome analysis using the MGX framework Microbiome,6:76
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2908574
Luhmann, N.; Lafond, M.; Thévenin, A.; Ouangraoua, A.; Wittler, R.; Chauve, C. (2017): The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,14
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492
Luhmann, N.; Dörr, D.; Chauve, C. (2017): Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes Microbial Genomics,3:(9)
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057 OA
Rubert, D.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time Algorithms for Molecular Biology,12:3
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha, L.; Dantas, S.; Gagie, T.; Wittler, R.; Kowada, L.; Stoye, J. (2017): Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. In: Proceedings of CPM 2017. (LIPIcs, 78). S. 19:1-19:9.
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J.; Hach, F. (2017): Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. In: Proceedings of RECOMB 2017. (Lecture Notes in Bioinformatics, 10229). S. 50-65.
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2017 | Sammelwerksbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2913924
Anselmetti, Y.; Luhmann, N.; Bérard, S.; Tannier, E.; Chauve, C. (In Press): Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization. In: João C. Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.): Comparative Genomics. Springer Verlag. (Methods in Molecular Biology, ).
PUB
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
Dörr, D.; Kowada, L. A. B.; Soares de Araujo, F. E.; Deshpande, S.; Dantas, S.; Moret, B. M. E.; Stoye, J. (2017): New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies Journal of Computational Biology,24:(6): 616-634.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901413 OA
Gorzolka, K.; Kölling, J.; Nattkemper, T. W.; Niehaus, K. (2016): Spatio-Temporal Metabolite Profiling of the Barley Germination Process by MALDI MS Imaging PLOS ONE,11:(3):0150208
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Winter, S.; Jahn, K.; Wehner, S.; Kuchenbecker, L.; Marz, M.; Stoye, J.; Böcker, S. (2016): Finding approximate gene clusters with GECKO 3 Nucleic Acids Research,44:(20): 9600-9610.
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