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485 Publikationen

2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900 OA
Wittler R. Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs. In: Huber K, Gusfield D, eds. Proceedings of WABI 2019. LIPIcs. Vol 143. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik; 2019.
PUB | DOI | Download (ext.)
 
2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604 OA
Wittler R. Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs. arXiv:1905.04165. 2019.
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2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
Dörr D, Stoye J. A Perspective on Comparative and Functional Genomics. In: Warnow T, ed. Bioinformatics and Phylogenetics. Computational Biology. Vol 29. Cham: Springer ; 2019: 361-372.
PUB | DOI
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Oey H, Zakrzewski M, Gravermann K, et al. Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium. PLOS Pathogens. 2019;15(1): e1007513.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005 OA
Schulz T, Stoye J, Dörr D. GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data. BMC Genomics. 2018;19(Suppl. 5): 308.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006 OA
Rubert D, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. Computing the family-free DCJ similarity. BMC Bioinformatics. 2018;19(Suppl. 6): 152.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R. Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2018;15(6):2094-2100.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
Zekic T, Holley G, Stoye J. Pan-genome Storage and Analysis Techniques. In: Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics. Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 1704. New York: Springer Verlag; 2018: 29-53.
PUB
 
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
Dörr D, Feijão P, Stoye J. Family-Free Genome Comparison. In: Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 1704. New York: Springer Verlag; 2018: 331-342.
PUB
 
2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 1704. New York: Springer Verlag; 2018.
PUB
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Jaenicke S, Albaum S, Blumenkamp P, Linke B, Stoye J, Goesmann A. Flexible metagenome analysis using the MGX framework. Microbiome. 2018;6: 76.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057 OA
Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time. Algorithms for Molecular Biology. 2017;12: 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2908574
Luhmann N, Lafond M, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C. The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2017;14.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492
Luhmann N, Dörr D, Chauve C. Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes. Microbial Genomics. 2017;3(9).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J. Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. In: Proceedings of CPM 2017. LIPIcs. Vol 78. 2017: 19:1-19:9.
PUB | DOI
 
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F. Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. In: Proceedings of RECOMB 2017. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 10229. 2017: 50-65.
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2017 | Sammelwerksbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2913924
Anselmetti Y, Luhmann N, Bérard S, Tannier E, Chauve C. Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization. In: Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics. Methods in Molecular Biology. Springer Verlag; In Press.
PUB
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
Dörr D, Kowada LAB, Soares de Araujo FE, et al. New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies. Journal of Computational Biology. 2017;24(6):616-634.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901413 OA
Gorzolka K, Kölling J, Nattkemper TW, Niehaus K. Spatio-Temporal Metabolite Profiling of the Barley Germination Process by MALDI MS Imaging. PLOS ONE. 2016;11(3): 0150208.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Winter S, Jahn K, Wehner S, et al. Finding approximate gene clusters with GECKO 3. Nucleic Acids Research. 2016;44(20):9600-9610.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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