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484 Publikationen

2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
H. Oey, M. Zakrzewski, K. Gravermann, N. D. Young, P. K. Korhonen, G. N. Gobert, S. Nawaratna, S. Hasan, D. M. Martínez, H. You, et al., “Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium”, PLOS Pathogens, 2019, 15, e1007513, : e1007513.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908574
N. Luhmann, M. Lafond, A. Thévenin, A. Ouangraoua, R. Wittler, and C. Chauve, “The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2019, 16, 1364-1373.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900 OA
R. Wittler, in Proceedings of WABI 2019 (Eds.: K. Huber, D. Gusfield), Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum Fuer Informatik, Dagstuhl, Germany, 2019.
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2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604 OA
R. Wittler, “Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs”, arXiv:1905.04165, 2019.
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2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
D. Dörr, and J. Stoye, in Bioinformatics and Phylogenetics (Ed.: T. Warnow), Springer , Cham, 2019, p. 361-372.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005 OA
T. Schulz, J. Stoye, and D. Dörr, “GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data”, BMC Genomics, 2018, 19, 308, : 308.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006 OA
D. Rubert, E. A. Hoshino, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, “Computing the family-free DCJ similarity”, BMC Bioinformatics, 2018, 19, 152, : 152.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
S. Jaenicke, S. Albaum, P. Blumenkamp, B. Linke, J. Stoye, and A. Goesmann, “Flexible metagenome analysis using the MGX framework”, Microbiome, 2018, 6, 76, : 76.
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2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913924
Y. Anselmetti, N. Luhmann, S. Bérard, E. Tannier, and C. Chauve, in Comparative Genomics: Methods and Protocols (Eds.: J.C. Setubal, J. Stoye, P. Stadler), Humana Press, New York, NY, 2018, p. 343-362.
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2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
T. Zekic, G. Holley, and J. Stoye, in Comparative Genomics. Methods and Protocols (Eds.: J.C. Setubal, P. Stadler, J. Stoye), Springer Verlag, New York, 2018, p. 29-53.
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2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
D. Dörr, P. Feijão, and J. Stoye, in Comparative Genomics: Methods and Protocols (Eds.: J.C. Setubal, P. Stadler, J. Stoye), Springer Verlag, New York, 2018, p. 331-342.
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2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Comparative Genomics: Methods and Protocols, Springer Verlag, New York, 2018.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
N. Luhmann, C. Chauve, J. Stoye, and R. Wittler, “Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2018, 15, 2094-2100.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492
N. Luhmann, D. Dörr, and C. Chauve, “Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes”, Microbial Genomics, 2017, 3, e000123.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057 OA
D. Rubert, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, “Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time”, Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12, 3, : 3.
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
L. Cunha, S. Dantas, T. Gagie, R. Wittler, L. Kowada, and J. Stoye, in Proceedings of CPM 2017, 2017, p. 19:1-19:9.
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
G. Holley, R. Wittler, J. Stoye, and F. Hach, in Proceedings of RECOMB 2017, 2017, p. 50-65.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
D. Dörr, L. A. B. Kowada, F. E. Soares de Araujo, S. Deshpande, S. Dantas, B. M. E. Moret, and J. Stoye, “New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies”, Journal of Computational Biology, 2017, 24, 616-634.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129 OA
G. Holley, R. Wittler, and J. Stoye, “Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage”, Algorithms for Molecular Biology, 2016, 11, 3, : 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901413 OA
K. Gorzolka, J. Kölling, T. W. Nattkemper, and K. Niehaus, “Spatio-Temporal Metabolite Profiling of the Barley Germination Process by MALDI MS Imaging”, PLOS ONE, 2016, 11, e0150208, : 0150208.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
S. Winter, K. Jahn, S. Wehner, L. Kuchenbecker, M. Marz, J. Stoye, and S. Böcker, “Finding approximate gene clusters with GECKO 3”, Nucleic Acids Research, 2016, 44, 9600-9610, : gkw843.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
D. Rubert, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, in Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016 (Eds.: M. Frith, C.N. Storm Pedersen), Springer, Cham, 2016, p. 293-306.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900421
L. Krause, K. Nones, K. A. Loffler, D. Nancarrow, H. Oey, Y. H. Tang, N. J. Wayte, A. M. Patch, K. Patel, S. Brosda, et al., “Identification of the CIMP-like subtype and aberrant methylation of members of the chromosomal segregation and spindle assembly pathways in esophageal adenocarcinoma”, Carcinogenesis, 2016, 37, 356-365.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901740
N. Luhmann, A. Thévenin, A. Ouangraoua, R. Wittler, and C. Chauve, in Proceedings 12th International Symposium, ISBRA 2016, Springer International Publishing, 2016, p. 200-210.
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2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111
L. A. B. Kowada, D. Doerr, S. Dantas, and J. Stoye, in Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016 (Ed.: M. Singh), Springer, 2016, p. 204-224.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366 OA
F. H. Viduani Martinez, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “On the family-free DCJ distance and similarity”, Algorithms for Molecular Biology, 2015, 10, 13, : 13.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612 OA
R. Wittler, T. Marschall, A. Schönhuth, and V. Makinen, “Repeat- and error-aware comparison of deletions”, Bioinformatics, 2015, 31, 2947-2954.
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2015 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901466
B. Osterholz, P. Wiebke, A. Fust, M. Rumming, A. Schlüter, and A. Sczyrba, in (Ed.: Julius Kühn-Institut, Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen Institut für Epidemiologie und Pathogendiagnostik), 2015.
PUB
 
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
G. Holley, R. Wittler, and J. Stoye, in Algorithms in Bioinformatics. WABI 2015. Proceedings (Eds.: M. Pop, H. Touzet), Springer, Berlin, Heidelberg, 2015, p. 217-230.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “Sorting linear genomes with rearrangements and indels”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2015, 12, 500-506.
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2015 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901462
M. Rumming, P. Krusche, and P. M. Tedder, in (Ed.: EMBL Heidelberg), 2015.
PUB
 
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780229
“Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Bioinformatics”, BMC Bioinformatics, 2015, 16.
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2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780232
“Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Genomics”, BMC Genomics, 2015, 16.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
S. Jünemann, K. Prior, A. Albersmeier, S. Albaum, J. Kalinowski, A. Goesmann, J. Stoye, and D. Harmsen, “GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers”, PLOS ONE, 2014, 9, e107014, : e107014.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362 OA
M. Lechner, M. Hernandez-Rosales, D. Dörr, N. Wieseke, A. Thévenin, J. Stoye, R. K. Hartmann, S. J. Prohaska, and P. F. Stadler, “Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets”, PLoS ONE, 2014, 9, e105015, : e105015.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684241
F. H. Viduani Martinez, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, in Algorithms in Bioinformatics. WABI 2014 (Eds.: D. Brown, B. Morgenstern), Springer Verlag, Berlin ; Heidelberg, 2014, p. 174-186.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033 OA
D. Dörr, J. Stoye, S. Böcker, and K. Jahn, “Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings”, BMC Genomics, 2014, 15, S2, : S2.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
R. Hilker, K. B. Stadermann, D. Doppmeier, J. Kalinowski, J. Stoye, J. Straube, J. Winnebald, and A. Goesmann, “ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences”, Bioinformatics, 2014, 30, 2247-2254.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038
P. Schwientek, A. Neshat, J. Kalinowski, A. Klein, C. Rückert, S. Schneiker-Bekel, S. Wendler, J. Stoye, and A. Pühler, “Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts”, Journal of Biotechnology, 2014, 190, 85-95.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988
T. Jakobi, K. Brinkrolf, A. Tauch, T. Noll, J. Stoye, A. Pühler, and A. Goesmann, “Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing”, Journal of Biotechnology, 2014, 190, 64-75.
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2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
N. Luhmann, C. Chauve, J. Stoye, and R. Wittler, in Proc. of BSB 2014 (Ed.: C. Sérgio), Springer Verlag, 2014, p. 135-143.
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2014 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693552
J. Stoye, in Encyclopedia of Algorithms (Ed.: M.-Y. Kao), Springer Verlag, 2014.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
N. Hoffmann, M. Wilhelm, A. Doebbe, K. Niehaus, and J. Stoye, “BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry”, Bioinformatics, 2014, 30, 988-995.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643946
J. C. Dohm, A. E. Minoche, D. Holtgräwe, S. Capella-Gutiérrez, F. Zakrzewski, H. Tafer, O. Rupp, T. Rosleff Sörensen, R. Stracke, R. Reinhardt, et al., “The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet (Beta vulgaris)”, Nature, 2014, 505, 546-549.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693409
E. Fredrich, C. Ander, J. Stoye, I. Brune, and A. Tauch, “Metatranskriptomik der Mikrobiota aus der menschlichen Achselhöhle”, BIOspektrum, 2014, 20, 294-296.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
B. Henrich, M. Rumming, A. Sczyrba, E. Velleuer, R. Dietrich, W. Gerlach, M. Gombert, S. Rahn, J. Stoye, A. Borkhardt, et al., “Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma”, PLoS ONE, 2014, 9, e92297, : e92297.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2650913
N. V. Ravin, M. A. Eldarov, V. V. Kadnikov, A. V. Beletsky, J. Schneider, E. S. Mardanova, E. M. Smekalova, M. I. Zvereva, O. A. Dontsova, A. V. Mardanov, et al., “Genome sequence and analysis of methylotrophic yeast Hansenula polymorpha DL1”, BMC Genomics, 2013, 14, 837, : 837.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611630 OA
E. Willing, S. Zaccaria, M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “On the Inversion-Indel Distance”, BMC Bioinformatics, 2013, 14, S3, : S3.
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2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611641
M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, in Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2013 (Eds.: J.C. Setubal, N.F. Almeida), Springer Verlag, Cham, 2013, p. 36-46.
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2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
M. Dias Vieira Braga, C. Chauve, D. Dörr, K. Jahn, J. Stoye, A. Thévenin, and R. Wittler, in Models and Algorithms for Genome Evolution (Eds.: C. Chauve, N. El-Mabrouk, E. Tannier), Springer Verlag, London, 2013, p. 287-307.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
C. Ander, O. B. Schulz-Trieglaff, J. Stoye, and A. J. Cox, “metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences”, BMC Bioinformatics, 2013, 14, S2, : S2.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
S. Jünemann, F. J. Sedlazeck, K. Prior, A. Albersmeier, U. John, J. Kalinowski, A. Mellmann, A. Goesmann, A. von Haeseler, J. Stoye, et al., “Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison”, Nature biotechnology, 2013, 31, 1148.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2492825
S. Reuther, H. Schmetzer, F. R. Schuster, P. Krell, C. Grabrucker, A. Liepert, T. Kroell, H. - J. Kolb, A. Borkhardt, and R. Buhmann, “In vitro-induced response patterns of antileukemic T cells: characterization by spectratyping and immunophenotyping”, Clinical and Experimental Medicine, 2013, 13, 29-48.
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2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643
A. Bergeron, and J. Stoye, in Models and Algorithms for Genome Evolution (Eds.: C. Chauve, N. El-Mabrouk, E. Tannier), Springer Verlag, London, 2013, p. 63-81.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361
P. Krell, S. Reuther, U. Fischer, T. Keller, S. Weber, M. Gombert, F. R. Schuster, C. Asang, P. Stepensky, B. Strahm, et al., “Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis”, Haematologica, 2013, 98, 1388-1396.
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2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323
W. Gerlach, and J. Stoye, in Encyclopedia of Metagenomics (Ed.: K.E. Nelson), Springer Verlag, 2013.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
S. Jünemann, F. J. Sedlazeck, K. Prior, A. Albersmeier, U. John, J. Kalinowski, A. Mellmann, A. Goesmann, A. von Haeseler, J. Stoye, et al., “Updating benchtop sequencing performance comparison”, Nature Biotechnology, 2013, 31, 294-296.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557779
S. Weidner, B. Baumgarth, M. Göttfert, S. Jaenicke, A. Pühler, S. Schneiker-Bekel, J. Serrania, R. Szczepanowski, and A. Becker, “Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti Rm41”, Genome Announcements, 2013, 1, e00013-12.
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2013 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2616537
“Algorithms in Bioinformatics”, Lecture Notes in Bioinformatics, 2013, 8126.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633 OA
K. Jahn, S. Winter, J. Stoye, and S. Böcker, “Statistics for approximate gene clusters”, BMC Bioinformatics, 2013, 14, S14, : S14.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
P. Schwientek, S. Wendler, A. Neshat, C. Eirich, C. Rückert, A. Klein, U. F. Wehmeier, J. Kalinowski, J. Stoye, and A. Pühler, “Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media”, Journal of Biotechnology, 2013, 167, 166-177.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092 OA
R. Wittler, “Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering”, BMC Genomics, 2013, 14, S12, : S12.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
M. Zakrzewski, T. Bekel, C. Ander, A. Pühler, O. Rupp, J. Stoye, A. Schlüter, and A. Goesmann, “MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets”, Journal of Biotechnology, 2013, 167, 156-165.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512644 OA
K. Jahn, H. Sudek, and J. Stoye, “Multiple genome comparison based on overlap regions of pairwise local alignments”, BMC Bioinformatics, 2012, 13, S7, : S7.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060 OA
P. Schwientek, R. Szczepanowski, C. Rückert, J. Kalinowski, A. Klein, K. Selber, U. F. Wehmeier, J. Stoye, and A. Pühler, “The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110”, BMC Genomics, 2012, 13, 112, : 112.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300
J. Manuch, M. Patterson, R. Wittler, C. Chauve, and E. Tannier, “Linearization of ancestral multichromosomal genomes”, BMC Bioinformatics, 2012, 13, S11, : S11.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642 OA
D. Dörr, A. Thévenin, and J. Stoye, “Gene family assignment-free comparative genomics”, BMC Bioinformatics, 2012, 13, S3, : S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239 OA
N. Hoffmann, M. Keck, H. Neuweger, M. Wilhelm, P. Högy, K. Niehaus, and J. Stoye, “Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets”, BMC Bioinformatics, 2012, 13, 21, : 21.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2473849
S. Weidner, A. Becker, I. Bonilla, S. Jaenicke, J. Lloret, I. Margaret, A. Pühler, J. E. Ruiz-Sainz, S. Schneiker-Bekel, R. Szczepanowski, et al., “Genome Sequence of the Soybean Symbiont Sinorhizobium fredii HH103”, Journal of Bacteriology, 2012, 194, 1617-1618.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709879
D. Doerr, K. Hu, S. Renly, S. Edlund, and M. Davis, “Accelerating investigation of food-borne disease outbreaks using pro-active geospatial modeling of food supply chains”, HealthGIS '12: Proceedings of the First ACM SIGSPATIAL International Workshop on Use of GIS in Public Health, 2012, 44-47.
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2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510416
“Combinatorial Pattern Matching”, Lecture Notes in Computer Science, 2012, 7354.
PUB | DOI
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2487853
K. Brankatschk, J. Blom, A. Goesmann, T. H. M. Smits, and B. Duffy, “Comparative genomic analysis of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden foodborne strains with other serovars”, International journal of food microbiology, 2012, 155, 247-256.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526
M. Hackl, V. Jadhav, T. Jakobi, O. Rupp, K. Brinkrolf, A. Goesmann, A. Pühler, T. Noll, N. Borth, and J. Grillari, “Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines”, Journal of Biotechnology, 2012, 158, 151-155.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2405255
M. Persicke, C. Rückert, J. Plassmeier, L. Stutz, N. Kessler, J. Kalinowski, A. Goesmann, and H. Neuweger, “MSEA: metabolite set enrichment analysis in the MeltDB metabolomics software platform: metabolic profiling of Corynebacterium glutamicum as an example”, Metabolomics, 2012, 8, 310-322.
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2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382 OA
N. Hoffmann, and J. Stoye, in Metabolomics (Ed.: U. Roessner), Intech, 2012, p. 73-98.
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2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665
S. Janssen, and R. Giegerich, in RNA Bioinformatics t.b.a. (Eds.: J. Gorodkin, Z. Weinberg), 2012, p. 1-35.
PUB
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
R. Hilker, C. Sickinger, C. N. S. Pedersen, and J. Stoye, “UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ”, Bioinformatics, 2012, 28, 2509-2511.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
S. Jünemann, K. Prior, R. Szczepanowski, I. Harks, B. Ehmke, A. Goesmann, J. Stoye, and D. Harmsen, “Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing”, PLoS ONE, 2012, 7, e41606, : e41606.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2411830
L. Ausec, M. Zakrzewski, A. Goesmann, A. Schlüter, and I. Mandic-Mulec, “Bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes”, PLoS ONE, 2011, 6, e25724, : e25724.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396509 OA
M. Dias Vieira Braga, R. Machado, L. C. Ribeiro, and J. Stoye, “Genomic distance under gene substitutions”, BMC Bioinformatics, 2011, 12, S8, : S8.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396558 OA
M. Dias Vieira Braga, R. Machado, L. C. Ribeiro, and J. Stoye, “On the weight of indels in genomic distances”, BMC Bioinformatics, 2011, 12, S13, : S13.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300114
C. Loyek, A. Bunkowski, W. Vautz, and T. W. Nattkemper, “Web2.0 paves new ways for collaborative and exploratory analysis of Chemical Compounds in Spectrometry Data”, Journal of Integrative Bioinformatics, 2011, 8, 158.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897974
P. L. Erdős, L. Soukup, and J. Stoye, “Balanced Vertices in Trees and a Simpler Algorithm to Compute the Genomic Distance”, Applied Mathematics Letters, 2011, 24, 82-86.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794
M. Dias Vieira Braga, E. Willing, and J. Stoye, “Double Cut and Join with Insertions and Deletions”, Journal of Computational Biology, 2011, 18, 1167-1184.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790
J. Kovac, R. Warren, M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation”, Journal of Computational Biology, 2011, 18, 1231-1241.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526 OA
S. Janssen, C. Schudoma, G. Steger, and R. Giegerich, “Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction”, BMC Bioinformatics, 2011, 12, 429, : 429.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300063 OA
S. Albaum, H. Hahne, A. Otto, U. Haußmann, D. Becher, A. Poetsch, A. Goesmann, and T. W. Nattkemper, “A guide through the computational analysis of isotope-labeled mass spectrometry-based quantitative proteomics data: an application study”, Proteome Science, 2011, 9, 30, : 30.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300073 OA
C. Martin, A. Tauchen, A. Becker, and T. W. Nattkemper, “A Normalized Tree Index for identification of correlated clinical parameters in microarray data”, BioData Mining, 2011, 4, 2, : 2.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300082 OA
C. Loyek, M. Khan, N. Rajpoot, and T. W. Nattkemper, “BIOIMAX - A Web 2.0 approach for easy exploratory and collaborative access to multivariate bioimage data”, BMC Bioinformatics, 2011, 12, 297, : 297.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354746
P. Schwientek, R. Szczepanowski, C. Rückert, J. Stoye, and A. Pühler, “Sequencing of high G + C microbial genomes using the ultrafast pyrosequencing technology”, Journal of Biotechnology, 2011, 155, 68-77.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375634
J. F. Pothier, F. - J. Vorhölter, J. Blom, A. Goesmann, A. Pühler, T. H. Smits, and B. Duffy, “The ubiquitous plasmid pXap41 in the invasive phytopathogen Xanthomonas arboricola pv. pruni: complete sequence and comparative genomic analysis”, FEMS Microbiology Letters, 2011, 323, 52-60.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374720
K. Hippe, B. Kormeier, S. J. Janowski, T. Töpel, and R. Hofestädt, in Proceedings of the 7th International Symposium on Integrative Bioinformatics, 2011.
PUB
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427226
J. Reinkensmeier, J. - P. Schlüter, R. Giegerich, and A. Becker, “Conservation and Occurrence of Trans-Encoded sRNAs in the Rhizobiales”, GENES, 2011, 2, 925-956.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300092
M. Bergmann, N. Langwald, J. Ontrup, T. Soltwedel, I. Schewe, M. Klages, and T. W. Nattkemper, “Megafaunal assemblages from two shelf stations west of Svalbard”, Marine Biology Research, 2011, 7, 525-539.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300232 OA
C. Loyek, J. Kölling, D. Langenkämper, K. Niehaus, and T. W. Nattkemper, in Advances in Intelligent Data Analysis X: 10th International Symposium, IDA 2011, Porto, Portugal, October 29-31, 2011. Proceedings (Eds.: J. Gama, E. Bradley, J. Hollmén), Springer, Berlin, Heidelberg, 2011, p. 258-269.
PUB | PDF | DOI
 
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300237 OA
D. Langenkämper, J. Kölling, M. Khan, N. Rajpoot, and T. W. Nattkemper, 2011.
PUB | PDF
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354731
D. Wibberg, J. Blom, S. Jaenicke, F. Kollin, O. Rupp, B. Scharf, S. Schneiker-Bekel, R. Szczepanowski, A. Goesmann, J. C. Setubal, et al., “Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid”, Journal of Biotechnology, 2011, 155, 50-62.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Konferenzbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2315356
T. Bergmann, T. M. Fiebich, T. W. Nattkemper, and D. Anselmetti, Freiburg, Germany, In Press.
PUB
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2317371
A. Küberl, J. Schneider, G. G. Thallinger, I. Anderl, D. Wibberg, T. Hajek, S. Jaenicke, K. Brinkrolf, A. Goesmann, R. Szczepanowski, et al., “High-quality genome sequence of Pichia pastoris CBS7435”, Journal of Biotechnology, 2011, 154, 312-320.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396576
J. Becker, M. Hackel, T. Jakobi, O. Rupp, J. Schneider, R. Szczepanowski, T. Bekel, N. Borth, A. Goesmann, J. Grillari, et al., “Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing”, Journal of Biotechnology, 2011, 156, 227-235.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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