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157 Publikationen

2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2632946
Köhler KAK, Rückert C, Schatschneider S, Vorhölter F-J, Szczepanowski R, Blank LM, Niehaus K, Goesmann A, Pühler A, Kalinowski J, Schmid A (2013)
Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain VLB120 a solvent tolerant, styrene degrading bacterium, isolated from forest soil.
Journal of Biotechnology 168(4): 729-730.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2622238
Barbe S, Llop P, Blom J, Cabrefiga J, Goesmann A, Duffy B, Montesinos E, Smits THM, Lopez MM (2013)
Complete sequence of Erwinia piriflorinigrans plasmids pEPIR37 and pEPIR5 and role of pEPIR37 in pathogen virulence.
Plant Pathology 62(4): 786-798.
PUB | DOI | WoS
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581
Brinkrolf K, Rupp O, Laux H, Kollin F, Ernst W, Linke B, Kofler R, Romand S, Hesse F, Budach WE, Galosy S, Müller D, Noll T, Wienberg J, Jostock T, Leonard M, Grillari J, Tauch A, Goesmann A, Helk B, Mott JE, Pühler A, Borth N (2013)
Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes.
Nature Biotechnology 31(8): 694-695.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2564601
Riedel T, Gómez-Consarnau L, Tomasch J, Martin M, Jarek M, González JM, Spring S, Rohlfs M, Brinkhoff T, Cypionka H, Göker M, Fiebig A, Klein J, Goesmann A, Fuhrman JA, Wagner-Döbler I (2013)
Genomics and Physiology of a Marine Flavobacterium Encoding a Proteorhodopsin and a Xanthorhodopsin-Like Protein.
PLOS ONE 8(3): e57487.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2558460
Roetzer A, Diel R, Kohl TA, Rückert C, Nübel U, Blom J, Wirth T, Jaenicke S, Schuback S, Rüsch-Gerdes S, Supply P, Kalinowski J, Niemann S (2013)
Whole Genome Sequencing versus Traditional Genotyping for Investigation of a Mycobacterium tuberculosis Outbreak: A Longitudinal Molecular Epidemiological Study.
PLoS medicine 10(2): e1001387.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560837
Fritzenwanker M, Kuenne C, Billion A, Hain T, Zimmermann K, Goesmann A, Chakraborty T, Domann E (2013)
Complete Genome Sequence of the Probiotic Enterococcus faecalis Symbioflor 1 Clone DSM 16431.
Genome Announcements 1(1): e00165-12.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576080
Toepel J, Illmer-Kephalides M, Jaenicke S, Straube J, May P, Goesmann A, Kruse O (2013)
New insights into Chlamydomonas reinhardtii hydrogen production processes by combined microarray/RNA-seq transcriptomics.
Plant Biotechnology Journal 11(6): 717-733.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631956
Rückert C, Szczepanowski R, Albersmeier A, Goesmann A, Iftime D, Musiol EM, Blin K, Wohlleben W, Pühler A, Kalinowski J, Weber T (2013)
Complete genome sequence of the kirromycin producer Streptomyces collinus Tü 365 consisting of a linear chromosome and two linear plasmids.
Journal of Biotechnology 168(4): 739-740.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576539
Wichmann F, Vorhölter F-J, Hersemann L, Widmer F, Blom J, Niehaus K, Reinhard S, Conradin C, Kölliker R (2013)
The noncanonical type III secretion system of Xanthomonas translucens pv. graminis is essential for forage grass infection.
Molecular plant pathology 14(6): 576-588.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2635526
Koeck DE, Wibberg D, Koellmeier T, Blom J, Jaenicke S, Winkler A, Albersmeier A, Zverlov VV, Pühler A, Schwarz WH, Schlüter A (2013)
Draft genome sequence of the cellulolytic Clostridium thermocellum wild-type strain BC1 playing a role in cellulosic biomass degradation.
Journal of Biotechnology 168(1): 62-63.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, Albersmeier A, John U, Kalinowski J, Mellmann A, Goesmann A, von Haeseler A, Stoye J, Harmsen D (2013)
Updating benchtop sequencing performance comparison.
Nature Biotechnology 31(4): 294-296.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557938
Mann RA, Smits THM, Bühlmann A, Blom J, Goesmann A, Frey JE, Plummer KM, Beer SV, Luck J, Duffy B, Rodoni B (2013)
Comparative Genomics of 12 Strains of Erwinia amylovora Identifies a Pan-Genome with a Large Conserved Core.
PLOS ONE 8(2): e55644.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2561776
Trötschel C, Albaum S, Poetsch A (2013)
Proteome turnover in bacteria: current status for Corynebacterium glutamicum and related bacteria.
Microbial biotechnology: 708-719.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557779
Weidner S, Baumgarth B, Göttfert M, Jaenicke S, Pühler A, Schneiker-Bekel S, Serrania J, Szczepanowski R, Becker A (2013)
Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti Rm41.
Genome Announcements 1(1): e00013-12.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2554079
Kuenne C, Billion A, Mraheil MA, Strittmatter A, Daniel R, Goesmann A, Barbuddhe S, Hain T, Chakraborty T (2013)
Reassessment of the Listeria monocytogenes pan-genome reveals dynamic integration hotspots and mobile genetic elements as major components of the accessory genome.
BMC Genomics 14(1): 47.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548286
Luque-Almagro VM, Acera F, Igeño MI, Wibberg D, Roldán MD, Sáez LP, Hennig M, Quesada A, Huertas MJ, Blom J, Merchán F, Escribano MP, Jaenicke S, Estepa J, Guijo MI, Martínez-Luque M, Macías D, Szczepanowski R, Becerra G, Ramirez S, Carmona MI, Gutiérrez O, Manso I, Pühler A, Castillo F, Moreno-Vivián C, Schlüter A, Blasco R (2013)
Draft whole genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344.
Environmental Microbiology 15(1): 253-270.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645668
Bogen C, Al-Dilaimi A, Albersmeier A, Wichmann J, Grundmann M, Rupp O, Lauersen KJ, Blifernez-Klassen O, Kalinowski J, Goesmann A, Mussgnug JH, Kruse O (2013)
Reconstruction of the lipid metabolism for the microalga Monoraphidium neglectum from its genome sequence reveals characteristics suitable for biofuel production.
BMC Genomics 14(1): 926.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2635520
Dam B, Dam S, Blom J, Liesack W (2013)
Genome Analysis Coupled with Physiological Studies Reveals a Diverse Nitrogen Metabolism in Methylocystis sp Strain SC2.
Plos One 8(10): e74767.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
Kessler N, Bonte A, Langenkämper G, Niehaus K, Goesmann A, Nattkemper TW (2013)
MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system.
Bioinformatics 29(19): 2452-2459.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607974
Niu B, Vater J, Rückert C, Blom J, Lehmann M, Ru J-J, Chen X-H, Wang Q, Borriss R (2013)
Polymyxin P is the active principle in suppressing phytopathogenic Erwinia spp. by the biocontrol rhizobacterium Paenibacillus polymyxa M-1.
BMC microbiology 13(1): 137.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski M, Bekel T, Ander C, Pühler A, Rupp O, Stoye J, Schlüter A, Goesmann A (2013)
MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets.
Journal of Biotechnology 167(2): 156-165.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Konferenzbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2538625
Bonte A, Kessler N, Nattkemper TW, Goesmann A, Cecile T, Mäder P, Niehaus K, Langenkämper G (In Press)
Einsatz von Protein- und Metabolit-Profiling-Methoden zur Unterscheidung von ökologischem und konventionellem Weizen.
Presented at the 12. Wissenschaftstagung Ökologischer Landbau „Ideal und Wirklichkeit – Perspektiven Ökologischer Landbewirtschaftung“, Bonn, Germany.
PUB
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618
Zakrzewski M, Goesmann A, Jaenicke S, Jünemann S, Eikmeyer FG, Szczepanowski R, Al-Soud WA, Sørensen S, Pühler A, Schlüter A (2012)
Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing.
Journal of Biotechnology 158(4): 248-258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2473849
Weidner S, Becker A, Bonilla I, Jaenicke S, Lloret J, Margaret I, Pühler A, Ruiz-Sainz JE, Schneiker-Bekel S, Szczepanowski R, Vinardell JM, Zehner S, Göttfert M (2012)
Genome Sequence of the Soybean Symbiont Sinorhizobium fredii HH103.
Journal of Bacteriology 194(6): 1617-1618.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500990
Rose MT, Rose TJ, Pariasca-Tanaka J, Yoshihashi T, Neuweger H, Goesmann A, Frei M, Wissuwa M (2012)
Root metabolic response of rice (Oryza sativa L.) genotypes with contrasting tolerance to zinc deficiency and bicarbonate excess.
Planta 236(4): 959-973.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471858
Ausec L, Zakrzewski M, Goesmann A, Schlüter A, Mandic-Mulec I (2012)
Correction: bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes.
PLoS ONE 7(1).
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471681
Rademacher A, Zakrzewski M, Schlüter A, Schonberg M, Szczepanowski R, Goesmann A, Pühler A, Klocke M (2012)
Characterization of microbial biofilms in a thermophilic biogas system by high-throughput metagenome sequencing.
FEMS Microbiology Ecology 79(3): 785-799.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513256
Filippini M, Qi W, Blom J, Goesmann A, Smits THM, Bagheri HC (2012)
Genome Sequence of Fibrella aestuarina BUZ 2T, a Filamentous Marine Bacterium.
Journal of bacteriology 194(13): 3555.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498232
Trötschel C, Albaum S, Wolff D, Schröder S, Goesmann A, Nattkemper TW, Poetsch A (2012)
Protein turnover quantification in a multi-labeling approach - from data calculation to evaluation.
Molecular & Cellular Proteomics 11(8): 512-526.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2487853
Brankatschk K, Blom J, Goesmann A, Smits THM, Duffy B (2012)
Comparative genomic analysis of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden foodborne strains with other serovars.
International journal of food microbiology 155(3): 247-256.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486204
Blom J, Rückert C, Niu B, Wang Q, Borriss R (2012)
The Complete Genome of Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum CAU B946 Contains a Gene Cluster for Nonribosomal Synthesis of Iturin A.
Journal of bacteriology 194(7): 1845-1846.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2474002
Schneider J, Rupp O, Trost E, Jaenicke S, Passoth V, Goesmann A, Tauch A, Brinkrolf K (2012)
Genome sequence of Wickerhamomyces anomalus DSM 6766 reveals genetic basis of biotechnologically important antimicrobial activities.
FEMS Yeast Research 12(3): 382-386.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526
Hackl M, Jadhav V, Jakobi T, Rupp O, Brinkrolf K, Goesmann A, Pühler A, Noll T, Borth N, Grillari J (2012)
Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines.
Journal of Biotechnology 158(3): 151-155.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2405255
Persicke M, Rückert C, Plassmeier J, Stutz L, Kessler N, Kalinowski J, Goesmann A, Neuweger H (2012)
MSEA: metabolite set enrichment analysis in the MeltDB metabolomics software platform: metabolic profiling of Corynebacterium glutamicum as an example.
Metabolomics 8(2): 310-322.
PUB | DOI | WoS
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker R, Sickinger C, Pedersen CNS, Stoye J (2012)
UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ.
Bioinformatics 28(19): 2509-2511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500959
Kahlke T, Goesmann A, Hjerde E, Willassen NP, Haugen P (2012)
Unique core genomes of the bacterial family vibrionaceae: Insights into niche adaptation and speciation.
BMC genomics 13(1): 179.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500966
Hain T, Ghai R, Billion A, Kuenne CT, Steinweg C, Izar B, Mohamed W, Mraheil M, Domann E, Schaffrath S, Kärst U, Goesmann A, Oehm S, Pühler A, Merkl R, Vorwerk S, Glaser P, Garrido P, Rusniok C, Buchrieser C, Goebel W, Chakraborty T (2012)
Comparative genomics and transcriptomics of lineages I, II, and III strains of Listeria monocytogenes.
BMC Genomics 13(1): 144.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2530487
Filippini M, Qi W, Jaenicke S, Goesmann A, Smits THM, Bagheri HC (2012)
Genome Sequence of the Filamentous Bacterium Fibrisoma limi BUZ 3(T).
Journal of Bacteriology 194(16): 4445.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500937
Rezzonico F, Braun-Kiewnick A, Mann RA, Rodoni B, Goesmann A, Duffy B, Smits THM (2012)
Lipopolysaccharide biosynthesis genes discriminate between Rubus- and Spiraeoideae-infective genotypes of Erwinia amylovora.
Molecular plant pathology 13(8): 975-984.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501081
De Maayer P, Chan WY, Rezzonico F, Bühlmann A, Venter SN, Blom J, Goesmann A, Frey JE, Smits THM, Duffy B, Coutinho TA (2012)
Complete genome sequence of clinical isolate Pantoea ananatis LMG 5342.
Journal of Bacteriology 194(6): 1615-1616.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2530885
Brinkrolf K, Schneider J, Knecht M, Rückert C, Tauch A (2012)
Draft Genome Sequence of Turicella otitidis ATCC 51513, Isolated from Middle Ear Fluid from a Child with Otitis Media.
Journal of Bacteriology 194(21): 5968-5969.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann S, Prior K, Szczepanowski R, Harks I, Ehmke B, Goesmann A, Stoye J, Harmsen D (2012)
Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing.
PLoS ONE 7(8): e41606.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500946
Mann RA, Blom J, Bühlmann A, Plummer KM, Beer SV, Luck JE, Goesmann A, Frey JE, Rodoni BC, Duffy B, Smits THM (2012)
Comparative analysis of the Hrp pathogenicity island of Rubus- and Spiraeoideae-infecting Erwinia amylovora strains identifies the IT region as a remnant of an integrative conjugative element.
Gene 504(1): 6-12.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300063
Albaum S, Hahne H, Otto A, Haußmann U, Becher D, Poetsch A, Goesmann A, Nattkemper TW (2011)
A guide through the computational analysis of isotope-labeled mass spectrometry-based quantitative proteomics data: an application study.
Proteome Science 9(1): 30.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2451800
Toepel J, Albaum S, Arvidsson S, Goesmann A, La Russa M, Rogge K, Kruse O (2011)
Construction and evaluation of a whole genome microarray of Chlamydomonas reinhardtii.
BMC Genomics 12(1): 579-589.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375634
Pothier JF, Vorhölter F-J, Blom J, Goesmann A, Pühler A, Smits TH, Duffy B (2011)
The ubiquitous plasmid pXap41 in the invasive phytopathogen Xanthomonas arboricola pv. pruni: complete sequence and comparative genomic analysis.
FEMS Microbiology Letters 323(1): 52-60.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354731
Wibberg D, Blom J, Jaenicke S, Kollin F, Rupp O, Scharf B, Schneiker-Bekel S, Szczepanowski R, Goesmann A, Setubal JC, Schmitt R, Pühler A, Schlüter A (2011)
Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid.
Journal of Biotechnology 155(1): 50-62.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2317371
Küberl A, Schneider J, Thallinger GG, Anderl I, Wibberg D, Hajek T, Jaenicke S, Brinkrolf K, Goesmann A, Szczepanowski R, Pühler A, Schwab H, Glieder A, Pichler H (2011)
High-quality genome sequence of Pichia pastoris CBS7435.
Journal of Biotechnology 154(4): 312-320.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396576
Becker J, Hackel M, Jakobi T, Rupp O, Schneider J, Szczepanowski R, Bekel T, Borth N, Goesmann A, Grillari J, Kaltschmidt C, Noll T, Pühler A, Tauch A, Brinkrolf K (2011)
Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing.
Journal of Biotechnology 156(3): 227-235.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289576
Thomas V, Bertelli C, Collyn F, Casson N, Telenti A, Goesmann A, Croxatto A, Greub G (2011)
Lausannevirus, a giant amoebal virus encoding histone doublets.
Environmental Microbiology 13(6): 1454-1466.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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