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157 Publikationen

2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2761035
Draft Genome Sequence of Pseudomonas aeruginosa Strain WS136, a Highly Cytotoxic ExoS-Positive Wound Isolate Recovered from Pyoderma Gangrenosum
Arnold M, Wibberg D, Blom J, Schatschneider S, Winkler A, Kutter Y, Rückert C, Albersmeier A, Albaum S, Goesmann A, Zange S, et al. (2015)
Genome announcements 3(4).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2719679
The Sinorhizobium fredii HH103 genome: a comparative analysis with S. fredii strains differing in their symbiotic behaviour with soybean
Vinardell JM, Acosta-Jurado S, Göttfert M, Zehner S, Becker A, Baena-Ropero I, Blom J, Crespo-Rivas JC, Goesmann A, Jaenicke S, Krol E, et al. (2015)
Molecular Plant-Microbe Interactions 28(7): 811-824.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2658539
Whole-Genome Sequencing of Erwinia amylovora Strains from Mexico Detects Single Nucleotide Polymorphisms in rpsL Conferring Streptomycin Resistance and in the avrRpt2 Effector Altering Host Interactions
Smits THM, Guerrero-Prieto VM, Hernández-Escarcega G, Blom J, Goesmann A, Rezzonico F, Duffy B, Stockwell VO (2014)
Genome announcements 2(1).
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690174
Elucidation of insertion elements carried on plasmids and in vitro construction of shuttle vectors from the toxic cyanobacterium planktothrix
Christiansen G, Goesmann A, Kurmayer R (2014)
Applied and environmental microbiology 80(16): 4887-4897.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694652
Metabolite profiling on wheat grain to enable a distinction of samples from organic and conventional farming systems
Bonte A, Neuweger H, Goesmann A, Thonar C, Mäder P, Langenkämper G, Niehaus K (2014)
Journal of the science of food and agriculture 94(13): 2605-2612.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences
Hilker R, Stadermann KB, Doppmeier D, Kalinowski J, Stoye J, Straube J, Winnebald J, Goesmann A (2014)
Bioinformatics 30(16): 2247-2254.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676552
Transcriptome analyses of CHO cells with the next-generation microarray CHO41K: Development and validation by analysing the influence of the growth stimulating substance IGF-1 substitute LongR(3.)
Becker J, Timmermann C, Rupp O, Albaum S, Brinkrolf K, Goesmann A, Pühler A, Tauch A, Noll T (2014)
Journal of biotechnology 178: 23-31.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656773
Construction of a Public CHO Cell Line Transcript Database Using Versatile Bioinformatics Analysis Pipelines
Rupp O, Becker J, Brinkrolf K, Timmermann C, Borth N, Pühler A, Noll T, Goesmann A (2014)
PLoS ONE 9(1): e85568.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694682 PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643946
The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet (Beta vulgaris)
Dohm JC, Minoche AE, Holtgräwe D, Capella-Gutiérrez S, Zakrzewski F, Tafer H, Rupp O, Rosleff Sörensen T, Stracke R, Reinhardt R, Goesmann A, et al. (2014)
Nature 505(7484): 546-549.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2651944
Genome Sequence of the Small-Colony Variant Pseudomonas aeruginosa MH27, Isolated from a Chronic Urethral Catheter Infection
Tielen P, Wibberg D, Blom J, Rosin N, Meyer A-K, Bunk B, Schobert M, Tüpker R, Schatschneider S, Rückert C, Albersmeier A, et al. (2014)
Genome announcements 2(1).
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2664976
Complete Genome Sequence of the Actinobacterium Actinoplanes friuliensis HAG 010964, producer of the lipopeptide antibiotic friulimycin
Rückert C, Szczepanowski R, Albersmeier A, Goesmann A, Fischer N, Steinkämper A, Pühler A, Biener R, Schwartz D, Kalinowski J (2014)
Journal of biotechnology 178: 41-42.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2555342
Genome sequence of the plant growth promoting strain Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum B9601-Y2 and expression of mersacidin and other secondary metabolites
He P, Hao K, Blom J, Rückert C, Vater J, Mao Z, Wu Y, Hou M, He P, He Y, Borriss R (2013)
Journal of biotechnology 164(2): 281-291.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552500
The Pan-Genome of the Animal Pathogen Corynebacterium pseudotuberculosis Reveals Differences in Genome Plasticity between the Biovar ovis and equi Strains
Soares SC, Silva A, Trost E, Blom J, Ramos R, Carneiro A, Ali A, Santos AR, Pinto AC, Diniz C, Barbosa EGV, et al. (2013)
PLoS ONE 8(1): e53818.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2549908
Establishment and interpretation of the genome sequence of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB isolate 7/3/14
Wibberg D, Jelonek L, Rupp O, Kröber M, Eikmeyer FG, Goesmann A, Hartmann A, Borriss R, Grosch R, Pühler A, Schlüter A (2013)
Journal of Biotechnology 167(2): 142-155.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2606943
Radically different phylogeographies and patterns of genetic variation in two European brown frogs, genus Rana
Vences M, Hauswaldt S, Steinfartz S, Rupp O, Goesmann A, Künzel S, Orozco-Terwengel P, Vieites DR, Nieto-Roman S, Haas S, Laugsch C, et al. (2013)
Molecular phylogenetics and evolution 68(3): 657-670.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2602756
Phylogenetic position and virulence apparatus of the pear flower necrosis pathogen Erwinia piriflorinigrans CFBP 5888(T) as assessed by comparative genomics
Smits THM, Rezzonico F, López MM, Blom J, Goesmann A, Frey JE, Duffy B (2013)
Systematic and applied microbiology 36(7): 449-456.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison
Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, Albersmeier A, John U, Kalinowski J, Mellmann A, Goesmann A, von Haeseler A, Stoye J, Harmsen D (2013)
Nature biotechnology 31(12): 1148.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2633427
Draft Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti RU11/001, a model organism for flagellum structure, motility and chemotaxis
Wibberg D, Blom J, Rückert C, Winkler A, Albersmeier A, Pühler A, Schlüter A, Scharf BE (2013)
Journal of Biotechnology 168(4): 731-733.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2637220
The Rhizobacterium Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum NAU-B3 Contains a Large Inversion within the Central Portion of the Genome
Wu H, Qiao J, Blom J, Rückert C, Reva O, Gao X, Borriss R (2013)
Genome announcements 1(6): e00941-13.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2632946
Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain VLB120 a solvent tolerant, styrene degrading bacterium, isolated from forest soil
Köhler KAK, Rückert C, Schatschneider S, Vorhölter F-J, Szczepanowski R, Blank LM, Niehaus K, Goesmann A, Pühler A, Kalinowski J, Schmid A (2013)
Journal of Biotechnology 168(4): 729-730.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2622238
Complete sequence of Erwinia piriflorinigrans plasmids pEPIR37 and pEPIR5 and role of pEPIR37 in pathogen virulence
Barbe S, Llop P, Blom J, Cabrefiga J, Goesmann A, Duffy B, Montesinos E, Smits THM, Lopez MM (2013)
Plant Pathology 62(4): 786-798.
PUB | DOI | WoS
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581
Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes
Brinkrolf K, Rupp O, Laux H, Kollin F, Ernst W, Linke B, Kofler R, Romand S, Hesse F, Budach WE, Galosy S, et al. (2013)
Nature Biotechnology 31(8): 694-695.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2564601
Genomics and Physiology of a Marine Flavobacterium Encoding a Proteorhodopsin and a Xanthorhodopsin-Like Protein
Riedel T, Gómez-Consarnau L, Tomasch J, Martin M, Jarek M, González JM, Spring S, Rohlfs M, Brinkhoff T, Cypionka H, Göker M, et al. (2013)
PLOS ONE 8(3): e57487.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2558460
Whole Genome Sequencing versus Traditional Genotyping for Investigation of a Mycobacterium tuberculosis Outbreak: A Longitudinal Molecular Epidemiological Study
Roetzer A, Diel R, Kohl TA, Rückert C, Nübel U, Blom J, Wirth T, Jaenicke S, Schuback S, Rüsch-Gerdes S, Supply P, et al. (2013)
PLoS medicine 10(2): e1001387.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560837
Complete Genome Sequence of the Probiotic Enterococcus faecalis Symbioflor 1 Clone DSM 16431
Fritzenwanker M, Kuenne C, Billion A, Hain T, Zimmermann K, Goesmann A, Chakraborty T, Domann E (2013)
Genome Announcements 1(1): e00165-12.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576080
New insights into Chlamydomonas reinhardtii hydrogen production processes by combined microarray/RNA-seq transcriptomics
Toepel J, Illmer-Kephalides M, Jaenicke S, Straube J, May P, Goesmann A, Kruse O (2013)
Plant Biotechnology Journal 11(6): 717-733.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576539
The noncanonical type III secretion system of Xanthomonas translucens pv. graminis is essential for forage grass infection
Wichmann F, Vorhölter F-J, Hersemann L, Widmer F, Blom J, Niehaus K, Reinhard S, Conradin C, Kölliker R (2013)
Molecular plant pathology 14(6): 576-588.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631956
Complete genome sequence of the kirromycin producer Streptomyces collinus Tü 365 consisting of a linear chromosome and two linear plasmids
Rückert C, Szczepanowski R, Albersmeier A, Goesmann A, Iftime D, Musiol EM, Blin K, Wohlleben W, Pühler A, Kalinowski J, Weber T (2013)
Journal of Biotechnology 168(4): 739-740.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Updating benchtop sequencing performance comparison
Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, Albersmeier A, John U, Kalinowski J, Mellmann A, Goesmann A, von Haeseler A, Stoye J, Harmsen D (2013)
Nature Biotechnology 31(4): 294-296.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2635526
Draft genome sequence of the cellulolytic Clostridium thermocellum wild-type strain BC1 playing a role in cellulosic biomass degradation
Koeck DE, Wibberg D, Koellmeier T, Blom J, Jaenicke S, Winkler A, Albersmeier A, Zverlov VV, Pühler A, Schwarz WH, Schlüter A (2013)
Journal of Biotechnology 168(1): 62-63.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557779
Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti Rm41
Weidner S, Baumgarth B, Göttfert M, Jaenicke S, Pühler A, Schneiker-Bekel S, Serrania J, Szczepanowski R, Becker A (2013)
Genome Announcements 1(1): e00013-12.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557938
Comparative Genomics of 12 Strains of Erwinia amylovora Identifies a Pan-Genome with a Large Conserved Core
Mann RA, Smits THM, Bühlmann A, Blom J, Goesmann A, Frey JE, Plummer KM, Beer SV, Luck J, Duffy B, Rodoni B (2013)
PLOS ONE 8(2): e55644.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2561776
Proteome turnover in bacteria: current status for Corynebacterium glutamicum and related bacteria
Trötschel C, Albaum S, Poetsch A (2013)
Microbial biotechnology: 708-719.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2554079
Reassessment of the Listeria monocytogenes pan-genome reveals dynamic integration hotspots and mobile genetic elements as major components of the accessory genome
Kuenne C, Billion A, Mraheil MA, Strittmatter A, Daniel R, Goesmann A, Barbuddhe S, Hain T, Chakraborty T (2013)
BMC Genomics 14(1): 47.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548286
Draft whole genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344
Luque-Almagro VM, Acera F, Igeño MI, Wibberg D, Roldán MD, Sáez LP, Hennig M, Quesada A, Huertas MJ, Blom J, Merchán F, et al. (2013)
Environmental Microbiology 15(1): 253-270.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645668
Reconstruction of the lipid metabolism for the microalga Monoraphidium neglectum from its genome sequence reveals characteristics suitable for biofuel production
Bogen C, Al-Dilaimi A, Albersmeier A, Wichmann J, Grundmann M, Rupp O, Lauersen KJ, Blifernez-Klassen O, Kalinowski J, Goesmann A, Mussgnug JH, et al. (2013)
BMC Genomics 14(1): 926.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2635520 PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system
Kessler N, Bonte A, Langenkämper G, Niehaus K, Goesmann A, Nattkemper TW (2013)
Bioinformatics 29(19): 2452-2459.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607974
Polymyxin P is the active principle in suppressing phytopathogenic Erwinia spp. by the biocontrol rhizobacterium Paenibacillus polymyxa M-1
Niu B, Vater J, Rückert C, Blom J, Lehmann M, Ru J-J, Chen X-H, Wang Q, Borriss R (2013)
BMC microbiology 13(1): 137.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets
Zakrzewski M, Bekel T, Ander C, Pühler A, Rupp O, Stoye J, Schlüter A, Goesmann A (2013)
Journal of Biotechnology 167(2): 156-165.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Konferenzbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2538625
Einsatz von Protein- und Metabolit-Profiling-Methoden zur Unterscheidung von ökologischem und konventionellem Weizen
Bonte A, Kessler N, Nattkemper TW, Goesmann A, Cecile T, Mäder P, Niehaus K, Langenkämper G (In Press)
Presented at the 12. Wissenschaftstagung Ökologischer Landbau „Ideal und Wirklichkeit – Perspektiven Ökologischer Landbewirtschaftung“, Bonn, Germany.
PUB
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2473849
Genome Sequence of the Soybean Symbiont Sinorhizobium fredii HH103
Weidner S, Becker A, Bonilla I, Jaenicke S, Lloret J, Margaret I, Pühler A, Ruiz-Sainz JE, Schneiker-Bekel S, Szczepanowski R, Vinardell JM, et al. (2012)
Journal of Bacteriology 194(6): 1617-1618.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618
Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing
Zakrzewski M, Goesmann A, Jaenicke S, Jünemann S, Eikmeyer FG, Szczepanowski R, Al-Soud WA, Sørensen S, Pühler A, Schlüter A (2012)
Journal of Biotechnology 158(4): 248-258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500990
Root metabolic response of rice (Oryza sativa L.) genotypes with contrasting tolerance to zinc deficiency and bicarbonate excess
Rose MT, Rose TJ, Pariasca-Tanaka J, Yoshihashi T, Neuweger H, Goesmann A, Frei M, Wissuwa M (2012)
Planta 236(4): 959-973.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471858
Correction: bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes
Ausec L, Zakrzewski M, Goesmann A, Schlüter A, Mandic-Mulec I (2012)
PLoS ONE 7(1).
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471681
Characterization of microbial biofilms in a thermophilic biogas system by high-throughput metagenome sequencing
Rademacher A, Zakrzewski M, Schlüter A, Schonberg M, Szczepanowski R, Goesmann A, Pühler A, Klocke M (2012)
FEMS Microbiology Ecology 79(3): 785-799.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513256
Genome Sequence of Fibrella aestuarina BUZ 2T, a Filamentous Marine Bacterium
Filippini M, Qi W, Blom J, Goesmann A, Smits THM, Bagheri HC (2012)
Journal of bacteriology 194(13): 3555.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498232
Protein turnover quantification in a multi-labeling approach - from data calculation to evaluation
Trötschel C, Albaum S, Wolff D, Schröder S, Goesmann A, Nattkemper TW, Poetsch A (2012)
Molecular & Cellular Proteomics 11(8): 512-526.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2487853
Comparative genomic analysis of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden foodborne strains with other serovars
Brankatschk K, Blom J, Goesmann A, Smits THM, Duffy B (2012)
International journal of food microbiology 155(3): 247-256.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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