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157 Publikationen

2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2761035
Arnold, M.; Wibberg, D.; Blom, J.; Schatschneider, S.; Winkler, A.; Kutter, Y.; Rückert, C.; Albersmeier, A.; Albaum, S.; Goesmann, A.; Zange, S.; Heesemann, J.; Pühler, A.; Hogardt, M.; Vorhölter, F. - J. (2015): Draft Genome Sequence of Pseudomonas aeruginosa Strain WS136, a Highly Cytotoxic ExoS-Positive Wound Isolate Recovered from Pyoderma Gangrenosum Genome announcements,3:(4)
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2719679
Vinardell, J. M.; Acosta-Jurado, S.; Göttfert, M.; Zehner, S.; Becker, A.; Baena-Ropero, I.; Blom, J.; Crespo-Rivas, J. C.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Krol, E.; McIntosh, M.; Margaret, I.; Pérez-Montaño, F.; Schneiker-Bekel, S.; Serrania, J.; Szczepanowski, R.; Buendia-Claveria, A. M.; Lloret, J.; Bonilla, I.; Pühler, A.; Ruiz-Sainz, J. E.; Weidner, S. (2015): The Sinorhizobium fredii HH103 genome: a comparative analysis with S. fredii strains differing in their symbiotic behaviour with soybean Molecular Plant-Microbe Interactions,28:(7): 811-824.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2658539
Smits, T. H. M.; Guerrero-Prieto, V. M.; Hernández-Escarcega, G.; Blom, J.; Goesmann, A.; Rezzonico, F.; Duffy, B.; Stockwell, V. O. (2014): Whole-Genome Sequencing of Erwinia amylovora Strains from Mexico Detects Single Nucleotide Polymorphisms in rpsL Conferring Streptomycin Resistance and in the avrRpt2 Effector Altering Host Interactions Genome announcements,2:(1)
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694652
Bonte, A.; Neuweger, H.; Goesmann, A.; Thonar, C.; Mäder, P.; Langenkämper, G.; Niehaus, K. (2014): Metabolite profiling on wheat grain to enable a distinction of samples from organic and conventional farming systems Journal of the science of food and agriculture,94:(13): 2605-2612.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690174
Christiansen, G.; Goesmann, A.; Kurmayer, R. (2014): Elucidation of insertion elements carried on plasmids and in vitro construction of shuttle vectors from the toxic cyanobacterium planktothrix Applied and environmental microbiology,80:(16): 4887-4897.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker, R.; Stadermann, K. B.; Doppmeier, D.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Straube, J.; Winnebald, J.; Goesmann, A. (2014): ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences Bioinformatics,30:(16): 2247-2254.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676552
Becker, J.; Timmermann, C.; Rupp, O.; Albaum, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Tauch, A.; Noll, T. (2014): Transcriptome analyses of CHO cells with the next-generation microarray CHO41K: Development and validation by analysing the influence of the growth stimulating substance IGF-1 substitute LongR(3.) Journal of biotechnology,178: 23-31.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694682
Wegmann, U.; Louis, P.; Goesmann, A.; Henrissat, B.; Duncan, S. H.; Flint, H. J. (2014): Complete genome of a new Firmicutes species belonging to the dominant human colonic microbiota ('Ruminococcus bicirculans') reveals two chromosomes and a selective capacity to utilize plant glucans Environmental microbiology,16:(9): 2879-2890.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656773
Rupp, O.; Becker, J.; Brinkrolf, K.; Timmermann, C.; Borth, N.; Pühler, A.; Noll, T.; Goesmann, A. (2014): Construction of a Public CHO Cell Line Transcript Database Using Versatile Bioinformatics Analysis Pipelines PLoS ONE,9:(1): e85568.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643946
Dohm, J. C.; Minoche, A. E.; Holtgräwe, D.; Capella-Gutiérrez, S.; Zakrzewski, F.; Tafer, H.; Rupp, O.; Rosleff Sörensen, T.; Stracke, R.; Reinhardt, R.; Goesmann, A.; Kraft, T.; Schulz, B.; Stadler, P. F.; Schmidt, T.; Gabaldón, T.; Lehrach, H.; Weisshaar, B.; Himmelbauer, H. (2014): The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet (Beta vulgaris) Nature,505:(7484): 546-549.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2651944
Tielen, P.; Wibberg, D.; Blom, J.; Rosin, N.; Meyer, A. - K.; Bunk, B.; Schobert, M.; Tüpker, R.; Schatschneider, S.; Rückert, C.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Vorhölter, F. - J.; Jahn, D.; Pühler, A. (2014): Genome Sequence of the Small-Colony Variant Pseudomonas aeruginosa MH27, Isolated from a Chronic Urethral Catheter Infection Genome announcements,2:(1)
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2664976
Rückert, C.; Szczepanowski, R.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Fischer, N.; Steinkämper, A.; Pühler, A.; Biener, R.; Schwartz, D.; Kalinowski, J. (2014): Complete Genome Sequence of the Actinobacterium Actinoplanes friuliensis HAG 010964, producer of the lipopeptide antibiotic friulimycin Journal of biotechnology,178: 41-42.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2555342
He, P.; Hao, K.; Blom, J.; Rückert, C.; Vater, J.; Mao, Z.; Wu, Y.; Hou, M.; He, P.; He, Y.; Borriss, R. (2013): Genome sequence of the plant growth promoting strain Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum B9601-Y2 and expression of mersacidin and other secondary metabolites Journal of biotechnology,164:(2): 281-291.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552500
Soares, S. C.; Silva, A.; Trost, E.; Blom, J.; Ramos, R.; Carneiro, A.; Ali, A.; Santos, A. R.; Pinto, A. C.; Diniz, C.; Barbosa, E. G. V.; Dorella, F. A.; Aburjaile, F.; Rocha, F. S.; Nascimento, K. K. F.; Guimares, L. C.; Almeida, S.; Hassan, S. S.; Bakhtiar, S. M.; Pereira, U. P.; Abreu, V. A. C.; Schneider, M. P. C.; Miyoshi, A.; Tauch, A.; Azevedo, V. (2013): The Pan-Genome of the Animal Pathogen Corynebacterium pseudotuberculosis Reveals Differences in Genome Plasticity between the Biovar ovis and equi Strains PLoS ONE,8:(1):e53818
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2549908
Wibberg, D.; Jelonek, L.; Rupp, O.; Kröber, M.; Eikmeyer, F. G.; Goesmann, A.; Hartmann, A.; Borriss, R.; Grosch, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2013): Establishment and interpretation of the genome sequence of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB isolate 7/3/14 Journal of Biotechnology,167:(2): 142-155.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2606943
Vences, M.; Hauswaldt, S.; Steinfartz, S.; Rupp, O.; Goesmann, A.; Künzel, S.; Orozco-Terwengel, P.; Vieites, D. R.; Nieto-Roman, S.; Haas, S.; Laugsch, C.; Gehara, M.; Bruchmann, S.; Pabijan, M.; Ludewig, A. - K.; Rudert, D.; Angelini, C.; Borkin, L. J.; Crochet, P. - A.; Crottini, A.; Dubois, A.; Ficetola, G. F.; Galán, P.; Geniez, P.; Hachtel, M.; Jovanovic, O.; Litvinchuk, S. N.; Lymberakis, P.; Ohler, A.; Smirnov, N. A. (2013): Radically different phylogeographies and patterns of genetic variation in two European brown frogs, genus Rana Molecular phylogenetics and evolution,68:(3): 657-670.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2602756
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; López, M. M.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2013): Phylogenetic position and virulence apparatus of the pear flower necrosis pathogen Erwinia piriflorinigrans CFBP 5888(T) as assessed by comparative genomics Systematic and applied microbiology,36:(7): 449-456.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison Nature biotechnology,31:(12): 1148.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2633427
Wibberg, D.; Blom, J.; Rückert, C.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Scharf, B. E. (2013): Draft Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti RU11/001, a model organism for flagellum structure, motility and chemotaxis Journal of Biotechnology,168:(4): 731-733.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2637220
Wu, H.; Qiao, J.; Blom, J.; Rückert, C.; Reva, O.; Gao, X.; Borriss, R. (2013): The Rhizobacterium Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum NAU-B3 Contains a Large Inversion within the Central Portion of the Genome Genome announcements,1:(6): e00941-13.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2632946
Köhler, K. A. K.; Rückert, C.; Schatschneider, S.; Vorhölter, F. - J.; Szczepanowski, R.; Blank, L. M.; Niehaus, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Schmid, A. (2013): Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain VLB120 a solvent tolerant, styrene degrading bacterium, isolated from forest soil Journal of Biotechnology,168:(4): 729-730.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2622238
Barbe, S.; Llop, P.; Blom, J.; Cabrefiga, J.; Goesmann, A.; Duffy, B.; Montesinos, E.; Smits, T. H. M.; Lopez, M. M. (2013): Complete sequence of Erwinia piriflorinigrans plasmids pEPIR37 and pEPIR5 and role of pEPIR37 in pathogen virulence Plant Pathology,62:(4): 786-798.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581
Brinkrolf, K.; Rupp, O.; Laux, H.; Kollin, F.; Ernst, W.; Linke, B.; Kofler, R.; Romand, S.; Hesse, F.; Budach, W. E.; Galosy, S.; Müller, D.; Noll, T.; Wienberg, J.; Jostock, T.; Leonard, M.; Grillari, J.; Tauch, A.; Goesmann, A.; Helk, B.; Mott, J. E.; Pühler, A.; Borth, N. (2013): Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes Nature Biotechnology,31:(8): 694-695.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2564601
Riedel, T.; Gómez-Consarnau, L.; Tomasch, J.; Martin, M.; Jarek, M.; González, J. M.; Spring, S.; Rohlfs, M.; Brinkhoff, T.; Cypionka, H.; Göker, M.; Fiebig, A.; Klein, J.; Goesmann, A.; Fuhrman, J. A.; Wagner-Döbler, I. (2013): Genomics and Physiology of a Marine Flavobacterium Encoding a Proteorhodopsin and a Xanthorhodopsin-Like Protein PLOS ONE,8:(3): e57487.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2558460
Roetzer, A.; Diel, R.; Kohl, T. A.; Rückert, C.; Nübel, U.; Blom, J.; Wirth, T.; Jaenicke, S.; Schuback, S.; Rüsch-Gerdes, S.; Supply, P.; Kalinowski, J.; Niemann, S. (2013): Whole Genome Sequencing versus Traditional Genotyping for Investigation of a Mycobacterium tuberculosis Outbreak: A Longitudinal Molecular Epidemiological Study PLoS medicine,10:(2): e1001387.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560837
Fritzenwanker, M.; Kuenne, C.; Billion, A.; Hain, T.; Zimmermann, K.; Goesmann, A.; Chakraborty, T.; Domann, E. (2013): Complete Genome Sequence of the Probiotic Enterococcus faecalis Symbioflor 1 Clone DSM 16431 Genome Announcements,1:(1): e00165-12.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576080
Toepel, J.; Illmer-Kephalides, M.; Jaenicke, S.; Straube, J.; May, P.; Goesmann, A.; Kruse, O. (2013): New insights into Chlamydomonas reinhardtii hydrogen production processes by combined microarray/RNA-seq transcriptomics Plant Biotechnology Journal,11:(6): 717-733.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631956
Rückert, C.; Szczepanowski, R.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Iftime, D.; Musiol, E. M.; Blin, K.; Wohlleben, W.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Weber, T. (2013): Complete genome sequence of the kirromycin producer Streptomyces collinus Tü 365 consisting of a linear chromosome and two linear plasmids Journal of Biotechnology,168:(4): 739-740.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576539
Wichmann, F.; Vorhölter, F. - J.; Hersemann, L.; Widmer, F.; Blom, J.; Niehaus, K.; Reinhard, S.; Conradin, C.; Kölliker, R. (2013): The noncanonical type III secretion system of Xanthomonas translucens pv. graminis is essential for forage grass infection Molecular plant pathology,14:(6): 576-588.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2635526
Koeck, D. E.; Wibberg, D.; Koellmeier, T.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Zverlov, V. V.; Pühler, A.; Schwarz, W. H.; Schlüter, A. (2013): Draft genome sequence of the cellulolytic Clostridium thermocellum wild-type strain BC1 playing a role in cellulosic biomass degradation Journal of Biotechnology,168:(1): 62-63.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Updating benchtop sequencing performance comparison Nature Biotechnology,31:(4): 294-296.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557938
Mann, R. A.; Smits, T. H. M.; Bühlmann, A.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J.; Duffy, B.; Rodoni, B. (2013): Comparative Genomics of 12 Strains of Erwinia amylovora Identifies a Pan-Genome with a Large Conserved Core PLOS ONE,8:(2): e55644.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2561776
Trötschel, C.; Albaum, S.; Poetsch, A. (2013): Proteome turnover in bacteria: current status for Corynebacterium glutamicum and related bacteria Microbial biotechnology, 708-719.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557779
Weidner, S.; Baumgarth, B.; Göttfert, M.; Jaenicke, S.; Pühler, A.; Schneiker-Bekel, S.; Serrania, J.; Szczepanowski, R.; Becker, A. (2013): Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti Rm41 Genome Announcements,1:(1): e00013-12.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2554079
Kuenne, C.; Billion, A.; Mraheil, M. A.; Strittmatter, A.; Daniel, R.; Goesmann, A.; Barbuddhe, S.; Hain, T.; Chakraborty, T. (2013): Reassessment of the Listeria monocytogenes pan-genome reveals dynamic integration hotspots and mobile genetic elements as major components of the accessory genome BMC Genomics,14:(1): 47.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548286
Luque-Almagro, V. M.; Acera, F.; Igeño, M. I.; Wibberg, D.; Roldán, M. D.; Sáez, L. P.; Hennig, M.; Quesada, A.; Huertas, M. J.; Blom, J.; Merchán, F.; Escribano, M. P.; Jaenicke, S.; Estepa, J.; Guijo, M. I.; Martínez-Luque, M.; Macías, D.; Szczepanowski, R.; Becerra, G.; Ramirez, S.; Carmona, M. I.; Gutiérrez, O.; Manso, I.; Pühler, A.; Castillo, F.; Moreno-Vivián, C.; Schlüter, A.; Blasco, R. (2013): Draft whole genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Environmental Microbiology,15:(1): 253-270.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645668
Bogen, C.; Al-Dilaimi, A.; Albersmeier, A.; Wichmann, J.; Grundmann, M.; Rupp, O.; Lauersen, K. J.; Blifernez-Klassen, O.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Mussgnug, J. H.; Kruse, O. (2013): Reconstruction of the lipid metabolism for the microalga Monoraphidium neglectum from its genome sequence reveals characteristics suitable for biofuel production BMC Genomics,14:(1): 926.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2635520
Dam, B.; Dam, S.; Blom, J.; Liesack, W. (2013): Genome Analysis Coupled with Physiological Studies Reveals a Diverse Nitrogen Metabolism in Methylocystis sp Strain SC2 Plos One,8:(10): e74767.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
Kessler, N.; Bonte, A.; Langenkämper, G.; Niehaus, K.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2013): MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system Bioinformatics,29:(19): 2452-2459.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607974
Niu, B.; Vater, J.; Rückert, C.; Blom, J.; Lehmann, M.; Ru, J. - J.; Chen, X. - H.; Wang, Q.; Borriss, R. (2013): Polymyxin P is the active principle in suppressing phytopathogenic Erwinia spp. by the biocontrol rhizobacterium Paenibacillus polymyxa M-1 BMC microbiology,13:(1): 137.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Konferenzbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2538625
Bonte, A.; Kessler, N.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A.; Cecile, T.; Mäder, P.; Niehaus, K.; Langenkämper, G. (In Press): Einsatz von Protein- und Metabolit-Profiling-Methoden zur Unterscheidung von ökologischem und konventionellem Weizen.
PUB
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2473849
Weidner, S.; Becker, A.; Bonilla, I.; Jaenicke, S.; Lloret, J.; Margaret, I.; Pühler, A.; Ruiz-Sainz, J. E.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Vinardell, J. M.; Zehner, S.; Göttfert, M. (2012): Genome Sequence of the Soybean Symbiont Sinorhizobium fredii HH103 Journal of Bacteriology,194:(6): 1617-1618.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618
Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Al-Soud, W. A.; Sørensen, S.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing Journal of Biotechnology,158:(4): 248-258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500990
Rose, M. T.; Rose, T. J.; Pariasca-Tanaka, J.; Yoshihashi, T.; Neuweger, H.; Goesmann, A.; Frei, M.; Wissuwa, M. (2012): Root metabolic response of rice (Oryza sativa L.) genotypes with contrasting tolerance to zinc deficiency and bicarbonate excess Planta,236:(4): 959-973.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471858
Ausec, L.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Schlüter, A.; Mandic-Mulec, I. (2012): Correction: bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes PLoS ONE,7:(1)
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471681
Rademacher, A.; Zakrzewski, M.; Schlüter, A.; Schonberg, M.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Klocke, M. (2012): Characterization of microbial biofilms in a thermophilic biogas system by high-throughput metagenome sequencing FEMS Microbiology Ecology,79:(3): 785-799.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513256
Filippini, M.; Qi, W.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Bagheri, H. C. (2012): Genome Sequence of Fibrella aestuarina BUZ 2T, a Filamentous Marine Bacterium Journal of bacteriology,194:(13): 3555.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498232
Trötschel, C.; Albaum, S.; Wolff, D.; Schröder, S.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W.; Poetsch, A. (2012): Protein turnover quantification in a multi-labeling approach - from data calculation to evaluation Molecular & Cellular Proteomics,11:(8): 512-526.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2487853
Brankatschk, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Duffy, B. (2012): Comparative genomic analysis of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden foodborne strains with other serovars International journal of food microbiology,155:(3): 247-256.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2474002
Schneider, J.; Rupp, O.; Trost, E.; Jaenicke, S.; Passoth, V.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2012): Genome sequence of Wickerhamomyces anomalus DSM 6766 reveals genetic basis of biotechnologically important antimicrobial activities FEMS Yeast Research,12:(3): 382-386.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486204
Blom, J.; Rückert, C.; Niu, B.; Wang, Q.; Borriss, R. (2012): The Complete Genome of Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum CAU B946 Contains a Gene Cluster for Nonribosomal Synthesis of Iturin A Journal of bacteriology,194:(7): 1845-1846.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526
Hackl, M.; Jadhav, V.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Noll, T.; Borth, N.; Grillari, J. (2012): Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines Journal of Biotechnology,158:(3): 151-155.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2405255
Persicke, M.; Rückert, C.; Plassmeier, J.; Stutz, L.; Kessler, N.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Neuweger, H. (2012): MSEA: metabolite set enrichment analysis in the MeltDB metabolomics software platform: metabolic profiling of Corynebacterium glutamicum as an example Metabolomics,8:(2): 310-322.
PUB | DOI | WoS
 
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500959
Kahlke, T.; Goesmann, A.; Hjerde, E.; Willassen, N. P.; Haugen, P. (2012): Unique core genomes of the bacterial family vibrionaceae: Insights into niche adaptation and speciation BMC genomics,13:(1): 179.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500966
Hain, T.; Ghai, R.; Billion, A.; Kuenne, C. T.; Steinweg, C.; Izar, B.; Mohamed, W.; Mraheil, M.; Domann, E.; Schaffrath, S.; Kärst, U.; Goesmann, A.; Oehm, S.; Pühler, A.; Merkl, R.; Vorwerk, S.; Glaser, P.; Garrido, P.; Rusniok, C.; Buchrieser, C.; Goebel, W.; Chakraborty, T. (2012): Comparative genomics and transcriptomics of lineages I, II, and III strains of Listeria monocytogenes BMC Genomics,13:(1): 144.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2530487
Filippini, M.; Qi, W.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Bagheri, H. C. (2012): Genome Sequence of the Filamentous Bacterium Fibrisoma limi BUZ 3(T) Journal of Bacteriology,194:(16): 4445.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500937
Rezzonico, F.; Braun-Kiewnick, A.; Mann, R. A.; Rodoni, B.; Goesmann, A.; Duffy, B.; Smits, T. H. M. (2012): Lipopolysaccharide biosynthesis genes discriminate between Rubus- and Spiraeoideae-infective genotypes of Erwinia amylovora Molecular plant pathology,13:(8): 975-984.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501081
De Maayer, P.; Chan, W. Y.; Rezzonico, F.; Bühlmann, A.; Venter, S. N.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Smits, T. H. M.; Duffy, B.; Coutinho, T. A. (2012): Complete genome sequence of clinical isolate Pantoea ananatis LMG 5342 Journal of Bacteriology,194:(6): 1615-1616.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2530885
Brinkrolf, K.; Schneider, J.; Knecht, M.; Rückert, C.; Tauch, A. (2012): Draft Genome Sequence of Turicella otitidis ATCC 51513, Isolated from Middle Ear Fluid from a Child with Otitis Media Journal of Bacteriology,194:(21): 5968-5969.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann, S.; Prior, K.; Szczepanowski, R.; Harks, I.; Ehmke, B.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2012): Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing PLoS ONE,7:(8): e41606.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500946
Mann, R. A.; Blom, J.; Bühlmann, A.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J. E.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Rodoni, B. C.; Duffy, B.; Smits, T. H. M. (2012): Comparative analysis of the Hrp pathogenicity island of Rubus- and Spiraeoideae-infecting Erwinia amylovora strains identifies the IT region as a remnant of an integrative conjugative element Gene,504:(1): 6-12.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300063
Albaum, S.; Hahne, H.; Otto, A.; Haußmann, U.; Becher, D.; Poetsch, A.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2011): A guide through the computational analysis of isotope-labeled mass spectrometry-based quantitative proteomics data: an application study Proteome Science,9:(1): 30.
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Toepel, J.; Albaum, S.; Arvidsson, S.; Goesmann, A.; La Russa, M.; Rogge, K.; Kruse, O. (2011): Construction and evaluation of a whole genome microarray of Chlamydomonas reinhardtii BMC Genomics,12:(1): 579-589.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375634
Pothier, J. F.; Vorhölter, F. - J.; Blom, J.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Smits, T. H.; Duffy, B. (2011): The ubiquitous plasmid pXap41 in the invasive phytopathogen Xanthomonas arboricola pv. pruni: complete sequence and comparative genomic analysis FEMS Microbiology Letters,323:(1): 52-60.
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Wibberg, D.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Kollin, F.; Rupp, O.; Scharf, B.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Setubal, J. C.; Schmitt, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2011): Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid Journal of Biotechnology,155:(1): 50-62.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2317371
Küberl, A.; Schneider, J.; Thallinger, G. G.; Anderl, I.; Wibberg, D.; Hajek, T.; Jaenicke, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Szczepanowski, R.; Pühler, A.; Schwab, H.; Glieder, A.; Pichler, H. (2011): High-quality genome sequence of Pichia pastoris CBS7435 Journal of Biotechnology,154:(4): 312-320.
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Becker, J.; Hackel, M.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Bekel, T.; Borth, N.; Goesmann, A.; Grillari, J.; Kaltschmidt, C.; Noll, T.; Pühler, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2011): Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing Journal of Biotechnology,156:(3): 227-235.
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Thomas, V.; Bertelli, C.; Collyn, F.; Casson, N.; Telenti, A.; Goesmann, A.; Croxatto, A.; Greub, G. (2011): Lausannevirus, a giant amoebal virus encoding histone doublets Environmental Microbiology,13:(6): 1454-1466.
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Ausec, L.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Schlüter, A.; Mandic-Mulec, I. (2011): Bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes PLoS ONE,6:(10):e25724
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Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Blom, J.; Goesmann, A.; Ishimaru, C. A.; Frey, J. E.; Stockwell, V. O.; Duffy, B. (2011): Metabolic Versatility and Antibacterial Metabolite Biosynthesis Are Distinguishing Genomic Features of the Fire Blight Antagonist Pantoea vagans C9-1 PLoS ONE,6:(7): e22247.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447730
Gonzalez, J. M.; Pinhassi, J.; Fernández-Gómez, B.; Coll-Llado, M.; Gonzalez-Velazquez, M.; Puigbo, P.; Jaenicke, S.; Gomez-Consarnau, L.; Fernandez-Guerra, A.; Goesmann, A.; Pedros-Alio, C. (2011): Genomics of the proteorhodopsin-containing marine flavobacterium Dokdonia sp. MED134 Applied and Environmental Microbiology,77:(24): 8676-8686.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326455
Krol, E.; Blom, J.; Winnebald, J.; Berhoerster, A.; Barnett, M. J.; Goesmann, A.; Baumbach, J.; Becker, A. (2011): RhizoRegNet-A database of rhizobial transcription factors and regulatory networks Journal of Biotechnology,155:(1): 127-134.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397780
Doppmeier, D.; Stracke, R.; Lutter, P.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Weisshaar, B. (2011): Using the GUS Reporter Gene for Quantitative Studies of Promotor Activity in A.thaliana Seedlings. S. 218.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290032
Joseph, B.; Schwarz, R. F.; Linke, B.; Blom, J.; Becker, A.; Claus, H.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Mueller, T.; Vogel, U.; Schoen, C. (2011): Virulence Evolution of the Human Pathogen Neisseria meningitidis by Recombination in the Core and Accessory Genome PLoS ONE,6:(4): e18441.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093389
Schoen, C.; Weber-Lehmann, J.; Blom, J.; Joseph, B.; Goesmann, A.; Strittmatter, A.; Frosch, M. (2011): Whole-Genome Sequence of the Transformable Neisseria meningitidis Serogroup A Strain WUE2594 Journal of Bacteriology,193:(8): 2064-2065.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289902
De Gregoris, T. B.; Rupp, O.; Klages, S.; Knaust, F.; Bekel, T.; Kube, M.; Burgess, J. G.; Arnone, M. I.; Goesmann, A.; Reinhardt, R.; Clare, A. S. (2011): Deep sequencing of naupliar-, cyprid- and adult-specific normalised Expressed Sequence Tag (EST) libraries of the acorn barnacle Balanus amphitrite Biofouling,27:(4): 367-374.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom, J.; Jakobi, T.; Doppmeier, D.; Jaenicke, S.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2011): Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming Bioinformatics,27:(10): 1351-1358.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892
Schneiker-Bekel, S.; Wibberg, D.; Bekel, T.; Blom, J.; Linke, B.; Neuweger, H.; Stiens, M.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (In Press): The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome Journal of Biotechnology,155:(1): 20-33.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003276
Jaenicke, S.; Ander, C.; Bekel, T.; Bisdorf, R.; Dröge, M.; Gartemann, K. - H.; Jünemann, S.; Kaiser, O.; Krause, L.; Tille, F.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2011): Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing PLoS ONE,6:(1): e14519.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2036058
Margaret, I.; Becker, A.; Blom, J.; Bonilla, I.; Goesmann, A.; Göttfert, M.; Lloret, J.; Mittard-Runte, V.; Rückert, C.; Ruiz-Sainz, J. - E.; Vinardell, J. M.; Weidner, S. (2011): Symbiotic properties and first analyses of the genomic sequence of the fast growing model strain Sinorhizobium fredii HH103 nodulating soybean Journal of Biotechnology,155:(1): 11-19.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2087955
Hackl, M.; Jakobi, T.; Blom, J.; Doppmeier, D.; Brinkrolf, K.; Szczepanowski, R.; Bernhart, S. H.; Höner zu Siederdissen, C.; Bort, J. A. H.; Wieser, M.; Kunert, R.; Jeffs, S.; Hofacker, I. L.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Borth, N.; Grillari, J. (2011): Next-generation sequencing of the Chinese hamster ovary microRNA transcriptome: Identification, annotation and profiling of microRNAs as targets for cellular engineering Journal of Biotechnology,153:(1-2): 62-75.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929692
Schneider, J.; Vorhölter, F. - J.; Trost, E.; Blom, J.; Musa, Y. R.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Schatschneider, S.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2010): CARMEN - Comparative Analysis and in silico Reconstruction of organism-specific MEtabolic Networks Genetics and Molecular Research,9:(3): 1660-1672.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966439
Trost, E.; Ott, L.; Schneider, J.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Husemann, P.; Stoye, J.; Alves Dorella, F.; Souza Rocha, F.; de Castro Soares, S.; D'Afonseca, V.; Miyoshi, A.; Ruiz, J.; Silva, A.; Azevedo, V.; Burkovski, A.; Guiso, N.; Join-Lambert, O. F.; Kayal, S.; Tauch, A. (2010): The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence BMC Genomics,11:(1):728
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795508
Bertelli, C.; Collyn, F.; Croxatto, A.; Rückert, C.; Polkinghorne, A.; Kebbi-Beghdadi, C.; Goesmann, A.; Vaughan, L.; Greub, G. (2010): The Waddlia Genome: A Window into Chlamydial Biology PLOS ONE,5:(5): e10890.
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Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Pelludat, C.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Genomic and phenotypic characterization of a nonpigmented variant of Pantoea vagans biocontrol strain C9-1 lacking the 530-kb megaplasmid pPag3 FEMS MICROBIOLOGY LETTERS,308:(1): 48-54.
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Trost, E.; Götker, S.; Schneider, J.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Arnold, W.; Bekel, T.; Blom, J.; Gartemann, K. - H.; Linke, B.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Shukla, S. K.; Tauch, A. (2010): Complete genome sequence and lifestyle of black-pigmented Corynebacterium aurimucosum ATCC 700975 (formerly C. nigricans CN-1) isolated from a vaginal swab of a woman with spontaneous abortion BMC Genomics,11:(1):91
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Yang, I.; John, U.; Beszteri, S.; Glöckner, G.; Krock, B.; Goesmann, A.; Cembella, A. D. (2010): Comparative gene expression in toxic versus non-toxic strains of the marine dinoflagellate Alexandrium minutum BMC Genomics,11:(1): 248.
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Mittard-Runte, V.; Bekel, T.; Blom, J.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Jaenicke, S.; Krause, L.; Linke, B.; Neuweger, H.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A. (2010): Practical Guide: Genomic Techniques and How to Apply Them to Marine Questions. In: J. Mark Cock; Kristin Tessmar-Raible; Catherine Boyen; Frédérique Viard (Hrsg.): Introduction to Marine Genomics (Advances in Marine Genomics). Netherlands: Springer Netherlands. (1). S. 315-396.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785579
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588692
Steinweg, C.; Kuenne, C. T.; Billion, A.; Mraheil, M. A.; Domann, E.; Ghai, R.; Barbuddhe, S. B.; Kaerst, U.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Weisshaar, B.; Wehland, J.; Lampidis, R.; Kreft, J.; Goebel, W.; Chakraborty, T.; Hain, T. (2010): Complete Genome Sequence of Listeria seeligeri, a Nonpathogenic Member of the Genus Listeria Journal of Bacteriology,192:(5): 1473-1474.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1794039
Kuenne, C.; Voget, S.; Pischimarov, J.; Oehm, S.; Goesmann, A.; Daniel, R.; Hain, T.; Chakraborty, T. (2010): Comparative Analysis of Plasmids in the Genus Listeria PLOS ONE,5:(9): e12511.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894319
Henckel, K.; Küster, H.; Stutz, L.; Goesmann, A. (2010): MediPlEx - a tool to combine in silico and experimental gene expression profiles of the model legume Medicago truncatula. BMC Research Notes,3:(1): 262.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1968262
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Goesmann, A.; Ishimaru, C. A.; Stockwell, V. O.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Genome Sequence of the Biocontrol Agent Pantoea vagans Strain C9-1 Journal of Bacteriology,192:(24): 6486-6487.
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