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157 Publikationen

2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1990186
Gehlenborg, N.; O'Donoghue, S. I.; Baliga, N. S.; Goesmann, A.; Hibbs, M. A.; Kitano, H.; Kohlbacher, O.; Neuweger, H.; Schneider, R.; Tenenbaum, D.; Gavin, A. - C. (2010): Visualization of omics data for systems biology Nat Methods,7:(3s): S56-S68.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1930110
Joseph, B.; Schneiker-Bekel, S.; Schramm-Glueck, A.; Blom, J.; Claus, H.; Linke, B.; Schwarz, R. F.; Becker, A.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Schoen, C. (2010): Comparative Genome Biology of a Serogroup B Carriage and Disease Strain Supports a Polygenic Nature of Meningococcal Virulence JOURNAL OF BACTERIOLOGY,192:(20): 5363-5377.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397394
Goesmann, A.; Schneider, J.; Trost, E.; Tauch, A. (2009): Entschlüsselung mikrobieller Genomsequenzen im Schnellverfahren BIOspektrum,15:(3): 279-281.
PUB
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783022 OA
Krawczyk, J.; Goesmann, A.; Nolte, R.; Werber, M.; Weisshaar, B. (2009): Trace2PS and FSA2PS: two software toolkits for converting trace and fsa files to PostScript format Source Code for Biology and Medicine,4:(1): 4.
PUB | PDF | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783813 OA
Neuweger, H.; Persicke, M.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Winnebald, J.; Schneider, J.; Kalinowski, J.; Goesmann, A. (2009): Visualizing post genomics data-sets on customized pathway maps by ProMeTra – aeration-dependent gene expression and metabolism of Corynebacterium glutamicum as an example BMC Systems Biology,3:(1):82
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783187 OA
Blom, J.; Albaum, S.; Doppmeier, D.; Pühler, A.; Vorhölter, F. - J.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A. (2009): EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes BMC Bioinformatics,10:(1):154
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635300 OA
Henckel, K.; Runte, K. J.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Jakobi, T.; Küster, H.; Goesmann, A. (2009): TRUNCATULIX - a data warehouse for the legume community BMC Plant Biology,9:(1): 19.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634097
Strittmatter, A. W.; Liesegang, H.; Rabus, R.; Decker, I.; Amann, J.; Andres, S.; Henne, A.; Fricke, W. F.; Martinez-Arias, R.; Bartels, D.; Goesmann, A.; Krause, L.; Pühler, A.; Klenk, H. - P.; Richter, M.; Schueler, M.; Gloeckner, F. O.; Meyerdierks, A.; Gottschalk, G.; Amann, R. (2009): Genome sequence of Desulfobacterium autotrophicum HRM2, a marine sulfate reducer oxidizing organic carbon completely to carbon dioxide ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,11:(5): 1038-1055.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634467
Becker, A.; Barnett, M. J.; Capela, D.; Dondrup, M.; Kamp, P. - B.; Krol, E.; Linke, B.; Rüberg, S.; Runte, K.; Schroeder, B. K.; Weidner, S.; Yurgel, S. N.; Batut, J.; Long, S. R.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): A portal for rhizobial genomes: RhizoGATE integrates a Sinorhizobium meliloti genome annotation update with postgenome data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,140:(1-2): 45-50.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635314 OA
Diaz, N. N.; Krause, L.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Nattkemper, T. W. (2009): TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach BMC Bioinformatics,10:(1): 56.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321 OA
Dondrup, M.; Albaum, S.; Griebel, T.; Henckel, K.; Jünemann, S.; Kahlke, T.; Kleindt, C. K.; Kuester, H.; Linke, B.; Mertens, D.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Runte, K. J.; Tauch, A.; Tille, F.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data BMC Bioinformatics,10:(1):50
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098 OA
Gerlach, W.; Jünemann, S.; Tille, F.; Goesmann, A.; Stoye, J. (2009): WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads BMC Bioinformatics,10:(1): 430.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Albaum, S.; Neuweger, H.; Fraenzel, B.; Lange, S.; Mertens, D.; Troetschel, C.; Wolters, D.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2009): Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments Bioinformatics,25:(23): 3128-3134.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589936
Wegmann, U.; Overweg, K.; Horn, N.; Goesmann, A.; Narbad, A.; Gasson, M. J.; Shearman, C. (2009): Complete Genome Sequence of Lactobacillus johnsonii FI9785, a Competitive Exclusion Agent against Pathogens in Poultry JOURNAL OF BACTERIOLOGY,191:(22): 7142-7143.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447
Bekel, T.; Henckel, K.; Küster, H.; Meyer, F.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Paarmann, D.; Rupp, O.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2009): The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies Journal of Biotechnology,140:(1-2): 3-12.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634461
Dondrup, M.; Hueser, A. T.; Mertens, D.; Goesmann, A. (2009): An evaluation framework for statistical tests on microarray data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,140:(1-2): 18-26.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
Neuweger, H.; Albaum, S.; Dondrup, M.; Persicke, M.; Watt, T.; Niehaus, K.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2008): MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data Bioinformatics,24:(23): 2726-2732.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783292 OA
Gross, R.; Guzman, C. A.; Sebaihia, M.; Martins dos Santos, V. A. P.; Pieper, D. H.; Koebnik, R.; Lechner, M.; Bartels, D.; Buhrmester, J.; Choudhuri, J. V.; Ebensen, T.; Gaigalat, L.; Herrmann, S.; Khachane, A. N.; Larisch, C.; Link, S.; Linke, B.; Meyer, F.; Mormann, S.; Nakunst, D.; Rückert, C.; Schneiker-Bekel, S.; Schulze, K.; Vorhölter, F. - J.; Yevsa, T.; Engle, J. T.; Goldman, W. E. .; Pühler, A.; Göbel, U. B.; Goesmann, A.; Blöcker, H.; Kaiser, O.; Martinez-Arias, R. (2008): The missing link: Bordetella petrii is endowed with both the metabolic versatility of environmental bacteria and virulence traits of pathogenic Bordetellae BMC Genomics,9:(1): 449.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592024
Vorhölter, F. - J.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A.; Krause, L.; Bekel, T.; Kaiser, O.; Linke, B.; Patschkowski, T.; Rückert, C.; Schmid, J.; Sidhu, V. K.; Sieber, V.; Tauch, A.; Watt, S. A.; Weisshaar, B.; Becker, A.; Niehaus, K.; Pühler, A. (2008): The genome of Xanthomonas campestris pv. campestris B 100 and its use for the reconstruction of metabolic pathways involved in xanthan biosynthesis Journal of Biotechnology,134:(1-2): 33-45.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592257
Schoen, C.; Blom, J.; Claus, H.; Schramm-Glueck, A.; Brandt, P.; Mueller, T.; Goesmann, A.; Joseph, B.; Konietzny, S.; Kurzai, O.; Schmitt, C.; Friedrich, T.; Linke, B.; Vogel, U.; Frosch, M. (2008): Whole-genome comparison of disease and carriage strains provides insights into virulence evolution in Neisseria meningitidis PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA,105:(9): 3473-3478.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586009
Krause, L.; Diaz, N. N.; Edwards, R. A.; Gartemann, K. - H.; Krömeke, H.; Neuweger, H.; Pühler, A.; Runte, K. J.; Schlüter, A.; Stoye, J.; Szczepanowski, R.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2008): Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,136:(1-2): 91-101.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585956
Stiens, M.; Becker, A.; Bekel, T.; Gödde, V.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Schneiker-Bekel, S.; Selbitschka, W.; Weidner, S.; Schlüter, A.; Pühler, A. (2008): Comparative genomic hybridisation and ultrafast pyrosequencing revealed remarkable differences between the Sinorhizobium meliloti genomes of the model strain Rm1021 and the field isolate SM11 Journal of Biotechnology,136:(1-2): 31-37.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585987
Schlüter, A.; Bekel, T.; Diaz, N. N.; Dondrup, M.; Eichenlaub, R.; Gartemann, K. - H.; Krahn, I.; Krause, L.; Kroemeke, H.; Kruse, O.; Mussgnug, J. H.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Pühler, A.; Runte, K. J.; Szczepanowski, R.; Tauch, A.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Goesmann, A. (2008): The metagenome of a biogas-producing microbial community of a production-scale biogas plant fermenter analysed by the 454-pyrosequencing technology Journal of Biotechnology,136:(1-2): 77-90.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585918
Tauch, A.; Trost, E.; Tilker, A.; Ludewig, U.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A.; Arnold, W.; Bekel, T.; Brinkrolf, K.; Brune, I.; Goetker, S.; Kalinowski, J.; Kamp, P. - B.; Lobo, F. P.; Viehöver, P.; Weisshaar, B.; Soriano, F.; Droege, M.; Pühler, A. (2008): The lifestyle of Corynebacterium urealyticum derived from its complete genome sequence established by pyrosequencing Journal of Biotechnology,136:(1-2): 11-21.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586785 OA
Oehm, S.; Gilbert, D.; Tauch, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2008): Comparative Pathway Analyzer - a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organisms NUCLEIC ACIDS RESEARCH,36:(Web Server): W433-W437.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585939
Tauch, A.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Gartemann, K. - H.; Arnold, W.; Blom, J.; Brinkrolf, K.; Brune, I.; Goetker, S.; Weisshaar, B.; Goesmann, A.; Droege, M.; Pühler, A. (2008): Ultrafast pyrosequencing of Corynebacterium kroppenstedtii DSM44385 revealed insights into the physiology of a lipophilic corynebacterium that lacks mycolic acids Journal of Biotechnology,136:(1-2): 22-30.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364 OA
Krause, L.; Diaz, N. N.; Goesmann, A.; Kelley, S.; Nattkemper, T. W.; Rohwer, F.; Edwards, R. A.; Stoye, J. (2008): Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments Nucleic Acids Research,36:(7): 2230-2239.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018381
Albaum, S.; Neuweger, H.; Lange, S.; Mertens, D.; Runte, K.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2008): ProSE - "Software as a Service" for Quantitative Proteomics (Poster abstract). In: HUPO 7th Annual World Congress.
PUB
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1990198
Strauch, E.; Hammerl, J. A.; Konietzny, A.; Schneiker-Bekel, S.; Arnold, W.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Beutin, L. (2008): Bacteriophage 2851 is a prototype phage for dissemination of the Shiga toxin variant gene 2c in Escherichia coli O157:H7 Infection and Immunity,76:(12): 5466-5477.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631047
Meisinger-Henschel, C.; Schmidt, M.; Lukassen, S.; Linke, B.; Krause, L.; Konietzny, S.; Goesmann, A.; Howley, P.; Chaplin, P.; Suter, M.; Hausmann, J. (2007): Genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus Ankara, the ancestor of modified vaccinia virus Ankara JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY,88:(12): 3249-3259.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754 OA
Neuweger, H.; Baumbach, J.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Kalinowski, J.; Oehm, S.; Pühler, A.; Rahmann, S.; Weile, J.; Goesmann, A. (2007): CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data BMC Systems Biology,1:(1): 55.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327
Schneiker-Bekel, S.; Perlova, O.; Kaiser, O.; Gerth, K.; Alici, A.; Altmeyer, M. O.; Bartels, D.; Bekel, T.; Beyer, S.; Bode, E.; Bode, H. B.; Bolten, C. J.; Choudhuri, J. V.; Doss, S.; Elnakady, Y. A.; Frank, B.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Groeger, C.; Gross, F.; Jelsbak, L.; Jelsbak, L.; Kalinowski, J.; Kegler, C.; Knauber, T.; Konietzny, S.; Kopp, M.; Krause, L.; Krug, D.; Linke, B.; Mahmud, T.; Martinez-Arias, R.; McHardy, A. C.; Merai, M.; Meyer, F.; Mormann, S.; Munoz-Dorado, J.; Perez, J.; Pradella, S.; Rachid, S.; Raddatz, G.; Rosenau, F.; Rückert, C.; Sasse, F.; Scharfe, M.; Schuster, S. C.; Suen, G.; Treuner-Lange, A.; Velicer, G. J.; Vorhölter, F. - J.; Weissman, K. J.; Welch, R. D.; Wenzel, S. C.; Whitworth, D. E.; Wilhelm, S.; Wittmann, C.; Bloecker, H.; Pühler, A.; Mueller, R. (2007): Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum Nature Biotechnology,25:(11): 1281-1289.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593149
Moran, M. A.; Belas, R.; Schell, M. A.; Gonzalez, J. M.; Sun, F.; Sun, S.; Binder, B. J.; Edmonds, J.; Ye, W.; Orcutt, B.; Howard, E. C.; Meile, C.; Palefsky, W.; Goesmann, A.; Ren, Q.; Paulsen, I.; Ulrich, L. E.; Thompson, L. S.; Saunders, E.; Buchan, A. (2007): Ecological genomics of marine roseobacters APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,73:(14): 4559-4569.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594098
Wegmann, U.; O'Connell-Motherwy, M.; Zomer, A.; Buist, G.; Shearman, C.; Canchaya, C.; Ventura, M.; Goesmann, A.; Gasson, M. J.; Kuipers, O. P.; van Sinderen, D.; Kok, J. (2007): Complete genome sequence of the prototype lactic acid bacterium Lactococcus lactis subsp cremoris MG1363 JOURNAL OF BACTERIOLOGY,189:(8): 3256-3270.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593268
Bahl, M. I.; Hansen, L. H.; Goesmann, A.; Sorensen, S. J. (2007): The multiple antibiotic resistance IncP-1 plasmid pKJK5 isolated from a soil environment is phylogenetically divergent from members of the previously established alpha, beta and delta sub-groups PLASMID,58:(1): 31-43.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894739
Küster, H.; Becker, A.; Firnhaber, C.; Hohnjec, N.; Manthey, K.; Perlick, A. M.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Goesmann, A.; Meyer, F.; Wipf, D.; Requena, N.; Hildebrandt, U.; Hampp, R.; Nehls, U.; Krajinski, F.; Franken, P.; Pühler, A. (2007): Development of bioinformatic tools to support EST-sequencing, in silico- and microarray-based transcriptome profiling in mycorrhizal symbioses Phytochemistry,68:(1): 19-32.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598182
Schneiker-Bekel, S.; dos Santos, V. A. P. M.; Bartels, D.; Bekel, T.; Brecht, M.; Buhrmester, J.; Chernikova, T. N.; Denaro, R.; Ferrer, M.; Gertler, C.; Goesmann, A.; Golyshina, O. V.; Kaminski, F.; Khachane, A. N.; Lang, S.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Nechitaylo, T.; Pühler, A.; Regenhardt, D.; Rupp, O.; Sabirova, J. S.; Selbitschka, W.; Yakimov, M. M.; Timmis, K. N.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Kaiser, O.; Golyshin, P. N. (2006): Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis Nature Biotechnology,24:(8): 997-1004.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598354 OA
Hohnjec, N.; Henckel, K.; Bekel, T.; Gouzy, J.; Dondrup, M.; Goesmann, A.; Küster, H. (2006): Transcriptional snapshots provide insights into the molecular basis of arbuscular mycorrhiza in the model legume Medicago truncatula FUNCTIONAL PLANT BIOLOGY,33:(8): 737-748.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1868701
Tauch, A.; Trost, E.; Bekel, T.; Goesmann, A.; Ludewig, U.; Pühler, A. (2006): Ultrafast de novo sequencing of Corynebacterium urealyticum using the Genome Sequencer 20 System Biochemica,4: 4-6.
PUB
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596976
Krause, A.; Ramakumar, A.; Bartels, D.; Battistoni, F.; Bekel, T.; Boch, J.; Boehm, M.; Friedrich, F.; Hurek, T.; Krause, L.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Sarkar, A.; Schneiker-Bekel, S.; Syed, A. A.; Thauer, R.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Pühler, A.; Reinhold-Hurek, B.; Kaiser, O.; Goesmann, A. (2006): Complete genome of the mutualistic, N-2-fixing grass endophyte Azoarcus sp strain BH72 Nature Biotechnology,24:(11): 1385-1391.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597316
Hain, T.; Steinweg, C.; Kuenne, C. T.; Billion, A.; Ghai, R.; Chatterjee, S. S.; Domann, E.; Kaerst, U.; Goesmann, A.; Bekel, T.; Bartels, D.; Kaiser, O.; Meyer, F.; Pühler, A.; Weisshaar, B.; Wehland, J.; Liang, C.; Dandekar, T.; Lampidis, R.; Kreft, J.; Goebel, W.; Chakraborty, T. (2006): Whole-genome sequence of Listeria welshimeri reveals common steps in genome reduction with Listeria innocua as compared to Listeria monocytogenes Journal of Bacteriology,188:(23): 8299-8302.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302 OA
Bartels, D.; Kespohl, S.; Albaum, S.; Drüke, T.; Goesmann, A.; Herold, J.; Kaiser, O.; Pühler, A.; Pfeiffer, F.; Raddatz, G.; Stoye, J.; Meyer, F.; Schuster, S. C. (2005): BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison Bioinformatics,21:(7): 853-859.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601712
Thieme, F.; Koebnik, R.; Bekel, T.; Berger, C.; Boch, J.; Buttner, D.; Caldana, C.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Kay, S.; Kirchner, O.; Lanz, C.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Mittenhuber, G.; Nies, D. H.; Niesbach-Klosgen, U.; Patschkowski, T.; Rückert, C.; Rupp, O.; Schneiker-Bekel, S.; Schuster, S. C.; Vorhölter, F. - J.; Weber, E.; Pühler, A.; Bonas, U.; Bartels, D.; Kaiser, O. (2005): Insights into genome plasticity and pathogenicity of the plant pathogenic bacterium Xanthomonas campestris pv. vesicatoria revealed by the complete genome sequence JOURNAL OF BACTERIOLOGY,187:(21): 7254-7266.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773652 OA
Overbeek, R.; Begley, T.; Butler, R. M.; Choudhuri, J. V.; Chuang, H. - Y.; Cohoon, M.; Crécy-Lagard, V. de; Diaz, N. N.; Disz, T.; Edwards, R.; Fonstein, M.; Frank, E. D.; Gerdes, S.; Glass, E. M.; Goesmann, A.; Hanson, A.; Iwata-Reuyl, D.; Jensen, R.; Jamshidi, N.; Krause, L.; Kubal, M.; Larsen, N.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Neuweger, H.; Olsen, G.; Olson, R.; Osterman, A.; Portnoy, V.; Pusch, G. D.; Rodionov, D. A.; Rückert, C.; Steiner, J.; Stevens, R.; Thiele, I.; Vassieva, O.; Ye, Y.; Zagnitko, O.; Vonstein, V. (2005): The subsystems approach to genome annotation and its use in the Project to Annotate 1000 Genomes Nucleic Acids Research,33:(17): 5691-5702.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603317
Tauch, A.; Kaiser, O.; Hain, T.; Goesmann, A.; Weisshaar, B.; Albersmeier, A.; Bekel, T.; Bischoff, N.; Brune, I.; Chakraborty, T.; Kalinowski, J.; Meyer, F.; Rupp, O.; Schneiker-Bekel, S.; Viehöver, P.; Pühler, A. (2005): Complete genome sequence and analysis of the multiresistant nosocomial pathogen Corynebacterium jeikeium K411, a lipid-requiring bacterium of the human skin flora Journal of Bacteriology,187:(13): 4671-4682.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773644 OA
Goesmann, A.; Linke, B.; Bartels, D.; Dondrup, M.; Krause, L.; Neuweger, H.; Oehm, S.; Paczian, T.; Wilke, A.; Meyer, F. (2005): BRIGEP - the BRIDGE-based genome-transcriptome-proteome browser Nucleic Acids Research,33:(Web Server): W710-W716.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1608756
Westberg, J.; Persson, A.; Holmberg, A.; Goesmann, A.; Lundeberg, J.; Johansson, K. E.; Pettersson, B.; Uhlen, M. (2004): The genome sequence of Mycoplasma mycoides subsp mycoides SC type strain PG1(T), the causative agent of contagious bovine pleuropneumonia (CBPP) GENOME RESEARCH,14:(2): 221-227.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1608953
Rendulic, S.; Jagtap, P.; Rosinus, A.; Eppinger, M.; Baar, C.; Lanz, C.; Keller, H.; Lambert, C.; Evans, K. J.; Goesmann, A.; Meyer, F.; Sockett, R. E.; Schuster, S. C. (2004): A predator unmasked: Life cycle of Bdellovibrio bacteriovorus from a genomic perspective SCIENCE,303:(5658): 689-692.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1605656
Szczepanowski, R.; Krahn, I.; Linke, B.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2004): Antibiotic multiresistance plasmid pRSB101 isolated from a wastewater treatment plant is related to plasmids residing in phytopathogenic bacteria and carries eight different resistance determinants including a multidrug transport system Microbiology,150:(11): 3613-3630.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607424
McHardy, A. C.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2004): Development of joint application strategies for two microbial gene finders BIOINFORMATICS,20:(10): 1622-1631.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609286
Goesmann, A.; Linke, B.; Rupp, O.; Krause, L.; Bartels, D.; Dondrup, M.; McHardy, A. C.; Wilke, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): Building a BRIDGE for the integration of heterogeneous data from functional genomics into a platform for systems biology JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 157-167.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609251
Kaiser, O.; Bartels, D.; Bekel, T.; Goesmann, A.; Kespohl, S.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): Whole genome shotgun sequencing guided-by bioinformatics pipelines - An optimized approach for an established technique JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 121-133.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609260
Dondrup, M.; Goesmann, A.; Bartels, D.; Kalinowski, J.; Krause, L.; Linke, B.; Rupp, O.; Sczyrba, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): EMMA: a platform for consistent storage and efficient analysis of microarray data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 135-146.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609272
Wilke, A.; Rückert, C.; Bartels, D.; Dondrup, M.; Goesmann, A.; Hüser, A. T.; Kespohl, S.; Linke, B.; Mahne, M.; McHardy, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): Bioinformatics support for high-throughput proteomics JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 147-156.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612324 OA
Tauch, A.; Schlüter, A.; Bischoff, N.; Goesmann, A.; Meyer, F.; Pühler, A. (2003): The 79,370-bp conjugative plasmid pB4 consists of an IncP-1 beta backbone loaded with a chromate resistance transposon, the strA-strB streptomycin resistance gene pair, the oxacillinase gene bla(NPS-1), and a tripartite antibiotic efflux system of the resistance-nodulation-division family Molecular Genetics and Genomics,268:(5): 570-584.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880 OA
Meyer, F.; Goesmann, A.; McHardy, A. C.; Bartels, D.; Bekel, T.; Clausen, J.; Kalinowski, J.; Linke, B.; Rupp, O.; Giegerich, R.; Pühler, A. (2003): GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes Nucleic Acids Research,31:(8): 2187-2195.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1895035
Kalinowski, J.; Bathe, B.; Bartels, D.; Bischoff, N.; Bott, M.; Burkovski, A.; Dusch, N.; Eggeling, L.; Eikmanns, B. J.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Hartmann, M.; Huthmacher, K.; Kramer, R.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Mockel, B.; Pfefferle, W.; Pühler, A.; Rey, D. A.; Rückert, C.; Rupp, O.; Sahm, H.; Wendisch, V. F.; Wiegrabe, I.; Tauch, A. (2003): The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate-derived amino acids and vitamins Journal of Biotechnology,104:(1-3): 5-25.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 

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