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157 Publikationen

2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1990186
Gehlenborg, N., O'Donoghue, S.I., Baliga, N.S., Goesmann, A., Hibbs, M.A., Kitano, H., Kohlbacher, O., Neuweger, H., Schneider, R., Tenenbaum, D. & Gavin, A.-C. (2010). Visualization of omics data for systems biology. Nat Methods, 7(3s), S56-S68. doi:10.1038/NMETH.1436.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1930110
Joseph, B., Schneiker-Bekel, S., Schramm-Glueck, A., Blom, J., Claus, H., Linke, B., Schwarz, R.F., Becker, A., Goesmann, A., Frosch, M. & Schoen, C. (2010). Comparative Genome Biology of a Serogroup B Carriage and Disease Strain Supports a Polygenic Nature of Meningococcal Virulence. JOURNAL OF BACTERIOLOGY, 192(20), 5363-5377. American Society for Microbiology. doi:10.1128/JB.00883-10.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397394
Goesmann, A., Schneider, J., Trost, E. & Tauch, A. (2009). Entschlüsselung mikrobieller Genomsequenzen im Schnellverfahren. BIOspektrum, 15(3), 279-281.
PUB
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783022 OA
Krawczyk, J., Goesmann, A., Nolte, R., Werber, M. & Weisshaar, B. (2009). Trace2PS and FSA2PS: two software toolkits for converting trace and fsa files to PostScript format. Source Code for Biology and Medicine, 4(1), 4. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1751-0473-4-4.
PUB | PDF | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783813 OA
Neuweger, H., Persicke, M., Albaum, S., Bekel, T., Dondrup, M., Hüser, A.T., Winnebald, J., Schneider, J., Kalinowski, J. & Goesmann, A. (2009). Visualizing post genomics data-sets on customized pathway maps by ProMeTra – aeration-dependent gene expression and metabolism of Corynebacterium glutamicum as an example. BMC Systems Biology, 3(1): 82. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1752-0509-3-82.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783187 OA
Blom, J., Albaum, S., Doppmeier, D., Pühler, A., Vorhölter, F.-J., Zakrzewski, M. & Goesmann, A. (2009). EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes. BMC Bioinformatics, 10(1): 154. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-10-154.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635300 OA
Henckel, K., Runte, K.J., Bekel, T., Dondrup, M., Jakobi, T., Küster, H. & Goesmann, A. (2009). TRUNCATULIX - a data warehouse for the legume community. BMC Plant Biology, 9(1), 19. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2229-9-19.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634097
Strittmatter, A.W., Liesegang, H., Rabus, R., Decker, I., Amann, J., Andres, S., Henne, A., Fricke, W.F., Martinez-Arias, R., Bartels, D., Goesmann, A., Krause, L., Pühler, A., Klenk, H.-P., Richter, M., Schueler, M., Gloeckner, F.O., Meyerdierks, A., Gottschalk, G. & Amann, R. (2009). Genome sequence of Desulfobacterium autotrophicum HRM2, a marine sulfate reducer oxidizing organic carbon completely to carbon dioxide. ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 11(5), 1038-1055. Wiley-Blackwell. doi:10.1111/j.1462-2920.2008.01825.x.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634467
Becker, A., Barnett, M.J., Capela, D., Dondrup, M., Kamp, P.-B., Krol, E., Linke, B., Rüberg, S., Runte, K., Schroeder, B.K., Weidner, S., Yurgel, S.N., Batut, J., Long, S.R., Pühler, A. & Goesmann, A. (2009). A portal for rhizobial genomes: RhizoGATE integrates a Sinorhizobium meliloti genome annotation update with postgenome data. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 140(1-2), 45-50. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.11.006.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635314 OA
Diaz, N.N., Krause, L., Goesmann, A., Niehaus, K. & Nattkemper, T.W. (2009). TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach. BMC Bioinformatics, 10(1), 56. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-10-56.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321 OA
Dondrup, M., Albaum, S., Griebel, T., Henckel, K., Jünemann, S., Kahlke, T., Kleindt, C.K., Kuester, H., Linke, B., Mertens, D., Mittard-Runte, V., Neuweger, H., Runte, K.J., Tauch, A., Tille, F., Pühler, A. & Goesmann, A. (2009). EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data. BMC Bioinformatics, 10(1): 50. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-10-50.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098 OA
Gerlach, W., Jünemann, S., Tille, F., Goesmann, A. & Stoye, J. (2009). WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads. BMC Bioinformatics, 10(1), 430. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-10-430.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Albaum, S., Neuweger, H., Fraenzel, B., Lange, S., Mertens, D., Troetschel, C., Wolters, D., Kalinowski, J., Nattkemper, T.W. & Goesmann, A. (2009). Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments. Bioinformatics, 25(23), 3128-3134. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btp568.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589936
Wegmann, U., Overweg, K., Horn, N., Goesmann, A., Narbad, A., Gasson, M.J. & Shearman, C. (2009). Complete Genome Sequence of Lactobacillus johnsonii FI9785, a Competitive Exclusion Agent against Pathogens in Poultry. JOURNAL OF BACTERIOLOGY, 191(22), 7142-7143. American Society for Microbiology. doi:10.1128/JB.01182-09.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447
Bekel, T., Henckel, K., Küster, H., Meyer, F., Mittard-Runte, V., Neuweger, H., Paarmann, D., Rupp, O., Zakrzewski, M., Pühler, A., Stoye, J. & Goesmann, A. (2009). The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies. Journal of Biotechnology, 140(1-2), 3-12. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2009.01.006.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634461
Dondrup, M., Hueser, A.T., Mertens, D. & Goesmann, A. (2009). An evaluation framework for statistical tests on microarray data. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 140(1-2), 18-26. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2009.01.009.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
Neuweger, H., Albaum, S., Dondrup, M., Persicke, M., Watt, T., Niehaus, K., Stoye, J. & Goesmann, A. (2008). MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data. Bioinformatics, 24(23), 2726-2732. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btn452.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783292 OA
Gross, R., Guzman, C.A., Sebaihia, M., Martins dos Santos, V.A.P., Pieper, D.H., Koebnik, R., Lechner, M., Bartels, D., Buhrmester, J., Choudhuri, J.V., Ebensen, T., Gaigalat, L., Herrmann, S., Khachane, A.N., Larisch, C., Link, S., Linke, B., Meyer, F., Mormann, S., Nakunst, D., Rückert, C., Schneiker-Bekel, S., Schulze, K., Vorhölter, F.-J., Yevsa, T., Engle, J.T., Goldman, W.E. ., Pühler, A., Göbel, U.B., Goesmann, A., Blöcker, H., Kaiser, O. & Martinez-Arias, R. (2008). The missing link: Bordetella petrii is endowed with both the metabolic versatility of environmental bacteria and virulence traits of pathogenic Bordetellae. BMC Genomics, 9(1), 449. doi:10.1186/1471-2164-9-449.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592024
Vorhölter, F.-J., Schneiker-Bekel, S., Goesmann, A., Krause, L., Bekel, T., Kaiser, O., Linke, B., Patschkowski, T., Rückert, C., Schmid, J., Sidhu, V.K., Sieber, V., Tauch, A., Watt, S.A., Weisshaar, B., Becker, A., Niehaus, K. & Pühler, A. (2008). The genome of Xanthomonas campestris pv. campestris B 100 and its use for the reconstruction of metabolic pathways involved in xanthan biosynthesis. Journal of Biotechnology, 134(1-2), 33-45. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2007.12.013.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592257
Schoen, C., Blom, J., Claus, H., Schramm-Glueck, A., Brandt, P., Mueller, T., Goesmann, A., Joseph, B., Konietzny, S., Kurzai, O., Schmitt, C., Friedrich, T., Linke, B., Vogel, U. & Frosch, M. (2008). Whole-genome comparison of disease and carriage strains provides insights into virulence evolution in Neisseria meningitidis. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 105(9), 3473-3478. NATL ACAD SCIENCES. doi:10.1073/pnas.0800151105.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586009
Krause, L., Diaz, N.N., Edwards, R.A., Gartemann, K.-H., Krömeke, H., Neuweger, H., Pühler, A., Runte, K.J., Schlüter, A., Stoye, J., Szczepanowski, R., Tauch, A. & Goesmann, A. (2008). Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 136(1-2), 91-101. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.06.003.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585956
Stiens, M., Becker, A., Bekel, T., Gödde, V., Goesmann, A., Niehaus, K., Schneiker-Bekel, S., Selbitschka, W., Weidner, S., Schlüter, A. & Pühler, A. (2008). Comparative genomic hybridisation and ultrafast pyrosequencing revealed remarkable differences between the Sinorhizobium meliloti genomes of the model strain Rm1021 and the field isolate SM11. Journal of Biotechnology, 136(1-2), 31-37. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.04.014.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585987
Schlüter, A., Bekel, T., Diaz, N.N., Dondrup, M., Eichenlaub, R., Gartemann, K.-H., Krahn, I., Krause, L., Kroemeke, H., Kruse, O., Mussgnug, J.H., Neuweger, H., Niehaus, K., Pühler, A., Runte, K.J., Szczepanowski, R., Tauch, A., Tilker, A., Viehöver, P. & Goesmann, A. (2008). The metagenome of a biogas-producing microbial community of a production-scale biogas plant fermenter analysed by the 454-pyrosequencing technology. Journal of Biotechnology, 136(1-2), 77-90. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.05.008.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585918
Tauch, A., Trost, E., Tilker, A., Ludewig, U., Schneiker-Bekel, S., Goesmann, A., Arnold, W., Bekel, T., Brinkrolf, K., Brune, I., Goetker, S., Kalinowski, J., Kamp, P.-B., Lobo, F.P., Viehöver, P., Weisshaar, B., Soriano, F., Droege, M. & Pühler, A. (2008). The lifestyle of Corynebacterium urealyticum derived from its complete genome sequence established by pyrosequencing. Journal of Biotechnology, 136(1-2), 11-21. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.02.009.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586785 OA
Oehm, S., Gilbert, D., Tauch, A., Stoye, J. & Goesmann, A. (2008). Comparative Pathway Analyzer - a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organisms. NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 36(Web Server), W433-W437. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/nar/gkn284.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585939
Tauch, A., Schneider, J., Szczepanowski, R., Tilker, A., Viehöver, P., Gartemann, K.-H., Arnold, W., Blom, J., Brinkrolf, K., Brune, I., Goetker, S., Weisshaar, B., Goesmann, A., Droege, M. & Pühler, A. (2008). Ultrafast pyrosequencing of Corynebacterium kroppenstedtii DSM44385 revealed insights into the physiology of a lipophilic corynebacterium that lacks mycolic acids. Journal of Biotechnology, 136(1-2), 22-30. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.03.004.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364 OA
Krause, L., Diaz, N.N., Goesmann, A., Kelley, S., Nattkemper, T.W., Rohwer, F., Edwards, R.A. & Stoye, J. (2008). Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments. Nucleic Acids Research, 36(7), 2230-2239. doi:10.1093/nar/gkn038.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018381
Albaum, S., Neuweger, H., Lange, S., Mertens, D., Runte, K., Kalinowski, J., Nattkemper, T.W. & Goesmann, A. (2008). ProSE - "Software as a Service" for Quantitative Proteomics (Poster abstract). HUPO 7th Annual World Congress.
PUB
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1990198
Strauch, E., Hammerl, J.A., Konietzny, A., Schneiker-Bekel, S., Arnold, W., Goesmann, A., Pühler, A. & Beutin, L. (2008). Bacteriophage 2851 is a prototype phage for dissemination of the Shiga toxin variant gene 2c in Escherichia coli O157:H7. Infection and Immunity, 76(12), 5466-5477. doi:10.1128/IAI.00875-08.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631047
Meisinger-Henschel, C., Schmidt, M., Lukassen, S., Linke, B., Krause, L., Konietzny, S., Goesmann, A., Howley, P., Chaplin, P., Suter, M. & Hausmann, J. (2007). Genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus Ankara, the ancestor of modified vaccinia virus Ankara. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, 88(12), 3249-3259. SOC GENERAL MICROBIOLOGY. doi:10.1099/vir.0.83156-0.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754 OA
Neuweger, H., Baumbach, J., Albaum, S., Bekel, T., Dondrup, M., Hüser, A.T., Kalinowski, J., Oehm, S., Pühler, A., Rahmann, S., Weile, J. & Goesmann, A. (2007). CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data. BMC Systems Biology, 1(1), 55. doi:10.1186/1752-0509-1-55.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327
Schneiker-Bekel, S., Perlova, O., Kaiser, O., Gerth, K., Alici, A., Altmeyer, M.O., Bartels, D., Bekel, T., Beyer, S., Bode, E., Bode, H.B., Bolten, C.J., Choudhuri, J.V., Doss, S., Elnakady, Y.A., Frank, B., Gaigalat, L., Goesmann, A., Groeger, C., Gross, F., Jelsbak, L., Jelsbak, L., Kalinowski, J., Kegler, C., Knauber, T., Konietzny, S., Kopp, M., Krause, L., Krug, D., Linke, B., Mahmud, T., Martinez-Arias, R., McHardy, A.C., Merai, M., Meyer, F., Mormann, S., Munoz-Dorado, J., Perez, J., Pradella, S., Rachid, S., Raddatz, G., Rosenau, F., Rückert, C., Sasse, F., Scharfe, M., Schuster, S.C., Suen, G., Treuner-Lange, A., Velicer, G.J., Vorhölter, F.-J., Weissman, K.J., Welch, R.D., Wenzel, S.C., Whitworth, D.E., Wilhelm, S., Wittmann, C., Bloecker, H., Pühler, A. & Mueller, R. (2007). Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum. Nature Biotechnology, 25(11), 1281-1289. Nature Publ. Group. doi:10.1038/nbt1354.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593149
Moran, M.A., Belas, R., Schell, M.A., Gonzalez, J.M., Sun, F., Sun, S., Binder, B.J., Edmonds, J., Ye, W., Orcutt, B., Howard, E.C., Meile, C., Palefsky, W., Goesmann, A., Ren, Q., Paulsen, I., Ulrich, L.E., Thompson, L.S., Saunders, E. & Buchan, A. (2007). Ecological genomics of marine roseobacters. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 73(14), 4559-4569. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/AEM.02580-06.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594098
Wegmann, U., O'Connell-Motherwy, M., Zomer, A., Buist, G., Shearman, C., Canchaya, C., Ventura, M., Goesmann, A., Gasson, M.J., Kuipers, O.P., van Sinderen, D. & Kok, J. (2007). Complete genome sequence of the prototype lactic acid bacterium Lactococcus lactis subsp cremoris MG1363. JOURNAL OF BACTERIOLOGY, 189(8), 3256-3270. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/JB.01768-06.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593268
Bahl, M.I., Hansen, L.H., Goesmann, A. & Sorensen, S.J. (2007). The multiple antibiotic resistance IncP-1 plasmid pKJK5 isolated from a soil environment is phylogenetically divergent from members of the previously established alpha, beta and delta sub-groups. PLASMID, 58(1), 31-43. ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE. doi:10.1016/j.plasmid.2006.11.007.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894739
Küster, H., Becker, A., Firnhaber, C., Hohnjec, N., Manthey, K., Perlick, A.M., Bekel, T., Dondrup, M., Henckel, K., Goesmann, A., Meyer, F., Wipf, D., Requena, N., Hildebrandt, U., Hampp, R., Nehls, U., Krajinski, F., Franken, P. & Pühler, A. (2007). Development of bioinformatic tools to support EST-sequencing, in silico- and microarray-based transcriptome profiling in mycorrhizal symbioses. Phytochemistry, 68(1), 19-32. doi:10.1016/j.phytochem.2006.09.026.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598182
Schneiker-Bekel, S., dos Santos, V.A.P.M., Bartels, D., Bekel, T., Brecht, M., Buhrmester, J., Chernikova, T.N., Denaro, R., Ferrer, M., Gertler, C., Goesmann, A., Golyshina, O.V., Kaminski, F., Khachane, A.N., Lang, S., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Nechitaylo, T., Pühler, A., Regenhardt, D., Rupp, O., Sabirova, J.S., Selbitschka, W., Yakimov, M.M., Timmis, K.N., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Kaiser, O. & Golyshin, P.N. (2006). Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis. Nature Biotechnology, 24(8), 997-1004. Nature Publ. Group. doi:10.1038/nbt1232.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598354 OA
Hohnjec, N., Henckel, K., Bekel, T., Gouzy, J., Dondrup, M., Goesmann, A. & Küster, H. (2006). Transcriptional snapshots provide insights into the molecular basis of arbuscular mycorrhiza in the model legume Medicago truncatula. FUNCTIONAL PLANT BIOLOGY, 33(8), 737-748. CSIRO PUBLISHING. doi:10.1071/FP06079.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1868701
Tauch, A., Trost, E., Bekel, T., Goesmann, A., Ludewig, U. & Pühler, A. (2006). Ultrafast de novo sequencing of Corynebacterium urealyticum using the Genome Sequencer 20 System. Biochemica, 4, 4-6.
PUB
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596976
Krause, A., Ramakumar, A., Bartels, D., Battistoni, F., Bekel, T., Boch, J., Boehm, M., Friedrich, F., Hurek, T., Krause, L., Linke, B., McHardy, A.C., Sarkar, A., Schneiker-Bekel, S., Syed, A.A., Thauer, R., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Pühler, A., Reinhold-Hurek, B., Kaiser, O. & Goesmann, A. (2006). Complete genome of the mutualistic, N-2-fixing grass endophyte Azoarcus sp strain BH72. Nature Biotechnology, 24(11), 1385-1391. Nature Publ. Group. doi:10.1038/nbt1243.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597316
Hain, T., Steinweg, C., Kuenne, C.T., Billion, A., Ghai, R., Chatterjee, S.S., Domann, E., Kaerst, U., Goesmann, A., Bekel, T., Bartels, D., Kaiser, O., Meyer, F., Pühler, A., Weisshaar, B., Wehland, J., Liang, C., Dandekar, T., Lampidis, R., Kreft, J., Goebel, W. & Chakraborty, T. (2006). Whole-genome sequence of Listeria welshimeri reveals common steps in genome reduction with Listeria innocua as compared to Listeria monocytogenes. Journal of Bacteriology, 188(23), 8299-8302. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/JB.00758-06.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302 OA
Bartels, D., Kespohl, S., Albaum, S., Drüke, T., Goesmann, A., Herold, J., Kaiser, O., Pühler, A., Pfeiffer, F., Raddatz, G., Stoye, J., Meyer, F. & Schuster, S.C. (2005). BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison. Bioinformatics, 21(7), 853-859. Oxford University Press. doi:10.1093/bioinformatics/bti091.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601712
Thieme, F., Koebnik, R., Bekel, T., Berger, C., Boch, J., Buttner, D., Caldana, C., Gaigalat, L., Goesmann, A., Kay, S., Kirchner, O., Lanz, C., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Mittenhuber, G., Nies, D.H., Niesbach-Klosgen, U., Patschkowski, T., Rückert, C., Rupp, O., Schneiker-Bekel, S., Schuster, S.C., Vorhölter, F.-J., Weber, E., Pühler, A., Bonas, U., Bartels, D. & Kaiser, O. (2005). Insights into genome plasticity and pathogenicity of the plant pathogenic bacterium Xanthomonas campestris pv. vesicatoria revealed by the complete genome sequence. JOURNAL OF BACTERIOLOGY, 187(21), 7254-7266. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/JB.187.21.7254-7266.2005.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773652 OA
Overbeek, R., Begley, T., Butler, R.M., Choudhuri, J.V., Chuang, H.-Y., Cohoon, M., Crécy-Lagard, V. de, Diaz, N.N., Disz, T., Edwards, R., Fonstein, M., Frank, E.D., Gerdes, S., Glass, E.M., Goesmann, A., Hanson, A., Iwata-Reuyl, D., Jensen, R., Jamshidi, N., Krause, L., Kubal, M., Larsen, N., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Neuweger, H., Olsen, G., Olson, R., Osterman, A., Portnoy, V., Pusch, G.D., Rodionov, D.A., Rückert, C., Steiner, J., Stevens, R., Thiele, I., Vassieva, O., Ye, Y., Zagnitko, O. & Vonstein, V. (2005). The subsystems approach to genome annotation and its use in the Project to Annotate 1000 Genomes. Nucleic Acids Research, 33(17), 5691-5702. doi:10.1093/nar/gki866.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603317
Tauch, A., Kaiser, O., Hain, T., Goesmann, A., Weisshaar, B., Albersmeier, A., Bekel, T., Bischoff, N., Brune, I., Chakraborty, T., Kalinowski, J., Meyer, F., Rupp, O., Schneiker-Bekel, S., Viehöver, P. & Pühler, A. (2005). Complete genome sequence and analysis of the multiresistant nosocomial pathogen Corynebacterium jeikeium K411, a lipid-requiring bacterium of the human skin flora. Journal of Bacteriology, 187(13), 4671-4682. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/JB.187.13.4671-4682.2005.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773644 OA
Goesmann, A., Linke, B., Bartels, D., Dondrup, M., Krause, L., Neuweger, H., Oehm, S., Paczian, T., Wilke, A. & Meyer, F. (2005). BRIGEP - the BRIDGE-based genome-transcriptome-proteome browser. Nucleic Acids Research, 33(Web Server), W710-W716. doi:10.1093/nar/gki400.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1608756
Westberg, J., Persson, A., Holmberg, A., Goesmann, A., Lundeberg, J., Johansson, K.E., Pettersson, B. & Uhlen, M. (2004). The genome sequence of Mycoplasma mycoides subsp mycoides SC type strain PG1(T), the causative agent of contagious bovine pleuropneumonia (CBPP). GENOME RESEARCH, 14(2), 221-227. COLD SPRING HARBOR LAB PRESS, PUBLICATIONS DEPT. doi:10.1101/gr.1673304.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1608953
Rendulic, S., Jagtap, P., Rosinus, A., Eppinger, M., Baar, C., Lanz, C., Keller, H., Lambert, C., Evans, K.J., Goesmann, A., Meyer, F., Sockett, R.E. & Schuster, S.C. (2004). A predator unmasked: Life cycle of Bdellovibrio bacteriovorus from a genomic perspective. SCIENCE, 303(5658), 689-692. AMER ASSOC ADVANCEMENT SCIENCE. doi:10.1126/science.1093027.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1605656
Szczepanowski, R., Krahn, I., Linke, B., Goesmann, A., Pühler, A. & Schlüter, A. (2004). Antibiotic multiresistance plasmid pRSB101 isolated from a wastewater treatment plant is related to plasmids residing in phytopathogenic bacteria and carries eight different resistance determinants including a multidrug transport system. Microbiology, 150(11), 3613-3630. SOC GENERAL MICROBIOLOGY. doi:10.1099/mic.0.27317-0.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607424
McHardy, A.C., Goesmann, A., Pühler, A. & Meyer, F. (2004). Development of joint application strategies for two microbial gene finders. BIOINFORMATICS, 20(10), 1622-1631. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/bth137.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609286
Goesmann, A., Linke, B., Rupp, O., Krause, L., Bartels, D., Dondrup, M., McHardy, A.C., Wilke, A., Pühler, A. & Meyer, F. (2003). Building a BRIDGE for the integration of heterogeneous data from functional genomics into a platform for systems biology. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 106(2-3), 157-167. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2003.08.007.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609251
Kaiser, O., Bartels, D., Bekel, T., Goesmann, A., Kespohl, S., Pühler, A. & Meyer, F. (2003). Whole genome shotgun sequencing guided-by bioinformatics pipelines - An optimized approach for an established technique. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 106(2-3), 121-133. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2003.08.008.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609260
Dondrup, M., Goesmann, A., Bartels, D., Kalinowski, J., Krause, L., Linke, B., Rupp, O., Sczyrba, A., Pühler, A. & Meyer, F. (2003). EMMA: a platform for consistent storage and efficient analysis of microarray data. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 106(2-3), 135-146. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2003.08.010.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609272
Wilke, A., Rückert, C., Bartels, D., Dondrup, M., Goesmann, A., Hüser, A.T., Kespohl, S., Linke, B., Mahne, M., McHardy, A., Pühler, A. & Meyer, F. (2003). Bioinformatics support for high-throughput proteomics. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 106(2-3), 147-156. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2003.08.009.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612324 OA
Tauch, A., Schlüter, A., Bischoff, N., Goesmann, A., Meyer, F. & Pühler, A. (2003). The 79,370-bp conjugative plasmid pB4 consists of an IncP-1 beta backbone loaded with a chromate resistance transposon, the strA-strB streptomycin resistance gene pair, the oxacillinase gene bla(NPS-1), and a tripartite antibiotic efflux system of the resistance-nodulation-division family. Molecular Genetics and Genomics, 268(5), 570-584. SPRINGER-VERLAG. doi:10.1007/s00438-002-0785-z.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880 OA
Meyer, F., Goesmann, A., McHardy, A.C., Bartels, D., Bekel, T., Clausen, J., Kalinowski, J., Linke, B., Rupp, O., Giegerich, R. & Pühler, A. (2003). GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes. Nucleic Acids Research, 31(8), 2187-2195. doi:10.1093/nar/gkg312.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1895035
Kalinowski, J., Bathe, B., Bartels, D., Bischoff, N., Bott, M., Burkovski, A., Dusch, N., Eggeling, L., Eikmanns, B.J., Gaigalat, L., Goesmann, A., Hartmann, M., Huthmacher, K., Kramer, R., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Mockel, B., Pfefferle, W., Pühler, A., Rey, D.A., Rückert, C., Rupp, O., Sahm, H., Wendisch, V.F., Wiegrabe, I. & Tauch, A. (2003). The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate-derived amino acids and vitamins. Journal of Biotechnology, 104(1-3), 5-25. doi:10.1016/S0168-1656(03)00154-8.
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