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84 Publikationen

2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932066 OA
Zurowietz, M., Langenkämper, D., Hosking, B., Ruhl, H. & Nattkemper, T.W. (2018). MAIA - A machine learning assisted image annotation method for environmental monitoring and exploration . PLoS ONE, 13(11): e0207498. PLoS. doi:10.1371/journal.pone.0207498.
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2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2919935 OA
Hattab, G. (2018). Analyzing colony dynamics and visualizing cell diversity in spatiotemporal experiments. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2930495 OA
Brink, B. (2018). Omics visualization and its application to presymptomatic diagnosis of oral cancer. Bielefeld: Universität Bielefeld. doi:10.4119/unibi/2930495.
PUB | PDF | DOI
 
2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2931281 OA
Osterloff, J. (2018). Computer Vision for Marine Environmental Monitoring. Bielefeld: Universität Bielefeld. doi:10.4119/unibi/2931281.
PUB | PDF | DOI
 
2018 | Konferenzbeitrag | Angenommen | PUB-ID: 2921039 OA
Langenkämper, D., van Kevelaer, R. & Nattkemper, T.W. (Accepted). Strategies for Tackling the Class Imbalance Problem in Marine Image Classification. Gehalten auf der International Conference on Pattern Recognition 2018, Computer Vision for Automated Analysis of Underwater Imagery Workshop.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909190 OA
Langenkämper, D., Zurowietz, M., Schoening, T. & Nattkemper, T.W. (2017). BIIGLE 2.0 - Browsing and Annotating Large Marine Image Collections. Frontiers in Marine Science, 4(March): 83. Frontiers Media. doi:10.3389/fmars.2017.00083.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901413 OA
Gorzolka, K., Kölling, J., Nattkemper, T.W. & Niehaus, K. (2016). Spatio-Temporal Metabolite Profiling of the Barley Germination Process by MALDI MS Imaging. PLOS ONE, 11(3): 0150208. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0150208.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907705
Brink, B., Seidel, A., Kleinbölting, N., Nattkemper, T.W. & Albaum, S. (2016). Omics Fusion - A Platform for Integrative Analysis of Omics Data. Journal of Integrative Bioinformatics, 13(4: SI): 296. doi:10.2390/biecoll-jib-2016-296.
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2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901695
German Conference on Bioinformatics 2014 (GI-Edition: lecture notes in informatics). (2014). German Conference on Bioinformatics 2014 (GI-Edition: lecture notes in informatics). (R. Giegerich, R. Hofestädt & T.W. Nattkemper, Hrsg.), 235. Gehalten auf der German Conference on Bioinformatics, Bonn: Ges. für Informatik.
PUB
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2494458 OA
Schoening, T., Bergmann, M., Purser, A., Dannheim, J., Gutt, J. & Nattkemper, T.W. (2012). Semi-automated image analysis for the assessment of megafaunal densities at the Arctic deep-sea observatory HAUSGARTEN. PLoS ONE, 7(6), e38179. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0038179.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2455753 OA
Raza, S.-E.-A., Epstein, D., Nattkemper, T.W. & Rajpoot, N. (2012). RAMTaB: Robust Alignment of Multi-Tag Bioimages. PLoS ONE, 7(2), e30894. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0030894.
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2012 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2515687 OA
Kölling, J., Rathke, M., Abouna, S., Khan, M. & Nattkemper, T.W. (2012). Analyzing Multi-Tag Bioimages with BIOIMAX colocation mining tools. Gehalten auf der IEEE International Symposium on BIOMEDICAL IMAGING (ISBI).
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498232
Trötschel, C., Albaum, S., Wolff, D., Schröder, S., Goesmann, A., Nattkemper, T.W. & Poetsch, A. (2012). Protein turnover quantification in a multi-labeling approach - from data calculation to evaluation. Molecular & Cellular Proteomics, 11(8), 512-526. American Society for Biochemistry & Molecular Biology (ASBMB). doi:10.1074/mcp.M111.014134.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2481783 OA
Kölling, J., Langenkämper, D., Sylvie, A., Michale, K. & Nattkemper, T.W. (2012). WHIDE - A web tool for visual data mining colocation patterns in multivariate bioimages. Bioinformatics, 28(8), 1143-1150. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/bts104.
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2012 | Konferenzbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2515596 OA
Nattkemper, T.W. (In Press). Are we ready for Science 2.0? Gehalten auf der 4th International Conference on Knowledge Management and Information Sharing (KMIS).
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2012 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 2515700
Schoening, T., Bergmann, M., Boetius, A. & Nattkemper, T.W. (2012). Investigation of hidden parameters influencing the automated object detection in benthic images. Gehalten auf der IEEE OCEANS 2012 MTS/IEEE.
PUB
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300063 OA
Albaum, S., Hahne, H., Otto, A., Haußmann, U., Becher, D., Poetsch, A., Goesmann, A. & Nattkemper, T.W. (2011). A guide through the computational analysis of isotope-labeled mass spectrometry-based quantitative proteomics data: an application study. Proteome Science, 9(1), 30. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1477-5956-9-30.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300073 OA
Martin, C., Tauchen, A., Becker, A. & Nattkemper, T.W. (2011). A Normalized Tree Index for identification of correlated clinical parameters in microarray data. BioData Mining, 4(1), 2. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1756-0381-4-2.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300082 OA
Loyek, C., Khan, M., Rajpoot, N. & Nattkemper, T.W. (2011). BIOIMAX - A Web 2.0 approach for easy exploratory and collaborative access to multivariate bioimage data. BMC Bioinformatics, 12(1), 297. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-12-297.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300092
Bergmann, M., Langwald, N., Ontrup, J., Soltwedel, T., Schewe, I., Klages, M. & Nattkemper, T.W. (2011). Megafaunal assemblages from two shelf stations west of Svalbard. Marine Biology Research, 7(6), 525-539. Informa UK Limited. doi:10.1080/17451000.2010.535834.
PUB | DOI | WoS
 
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300232 OA
Loyek, C., Kölling, J., Langenkämper, D., Niehaus, K. & Nattkemper, T.W. (2011). A Web2.0 Strategy for the Collaborative Analysis of Complex Bioimages (Lecture Notes in Computer Science). In J. Gama, E. Bradley & J. Hollmén (Hrsg.), Advances in Intelligent Data Analysis X: 10th International Symposium, IDA 2011, Porto, Portugal, October 29-31, 2011. Proceedings (S. 258-269). Gehalten auf der IDA (The 10th International Symposium on Intelligent Data Analysis), Berlin, Heidelberg: Springer. doi:10.1007/978-3-642-24800-9_25.
PUB | PDF | DOI
 
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300237 OA
Langenkämper, D., Kölling, J., Khan, M., Rajpoot, N. & Nattkemper, T.W. (2011). Towards Protein Network Analysis using TIS Imaging and Exploratory Data Analysis. Gehalten auf der Workshop on Computational Systems Biology (WCSB).
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2011 | Konferenzbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2315356
Bergmann, T., Fiebich, T.M., Nattkemper, T.W. & Anselmetti, D. (In Press). Categorization of 2-photon microscopy images of human articular cartilage into states of arthritis. Gehalten auf der Tagung der Biomedizinischen Technik (BMT), Freiburg, Germany.
PUB
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2373808
Herold, J., Loyek, C. & Nattkemper, T.W. (2011). Multivariate Image Mining. Wiley Interdisciplinary Reviews: DATA MINING AND KNOWLEDGE DISCOVERY, 1(1), 2-13. Wiley-Blackwell. doi:10.1002/widm.4.
PUB | DOI | WoS
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300102
Arif, M., Rajpoot, N., Technow, U., Chakraborty, T., Fisch, N., Jensen, N.A., Niehaus, K. & Nattkemper, T.W. (2011). Quantification of Cell Infection Caused by Listeria monocytogenes Invasion. Journal of Biotechnology, 154(1), 76-83. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2011.03.008.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300114
Loyek, C., Bunkowski, A., Vautz, W. & Nattkemper, T.W. (2011). Web2.0 paves new ways for collaborative and exploratory analysis of Chemical Compounds in Spectrometry Data. Journal of Integrative Bioinformatics, 8(2). doi:10.2390/biecoll-jib-2011-158.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2323705 OA
Langenkämper, D., Kölling, J., Abouna, S., Khan, M., Niehaus, K. & Nattkemper, T.W. (2011). TICAL - a web-tool for multivariate image clustering and data topology preserving visualization. Gehalten auf der Microscopic Image Analysis with Applications in Biology (MIAAB).
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093532
Scherbart, A. & Nattkemper, T.W. (2011). Looking inside self-organizing map ensembles with resampling and negative correlation learning. Neural Networks, 24(1), 130-141. Elsevier BV. doi:10.1016/j.neunet.2010.08.004.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300235
Schoening, T., Hans, V. & Nattkemper, T.W. (2011). Towards improved epilepsia diagnosis by unsupervised segmentation of neuropathology tissue sections using Ripley’s-L features (Informatik aktuell). Bildverarbeitung für die Medizin 2011:Algorithmen - Systeme - Anwendungen Proceedings des Workshops vom 20. - 22. März 2011 in Lübeck (S. 44-48). Gehalten auf der Bildverarbeitung für die Medizin (BVM), Berlin, Heidelberg: Springer. doi:10.1007/978-3-642-19335-4_11.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929340
Burgemeister, S., Nattkemper, T.W., Noll, T., Hoffrogge, R. & Flaschel, E. (2010). CellViCAM-Cell viability classification for animal cell cultures using dark field micrographs. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 149(4), 310-316. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2010.07.020.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1794419
Herold, J., Zhou, L., Abouna, S., Pelengaris, S., Epstein, D., Khan, M. & Nattkemper, T.W. (2010). Integrating semantic annotation and information visualization for the analysis of multichannel fluorescence micrographs from pancreatic tissue. Computerized Medical Imaging and Graphics, 34(6), 446-452. Elsevier BV. doi:10.1016/j.compmedimag.2009.10.004.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929311
Gölzhäuser, A., Nattkemper, T.W., Niehaus, K., Pühler, A. & Sauer, M. (2010). BioImaging: Contributions from biology, physics and informatics. Journal of Biotechnology, 149(4), 227-228. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2010.08.015.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929335
Herold, J., Schubert, W. & Nattkemper, T.W. (2010). Automated detection and quantification of fluorescently labeled synapses in murine brain tissue sections for high throughput applications. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 149(4), 299-309. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2010.03.004.
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2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018390
Herold, J., Abouna, S., Zhou, L., Pelengaris, S., Epstein, D.B.A., Khan, M. & Nattkemper, T.W. (2009). A way towards analyzing high-content bioimage data by means of semantic annotation and visual data mining. SPIE Medical Imaging. doi:10.1117/12.811710.
PUB | DOI
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018422
Ontrup, J., Ehnert, N., Bergmann, M. & Nattkemper, T.W. (2009). BIIGLE - Web 2.0 enabled labelling and exploring of images from the Arctic deep-sea observatory HAUSGARTEN. OCEANS 2009 - Europe. Gehalten auf der OCEANS 2009, Bremen. doi:10.1109/oceanse.2009.5278332.
PUB | DOI
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018427
Qureshi, H., Rajpoot, N., Nattkemper, T.W. & Hans, V. (2009). A Robust Adaptive Wavelet-based Method for Classification of Meningioma Histology Images. MICCAI«2009 Workshop on Optical Tissue Image Analysis in Microscopy, Histology, and Endoscopy. Gehalten auf der OPTIMHisE.
PUB
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635314 OA
Diaz, N.N., Krause, L., Goesmann, A., Niehaus, K. & Nattkemper, T.W. (2009). TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach. BMC Bioinformatics, 10(1), 56. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-10-56.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Albaum, S., Neuweger, H., Fraenzel, B., Lange, S., Mertens, D., Troetschel, C., Wolters, D., Kalinowski, J., Nattkemper, T.W. & Goesmann, A. (2009). Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments. Bioinformatics, 25(23), 3128-3134. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btp568.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588783
Purser, A., Bergmann, M., Ontrup, J. & Nattkemper, T.W. (2009). Use of machine-learning algorithms for the automated detection of cold-water coral habitats: a pilot study. Marine Ecology Progress Series, 397, 241-251. Inter-Research Science Center. doi:10.3354/meps08154.
PUB | DOI | WoS
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591448
Saalbach, A., Lange, O., Nattkemper, T.W. & Meyer-Baese, A. (2009). On the application of (topographic) independent and tree-dependent component analysis for the examination of DCE-MRI data (BIOMEDICAL SIGNAL PROCESSING AND CONTROL), 4(3), 247-253. ELSEVIER SCI LTD. doi:10.1016/j.bspc.2009.03.010.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018440
Schoening, T., Ehnert, N., Ontrup, J. & Nattkemper, T.W. (2009). BIIGLE Tools - A Web 2.0 Approach for Visual Bioimage Database Mining. IV 09 - Intl. Conference on Information Visualization. doi:10.1109/iv.2009.71.
PUB | DOI
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018405
Loyek, C., Woermann, F.G. & Nattkemper, T.W. (2008). Detection of Focal Cortical Dysplasia in MRI Using Textural Features. Proceedings of BVM 2008 (S. 432-436). Berlin, Heidelberg: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-540-78640-5_87.
PUB | DOI
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636280 OA
Timm, W., Scherbart, A., Boecker, S., Kohlbacher, O. & Nattkemper, T.W. (2008). Peak intensity prediction in MALDI-TOF mass spectrometry: A machine learning study to support quantitative proteomics. BMC Bioinformatics, 9(1), 443. BIOMED CENTRAL LTD. doi:10.1186/1471-2105-9-443.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585611 OA
Wei, N., Flaschel, E., Friehs, K. & Nattkemper, T.W. (2008). A machine vision system for automated non-invasive assessment of cell viability via dark field microscopy, wavelet feature selection and classification. BMC Bioinformatics, 9(1), 449. BIOMED CENTRAL LTD. doi:10.1186/1471-2105-9-449.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587052
Martin, C., Diaz, N.N., Ontrup, J. & Nattkemper, T.W. (2008). Hyperbolic SOM-based clustering of DNA fragment features for taxonomic visualization and classification. Bioinformatics, 24(14), 1568-1574. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btn257.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588286
Twellmann, T., Meyer-Baese, A., Lange, O., Foo, S. & Nattkemper, T.W. (2008). Model-free visualization of suspicious lesions in breast MRI based on supervised and unsupervised learning. ENGINEERING APPLICATIONS OF ARTIFICIAL INTELLIGENCE, 21(2), 129-140. PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD. doi:10.1016/j.engappai.2007.04.005.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364 OA
Krause, L., Diaz, N.N., Goesmann, A., Kelley, S., Nattkemper, T.W., Rohwer, F., Edwards, R.A. & Stoye, J. (2008). Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments. Nucleic Acids Research, 36(7), 2230-2239. doi:10.1093/nar/gkn038.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018409
Martin, C. & Nattkemper, T.W. (2008). A Tree Index to Support Clustering Based Exploratory Data Analysis (Communications in Computer and Information Science). Bioinformatics Research and Development : Second International Conference, BIRD 2008 Vienna, Austria, July 7-9, 2008 Proceedings (S. 1-15). Gehalten auf der BIRD«08 (2nd International Conference on Bioinformatics Research and Development), Berlin, Heidelberg: Springer. doi:10.1007/978-3-540-70600-7_1.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018435
Scherbart, A., Timm, W., Böcker, S. & Nattkemper, T.W. (2008). Improved Mass Spectrometry Peak Intensity Prediction by Adaptive Feature Weighting. International Conference on Neural Information Processing. Gehalten auf der ICONIP 2008, Auckland, New Zealand. doi:10.1007/978-3-642-02490-0_63.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018381
Albaum, S., Neuweger, H., Lange, S., Mertens, D., Runte, K., Kalinowski, J., Nattkemper, T.W. & Goesmann, A. (2008). ProSE - "Software as a Service" for Quantitative Proteomics (Poster abstract). HUPO 7th Annual World Congress.
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