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84 Publikationen

2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1794419
Herold, J.; Zhou, L.; Abouna, S.; Pelengaris, S.; Epstein, D.; Khan, M.; Nattkemper, T. W. (2010): Integrating semantic annotation and information visualization for the analysis of multichannel fluorescence micrographs from pancreatic tissue Computerized Medical Imaging and Graphics,34:(6): 446-452.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929311
Gölzhäuser, A.; Nattkemper, T. W.; Niehaus, K.; Pühler, A.; Sauer, M. (2010): BioImaging: Contributions from biology, physics and informatics Journal of Biotechnology,149:(4): 227-228.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929335
Herold, J.; Schubert, W.; Nattkemper, T. W. (2010): Automated detection and quantification of fluorescently labeled synapses in murine brain tissue sections for high throughput applications JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,149:(4): 299-309.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018390
Herold, J.; Abouna, S.; Zhou, L.; Pelengaris, S.; Epstein, D. B. A.; Khan, M.; Nattkemper, T. W. (2009): A way towards analyzing high-content bioimage data by means of semantic annotation and visual data mining. In: SPIE Medical Imaging.
PUB | DOI
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018422
Ontrup, J.; Ehnert, N.; Bergmann, M.; Nattkemper, T. W. (2009): BIIGLE - Web 2.0 enabled labelling and exploring of images from the Arctic deep-sea observatory HAUSGARTEN. In: OCEANS 2009 - Europe. Bremen.
PUB | DOI
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018427
Qureshi, H.; Rajpoot, N.; Nattkemper, T. W.; Hans, V. (2009): A Robust Adaptive Wavelet-based Method for Classification of Meningioma Histology Images. In: MICCAI«2009 Workshop on Optical Tissue Image Analysis in Microscopy, Histology, and Endoscopy.
PUB
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635314 OA
Diaz, N. N.; Krause, L.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Nattkemper, T. W. (2009): TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach BMC Bioinformatics,10:(1): 56.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Albaum, S.; Neuweger, H.; Fraenzel, B.; Lange, S.; Mertens, D.; Troetschel, C.; Wolters, D.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2009): Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments Bioinformatics,25:(23): 3128-3134.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588783
Purser, A.; Bergmann, M.; Ontrup, J.; Nattkemper, T. W. (2009): Use of machine-learning algorithms for the automated detection of cold-water coral habitats: a pilot study Marine Ecology Progress Series,397: 241-251.
PUB | DOI | WoS
 
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591448
Saalbach, A.; Lange, O.; Nattkemper, T. W.; Meyer-Baese, A. (2009): On the application of (topographic) independent and tree-dependent component analysis for the examination of DCE-MRI data BIOMEDICAL SIGNAL PROCESSING AND CONTROL,4:(3): 247-253.
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2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018440
Schoening, T.; Ehnert, N.; Ontrup, J.; Nattkemper, T. W. (2009): BIIGLE Tools - A Web 2.0 Approach for Visual Bioimage Database Mining. In: IV 09 - Intl. Conference on Information Visualization.
PUB | DOI
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018405
Loyek, C.; Woermann, F. G.; Nattkemper, T. W. (2008): Detection of Focal Cortical Dysplasia in MRI Using Textural Features. In: Proceedings of BVM 2008. Berlin, Heidelberg: Springer Verlag. S. 432-436.
PUB | DOI
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636280 OA
Timm, W.; Scherbart, A.; Boecker, S.; Kohlbacher, O.; Nattkemper, T. W. (2008): Peak intensity prediction in MALDI-TOF mass spectrometry: A machine learning study to support quantitative proteomics BMC Bioinformatics,9:(1): 443.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585611 OA
Wei, N.; Flaschel, E.; Friehs, K.; Nattkemper, T. W. (2008): A machine vision system for automated non-invasive assessment of cell viability via dark field microscopy, wavelet feature selection and classification BMC Bioinformatics,9:(1): 449.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587052
Martin, C.; Diaz, N. N.; Ontrup, J.; Nattkemper, T. W. (2008): Hyperbolic SOM-based clustering of DNA fragment features for taxonomic visualization and classification Bioinformatics,24:(14): 1568-1574.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588286
Twellmann, T.; Meyer-Baese, A.; Lange, O.; Foo, S.; Nattkemper, T. W. (2008): Model-free visualization of suspicious lesions in breast MRI based on supervised and unsupervised learning ENGINEERING APPLICATIONS OF ARTIFICIAL INTELLIGENCE,21:(2): 129-140.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364 OA
Krause, L.; Diaz, N. N.; Goesmann, A.; Kelley, S.; Nattkemper, T. W.; Rohwer, F.; Edwards, R. A.; Stoye, J. (2008): Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments Nucleic Acids Research,36:(7): 2230-2239.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018409
Martin, C.; Nattkemper, T. W. (2008): A Tree Index to Support Clustering Based Exploratory Data Analysis. In: Bioinformatics Research and Development : Second International Conference, BIRD 2008 Vienna, Austria, July 7-9, 2008 Proceedings. Berlin, Heidelberg: Springer. (Communications in Computer and Information Science, 13). S. 1-15.
PUB | DOI
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018435
Scherbart, A.; Timm, W.; Böcker, S.; Nattkemper, T. W. (2008): Improved Mass Spectrometry Peak Intensity Prediction by Adaptive Feature Weighting. In: International Conference on Neural Information Processing. Auckland, New Zealand.
PUB | DOI
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018381
Albaum, S.; Neuweger, H.; Lange, S.; Mertens, D.; Runte, K.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2008): ProSE - "Software as a Service" for Quantitative Proteomics (Poster abstract). In: HUPO 7th Annual World Congress.
PUB
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018398
Herold, J.; Friedenberger, M.; Bode, M.; Rajpoot, N.; Schubert, W.; Nattkemper, T. W. (2008): Flexible Synapse Detection in Fluorescence Micrographs by Modeling Human Expert Grading. In: Proc. of 2008 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging.
PUB | DOI
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018432
Scherbart, A.; Nattkemper, T. W. (2008): The Diversity of Regression Ensembles Combining Bagging and Random Subspace Method. In: International Conference on Neural Information Processing.
PUB | DOI
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630738
Pobigaylo, N.; Szymczak, S.; Nattkemper, T. W.; Becker, A. (2008): Identification of genes relevant to symbiosis and competitiveness in Sinorhizobium meliloti using signature-tagged mutants MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS,21:(2): 219-231.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018412
Martin, C.; Díaz Solórzano, N. N.; Ontrup, J.; Nattkemper, T. W. (2007): Genome feature exploration using hyperbolic Self-Organizing Maps. In: Proceedings of the 6th International Workshop on Self-Organizing Maps (WSOM 2007). Bielefeld: Bielefeld University.
PUB | DOI
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593120
Wei, N.; You, J.; Friehs, K.; Flaschel, E.; Nattkemper, T. W. (2007): An in situ probe for on-line monitoring of cell density and viability on the basis of dark field microscopy in conjunction with image processing and supervised machine learning Biotechnology and Bioengineering,97:(6): 1489-1500.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1595739
Wei, N.; You, J.; Friehs, K.; Flaschel, E.; Nattkemper, T. W. (2007): In situ dark field microscopy for on-line monitoring of yeast cultures BIOTECHNOLOGY LETTERS,29:(3): 373-378.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630749
Lessmann, B.; Nattkemper, T. W.; Hans, V. H.; Degenhard, A. (2007): A method for linking computed image features to histological semantics in neuropathology Journal of Biomedical Informatics,40:(6): 631-641.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783345 OA
Krause, L.; McHardy, A. C.; Nattkemper, T. W.; Pühler, A.; Stoye, J.; Meyer, F. (2007): GISMO - gene identification using a support vector machine for ORF classification Nucleic Acids Research,35:(2): 540-549.
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2007 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018416
Nattkemper, T. W.; Degenhard, A.; Twellmann, T. (2007): Breas. In: M. A. Hayat (Hrsg.): Cancer Imaging - Lung and breast carcinomas. Academic Press. (1). S. 309-324.
PUB
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374232
Varini, C.; Lessmann, B.; Degenhard, A.; Hans, V. H.; Nattkemper, T. W. (2006): Visual Exploration of Pathology Images by a Discrete Wavelet Transform Preprocessed Locally Linear Embedding. In: Heinz Handels; Jan Ehrhardt; Alexander Horsch; Hans-Peter Meinzer; Thomas Tolxdorff (Hrsg.): Bildverarbeitung für die Medizin. Springer. S. 66-70.
PUB | Download (ext.)
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374254
Lessmann, B.; Nattkemper, T. W.; Huth, J.; Loyek, C.; Kessar, P.; Khazen, M.; Pointon, L.; Leach, M. O.; Degenhard, A. (2006): Content Based Image Retrieval for Dynamic Time Series Data. In: Proceedings of BVM. S. 61-65.
PUB
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374494
Timm, W.; Böcker, S.; Twellmann, T.; Nattkemper, T. W. (2006): Peak intensity prediction for pmf mass spectra using support vector regression. In: Proc. of the 7th International FLINS Conference on Applied Artificial Intelligence. S. 565-572.
PUB | DOI
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600329
Miksch, G.; Bettenworth, F.; Friehs, K.; Flaschel, E.; Saalbach, A.; Nattkemper, T. W. (2006): A rapid reporter system using GFP as a reporter protein for identification and screening of synthetic stationary-phase promoters in Escherichia coli APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY,70:(2): 229-236.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597259
Martin, C.; Deters, H. grosse; Nattkemper, T. W. (2006): Fusing biomedical multi-modal data for exploratory data analysis. In: ARTIFICIAL NEURAL NETWORKS - ICANN 2006, PT 2. SPRINGER-VERLAG BERLIN. (4132). S. 798-807.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598838
Pobigaylo, N.; Wetter, D.; Szymczak, S.; Schiller, U.; Kurtz, S.; Meyer, F.; Nattkemper, T. W.; Becker, A. (2006): Construction of a large signature-tagged mini-Tn5 transposon library and its application to mutagenesis of Sinorhizobium meliloti APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,72:(6): 4329-4337.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596731
Varini, C.; Degenhard, A.; Nattkemper, T. W. (2006): Visual exploratory analysis of DCE-MRI data in breast cancer by dimensional data reduction: A comparative study BIOMEDICAL SIGNAL PROCESSING AND CONTROL,1:(1): 56-63.
PUB | DOI | WoS
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598535
Varini, C.; Degenhard, A.; Nattkemper, T. W. (2006): ISOLLE: LLE with geodesic distance NEUROCOMPUTING,69:(13-15): 1768-1771.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603560
Nattkemper, T. W.; Arnrich, B.; Lichte, O.; Timm, W.; Degenhard, A.; Pointon, L.; Hayes, C.; Leach, M. O. (2005): Evaluation of radiological features for breast tumour classification in clinical screening with machine learning methods ARTIFICIAL INTELLIGENCE IN MEDICINE,34:(2): 129-139.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374546
Saalbach, A.; Twellmann, T.; Nattkemper, T. W.; Wismüller, A.; Ontrup, J.; Ritter, H. (2005): A hyperbolic topographic mapping for proximity data. In: Proc. of the IASTED International Conference of Artificial Intelligence and Applications. (2005). S. 106-111.
PUB
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374666
Twellmann, T.; Lichte, O.; Saalbach, A.; Wismüller, A.; Nattkemper, T. W. (2005): An Adaptive Colour Scale for Comparison of Pseudo Colouring Techniques for DCE-MRI Data. Workshop für Bildverarbeituing für die Medizin 2005.
PUB
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374187
Saalbach, A.; Ontrup, J.; Ritter, H.; Nattkemper, T. W. (2005): Image fusion based on topographic mappings using the hyperbolic space Information Visualization,4:(4): 266-275.
PUB | DOI
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603030
Nattkemper, T. W.; Wismuller, A. (2005): Tumor feature visualization with unsupervised learning MEDICAL IMAGE ANALYSIS,9:(4): 344-351.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946602
Wei, N.; Flaschel, E.; Saalbach, A.; Twellmann, T.; Nattkemper, T. W. (2005): Reagent-free automatic cell viability determination using neural networks based machine vision and dark-field microscopy in Saccharomyces cerevisiae Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc,6
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602344
Prank, K.; Schulze, E.; Eckert, O.; Nattkemper, T. W.; Bettendorf, M.; Maser-Gluth, C.; Sejnowski, T. J.; Grote, A.; Penner, E.; von zur Muhlen, A.; Brabant, G. (2005): Machine learning approaches for phenotype-genotype mapping: predicting heterozygous mutations in the CYP21B gene from steroid profiles EUROPEAN JOURNAL OF ENDOCRINOLOGY,153:(2): 301-305.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601519
Varini, C.; Degenhard, A.; Nattkemper, T. W. (2005): ISOLLE: Locally linear embedding with geodesic distance. In: KNOWLEDGE DISCOVERY IN DATABASES: PKDD 2005. SPRINGER-VERLAG BERLIN. (3721). S. 331-342.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601848
Miksch, G.; Bettenworth, F.; Friehs, K.; Flaschel, E.; Saalbach, A.; Twellmann, T.; Nattkemper, T. W. (2005): Libraries of synthetic stationary-phase and stress promoters as a tool for fine-tuning of expression of recombinant proteins in Escherichia coli JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,120:(1): 25-37.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601906
Lessmann, B.; Degenhard, A.; Kessar, P.; Pointon, L.; Khazen, M.; Leach, M. O.; Nattkemper, T. W. (2005): SOM-based wavelet filtering for the exploration of medical images. In: ARTIFICIAL NEURAL NETWORKS: BIOLOGICAL INSPIRATIONS - ICANN 2005, PT 1, PROCEEDINGS. SPRINGER-VERLAG BERLIN. (3696). S. 671-676.
PUB | DOI | WoS
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602177
Twellmann, T.; Lichte, O.; Nattkemper, T. W. (2005): An adaptive tissue characterization network for model-free visualization of dynamic contrast-enhanced magnetic resonance image data IEEE TRANSACTIONS ON MEDICAL IMAGING,24:(10): 1256-1266.
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375262
Varini, C.; Nattkemper, T. W.; Degenhard, A.; Wismüller, A. (2004): Visualisation of Breast Tumour DCE-MRI Data using LLE. In: Proc. Medical Image Understanding and Analysis (MIUA). BMVA. S. 97-100.
PUB
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606041
Nattkemper, T. W. (2004): Multivariate image analysis in biomedicine JOURNAL OF BIOMEDICAL INFORMATICS,37:(5): 380-391.
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