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84 Publikationen

2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2455753
S. - E. - A. Raza, D. Epstein, T. W. Nattkemper, and N. Rajpoot, “RAMTaB: Robust Alignment of Multi-Tag Bioimages”, PLoS ONE, 2012, 7, e30894.
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2012 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2515687
J. Kölling, M. Rathke, S. Abouna, M. Khan, and T. W. Nattkemper, 2012.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498232
C. Trötschel, S. Albaum, D. Wolff, S. Schröder, A. Goesmann, T. W. Nattkemper, and A. Poetsch, “Protein turnover quantification in a multi-labeling approach - from data calculation to evaluation”, Molecular & Cellular Proteomics, 2012, 11, 512-526.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2481783
J. Kölling, D. Langenkämper, A. Sylvie, K. Michale, and T. W. Nattkemper, “WHIDE - A web tool for visual data mining colocation patterns in multivariate bioimages”, Bioinformatics, 2012, 28, 1143-1150.
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2012 | Konferenzbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2515596
T. W. Nattkemper, In Press.
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2012 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 2515700
T. Schoening, M. Bergmann, A. Boetius, and T. W. Nattkemper, 2012.
PUB
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300063
S. Albaum, H. Hahne, A. Otto, U. Haußmann, D. Becher, A. Poetsch, A. Goesmann, and T. W. Nattkemper, “A guide through the computational analysis of isotope-labeled mass spectrometry-based quantitative proteomics data: an application study”, Proteome Science, 2011, 9, 30.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300073
C. Martin, A. Tauchen, A. Becker, and T. W. Nattkemper, “A Normalized Tree Index for identification of correlated clinical parameters in microarray data”, BioData Mining, 2011, 4, 2.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300082
C. Loyek, M. Khan, N. Rajpoot, and T. W. Nattkemper, “BIOIMAX - A Web 2.0 approach for easy exploratory and collaborative access to multivariate bioimage data”, BMC Bioinformatics, 2011, 12, 297.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300092
M. Bergmann, N. Langwald, J. Ontrup, T. Soltwedel, I. Schewe, M. Klages, and T. W. Nattkemper, “Megafaunal assemblages from two shelf stations west of Svalbard”, Marine Biology Research, 2011, 7, 525-539.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300232
C. Loyek, J. Kölling, D. Langenkämper, K. Niehaus, and T. W. Nattkemper, in Advances in Intelligent Data Analysis X: 10th International Symposium, IDA 2011, Porto, Portugal, October 29-31, 2011. Proceedings (Eds.: J. Gama, E. Bradley, J. Hollmén), Springer, Berlin, Heidelberg, 2011, p. 258-269.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300237
D. Langenkämper, J. Kölling, M. Khan, N. Rajpoot, and T. W. Nattkemper, 2011.
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2011 | Konferenzbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2315356
T. Bergmann, T. M. Fiebich, T. W. Nattkemper, and D. Anselmetti, Freiburg, Germany, In Press.
PUB
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2373808
J. Herold, C. Loyek, and T. W. Nattkemper, “Multivariate Image Mining”, Wiley Interdisciplinary Reviews: DATA MINING AND KNOWLEDGE DISCOVERY, 2011, 1, 2-13.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300102
M. Arif, N. Rajpoot, U. Technow, T. Chakraborty, N. Fisch, N. A. Jensen, K. Niehaus, and T. W. Nattkemper, “Quantification of Cell Infection Caused by Listeria monocytogenes Invasion”, Journal of Biotechnology, 2011, 154, 76-83.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300114
C. Loyek, A. Bunkowski, W. Vautz, and T. W. Nattkemper, “Web2.0 paves new ways for collaborative and exploratory analysis of Chemical Compounds in Spectrometry Data”, Journal of Integrative Bioinformatics, 2011, 8.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2323705
D. Langenkämper, J. Kölling, S. Abouna, M. Khan, K. Niehaus, and T. W. Nattkemper, 2011.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093532
A. Scherbart, and T. W. Nattkemper, “Looking inside self-organizing map ensembles with resampling and negative correlation learning”, Neural Networks, 2011, 24, 130-141.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300235
T. Schoening, V. Hans, and T. W. Nattkemper, in Bildverarbeitung für die Medizin 2011:Algorithmen - Systeme - Anwendungen Proceedings des Workshops vom 20. - 22. März 2011 in Lübeck, Springer, Berlin, Heidelberg, 2011, p. 44-48.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929340
S. Burgemeister, T. W. Nattkemper, T. Noll, R. Hoffrogge, and E. Flaschel, “CellViCAM-Cell viability classification for animal cell cultures using dark field micrographs”, JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 2010, 149, 310-316.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1794419
J. Herold, L. Zhou, S. Abouna, S. Pelengaris, D. Epstein, M. Khan, and T. W. Nattkemper, “Integrating semantic annotation and information visualization for the analysis of multichannel fluorescence micrographs from pancreatic tissue”, Computerized Medical Imaging and Graphics, 2010, 34, 446-452.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929311
A. Gölzhäuser, T. W. Nattkemper, K. Niehaus, A. Pühler, and M. Sauer, “BioImaging: Contributions from biology, physics and informatics”, Journal of Biotechnology, 2010, 149, 227-228.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929335
J. Herold, W. Schubert, and T. W. Nattkemper, “Automated detection and quantification of fluorescently labeled synapses in murine brain tissue sections for high throughput applications”, JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 2010, 149, 299-309.
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2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018390
J. Herold, S. Abouna, L. Zhou, S. Pelengaris, D. B. A. Epstein, M. Khan, and T. W. Nattkemper, in SPIE Medical Imaging, 2009.
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2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018422
J. Ontrup, N. Ehnert, M. Bergmann, and T. W. Nattkemper, in OCEANS 2009 - Europe, Bremen, 2009.
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2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018427
H. Qureshi, N. Rajpoot, T. W. Nattkemper, and V. Hans, in MICCAI«2009 Workshop on Optical Tissue Image Analysis in Microscopy, Histology, and Endoscopy, 2009.
PUB
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635314
N. N. Diaz, L. Krause, A. Goesmann, K. Niehaus, and T. W. Nattkemper, “TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach”, BMC Bioinformatics, 2009, 10, 56.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
S. Albaum, H. Neuweger, B. Fraenzel, S. Lange, D. Mertens, C. Troetschel, D. Wolters, J. Kalinowski, T. W. Nattkemper, and A. Goesmann, “Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments”, Bioinformatics, 2009, 25, 3128-3134.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588783
A. Purser, M. Bergmann, J. Ontrup, and T. W. Nattkemper, “Use of machine-learning algorithms for the automated detection of cold-water coral habitats: a pilot study”, Marine Ecology Progress Series, 2009, 397, 241-251.
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2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591448
A. Saalbach, O. Lange, T. W. Nattkemper, and A. Meyer-Baese, “On the application of (topographic) independent and tree-dependent component analysis for the examination of DCE-MRI data”, BIOMEDICAL SIGNAL PROCESSING AND CONTROL, 2009, 4, 247-253.
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2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018440
T. Schoening, N. Ehnert, J. Ontrup, and T. W. Nattkemper, in IV 09 - Intl. Conference on Information Visualization, 2009.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018405
C. Loyek, F. G. Woermann, and T. W. Nattkemper, in Proceedings of BVM 2008, Springer Verlag, Berlin, Heidelberg, 2008, p. 432-436.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636280
W. Timm, A. Scherbart, S. Boecker, O. Kohlbacher, and T. W. Nattkemper, “Peak intensity prediction in MALDI-TOF mass spectrometry: A machine learning study to support quantitative proteomics”, BMC Bioinformatics, 2008, 9, 443.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585611
N. Wei, E. Flaschel, K. Friehs, and T. W. Nattkemper, “A machine vision system for automated non-invasive assessment of cell viability via dark field microscopy, wavelet feature selection and classification”, BMC Bioinformatics, 2008, 9, 449.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587052
C. Martin, N. N. Diaz, J. Ontrup, and T. W. Nattkemper, “Hyperbolic SOM-based clustering of DNA fragment features for taxonomic visualization and classification”, Bioinformatics, 2008, 24, 1568-1574.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588286
T. Twellmann, A. Meyer-Baese, O. Lange, S. Foo, and T. W. Nattkemper, “Model-free visualization of suspicious lesions in breast MRI based on supervised and unsupervised learning”, ENGINEERING APPLICATIONS OF ARTIFICIAL INTELLIGENCE, 2008, 21, 129-140.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364
L. Krause, N. N. Diaz, A. Goesmann, S. Kelley, T. W. Nattkemper, F. Rohwer, R. A. Edwards, and J. Stoye, “Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments”, Nucleic Acids Research, 2008, 36, 2230-2239.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018409
C. Martin, and T. W. Nattkemper, in Bioinformatics Research and Development : Second International Conference, BIRD 2008 Vienna, Austria, July 7-9, 2008 Proceedings, Springer, Berlin, Heidelberg, 2008, p. 1-15.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018435
A. Scherbart, W. Timm, S. Böcker, and T. W. Nattkemper, in International Conference on Neural Information Processing, Auckland, New Zealand, 2008.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018381
S. Albaum, H. Neuweger, S. Lange, D. Mertens, K. Runte, J. Kalinowski, T. W. Nattkemper, and A. Goesmann, in HUPO 7th Annual World Congress, 2008.
PUB
 
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018398
J. Herold, M. Friedenberger, M. Bode, N. Rajpoot, W. Schubert, and T. W. Nattkemper, in Proc. of 2008 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, 2008.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018432
A. Scherbart, and T. W. Nattkemper, in International Conference on Neural Information Processing, 2008.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630738
N. Pobigaylo, S. Szymczak, T. W. Nattkemper, and A. Becker, “Identification of genes relevant to symbiosis and competitiveness in Sinorhizobium meliloti using signature-tagged mutants”, MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS, 2008, 21, 219-231.
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2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018412
C. Martin, N. N. Díaz Solórzano, J. Ontrup, and T. W. Nattkemper, in Proceedings of the 6th International Workshop on Self-Organizing Maps (WSOM 2007), Bielefeld University, Bielefeld, 2007.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1595739
N. Wei, J. You, K. Friehs, E. Flaschel, and T. W. Nattkemper, “In situ dark field microscopy for on-line monitoring of yeast cultures”, BIOTECHNOLOGY LETTERS, 2007, 29, 373-378.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593120
N. Wei, J. You, K. Friehs, E. Flaschel, and T. W. Nattkemper, “An in situ probe for on-line monitoring of cell density and viability on the basis of dark field microscopy in conjunction with image processing and supervised machine learning”, Biotechnology and Bioengineering, 2007, 97, 1489-1500.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630749
B. Lessmann, T. W. Nattkemper, V. H. Hans, and A. Degenhard, “A method for linking computed image features to histological semantics in neuropathology”, Journal of Biomedical Informatics, 2007, 40, 631-641.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783345
L. Krause, A. C. McHardy, T. W. Nattkemper, A. Pühler, J. Stoye, and F. Meyer, “GISMO - gene identification using a support vector machine for ORF classification”, Nucleic Acids Research, 2007, 35, 540-549.
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2007 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2018416
T. W. Nattkemper, A. Degenhard, and T. Twellmann, in Cancer Imaging - Lung and breast carcinomas (Ed.: M.A. Hayat), Academic Press, 2007, p. 309-324.
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2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2374232
C. Varini, B. Lessmann, A. Degenhard, V. H. Hans, and T. W. Nattkemper, in Bildverarbeitung für die Medizin (Eds.: H. Handels, J. Ehrhardt, A. Horsch, H.-P. Meinzer, T. Tolxdorff), Springer, 2006, p. 66-70.
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