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53 Publikationen

2019 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2936599
Huang, L. (2019): Cloud-based Bioinformatics Framework for Next-Generation Sequencing Data. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934798
Pankoke, H.; Maus, I.; Loh, G.; Huser, A.; Seifert, J.; Tilker, A.; Hark, S.; Sczyrba, A.; Pelzer, S.; Kleinbolting, J. (2019): F5Evaluation of commercially available DNA extraction kits for the analysis of the broiler chicken cecal microbiota. FEMS microbiology letters
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935923
Nelkner, J.; Henke, C.; Lin, T. W.; Pätzold, W.; Hassa, J.; Jaenicke, S.; Grosch, R.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2019): Effect of Long-Term Farming Practices on Agricultural Soil Microbiome Members Represented by Metagenomically Assembled Genomes (MAGs) and Their Predicted Plant-Beneficial Genes Genes,10:(6):424
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933767
Fritz, A.; Hofmann, P.; Majda, S.; Dahms, E.; Dröge, J.; Fiedler, J.; Lesker, T. R.; Belmann, P.; DeMaere, M. Z.; Darling, A. E.; Sczyrba, A.; Bremges, A.; McHardy, A. C. (2019): CAMISIM: simulating metagenomes and microbial communities Microbiome,7:17
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2018 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2918990
Rumming, M. (2018): Metadata-driven computational (meta)genomics. A practical machine learning approach. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916929
Stolze, Y.; Bremges, A.; Maus, I.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2018): Targeted in situ metatranscriptomics for selected taxa from mesophilic and thermophilic biogas plants Microbial Biotechnology,11:(4): 667-679.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920777
Celis, J. S.; Wibberg, D.; Ramírez-Portilla, C.; Rupp, O.; Sczyrba, A.; Winkler, A.; Kalinowski, J.; Wilke, T. (2018): Binning Enables Efficient Host Genome Reconstruction in Cnidarian Holobionts GigaScience,7:(7):giy075
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920723
Meyer, F.; Hofmann, P.; Belmann, P.; Garrido-Oter, R.; Fritz, A.; Sczyrba, A.; McHardy, A. C. (2018): AMBER: Assessment of Metagenome BinnERs GigaScience,giy069
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930593
Linden, M.; Prochazka, M.; Lappalainen, I.; Bucik, D.; Vyskocil, P.; Kuba, M.; Silén, S.; Belmann, P.; Sczyrba, A.; Newhouse, S.; Matyska, L.; Nyrönen, T. (2018): Common ELIXIR Service for Researcher Authentication and Authorisation F1000Research,7:1199
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915890
Huang, L.; Krüger, J.; Sczyrba, A. (2018): Analyzing large scale genomic data on the cloud with Sparkhit Bioinformatics,34:(9): 1457-1465.
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2018 | Bielefelder Masterarbeit | PUB-ID: 2919932
Wiens, M. (2018): Concept, design and initial implementation of the de.NBI Cloud Portal. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920750
Maus, I.; Rumming, M.; Bergmann, I.; Heeg, K.; Pohl, M.; Nettmann, E.; Jaenicke, S.; Blom, J.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Sczyrba, A.; Klocke, M. (2018): Characterization of Bathyarchaeota genomes assembled from metagenomes of biofilms residing in mesophilic and thermophilic biogas reactors Biotechnology for Biofuels,11:167
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918275
Fleming, E. J.; Woyke, T.; Donatello, A. R.; Kuypers, M. M. M.; Sczyrba, A.; Littmann, S.; Emerson, D. (2018): Insights into the fundamental physiology of the uncultured Fe-oxidizing bacterium Leptothrix ochracea Applied and Environmental Microbiology,84:(9):e02239-17
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909153
Yu, J.; Blom, J.; Sczyrba, A.; Goesmann, A. (2017): Rapid protein alignment in the cloud: HAMOND combines fast DIAMOND alignments with Hadoop parallelism Journal of Biotechnology,257: 58-60.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann, S.; Kleinbölting, N.; Jaenicke, S.; Henke, C.; Hassa, J.; Nelkner, J.; Stolze, Y.; Albaum, S.; Schlüter, A.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Stoye, J. (2017): Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research Journal of Biotechnology,261:(SI): 10-23.
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2017 | Datenpublikation | PUB-ID: 2914921
Huang, L.; Krüger, J.; Sczyrba, A. (2017): Sparkhit evaluation data set. Bielefeld University.
PUB | Dateien verfügbar | DOI
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367
Sczyrba, A.; Hofmann, P.; Belmann, P.; Koslicki, D.; Janssen, S.; Dröge, J.; Gregor, I.; Majda, S.; Fiedler, J.; Dahms, E.; Bremges, A.; Fritz, A.; Garrido-Oter, R.; Jørgensen, T. S.; Shapiro, N.; Blood, P. D.; Gurevich, A.; Bai, Y.; Turaev, D.; DeMaere, M. Z.; Chikhi, R.; Nagarajan, N.; Quince, C.; Meyer, F.; Balvočiūtė, M.; Hansen, L. H.; Sørensen, S. J.; Chia, B. K. H.; Denis, B.; Froula, J. L.; Wang, Z.; Egan, R.; Don Kang, D.; Cook, J. J.; Deltel, C.; Beckstette, M.; Lemaitre, C.; Peterlongo, P.; Rizk, G.; Lavenier, D.; Wu, Y. - W.; Singer, S. W.; Jain, C.; Strous, M.; Klingenberg, H.; Meinicke, P.; Barton, M. D.; Lingner, T.; Lin, H. - H.; Liao, Y. - C.; Silva, G. G. Z.; Cuevas, D. A.; Edwards, R. A.; Saha, S.; Piro, V. C.; Renard, B. Y.; Pop, M.; Klenk, H. - P.; Göker, M.; Kyrpides, N. C.; Woyke, T.; Vorholt, J. A.; Schulze-Lefert, P.; Rubin, E. M.; Darling, A. E.; Rattei, T.; McHardy, A. C. (2017): Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software Nature Methods,14:(11): 1063-1071.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904815
Stolze, Y.; Bremges, A.; Rumming, M.; Henke, C.; Maus, I.; Pühler, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A. (2016): Identification and genome reconstruction of abundant distinct taxa in microbiomes from one thermophilic and three mesophilic production-scale biogas plants Biotechnology for Biofuels,9:156
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2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2906743
Bremges, A. (2016): Assembling the microbial dark matter. Bielefeld: Universität Bielefeld.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907633
Lux, M.; Krüger, J.; Rinke, C.; Maus, I.; Schlüter, A.; Woyke, T.; Sczyrba, A.; Hammer, B. (2016): acdc – Automated Contamination Detection and Confidence estimation for single-cell genome data BMC Bioinformatics,17:543
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