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50 Publikationen

2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2902190
Stiefel, F.; Fischer, S.; Sczyrba, A.; Otte, K.; Hesse, F. (2016): miRNA profiling of high, low and non-producing CHO cells during biphasic fed-batch cultivation reveals process relevant targets for host cell engineering Journal of Biotechnology,225: 31-43.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901418
Campos, S. B.; Lisboa, B. B.; Camargo, F. A. O.; Bayer, C.; Sczyrba, A.; Dirksen, P.; Albersmeier, A.; Kalinowski, J.; Beneduzi, A.; Costa, P. B.; Passaglia, L. M. P.; Vargas, L. K.; Wendisch, V. F. (2016): Soil suppressiveness and its relations with the microbial community in a Brazilian subtropical agroecosystem under different management systems Soil Biology and Biochemistry,96: 191-197.
PUB | DOI | WoS
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901729
Bremges, A.; Singer, E.; Woyke, T.; Sczyrba, A. (2016): MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads Bioinformatics,32:(14): 2199-2201.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900928
Nesme, J.; Achouak, W.; Agathos, S.; Bailey, M.; Baldrian, P.; Brunel, D.; Frostegard, A.; Heulin, T.; Jansson, J. K.; Jurkevitch, E.; Kowalchuk, G. A.; Kruus, K. L.; Lagares, A.; Lapin-Scott, H. M.; Le Paslier, D.; ic-Mulec, I.; Murrell, C.; Myrold, D. D.; Nalin, R.; Nannipieri, P.; Neufeld, J. D.; O'Gara, F.; Parnell, J. J.; Pühler, A.; Pylro, V.; Ramos, J. L.; Roesch, L.; Schleper, C.; Schloter, M.; Sczyrba, A.; Sessitsch, A.; Sjöling, S.; Sørensen, J.; Sørensen, S. J.; Tebbe, C. C.; Topp, E.; Tsiamis, G.; Van Elsas, J. D.; Van Keulen, G.; Wagner, M.; Widmer, F.; Zhang, T.; Zhang, X.; Zhao, L.; Zhu, Y. - G.; Vogel, T. M.; Simonet, P. (2016): Back to the future of soil metagenomics Frontiers in Microbiology,7:73
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901675
Krahn, T.; Wibberg, D.; Maus, I.; Winkler, A.; Bontron, S.; Sczyrba, A.; Nordmann, P.; Pühler, A.; Poirel, L.; Schlüter, A. (2016): Intraspecies transfer of the chromosomally encoded Acinetobacter baumannii blaNDM-1 carbapenemase gene. Antimicrobial Agents and Chemotherapy,60:(5): 3032-3040.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905260
Maus, I.; Koeck, D. E.; Cibis, K. G.; Hahnke, S.; Kim, Y. S.; Langer, T.; Kreubel, J.; Erhard, M.; Bremges, A.; Off, S.; Stolze, Y.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Scherer, P.; König, H.; Schwarz, W. H.; Zverlov, V. V.; Liebl, W.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Klocke, M. (2016): Unraveling the microbiome of a thermophilic biogas plant by metagenome and metatranscriptome analysis complemented by characterization of bacterial and archaeal isolates Biotechnology for Biofuels,9:(1):171
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904234
Ortseifen, V.; Stolze, Y.; Maus, I.; Sczyrba, A.; Bremges, A.; Albaum, S.; Jaenicke, S.; Fracowiak, J.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2016): An integrated metagenome and -proteome analysis of the microbial community residing in a biogas production plant Journal of Biotechnology,231: 268-279.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764906
Bremges, A.; Maus, I.; Belmann, P.; Eikmeyer, F. G.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Sczyrba, A. (2015): Deeply sequenced metagenome and metatranscriptome of a biogas-producing microbial community from an agricultural production-scale biogas plant GigaScience,4:(1):33
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2762833
Kohrs, F.; Wolter, S.; Benndorf, D.; Heyer, R.; Hoffmann, M.; Rapp, E.; Bremges, A.; Sczyrba, A.; Schlüter, A.; Reichl, U. (2015): Fractionation of biogas plant sludge material improves metaproteomic characterization to investigate metabolic activity of microbial communities Proteomics,15:(20): 3585-3589.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726183
Field, E. K.; Sczyrba, A.; Lyman, A. E.; Harris, C. C.; Woyke, T.; Stepanauskas, R.; Emerson, D. (2015): Genomic insights into the uncultivated marine Zetaproteobacteria at Loihi Seamount The ISME journal,9: 857-870.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782501
Belmann, P.; Dröge, J.; Bremges, A.; McHardy, A. C.; Sczyrba, A.; Barton, M. D. (2015): Bioboxes: standardised containers for interchangeable bioinformatics software GigaScience,4:47
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2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901612
Lux, M.; Sczyrba, A.; Hammer, B. (2015): Automatic discovery of metagenomic structure. In: 2015 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN). Institute of Electrical & Electronics Engineers (IEEE).
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726156
Paul, B. G.; Bagby, S. C.; Czornyj, E.; Arambula, D.; Handa, S.; Sczyrba, A.; Ghosh, P.; Miller, J. F.; Valentine, D. L. (2015): Targeted diversity generation by intraterrestrial archaea and archaeal viruses Nature Communications,6: 6585.
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2015 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901462
Rumming, M.; Krusche, P.; Tedder, P. M. (2015): Developing gold standard variant calls for whole-genome somatic variant calling using supervised learning. In: EMBL Heidelberg (Hrsg.): .
PUB
 
2015 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901466
Osterholz, B.; Wiebke, P.; Fust, A.; Rumming, M.; Schlüter, A.; Sczyrba, A. (2015): A Bioinformatics Pipeline for the Detection of β-lactamase Genes in Metagenome Sequence Data and its Application to Production-Scale Biogas Plants. In: Julius Kühn-Institut, Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen Institut für Epidemiologie und Pathogendiagnostik (Hrsg.): .
PUB
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685992
Piao, H.; Lachman, M.; Malfatti, S.; Sczyrba, A.; Knierim, B.; Auer, M.; Tringe, S. G.; Mackie, R. I.; Yeoman, C. J.; Hess, M. (2014): Temporal dynamics of fibrolytic and methanogenic rumen microorganisms during in situ incubation of switchgrass determined by 16S rRNA gene profiling Frontiers in Microbiology,5:(307)
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2654433
Kamke, J.; Rinke, C.; Schwientek, P.; Mavromatis, K.; Ivanova, N.; Sczyrba, A.; Woyke, T.; Hentschel, U. (2014): The Candidate Phylum Poribacteria by Single-Cell Genomics: New Insights into Phylogeny, Cell-Compartmentation, Eukaryote-Like Repeat Proteins, and Other Genomic Features PLoS ONE,9:(1):e87353
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689051
Ghylin, T. W.; Garcia, S. L.; Moya, F.; Oyserman, B. O.; Schwientek, P.; Forest, K. T.; Mutschler, J.; Dwulit-Smith, J.; Chan, L. - K.; Martinez-Garcia, M.; Sczyrba, A.; Stepanauskas, R.; Grossart, H. - P.; Woyke, T.; Warnecke, F.; Malmstrom, R.; Bertilsson, S.; McMahon, K. D. (2014): Comparative single-cell genomics reveals potential ecological niches for the freshwater acI Actinobacteria lineage The ISME Journal,8:(12): 2503-2516.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2672695
Swan, B. K.; Chaffin, M. D.; Martinez-Garcia, M.; Morrison, H. G.; Field, E. K.; Poulton, N. J.; Masland, E. D. P.; Harris, C. C.; Sczyrba, A.; Chain, P. S. G.; Koren, S.; Woyke, T.; Stepanauskas, R. (2014): Genomic and metabolic diversity of marine group I thaumarchaeota in the mesopelagic of two subtropical gyres PloS one,9:(4): 95380.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
Henrich, B.; Rumming, M.; Sczyrba, A.; Velleuer, E.; Dietrich, R.; Gerlach, W.; Gombert, M.; Rahn, S.; Stoye, J.; Borkhardt, A.; Fischer, U. (2014): Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma PLoS ONE,9:(3): e92297.
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