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154 Publikationen

2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2411830
Ausec, L.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Schlüter, A.; Mandic-Mulec, I. (2011): Bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes PLoS ONE,6:(10):e25724
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326445
Schneider, J.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Linke, B.; Brinkrolf, K.; Neuweger, H.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2011): RAPYD - Rapid Annotation Platform for Yeast Data Journal of Biotechnology,155:(1): 118-126.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2307104
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Blom, J.; Goesmann, A.; Ishimaru, C. A.; Frey, J. E.; Stockwell, V. O.; Duffy, B. (2011): Metabolic Versatility and Antibacterial Metabolite Biosynthesis Are Distinguishing Genomic Features of the Fire Blight Antagonist Pantoea vagans C9-1 PLoS ONE,6:(7): e22247.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447730
Gonzalez, J. M.; Pinhassi, J.; Fernández-Gómez, B.; Coll-Llado, M.; Gonzalez-Velazquez, M.; Puigbo, P.; Jaenicke, S.; Gomez-Consarnau, L.; Fernandez-Guerra, A.; Goesmann, A.; Pedros-Alio, C. (2011): Genomics of the proteorhodopsin-containing marine flavobacterium Dokdonia sp. MED134 Applied and Environmental Microbiology,77:(24): 8676-8686.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2448409
Imperi, F.; Antunes, L.; Blom, J.; Villa, L.; Iacono, M.; Visca, P.; Carattoli, A. (2011): The genomics of Acinetobacter baumannii: Insights into genome plasticity, antimicrobial resistance and pathogenicity IUBMB life,63:(12): 1068-1074.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326455
Krol, E.; Blom, J.; Winnebald, J.; Berhoerster, A.; Barnett, M. J.; Goesmann, A.; Baumbach, J.; Becker, A. (2011): RhizoRegNet-A database of rhizobial transcription factors and regulatory networks Journal of Biotechnology,155:(1): 127-134.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326518
Szczepanowski, R.; Eikmeyer, F. G.; Harfmann, J.; Blom, J.; Rogers, L. M.; Top, E. M.; Schlüter, A. (2011): Sequencing and comparative analysis of IncP-1 alpha antibiotic resistance plasmids reveal a highly conserved backbone and differences within accessory regions Journal of Biotechnology,155:(1): 95-103.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2453768
Becker, J.; Timmermann, C.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Szczepanowski, R.; Hackl, M.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Borth, N.; Grillari, J.; Pühler, A.; Noll, T.; Brinkrolf, K. (2011): Next-generation sequencing of the CHO cell transcriptome, In: Hansjörg Hauser (Hrsg.), BMC Proceedings,5:(Suppl. 8): P6.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397780
Doppmeier, D.; Stracke, R.; Lutter, P.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Weisshaar, B. (2011): Using the GUS Reporter Gene for Quantitative Studies of Promotor Activity in A.thaliana Seedlings. S. 218.
PUB
 
2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2382565
Borriss, R.; Rückert, C.; Blom, J.; Bezuidt, O.; Reva, O.; Klenk, H. P. (2011): Whole Genome Sequence Comparisons in Taxonomy. In: F. Rainey; A. Oren (Hrsg.): Taxonomy of Prokaryotes (Methods in Microbiology). Waltham, MA, USA: Academic Press,.
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2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447751
Jaenicke, S.; Zakrzewski, M.; Jünemann, S.; Pühler, A.; Goesmann, A.; Schlüter, A. (2011): Analysis of the Metagenome from a Biogas-Producing Microbial Community by Means of Bioinformatics Methods. In: Frans J. de Bruijn (Hrsg.): Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats. Wiley-Blackwell. S. 403-414.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290032
Joseph, B.; Schwarz, R. F.; Linke, B.; Blom, J.; Becker, A.; Claus, H.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Mueller, T.; Vogel, U.; Schoen, C. (2011): Virulence Evolution of the Human Pathogen Neisseria meningitidis by Recombination in the Core and Accessory Genome PLoS ONE,6:(4): e18441.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093389
Schoen, C.; Weber-Lehmann, J.; Blom, J.; Joseph, B.; Goesmann, A.; Strittmatter, A.; Frosch, M. (2011): Whole-Genome Sequence of the Transformable Neisseria meningitidis Serogroup A Strain WUE2594 Journal of Bacteriology,193:(8): 2064-2065.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289887
Hinse, D.; Vollmer, T.; Rückert, C.; Blom, J.; Kalinowski, J.; Knabbe, C.; Dreier, J. (2011): Complete Genome Analysis of Streptococcus gallolyticus subsp gallolyticus, an Emerging Pathogen of Infective Endocarditis Clinical Chemistry and Laboratory Medicine,49: S837.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289902
De Gregoris, T. B.; Rupp, O.; Klages, S.; Knaust, F.; Bekel, T.; Kube, M.; Burgess, J. G.; Arnone, M. I.; Goesmann, A.; Reinhardt, R.; Clare, A. S. (2011): Deep sequencing of naupliar-, cyprid- and adult-specific normalised Expressed Sequence Tag (EST) libraries of the acorn barnacle Balanus amphitrite Biofouling,27:(4): 367-374.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom, J.; Jakobi, T.; Doppmeier, D.; Jaenicke, S.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2011): Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming Bioinformatics,27:(10): 1351-1358.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289928
Kant, R.; Blom, J.; Palva, A.; Siezen, R. J.; de Vos, W. M. (2011): Comparative genomics of Lactobacillus Microbial Biotechnology,4:(3): 323-332.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892
Schneiker-Bekel, S.; Wibberg, D.; Bekel, T.; Blom, J.; Linke, B.; Neuweger, H.; Stiens, M.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (In Press): The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome Journal of Biotechnology,155:(1): 20-33.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003276
Jaenicke, S.; Ander, C.; Bekel, T.; Bisdorf, R.; Dröge, M.; Gartemann, K. - H.; Jünemann, S.; Kaiser, O.; Krause, L.; Tille, F.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2011): Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing PLoS ONE,6:(1): e14519.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2036058
Margaret, I.; Becker, A.; Blom, J.; Bonilla, I.; Goesmann, A.; Göttfert, M.; Lloret, J.; Mittard-Runte, V.; Rückert, C.; Ruiz-Sainz, J. - E.; Vinardell, J. M.; Weidner, S. (2011): Symbiotic properties and first analyses of the genomic sequence of the fast growing model strain Sinorhizobium fredii HH103 nodulating soybean Journal of Biotechnology,155:(1): 11-19.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2087955
Hackl, M.; Jakobi, T.; Blom, J.; Doppmeier, D.; Brinkrolf, K.; Szczepanowski, R.; Bernhart, S. H.; Höner zu Siederdissen, C.; Bort, J. A. H.; Wieser, M.; Kunert, R.; Jeffs, S.; Hofacker, I. L.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Borth, N.; Grillari, J. (2011): Next-generation sequencing of the Chinese hamster ovary microRNA transcriptome: Identification, annotation and profiling of microRNAs as targets for cellular engineering Journal of Biotechnology,153:(1-2): 62-75.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003418
Powney, R.; Smits, T. H. M.; Sawbridge, T.; Frey, B.; Blom, J.; Frey, J. E.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J.; Duffy, B.; Rodoni, B. (2011): Genome Sequence of an Erwinia amylovora Strain with Pathogenicity Restricted to Rubus Plants Journal of Bacteriology,193:(3): 785-786.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
Linke, B.; Giegerich, R.; Goesmann, A. (2011): Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses Bioinformatics,27:(7): 903-911.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093398
Brankatschk, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Duffy, B. (2011): Genome of a European Fresh-Vegetable Food Safety Outbreak Strain of Salmonella enterica subsp enterica Serovar Weltevreden Journal of Bacteriology,193:(8): 2066.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929692
Schneider, J.; Vorhölter, F. - J.; Trost, E.; Blom, J.; Musa, Y. R.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Schatschneider, S.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2010): CARMEN - Comparative Analysis and in silico Reconstruction of organism-specific MEtabolic Networks Genetics and Molecular Research,9:(3): 1660-1672.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966439
Trost, E.; Ott, L.; Schneider, J.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Husemann, P.; Stoye, J.; Alves Dorella, F.; Souza Rocha, F.; de Castro Soares, S.; D'Afonseca, V.; Miyoshi, A.; Ruiz, J.; Silva, A.; Azevedo, V.; Burkovski, A.; Guiso, N.; Join-Lambert, O. F.; Kayal, S.; Tauch, A. (2010): The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence BMC Genomics,11:(1):728
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795508
Bertelli, C.; Collyn, F.; Croxatto, A.; Rückert, C.; Polkinghorne, A.; Kebbi-Beghdadi, C.; Goesmann, A.; Vaughan, L.; Greub, G. (2010): The Waddlia Genome: A Window into Chlamydial Biology PLOS ONE,5:(5): e10890.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795628
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Pelludat, C.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Genomic and phenotypic characterization of a nonpigmented variant of Pantoea vagans biocontrol strain C9-1 lacking the 530-kb megaplasmid pPag3 FEMS MICROBIOLOGY LETTERS,308:(1): 48-54.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785275
Trost, E.; Götker, S.; Schneider, J.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Arnold, W.; Bekel, T.; Blom, J.; Gartemann, K. - H.; Linke, B.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Shukla, S. K.; Tauch, A. (2010): Complete genome sequence and lifestyle of black-pigmented Corynebacterium aurimucosum ATCC 700975 (formerly C. nigricans CN-1) isolated from a vaginal swab of a woman with spontaneous abortion BMC Genomics,11:(1):91
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785504
Yang, I.; John, U.; Beszteri, S.; Glöckner, G.; Krock, B.; Goesmann, A.; Cembella, A. D. (2010): Comparative gene expression in toxic versus non-toxic strains of the marine dinoflagellate Alexandrium minutum BMC Genomics,11:(1): 248.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796445
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Complete Genome Sequence of the Fire Blight Pathogen Erwinia amylovora CFBP 1430 and Comparison to Other Erwinia spp. MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS,23:(4): 384-393.
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2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894907
Mittard-Runte, V.; Bekel, T.; Blom, J.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Jaenicke, S.; Krause, L.; Linke, B.; Neuweger, H.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A. (2010): Practical Guide: Genomic Techniques and How to Apply Them to Marine Questions. In: J. Mark Cock; Kristin Tessmar-Raible; Catherine Boyen; Frédérique Viard (Hrsg.): Introduction to Marine Genomics (Advances in Marine Genomics). Netherlands: Springer Netherlands. (1). S. 315-396.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796644
Smits, T. H. M.; Jaenicke, S.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Complete genome sequence of the fire blight pathogen Erwinia pyrifoliae DSM 12163(T) and comparative genomic insights into plant pathogenicity BMC Genomics,11:(1): 2.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785579
Farnbacher, M.; Jahns, T.; Willrodt, D.; Daniel, R.; Haas, R.; Goesmann, A.; Kurtz, S.; Rieder, G. (2010): Sequencing, annotation, and comparative genome analysis of the gerbil-adapted Helicobacter pylori strain B8 BMC Genomics,11:(1): 335.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588692
Steinweg, C.; Kuenne, C. T.; Billion, A.; Mraheil, M. A.; Domann, E.; Ghai, R.; Barbuddhe, S. B.; Kaerst, U.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Weisshaar, B.; Wehland, J.; Lampidis, R.; Kreft, J.; Goebel, W.; Chakraborty, T.; Hain, T. (2010): Complete Genome Sequence of Listeria seeligeri, a Nonpathogenic Member of the Genus Listeria Journal of Bacteriology,192:(5): 1473-1474.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1794039
Kuenne, C.; Voget, S.; Pischimarov, J.; Oehm, S.; Goesmann, A.; Daniel, R.; Hain, T.; Chakraborty, T. (2010): Comparative Analysis of Plasmids in the Genus Listeria PLOS ONE,5:(9): e12511.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894319
Henckel, K.; Küster, H.; Stutz, L.; Goesmann, A. (2010): MediPlEx - a tool to combine in silico and experimental gene expression profiles of the model legume Medicago truncatula. BMC Research Notes,3:(1): 262.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1968262
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Goesmann, A.; Ishimaru, C. A.; Stockwell, V. O.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Genome Sequence of the Biocontrol Agent Pantoea vagans Strain C9-1 Journal of Bacteriology,192:(24): 6486-6487.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1990186
Gehlenborg, N.; O'Donoghue, S. I.; Baliga, N. S.; Goesmann, A.; Hibbs, M. A.; Kitano, H.; Kohlbacher, O.; Neuweger, H.; Schneider, R.; Tenenbaum, D.; Gavin, A. - C. (2010): Visualization of omics data for systems biology Nat Methods,7:(3s): S56-S68.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1930110
Joseph, B.; Schneiker-Bekel, S.; Schramm-Glueck, A.; Blom, J.; Claus, H.; Linke, B.; Schwarz, R. F.; Becker, A.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Schoen, C. (2010): Comparative Genome Biology of a Serogroup B Carriage and Disease Strain Supports a Polygenic Nature of Meningococcal Virulence JOURNAL OF BACTERIOLOGY,192:(20): 5363-5377.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397394
Goesmann, A.; Schneider, J.; Trost, E.; Tauch, A. (2009): Entschlüsselung mikrobieller Genomsequenzen im Schnellverfahren BIOspektrum,15:(3): 279-281.
PUB
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783022
Krawczyk, J.; Goesmann, A.; Nolte, R.; Werber, M.; Weisshaar, B. (2009): Trace2PS and FSA2PS: two software toolkits for converting trace and fsa files to PostScript format Source Code for Biology and Medicine,4:(1): 4.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783813
Neuweger, H.; Persicke, M.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Winnebald, J.; Schneider, J.; Kalinowski, J.; Goesmann, A. (2009): Visualizing post genomics data-sets on customized pathway maps by ProMeTra – aeration-dependent gene expression and metabolism of Corynebacterium glutamicum as an example BMC Systems Biology,3:(1):82
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783187
Blom, J.; Albaum, S.; Doppmeier, D.; Pühler, A.; Vorhölter, F. - J.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A. (2009): EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes BMC Bioinformatics,10:(1):154
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635300
Henckel, K.; Runte, K. J.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Jakobi, T.; Küster, H.; Goesmann, A. (2009): TRUNCATULIX - a data warehouse for the legume community BMC Plant Biology,9:(1): 19.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634097
Strittmatter, A. W.; Liesegang, H.; Rabus, R.; Decker, I.; Amann, J.; Andres, S.; Henne, A.; Fricke, W. F.; Martinez-Arias, R.; Bartels, D.; Goesmann, A.; Krause, L.; Pühler, A.; Klenk, H. - P.; Richter, M.; Schueler, M.; Gloeckner, F. O.; Meyerdierks, A.; Gottschalk, G.; Amann, R. (2009): Genome sequence of Desulfobacterium autotrophicum HRM2, a marine sulfate reducer oxidizing organic carbon completely to carbon dioxide ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,11:(5): 1038-1055.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634467
Becker, A.; Barnett, M. J.; Capela, D.; Dondrup, M.; Kamp, P. - B.; Krol, E.; Linke, B.; Rüberg, S.; Runte, K.; Schroeder, B. K.; Weidner, S.; Yurgel, S. N.; Batut, J.; Long, S. R.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): A portal for rhizobial genomes: RhizoGATE integrates a Sinorhizobium meliloti genome annotation update with postgenome data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,140:(1-2): 45-50.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635314
Diaz, N. N.; Krause, L.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Nattkemper, T. W. (2009): TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach BMC Bioinformatics,10:(1): 56.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321
Dondrup, M.; Albaum, S.; Griebel, T.; Henckel, K.; Jünemann, S.; Kahlke, T.; Kleindt, C. K.; Kuester, H.; Linke, B.; Mertens, D.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Runte, K. J.; Tauch, A.; Tille, F.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data BMC Bioinformatics,10:(1):50
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098
Gerlach, W.; Jünemann, S.; Tille, F.; Goesmann, A.; Stoye, J. (2009): WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads BMC Bioinformatics,10:(1): 430.
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