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154 Publikationen

2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576080
Toepel, J.; Illmer-Kephalides, M.; Jaenicke, S.; Straube, J.; May, P.; Goesmann, A.; Kruse, O. (2013): New insights into Chlamydomonas reinhardtii hydrogen production processes by combined microarray/RNA-seq transcriptomics Plant Biotechnology Journal,11:(6): 717-733.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631956
Rückert, C.; Szczepanowski, R.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Iftime, D.; Musiol, E. M.; Blin, K.; Wohlleben, W.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Weber, T. (2013): Complete genome sequence of the kirromycin producer Streptomyces collinus Tü 365 consisting of a linear chromosome and two linear plasmids Journal of Biotechnology,168:(4): 739-740.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576539
Wichmann, F.; Vorhölter, F. - J.; Hersemann, L.; Widmer, F.; Blom, J.; Niehaus, K.; Reinhard, S.; Conradin, C.; Kölliker, R. (2013): The noncanonical type III secretion system of Xanthomonas translucens pv. graminis is essential for forage grass infection Molecular plant pathology,14:(6): 576-588.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2635526
Koeck, D. E.; Wibberg, D.; Koellmeier, T.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Zverlov, V. V.; Pühler, A.; Schwarz, W. H.; Schlüter, A. (2013): Draft genome sequence of the cellulolytic Clostridium thermocellum wild-type strain BC1 playing a role in cellulosic biomass degradation Journal of Biotechnology,168:(1): 62-63.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Updating benchtop sequencing performance comparison Nature Biotechnology,31:(4): 294-296.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557938
Mann, R. A.; Smits, T. H. M.; Bühlmann, A.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J.; Duffy, B.; Rodoni, B. (2013): Comparative Genomics of 12 Strains of Erwinia amylovora Identifies a Pan-Genome with a Large Conserved Core PLOS ONE,8:(2): e55644.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2561776
Trötschel, C.; Albaum, S.; Poetsch, A. (2013): Proteome turnover in bacteria: current status for Corynebacterium glutamicum and related bacteria Microbial biotechnology, 708-719.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2554079
Kuenne, C.; Billion, A.; Mraheil, M. A.; Strittmatter, A.; Daniel, R.; Goesmann, A.; Barbuddhe, S.; Hain, T.; Chakraborty, T. (2013): Reassessment of the Listeria monocytogenes pan-genome reveals dynamic integration hotspots and mobile genetic elements as major components of the accessory genome BMC Genomics,14:(1): 47.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548286
Luque-Almagro, V. M.; Acera, F.; Igeño, M. I.; Wibberg, D.; Roldán, M. D.; Sáez, L. P.; Hennig, M.; Quesada, A.; Huertas, M. J.; Blom, J.; Merchán, F.; Escribano, M. P.; Jaenicke, S.; Estepa, J.; Guijo, M. I.; Martínez-Luque, M.; Macías, D.; Szczepanowski, R.; Becerra, G.; Ramirez, S.; Carmona, M. I.; Gutiérrez, O.; Manso, I.; Pühler, A.; Castillo, F.; Moreno-Vivián, C.; Schlüter, A.; Blasco, R. (2013): Draft whole genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Environmental Microbiology,15:(1): 253-270.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645668 OA
Bogen, C.; Al-Dilaimi, A.; Albersmeier, A.; Wichmann, J.; Grundmann, M.; Rupp, O.; Lauersen, K. J.; Blifernez-Klassen, O.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Mussgnug, J. H.; Kruse, O. (2013): Reconstruction of the lipid metabolism for the microalga Monoraphidium neglectum from its genome sequence reveals characteristics suitable for biofuel production BMC Genomics,14:(1): 926.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2635520
Dam, B.; Dam, S.; Blom, J.; Liesack, W. (2013): Genome Analysis Coupled with Physiological Studies Reveals a Diverse Nitrogen Metabolism in Methylocystis sp Strain SC2 Plos One,8:(10): e74767.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
Kessler, N.; Bonte, A.; Langenkämper, G.; Niehaus, K.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2013): MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system Bioinformatics,29:(19): 2452-2459.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607974
Niu, B.; Vater, J.; Rückert, C.; Blom, J.; Lehmann, M.; Ru, J. - J.; Chen, X. - H.; Wang, Q.; Borriss, R. (2013): Polymyxin P is the active principle in suppressing phytopathogenic Erwinia spp. by the biocontrol rhizobacterium Paenibacillus polymyxa M-1 BMC microbiology,13:(1): 137.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529309
Bolzan de Campos, S.; Youn, J. - W.; Farina, R.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Szczepanowski, R.; Beneduzi, A.; Vargas, L. K.; Wendisch, V. F.; Passaglia, L. (2013): Changes in Root Bacterial Communities Associated to Two Different Development Stages of Canola (*Brassica napus* L. var oleifera) Evaluated through Next-Generation Sequencing Microbial Ecology,65:(3): 593-601.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.
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2013 | Konferenzbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2538625
Bonte, A.; Kessler, N.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A.; Cecile, T.; Mäder, P.; Niehaus, K.; Langenkämper, G. (In Press): Einsatz von Protein- und Metabolit-Profiling-Methoden zur Unterscheidung von ökologischem und konventionellem Weizen.
PUB
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498160 OA
Schröder, J.; Maus, I.; Meyer, K.; Wördemann, S.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Schneider, J.; Trost, E.; Tauch, A. (2012): Complete genome sequence, lifestyle, and multi-drug resistance of the human pathogen Corynebacterium resistens DSM 45100 isolated from blood samples of a leukemia patient BMC Genomics,13:(1):141
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618
Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Al-Soud, W. A.; Sørensen, S.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing Journal of Biotechnology,158:(4): 248-258.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513347
Trost, E.; Blom, J.; de Castro Soares, S.; Huang, I. - H.; Al-Dilaimi, A.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Dorella, F. A.; Rocha, F. S.; Miyoshi, A.; Azevedo, V.; Schneider, M. P.; Silva, A.; Camello, T. C.; Sabbadini, P. S.; Santos, C. S.; Santos, L. S.; Hirata, R. J.; Mattos-Guaraldi, A. L.; Efstratiou, A.; Schmitt, M. P.; Ton-That, H.; Tauch, A. (2012): Pangenomic Study of Corynebacterium diphtheriae That Provides Insights into the Genomic Diversity of Pathogenic Isolates from Cases of Classical Diphtheria, Endocarditis, and Pneumonia Journal of bacteriology,194:(12): 3199-3215.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500990
Rose, M. T.; Rose, T. J.; Pariasca-Tanaka, J.; Yoshihashi, T.; Neuweger, H.; Goesmann, A.; Frei, M.; Wissuwa, M. (2012): Root metabolic response of rice (Oryza sativa L.) genotypes with contrasting tolerance to zinc deficiency and bicarbonate excess Planta,236:(4): 959-973.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490949
Zschuttig, A.; Zimmermann, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Pohlmann, C.; Gunzer, F. (2012): Identification and Characterization of Microcin S, a New Antibacterial Peptide Produced by Probiotic Escherichia coli G3/10 PLoS ONE,7:(3): e33351.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2527519
Ruijter, J. M.; Pfaffl, M. W.; Zhao, S.; Spiess, A. N.; Boggy, G.; Blom, J.; Rutledge, R. G.; Sisti, D.; Lievens, A.; De Preter, K.; Derveaux, S.; Hellemans, J.; Vandesompele, J. (2012): Evaluation of qPCR curve analysis methods for reliable biomarker discovery: Bias, resolution, precision, and implications Methods. A companion to methods in enzymology (San Diego, Calif.),59:(1): 32-46.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2530221
Jankowitsch, F.; Schwarz, J.; Rückert, C.; Gust, B.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Pelzer, S.; Kalinowski, J.; Mack, M. (2012): The genome sequence of the bacterium Streptomyces davawensis JCM 4913 and heterologous production of the unique antibiotic roseoflavin Journal of bacteriology,194:(24): 6818-6827.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471858
Ausec, L.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Schlüter, A.; Mandic-Mulec, I. (2012): Correction: bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes PLoS ONE,7:(1)
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553455
De Maayer, P.; Chan, W. - Y.; Blom, J.; Venter, S. N.; Duffy, B.; Smits, T. H. M.; Coutinho, T. A. (2012): The large universal Pantoea plasmid LPP-1 plays a major role in biological and ecological diversification Bmc Genomics,13:(1): 625.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490535
Heinl, S.; Wibberg, D.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Linke, B.; Goesmann, A.; Grabherr, R.; Schwab, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Insights into the completely annotated genome of Lactobacillus buchneri CD034, a strain isolated from stable grass silage Journal of Biotechnology,161:(2): 153-166.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471681
Rademacher, A.; Zakrzewski, M.; Schlüter, A.; Schonberg, M.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Klocke, M. (2012): Characterization of microbial biofilms in a thermophilic biogas system by high-throughput metagenome sequencing FEMS Microbiology Ecology,79:(3): 785-799.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513256
Filippini, M.; Qi, W.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Bagheri, H. C. (2012): Genome Sequence of Fibrella aestuarina BUZ 2T, a Filamentous Marine Bacterium Journal of bacteriology,194:(13): 3555.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498232
Trötschel, C.; Albaum, S.; Wolff, D.; Schröder, S.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W.; Poetsch, A. (2012): Protein turnover quantification in a multi-labeling approach - from data calculation to evaluation Molecular & Cellular Proteomics,11:(8): 512-526.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2487853
Brankatschk, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Duffy, B. (2012): Comparative genomic analysis of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden foodborne strains with other serovars International journal of food microbiology,155:(3): 247-256.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486204
Blom, J.; Rückert, C.; Niu, B.; Wang, Q.; Borriss, R. (2012): The Complete Genome of Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum CAU B946 Contains a Gene Cluster for Nonribosomal Synthesis of Iturin A Journal of bacteriology,194:(7): 1845-1846.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526
Hackl, M.; Jadhav, V.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Noll, T.; Borth, N.; Grillari, J. (2012): Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines Journal of Biotechnology,158:(3): 151-155.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2405255
Persicke, M.; Rückert, C.; Plassmeier, J.; Stutz, L.; Kessler, N.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Neuweger, H. (2012): MSEA: metabolite set enrichment analysis in the MeltDB metabolomics software platform: metabolic profiling of Corynebacterium glutamicum as an example Metabolomics,8:(2): 310-322.
PUB | DOI | WoS
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker, R.; Sickinger, C.; Pedersen, C. N. S.; Stoye, J. (2012): UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ Bioinformatics,28:(19): 2509-2511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500959
Kahlke, T.; Goesmann, A.; Hjerde, E.; Willassen, N. P.; Haugen, P. (2012): Unique core genomes of the bacterial family vibrionaceae: Insights into niche adaptation and speciation BMC genomics,13:(1): 179.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500966
Hain, T.; Ghai, R.; Billion, A.; Kuenne, C. T.; Steinweg, C.; Izar, B.; Mohamed, W.; Mraheil, M.; Domann, E.; Schaffrath, S.; Kärst, U.; Goesmann, A.; Oehm, S.; Pühler, A.; Merkl, R.; Vorwerk, S.; Glaser, P.; Garrido, P.; Rusniok, C.; Buchrieser, C.; Goebel, W.; Chakraborty, T. (2012): Comparative genomics and transcriptomics of lineages I, II, and III strains of Listeria monocytogenes BMC Genomics,13:(1): 144.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2544774
Schneider, J.; Andrea, H.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Rückert, C.; Schorsch, C.; Szczepanowski, R.; Farwick, M.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schaffer, S.; Tauch, A.; Köhler, T.; Brinkrolf, K. (2012): Draft Genome Sequence of Wickerhamomyces ciferrii NRRL Y-1031 F-60-10 Eukaryotic Cell,11:(12): 1582-1583.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500937
Rezzonico, F.; Braun-Kiewnick, A.; Mann, R. A.; Rodoni, B.; Goesmann, A.; Duffy, B.; Smits, T. H. M. (2012): Lipopolysaccharide biosynthesis genes discriminate between Rubus- and Spiraeoideae-infective genotypes of Erwinia amylovora Molecular plant pathology,13:(8): 975-984.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501081
De Maayer, P.; Chan, W. Y.; Rezzonico, F.; Bühlmann, A.; Venter, S. N.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Smits, T. H. M.; Duffy, B.; Coutinho, T. A. (2012): Complete genome sequence of clinical isolate Pantoea ananatis LMG 5342 Journal of Bacteriology,194:(6): 1615-1616.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2542210
Parreira, V. R.; Costa, M.; Eikmeyer, F. G.; Blom, J.; Prescott, J. F. (2012): Sequence of Two Plasmids from Clostridium perfringens Chicken Necrotic Enteritis Isolates and Comparison with C. perfringens Conjugative Plasmids PLoS ONE,7:(11): e49753.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526269 OA
Strobel, T.; Al-Dilaimi, A.; Blom, J.; Gessner, A.; Kalinowski, J.; Luzhetska, M.; Pühler, A.; Szczepanowski, R.; Bechthold, A.; Rückert, C. (2012): Complete genome sequence of Saccharothrix espanaensis DSM 44229T and comparison to the other completely sequenced Pseudonocardiaceae BMC Genomics,13:(1): 465.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529610
Schork, S.; Schlüter, A.; Blom, J.; Schneiker-Bekel, S.; Pühler, A.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Schoen, C. (2012): Genome Sequence of a Neisseria meningitidis Capsule Null Locus Strain from the Clonal Complex of Sequence Type 198 Journal of Bacteriology,194:(18): 5144-5145.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526281
Zischka, M.; Kuenne, C.; Blom, J.; Dabrowski, P. W.; Linke, B.; Hain, T.; Nitsche, A.; Goesmann, A.; Larsen, J.; Jensen, L. B.; Witte, W.; Werner, G. (2012): Complete Genome Sequence of the Porcine Isolate Enterococcus faecalis D32 Journal of Bacteriology,194:(19): 5490-5491.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526298
Maus, I.; Wibberg, D.; Stantscheff, R.; Eikmeyer, F. G.; Seffner, A.; Boelter, J.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Jaenicke, S.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Complete Genome Sequence of the Hydrogenotrophic, Methanogenic Archaeon Methanoculleus bourgensis Strain MS2T, Isolated from a Sewage Sludge Digester Journal of Bacteriology,194:(19): 5487-5488.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526933
Dohrmann, A. B.; Küting, M.; Jünemann, S.; Jaenicke, S.; Schlüter, A.; Tebbe, C. C. (2012): Importance of rare taxa for bacterial diversity in the rhizosphere of Bt- and conventional maize varieties The ISME journal,7:(1): 37-49.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann, S.; Prior, K.; Szczepanowski, R.; Harks, I.; Ehmke, B.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2012): Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing PLoS ONE,7:(8): e41606.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500946
Mann, R. A.; Blom, J.; Bühlmann, A.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J. E.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Rodoni, B. C.; Duffy, B.; Smits, T. H. M. (2012): Comparative analysis of the Hrp pathogenicity island of Rubus- and Spiraeoideae-infecting Erwinia amylovora strains identifies the IT region as a remnant of an integrative conjugative element Gene,504:(1): 6-12.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490286
Vogel, U.; Szczepanowski, R.; Claus, H.; Jünemann, S.; Prior, K.; Harmsen, D. (2012): Ion Torrent PGM sequencing for genomic typing of Neisseria meningitidis for rapid determination of multiple layers of typing information Journal of clinical microbiology,50:(6): 1889-1894.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300063 OA
Albaum, S.; Hahne, H.; Otto, A.; Haußmann, U.; Becher, D.; Poetsch, A.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2011): A guide through the computational analysis of isotope-labeled mass spectrometry-based quantitative proteomics data: an application study Proteome Science,9:(1): 30.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2451800 OA
Toepel, J.; Albaum, S.; Arvidsson, S.; Goesmann, A.; La Russa, M.; Rogge, K.; Kruse, O. (2011): Construction and evaluation of a whole genome microarray of Chlamydomonas reinhardtii BMC Genomics,12:(1): 579-589.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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