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154 Publikationen

2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526269
Strobel, T.; Al-Dilaimi, A.; Blom, J.; Gessner, A.; Kalinowski, J.; Luzhetska, M.; Pühler, A.; Szczepanowski, R.; Bechthold, A.; Rückert, C. (2012): Complete genome sequence of Saccharothrix espanaensis DSM 44229T and comparison to the other completely sequenced Pseudonocardiaceae BMC Genomics,13:(1): 465.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529610
Schork, S.; Schlüter, A.; Blom, J.; Schneiker-Bekel, S.; Pühler, A.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Schoen, C. (2012): Genome Sequence of a Neisseria meningitidis Capsule Null Locus Strain from the Clonal Complex of Sequence Type 198 Journal of Bacteriology,194:(18): 5144-5145.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526281
Zischka, M.; Kuenne, C.; Blom, J.; Dabrowski, P. W.; Linke, B.; Hain, T.; Nitsche, A.; Goesmann, A.; Larsen, J.; Jensen, L. B.; Witte, W.; Werner, G. (2012): Complete Genome Sequence of the Porcine Isolate Enterococcus faecalis D32 Journal of Bacteriology,194:(19): 5490-5491.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526298
Maus, I.; Wibberg, D.; Stantscheff, R.; Eikmeyer, F. G.; Seffner, A.; Boelter, J.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Jaenicke, S.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Complete Genome Sequence of the Hydrogenotrophic, Methanogenic Archaeon Methanoculleus bourgensis Strain MS2T, Isolated from a Sewage Sludge Digester Journal of Bacteriology,194:(19): 5487-5488.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526933
Dohrmann, A. B.; Küting, M.; Jünemann, S.; Jaenicke, S.; Schlüter, A.; Tebbe, C. C. (2012): Importance of rare taxa for bacterial diversity in the rhizosphere of Bt- and conventional maize varieties The ISME journal,7:(1): 37-49.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann, S.; Prior, K.; Szczepanowski, R.; Harks, I.; Ehmke, B.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2012): Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing PLoS ONE,7:(8): e41606.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500946
Mann, R. A.; Blom, J.; Bühlmann, A.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J. E.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Rodoni, B. C.; Duffy, B.; Smits, T. H. M. (2012): Comparative analysis of the Hrp pathogenicity island of Rubus- and Spiraeoideae-infecting Erwinia amylovora strains identifies the IT region as a remnant of an integrative conjugative element Gene,504:(1): 6-12.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490286
Vogel, U.; Szczepanowski, R.; Claus, H.; Jünemann, S.; Prior, K.; Harmsen, D. (2012): Ion Torrent PGM sequencing for genomic typing of Neisseria meningitidis for rapid determination of multiple layers of typing information Journal of clinical microbiology,50:(6): 1889-1894.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300063
Albaum, S.; Hahne, H.; Otto, A.; Haußmann, U.; Becher, D.; Poetsch, A.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2011): A guide through the computational analysis of isotope-labeled mass spectrometry-based quantitative proteomics data: an application study Proteome Science,9:(1): 30.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2451800
Toepel, J.; Albaum, S.; Arvidsson, S.; Goesmann, A.; La Russa, M.; Rogge, K.; Kruse, O. (2011): Construction and evaluation of a whole genome microarray of Chlamydomonas reinhardtii BMC Genomics,12:(1): 579-589.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375634
Pothier, J. F.; Vorhölter, F. - J.; Blom, J.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Smits, T. H.; Duffy, B. (2011): The ubiquitous plasmid pXap41 in the invasive phytopathogen Xanthomonas arboricola pv. pruni: complete sequence and comparative genomic analysis FEMS Microbiology Letters,323:(1): 52-60.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2404767
Niu, B.; Rückert, C.; Blom, J.; Wang, Q.; Borriss, R. (2011): The Genome of the Plant Growth-Promoting Rhizobacterium Paenibacillus polymyxa M-1 Contains Nine Sites Dedicated to Nonribosomal Synthesis of Lipopeptides and Polyketides. Journal of Bacteriology,193:(20): 5862-5863.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354731
Wibberg, D.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Kollin, F.; Rupp, O.; Scharf, B.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Setubal, J. C.; Schmitt, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2011): Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid Journal of Biotechnology,155:(1): 50-62.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2317371
Küberl, A.; Schneider, J.; Thallinger, G. G.; Anderl, I.; Wibberg, D.; Hajek, T.; Jaenicke, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Szczepanowski, R.; Pühler, A.; Schwab, H.; Glieder, A.; Pichler, H. (2011): High-quality genome sequence of Pichia pastoris CBS7435 Journal of Biotechnology,154:(4): 312-320.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326511
Rückert, C.; Blom, J.; Chen, X. H.; Reva, O.; Borriss, R. (2011): Genome sequence of B. amyloliquefaciens type strain DSM7(T) reveals differences to plant-associated B. amyloliquefaciens FZB42 Journal of Biotechnology,155:(1): 78-85.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2394493
Hinse, D.; Vollmer, T.; Rückert, C.; Blom, J.; Kalinowski, J.; Knabbe, C.; Dreier, J. (2011): Complete genome and comparative analysis of Streptococcus gallolyticus subsp gallolyticus, an emerging pathogen of infective endocarditis BMC Genomics,12:(1): 400.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396576
Becker, J.; Hackel, M.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Bekel, T.; Borth, N.; Goesmann, A.; Grillari, J.; Kaltschmidt, C.; Noll, T.; Pühler, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2011): Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing Journal of Biotechnology,156:(3): 227-235.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289576
Thomas, V.; Bertelli, C.; Collyn, F.; Casson, N.; Telenti, A.; Goesmann, A.; Croxatto, A.; Greub, G. (2011): Lausannevirus, a giant amoebal virus encoding histone doublets Environmental Microbiology,13:(6): 1454-1466.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375954
Borriss, R.; Chen, X. - H.; Rückert, C.; Blom, J.; Becker, A.; Baumgarth, B.; Fan, B.; Pukall, R.; Schumann, P.; Sproer, C.; Junge, H.; Vater, J.; Pühler, A.; Klenk, H. - P. (2011): Relationship of Bacillus amyloliquefaciens clades associated with strains DSM 7T and FZB42T: a proposal for Bacillus amyloliquefaciens subsp. amyloliquefaciens subsp. nov. and Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum subsp. nov. based on complete genome sequence comparisons Int J Syst Evol Microbiol,61:(8): 1786-1801.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2472468
Llop, P.; Cabrefiga, J.; Smits, T. H. M.; Dreo, T.; Barbé, S.; Pulawska, J.; Bultreys, A.; Blom, J.; Duffy, B.; Montesinos, E.; Lopez, M. M. (2011): Erwinia amylovora novel plasmid pEI70: Complete sequence, biogeography, and role in aggressiveness in the fire blight phytopathogen PLoS one,6:(12): e28651.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2411830
Ausec, L.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Schlüter, A.; Mandic-Mulec, I. (2011): Bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes PLoS ONE,6:(10):e25724
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326445
Schneider, J.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Linke, B.; Brinkrolf, K.; Neuweger, H.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2011): RAPYD - Rapid Annotation Platform for Yeast Data Journal of Biotechnology,155:(1): 118-126.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2307104
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Blom, J.; Goesmann, A.; Ishimaru, C. A.; Frey, J. E.; Stockwell, V. O.; Duffy, B. (2011): Metabolic Versatility and Antibacterial Metabolite Biosynthesis Are Distinguishing Genomic Features of the Fire Blight Antagonist Pantoea vagans C9-1 PLoS ONE,6:(7): e22247.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447730
Gonzalez, J. M.; Pinhassi, J.; Fernández-Gómez, B.; Coll-Llado, M.; Gonzalez-Velazquez, M.; Puigbo, P.; Jaenicke, S.; Gomez-Consarnau, L.; Fernandez-Guerra, A.; Goesmann, A.; Pedros-Alio, C. (2011): Genomics of the proteorhodopsin-containing marine flavobacterium Dokdonia sp. MED134 Applied and Environmental Microbiology,77:(24): 8676-8686.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2448409
Imperi, F.; Antunes, L.; Blom, J.; Villa, L.; Iacono, M.; Visca, P.; Carattoli, A. (2011): The genomics of Acinetobacter baumannii: Insights into genome plasticity, antimicrobial resistance and pathogenicity IUBMB life,63:(12): 1068-1074.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326455
Krol, E.; Blom, J.; Winnebald, J.; Berhoerster, A.; Barnett, M. J.; Goesmann, A.; Baumbach, J.; Becker, A. (2011): RhizoRegNet-A database of rhizobial transcription factors and regulatory networks Journal of Biotechnology,155:(1): 127-134.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326518
Szczepanowski, R.; Eikmeyer, F. G.; Harfmann, J.; Blom, J.; Rogers, L. M.; Top, E. M.; Schlüter, A. (2011): Sequencing and comparative analysis of IncP-1 alpha antibiotic resistance plasmids reveal a highly conserved backbone and differences within accessory regions Journal of Biotechnology,155:(1): 95-103.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2453768
Becker, J.; Timmermann, C.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Szczepanowski, R.; Hackl, M.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Borth, N.; Grillari, J.; Pühler, A.; Noll, T.; Brinkrolf, K. (2011): Next-generation sequencing of the CHO cell transcriptome, In: Hansjörg Hauser (Hrsg.), BMC Proceedings,5:(Suppl. 8): P6.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397780
Doppmeier, D.; Stracke, R.; Lutter, P.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Weisshaar, B. (2011): Using the GUS Reporter Gene for Quantitative Studies of Promotor Activity in A.thaliana Seedlings. S. 218.
PUB
 
2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2382565
Borriss, R.; Rückert, C.; Blom, J.; Bezuidt, O.; Reva, O.; Klenk, H. P. (2011): Whole Genome Sequence Comparisons in Taxonomy. In: F. Rainey; A. Oren (Hrsg.): Taxonomy of Prokaryotes (Methods in Microbiology). Waltham, MA, USA: Academic Press,.
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2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447751
Jaenicke, S.; Zakrzewski, M.; Jünemann, S.; Pühler, A.; Goesmann, A.; Schlüter, A. (2011): Analysis of the Metagenome from a Biogas-Producing Microbial Community by Means of Bioinformatics Methods. In: Frans J. de Bruijn (Hrsg.): Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats. Wiley-Blackwell. S. 403-414.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290032
Joseph, B.; Schwarz, R. F.; Linke, B.; Blom, J.; Becker, A.; Claus, H.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Mueller, T.; Vogel, U.; Schoen, C. (2011): Virulence Evolution of the Human Pathogen Neisseria meningitidis by Recombination in the Core and Accessory Genome PLoS ONE,6:(4): e18441.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093389
Schoen, C.; Weber-Lehmann, J.; Blom, J.; Joseph, B.; Goesmann, A.; Strittmatter, A.; Frosch, M. (2011): Whole-Genome Sequence of the Transformable Neisseria meningitidis Serogroup A Strain WUE2594 Journal of Bacteriology,193:(8): 2064-2065.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289887
Hinse, D.; Vollmer, T.; Rückert, C.; Blom, J.; Kalinowski, J.; Knabbe, C.; Dreier, J. (2011): Complete Genome Analysis of Streptococcus gallolyticus subsp gallolyticus, an Emerging Pathogen of Infective Endocarditis Clinical Chemistry and Laboratory Medicine,49: S837.
PUB | WoS
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289902
De Gregoris, T. B.; Rupp, O.; Klages, S.; Knaust, F.; Bekel, T.; Kube, M.; Burgess, J. G.; Arnone, M. I.; Goesmann, A.; Reinhardt, R.; Clare, A. S. (2011): Deep sequencing of naupliar-, cyprid- and adult-specific normalised Expressed Sequence Tag (EST) libraries of the acorn barnacle Balanus amphitrite Biofouling,27:(4): 367-374.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom, J.; Jakobi, T.; Doppmeier, D.; Jaenicke, S.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2011): Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming Bioinformatics,27:(10): 1351-1358.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289928
Kant, R.; Blom, J.; Palva, A.; Siezen, R. J.; de Vos, W. M. (2011): Comparative genomics of Lactobacillus Microbial Biotechnology,4:(3): 323-332.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892
Schneiker-Bekel, S.; Wibberg, D.; Bekel, T.; Blom, J.; Linke, B.; Neuweger, H.; Stiens, M.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (In Press): The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome Journal of Biotechnology,155:(1): 20-33.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003276
Jaenicke, S.; Ander, C.; Bekel, T.; Bisdorf, R.; Dröge, M.; Gartemann, K. - H.; Jünemann, S.; Kaiser, O.; Krause, L.; Tille, F.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2011): Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing PLoS ONE,6:(1): e14519.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2036058
Margaret, I.; Becker, A.; Blom, J.; Bonilla, I.; Goesmann, A.; Göttfert, M.; Lloret, J.; Mittard-Runte, V.; Rückert, C.; Ruiz-Sainz, J. - E.; Vinardell, J. M.; Weidner, S. (2011): Symbiotic properties and first analyses of the genomic sequence of the fast growing model strain Sinorhizobium fredii HH103 nodulating soybean Journal of Biotechnology,155:(1): 11-19.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2087955
Hackl, M.; Jakobi, T.; Blom, J.; Doppmeier, D.; Brinkrolf, K.; Szczepanowski, R.; Bernhart, S. H.; Höner zu Siederdissen, C.; Bort, J. A. H.; Wieser, M.; Kunert, R.; Jeffs, S.; Hofacker, I. L.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Borth, N.; Grillari, J. (2011): Next-generation sequencing of the Chinese hamster ovary microRNA transcriptome: Identification, annotation and profiling of microRNAs as targets for cellular engineering Journal of Biotechnology,153:(1-2): 62-75.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003418
Powney, R.; Smits, T. H. M.; Sawbridge, T.; Frey, B.; Blom, J.; Frey, J. E.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J.; Duffy, B.; Rodoni, B. (2011): Genome Sequence of an Erwinia amylovora Strain with Pathogenicity Restricted to Rubus Plants Journal of Bacteriology,193:(3): 785-786.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
Linke, B.; Giegerich, R.; Goesmann, A. (2011): Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses Bioinformatics,27:(7): 903-911.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093398
Brankatschk, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Duffy, B. (2011): Genome of a European Fresh-Vegetable Food Safety Outbreak Strain of Salmonella enterica subsp enterica Serovar Weltevreden Journal of Bacteriology,193:(8): 2066.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929692
Schneider, J.; Vorhölter, F. - J.; Trost, E.; Blom, J.; Musa, Y. R.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Schatschneider, S.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2010): CARMEN - Comparative Analysis and in silico Reconstruction of organism-specific MEtabolic Networks Genetics and Molecular Research,9:(3): 1660-1672.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966439
Trost, E.; Ott, L.; Schneider, J.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Husemann, P.; Stoye, J.; Alves Dorella, F.; Souza Rocha, F.; de Castro Soares, S.; D'Afonseca, V.; Miyoshi, A.; Ruiz, J.; Silva, A.; Azevedo, V.; Burkovski, A.; Guiso, N.; Join-Lambert, O. F.; Kayal, S.; Tauch, A. (2010): The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence BMC Genomics,11:(1):728
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795508
Bertelli, C.; Collyn, F.; Croxatto, A.; Rückert, C.; Polkinghorne, A.; Kebbi-Beghdadi, C.; Goesmann, A.; Vaughan, L.; Greub, G. (2010): The Waddlia Genome: A Window into Chlamydial Biology PLOS ONE,5:(5): e10890.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795628
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Pelludat, C.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Genomic and phenotypic characterization of a nonpigmented variant of Pantoea vagans biocontrol strain C9-1 lacking the 530-kb megaplasmid pPag3 FEMS MICROBIOLOGY LETTERS,308:(1): 48-54.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785275
Trost, E.; Götker, S.; Schneider, J.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Arnold, W.; Bekel, T.; Blom, J.; Gartemann, K. - H.; Linke, B.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Shukla, S. K.; Tauch, A. (2010): Complete genome sequence and lifestyle of black-pigmented Corynebacterium aurimucosum ATCC 700975 (formerly C. nigricans CN-1) isolated from a vaginal swab of a woman with spontaneous abortion BMC Genomics,11:(1):91
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785504
Yang, I.; John, U.; Beszteri, S.; Glöckner, G.; Krock, B.; Goesmann, A.; Cembella, A. D. (2010): Comparative gene expression in toxic versus non-toxic strains of the marine dinoflagellate Alexandrium minutum BMC Genomics,11:(1): 248.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796445
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Complete Genome Sequence of the Fire Blight Pathogen Erwinia amylovora CFBP 1430 and Comparison to Other Erwinia spp. MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS,23:(4): 384-393.
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2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894907
Mittard-Runte, V.; Bekel, T.; Blom, J.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Jaenicke, S.; Krause, L.; Linke, B.; Neuweger, H.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A. (2010): Practical Guide: Genomic Techniques and How to Apply Them to Marine Questions. In: J. Mark Cock; Kristin Tessmar-Raible; Catherine Boyen; Frédérique Viard (Hrsg.): Introduction to Marine Genomics (Advances in Marine Genomics). Netherlands: Springer Netherlands. (1). S. 315-396.
PUB | DOI
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796644
Smits, T. H. M.; Jaenicke, S.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Complete genome sequence of the fire blight pathogen Erwinia pyrifoliae DSM 12163(T) and comparative genomic insights into plant pathogenicity BMC Genomics,11:(1): 2.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785579
Farnbacher, M.; Jahns, T.; Willrodt, D.; Daniel, R.; Haas, R.; Goesmann, A.; Kurtz, S.; Rieder, G. (2010): Sequencing, annotation, and comparative genome analysis of the gerbil-adapted Helicobacter pylori strain B8 BMC Genomics,11:(1): 335.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588692
Steinweg, C.; Kuenne, C. T.; Billion, A.; Mraheil, M. A.; Domann, E.; Ghai, R.; Barbuddhe, S. B.; Kaerst, U.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Weisshaar, B.; Wehland, J.; Lampidis, R.; Kreft, J.; Goebel, W.; Chakraborty, T.; Hain, T. (2010): Complete Genome Sequence of Listeria seeligeri, a Nonpathogenic Member of the Genus Listeria Journal of Bacteriology,192:(5): 1473-1474.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1794039
Kuenne, C.; Voget, S.; Pischimarov, J.; Oehm, S.; Goesmann, A.; Daniel, R.; Hain, T.; Chakraborty, T. (2010): Comparative Analysis of Plasmids in the Genus Listeria PLOS ONE,5:(9): e12511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1968262
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Goesmann, A.; Ishimaru, C. A.; Stockwell, V. O.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Genome Sequence of the Biocontrol Agent Pantoea vagans Strain C9-1 Journal of Bacteriology,192:(24): 6486-6487.
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Gehlenborg, N.; O'Donoghue, S. I.; Baliga, N. S.; Goesmann, A.; Hibbs, M. A.; Kitano, H.; Kohlbacher, O.; Neuweger, H.; Schneider, R.; Tenenbaum, D.; Gavin, A. - C. (2010): Visualization of omics data for systems biology Nat Methods,7:(3s): S56-S68.
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Neuweger, H.; Persicke, M.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Winnebald, J.; Schneider, J.; Kalinowski, J.; Goesmann, A. (2009): Visualizing post genomics data-sets on customized pathway maps by ProMeTra – aeration-dependent gene expression and metabolism of Corynebacterium glutamicum as an example BMC Systems Biology,3:(1):82
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783187
Blom, J.; Albaum, S.; Doppmeier, D.; Pühler, A.; Vorhölter, F. - J.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A. (2009): EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes BMC Bioinformatics,10:(1):154
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Henckel, K.; Runte, K. J.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Jakobi, T.; Küster, H.; Goesmann, A. (2009): TRUNCATULIX - a data warehouse for the legume community BMC Plant Biology,9:(1): 19.
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Strittmatter, A. W.; Liesegang, H.; Rabus, R.; Decker, I.; Amann, J.; Andres, S.; Henne, A.; Fricke, W. F.; Martinez-Arias, R.; Bartels, D.; Goesmann, A.; Krause, L.; Pühler, A.; Klenk, H. - P.; Richter, M.; Schueler, M.; Gloeckner, F. O.; Meyerdierks, A.; Gottschalk, G.; Amann, R. (2009): Genome sequence of Desulfobacterium autotrophicum HRM2, a marine sulfate reducer oxidizing organic carbon completely to carbon dioxide ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,11:(5): 1038-1055.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634467
Becker, A.; Barnett, M. J.; Capela, D.; Dondrup, M.; Kamp, P. - B.; Krol, E.; Linke, B.; Rüberg, S.; Runte, K.; Schroeder, B. K.; Weidner, S.; Yurgel, S. N.; Batut, J.; Long, S. R.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): A portal for rhizobial genomes: RhizoGATE integrates a Sinorhizobium meliloti genome annotation update with postgenome data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,140:(1-2): 45-50.
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Diaz, N. N.; Krause, L.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Nattkemper, T. W. (2009): TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach BMC Bioinformatics,10:(1): 56.
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Dondrup, M.; Albaum, S.; Griebel, T.; Henckel, K.; Jünemann, S.; Kahlke, T.; Kleindt, C. K.; Kuester, H.; Linke, B.; Mertens, D.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Runte, K. J.; Tauch, A.; Tille, F.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data BMC Bioinformatics,10:(1):50
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Gerlach, W.; Jünemann, S.; Tille, F.; Goesmann, A.; Stoye, J. (2009): WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads BMC Bioinformatics,10:(1): 430.
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Albaum, S.; Neuweger, H.; Fraenzel, B.; Lange, S.; Mertens, D.; Troetschel, C.; Wolters, D.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2009): Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments Bioinformatics,25:(23): 3128-3134.
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Wegmann, U.; Overweg, K.; Horn, N.; Goesmann, A.; Narbad, A.; Gasson, M. J.; Shearman, C. (2009): Complete Genome Sequence of Lactobacillus johnsonii FI9785, a Competitive Exclusion Agent against Pathogens in Poultry JOURNAL OF BACTERIOLOGY,191:(22): 7142-7143.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447
Bekel, T.; Henckel, K.; Küster, H.; Meyer, F.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Paarmann, D.; Rupp, O.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2009): The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies Journal of Biotechnology,140:(1-2): 3-12.
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Dondrup, M.; Hueser, A. T.; Mertens, D.; Goesmann, A. (2009): An evaluation framework for statistical tests on microarray data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,140:(1-2): 18-26.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
Neuweger, H.; Albaum, S.; Dondrup, M.; Persicke, M.; Watt, T.; Niehaus, K.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2008): MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data Bioinformatics,24:(23): 2726-2732.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783292
Gross, R.; Guzman, C. A.; Sebaihia, M.; Martins dos Santos, V. A. P.; Pieper, D. H.; Koebnik, R.; Lechner, M.; Bartels, D.; Buhrmester, J.; Choudhuri, J. V.; Ebensen, T.; Gaigalat, L.; Herrmann, S.; Khachane, A. N.; Larisch, C.; Link, S.; Linke, B.; Meyer, F.; Mormann, S.; Nakunst, D.; Rückert, C.; Schneiker-Bekel, S.; Schulze, K.; Vorhölter, F. - J.; Yevsa, T.; Engle, J. T.; Goldman, W. E. .; Pühler, A.; Göbel, U. B.; Goesmann, A.; Blöcker, H.; Kaiser, O.; Martinez-Arias, R. (2008): The missing link: Bordetella petrii is endowed with both the metabolic versatility of environmental bacteria and virulence traits of pathogenic Bordetellae BMC Genomics,9:(1): 449.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592024
Vorhölter, F. - J.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A.; Krause, L.; Bekel, T.; Kaiser, O.; Linke, B.; Patschkowski, T.; Rückert, C.; Schmid, J.; Sidhu, V. K.; Sieber, V.; Tauch, A.; Watt, S. A.; Weisshaar, B.; Becker, A.; Niehaus, K.; Pühler, A. (2008): The genome of Xanthomonas campestris pv. campestris B 100 and its use for the reconstruction of metabolic pathways involved in xanthan biosynthesis Journal of Biotechnology,134:(1-2): 33-45.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592257
Schoen, C.; Blom, J.; Claus, H.; Schramm-Glueck, A.; Brandt, P.; Mueller, T.; Goesmann, A.; Joseph, B.; Konietzny, S.; Kurzai, O.; Schmitt, C.; Friedrich, T.; Linke, B.; Vogel, U.; Frosch, M. (2008): Whole-genome comparison of disease and carriage strains provides insights into virulence evolution in Neisseria meningitidis PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA,105:(9): 3473-3478.
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Krause, L.; Diaz, N. N.; Edwards, R. A.; Gartemann, K. - H.; Krömeke, H.; Neuweger, H.; Pühler, A.; Runte, K. J.; Schlüter, A.; Stoye, J.; Szczepanowski, R.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2008): Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,136:(1-2): 91-101.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585956
Stiens, M.; Becker, A.; Bekel, T.; Gödde, V.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Schneiker-Bekel, S.; Selbitschka, W.; Weidner, S.; Schlüter, A.; Pühler, A. (2008): Comparative genomic hybridisation and ultrafast pyrosequencing revealed remarkable differences between the Sinorhizobium meliloti genomes of the model strain Rm1021 and the field isolate SM11 Journal of Biotechnology,136:(1-2): 31-37.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585987
Schlüter, A.; Bekel, T.; Diaz, N. N.; Dondrup, M.; Eichenlaub, R.; Gartemann, K. - H.; Krahn, I.; Krause, L.; Kroemeke, H.; Kruse, O.; Mussgnug, J. H.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Pühler, A.; Runte, K. J.; Szczepanowski, R.; Tauch, A.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Goesmann, A. (2008): The metagenome of a biogas-producing microbial community of a production-scale biogas plant fermenter analysed by the 454-pyrosequencing technology Journal of Biotechnology,136:(1-2): 77-90.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585918
Tauch, A.; Trost, E.; Tilker, A.; Ludewig, U.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A.; Arnold, W.; Bekel, T.; Brinkrolf, K.; Brune, I.; Goetker, S.; Kalinowski, J.; Kamp, P. - B.; Lobo, F. P.; Viehöver, P.; Weisshaar, B.; Soriano, F.; Droege, M.; Pühler, A. (2008): The lifestyle of Corynebacterium urealyticum derived from its complete genome sequence established by pyrosequencing Journal of Biotechnology,136:(1-2): 11-21.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586785
Oehm, S.; Gilbert, D.; Tauch, A.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2008): Comparative Pathway Analyzer - a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organisms NUCLEIC ACIDS RESEARCH,36:(Web Server): W433-W437.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585939
Tauch, A.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Gartemann, K. - H.; Arnold, W.; Blom, J.; Brinkrolf, K.; Brune, I.; Goetker, S.; Weisshaar, B.; Goesmann, A.; Droege, M.; Pühler, A. (2008): Ultrafast pyrosequencing of Corynebacterium kroppenstedtii DSM44385 revealed insights into the physiology of a lipophilic corynebacterium that lacks mycolic acids Journal of Biotechnology,136:(1-2): 22-30.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364
Krause, L.; Diaz, N. N.; Goesmann, A.; Kelley, S.; Nattkemper, T. W.; Rohwer, F.; Edwards, R. A.; Stoye, J. (2008): Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments Nucleic Acids Research,36:(7): 2230-2239.
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Albaum, S.; Neuweger, H.; Lange, S.; Mertens, D.; Runte, K.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2008): ProSE - "Software as a Service" for Quantitative Proteomics (Poster abstract). In: HUPO 7th Annual World Congress.
PUB
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1990198
Strauch, E.; Hammerl, J. A.; Konietzny, A.; Schneiker-Bekel, S.; Arnold, W.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Beutin, L. (2008): Bacteriophage 2851 is a prototype phage for dissemination of the Shiga toxin variant gene 2c in Escherichia coli O157:H7 Infection and Immunity,76:(12): 5466-5477.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631047
Meisinger-Henschel, C.; Schmidt, M.; Lukassen, S.; Linke, B.; Krause, L.; Konietzny, S.; Goesmann, A.; Howley, P.; Chaplin, P.; Suter, M.; Hausmann, J. (2007): Genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus Ankara, the ancestor of modified vaccinia virus Ankara JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY,88:(12): 3249-3259.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754
Neuweger, H.; Baumbach, J.; Albaum, S.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Hüser, A. T.; Kalinowski, J.; Oehm, S.; Pühler, A.; Rahmann, S.; Weile, J.; Goesmann, A. (2007): CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data BMC Systems Biology,1:(1): 55.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327
Schneiker-Bekel, S.; Perlova, O.; Kaiser, O.; Gerth, K.; Alici, A.; Altmeyer, M. O.; Bartels, D.; Bekel, T.; Beyer, S.; Bode, E.; Bode, H. B.; Bolten, C. J.; Choudhuri, J. V.; Doss, S.; Elnakady, Y. A.; Frank, B.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Groeger, C.; Gross, F.; Jelsbak, L.; Jelsbak, L.; Kalinowski, J.; Kegler, C.; Knauber, T.; Konietzny, S.; Kopp, M.; Krause, L.; Krug, D.; Linke, B.; Mahmud, T.; Martinez-Arias, R.; McHardy, A. C.; Merai, M.; Meyer, F.; Mormann, S.; Munoz-Dorado, J.; Perez, J.; Pradella, S.; Rachid, S.; Raddatz, G.; Rosenau, F.; Rückert, C.; Sasse, F.; Scharfe, M.; Schuster, S. C.; Suen, G.; Treuner-Lange, A.; Velicer, G. J.; Vorhölter, F. - J.; Weissman, K. J.; Welch, R. D.; Wenzel, S. C.; Whitworth, D. E.; Wilhelm, S.; Wittmann, C.; Bloecker, H.; Pühler, A.; Mueller, R. (2007): Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum Nature Biotechnology,25:(11): 1281-1289.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593149
Moran, M. A.; Belas, R.; Schell, M. A.; Gonzalez, J. M.; Sun, F.; Sun, S.; Binder, B. J.; Edmonds, J.; Ye, W.; Orcutt, B.; Howard, E. C.; Meile, C.; Palefsky, W.; Goesmann, A.; Ren, Q.; Paulsen, I.; Ulrich, L. E.; Thompson, L. S.; Saunders, E.; Buchan, A. (2007): Ecological genomics of marine roseobacters APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY,73:(14): 4559-4569.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594098
Wegmann, U.; O'Connell-Motherwy, M.; Zomer, A.; Buist, G.; Shearman, C.; Canchaya, C.; Ventura, M.; Goesmann, A.; Gasson, M. J.; Kuipers, O. P.; van Sinderen, D.; Kok, J. (2007): Complete genome sequence of the prototype lactic acid bacterium Lactococcus lactis subsp cremoris MG1363 JOURNAL OF BACTERIOLOGY,189:(8): 3256-3270.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593268
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894739
Küster, H.; Becker, A.; Firnhaber, C.; Hohnjec, N.; Manthey, K.; Perlick, A. M.; Bekel, T.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Goesmann, A.; Meyer, F.; Wipf, D.; Requena, N.; Hildebrandt, U.; Hampp, R.; Nehls, U.; Krajinski, F.; Franken, P.; Pühler, A. (2007): Development of bioinformatic tools to support EST-sequencing, in silico- and microarray-based transcriptome profiling in mycorrhizal symbioses Phytochemistry,68:(1): 19-32.
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