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154 Publikationen

2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576080
Toepel, J.; Illmer-Kephalides, M.; Jaenicke, S.; Straube, J.; May, P.; Goesmann, A.; Kruse, O. (2013): New insights into Chlamydomonas reinhardtii hydrogen production processes by combined microarray/RNA-seq transcriptomics Plant Biotechnology Journal,11:(6): 717-733.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631956
Rückert, C.; Szczepanowski, R.; Albersmeier, A.; Goesmann, A.; Iftime, D.; Musiol, E. M.; Blin, K.; Wohlleben, W.; Pühler, A.; Kalinowski, J.; Weber, T. (2013): Complete genome sequence of the kirromycin producer Streptomyces collinus Tü 365 consisting of a linear chromosome and two linear plasmids Journal of Biotechnology,168:(4): 739-740.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2576539
Wichmann, F.; Vorhölter, F. - J.; Hersemann, L.; Widmer, F.; Blom, J.; Niehaus, K.; Reinhard, S.; Conradin, C.; Kölliker, R. (2013): The noncanonical type III secretion system of Xanthomonas translucens pv. graminis is essential for forage grass infection Molecular plant pathology,14:(6): 576-588.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2635526
Koeck, D. E.; Wibberg, D.; Koellmeier, T.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Winkler, A.; Albersmeier, A.; Zverlov, V. V.; Pühler, A.; Schwarz, W. H.; Schlüter, A. (2013): Draft genome sequence of the cellulolytic Clostridium thermocellum wild-type strain BC1 playing a role in cellulosic biomass degradation Journal of Biotechnology,168:(1): 62-63.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Updating benchtop sequencing performance comparison Nature Biotechnology,31:(4): 294-296.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557938
Mann, R. A.; Smits, T. H. M.; Bühlmann, A.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J.; Duffy, B.; Rodoni, B. (2013): Comparative Genomics of 12 Strains of Erwinia amylovora Identifies a Pan-Genome with a Large Conserved Core PLOS ONE,8:(2): e55644.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2561776
Trötschel, C.; Albaum, S.; Poetsch, A. (2013): Proteome turnover in bacteria: current status for Corynebacterium glutamicum and related bacteria Microbial biotechnology, 708-719.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2554079
Kuenne, C.; Billion, A.; Mraheil, M. A.; Strittmatter, A.; Daniel, R.; Goesmann, A.; Barbuddhe, S.; Hain, T.; Chakraborty, T. (2013): Reassessment of the Listeria monocytogenes pan-genome reveals dynamic integration hotspots and mobile genetic elements as major components of the accessory genome BMC Genomics,14:(1): 47.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548286
Luque-Almagro, V. M.; Acera, F.; Igeño, M. I.; Wibberg, D.; Roldán, M. D.; Sáez, L. P.; Hennig, M.; Quesada, A.; Huertas, M. J.; Blom, J.; Merchán, F.; Escribano, M. P.; Jaenicke, S.; Estepa, J.; Guijo, M. I.; Martínez-Luque, M.; Macías, D.; Szczepanowski, R.; Becerra, G.; Ramirez, S.; Carmona, M. I.; Gutiérrez, O.; Manso, I.; Pühler, A.; Castillo, F.; Moreno-Vivián, C.; Schlüter, A.; Blasco, R. (2013): Draft whole genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344 Environmental Microbiology,15:(1): 253-270.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645668
Bogen, C.; Al-Dilaimi, A.; Albersmeier, A.; Wichmann, J.; Grundmann, M.; Rupp, O.; Lauersen, K. J.; Blifernez-Klassen, O.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Mussgnug, J. H.; Kruse, O. (2013): Reconstruction of the lipid metabolism for the microalga Monoraphidium neglectum from its genome sequence reveals characteristics suitable for biofuel production BMC Genomics,14:(1): 926.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2635520
Dam, B.; Dam, S.; Blom, J.; Liesack, W. (2013): Genome Analysis Coupled with Physiological Studies Reveals a Diverse Nitrogen Metabolism in Methylocystis sp Strain SC2 Plos One,8:(10): e74767.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
Kessler, N.; Bonte, A.; Langenkämper, G.; Niehaus, K.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2013): MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system Bioinformatics,29:(19): 2452-2459.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607974
Niu, B.; Vater, J.; Rückert, C.; Blom, J.; Lehmann, M.; Ru, J. - J.; Chen, X. - H.; Wang, Q.; Borriss, R. (2013): Polymyxin P is the active principle in suppressing phytopathogenic Erwinia spp. by the biocontrol rhizobacterium Paenibacillus polymyxa M-1 BMC microbiology,13:(1): 137.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529309
Bolzan de Campos, S.; Youn, J. - W.; Farina, R.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Szczepanowski, R.; Beneduzi, A.; Vargas, L. K.; Wendisch, V. F.; Passaglia, L. (2013): Changes in Root Bacterial Communities Associated to Two Different Development Stages of Canola (*Brassica napus* L. var oleifera) Evaluated through Next-Generation Sequencing Microbial Ecology,65:(3): 593-601.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.
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2013 | Konferenzbeitrag | Im Druck | PUB-ID: 2538625
Bonte, A.; Kessler, N.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A.; Cecile, T.; Mäder, P.; Niehaus, K.; Langenkämper, G. (In Press): Einsatz von Protein- und Metabolit-Profiling-Methoden zur Unterscheidung von ökologischem und konventionellem Weizen.
PUB
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498160
Schröder, J.; Maus, I.; Meyer, K.; Wördemann, S.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Schneider, J.; Trost, E.; Tauch, A. (2012): Complete genome sequence, lifestyle, and multi-drug resistance of the human pathogen Corynebacterium resistens DSM 45100 isolated from blood samples of a leukemia patient BMC Genomics,13:(1):141
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618
Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Al-Soud, W. A.; Sørensen, S.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing Journal of Biotechnology,158:(4): 248-258.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513347
Trost, E.; Blom, J.; de Castro Soares, S.; Huang, I. - H.; Al-Dilaimi, A.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Dorella, F. A.; Rocha, F. S.; Miyoshi, A.; Azevedo, V.; Schneider, M. P.; Silva, A.; Camello, T. C.; Sabbadini, P. S.; Santos, C. S.; Santos, L. S.; Hirata, R. J.; Mattos-Guaraldi, A. L.; Efstratiou, A.; Schmitt, M. P.; Ton-That, H.; Tauch, A. (2012): Pangenomic Study of Corynebacterium diphtheriae That Provides Insights into the Genomic Diversity of Pathogenic Isolates from Cases of Classical Diphtheria, Endocarditis, and Pneumonia Journal of bacteriology,194:(12): 3199-3215.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500990
Rose, M. T.; Rose, T. J.; Pariasca-Tanaka, J.; Yoshihashi, T.; Neuweger, H.; Goesmann, A.; Frei, M.; Wissuwa, M. (2012): Root metabolic response of rice (Oryza sativa L.) genotypes with contrasting tolerance to zinc deficiency and bicarbonate excess Planta,236:(4): 959-973.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490949
Zschuttig, A.; Zimmermann, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Pohlmann, C.; Gunzer, F. (2012): Identification and Characterization of Microcin S, a New Antibacterial Peptide Produced by Probiotic Escherichia coli G3/10 PLoS ONE,7:(3): e33351.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2527519
Ruijter, J. M.; Pfaffl, M. W.; Zhao, S.; Spiess, A. N.; Boggy, G.; Blom, J.; Rutledge, R. G.; Sisti, D.; Lievens, A.; De Preter, K.; Derveaux, S.; Hellemans, J.; Vandesompele, J. (2012): Evaluation of qPCR curve analysis methods for reliable biomarker discovery: Bias, resolution, precision, and implications Methods. A companion to methods in enzymology (San Diego, Calif.),59:(1): 32-46.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2530221
Jankowitsch, F.; Schwarz, J.; Rückert, C.; Gust, B.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Pelzer, S.; Kalinowski, J.; Mack, M. (2012): The genome sequence of the bacterium Streptomyces davawensis JCM 4913 and heterologous production of the unique antibiotic roseoflavin Journal of bacteriology,194:(24): 6818-6827.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471858
Ausec, L.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Schlüter, A.; Mandic-Mulec, I. (2012): Correction: bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes PLoS ONE,7:(1)
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553455
De Maayer, P.; Chan, W. - Y.; Blom, J.; Venter, S. N.; Duffy, B.; Smits, T. H. M.; Coutinho, T. A. (2012): The large universal Pantoea plasmid LPP-1 plays a major role in biological and ecological diversification Bmc Genomics,13:(1): 625.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490535
Heinl, S.; Wibberg, D.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Linke, B.; Goesmann, A.; Grabherr, R.; Schwab, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Insights into the completely annotated genome of Lactobacillus buchneri CD034, a strain isolated from stable grass silage Journal of Biotechnology,161:(2): 153-166.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471681
Rademacher, A.; Zakrzewski, M.; Schlüter, A.; Schonberg, M.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Klocke, M. (2012): Characterization of microbial biofilms in a thermophilic biogas system by high-throughput metagenome sequencing FEMS Microbiology Ecology,79:(3): 785-799.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513256
Filippini, M.; Qi, W.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Bagheri, H. C. (2012): Genome Sequence of Fibrella aestuarina BUZ 2T, a Filamentous Marine Bacterium Journal of bacteriology,194:(13): 3555.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2498232
Trötschel, C.; Albaum, S.; Wolff, D.; Schröder, S.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W.; Poetsch, A. (2012): Protein turnover quantification in a multi-labeling approach - from data calculation to evaluation Molecular & Cellular Proteomics,11:(8): 512-526.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2487853
Brankatschk, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Duffy, B. (2012): Comparative genomic analysis of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden foodborne strains with other serovars International journal of food microbiology,155:(3): 247-256.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486204
Blom, J.; Rückert, C.; Niu, B.; Wang, Q.; Borriss, R. (2012): The Complete Genome of Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum CAU B946 Contains a Gene Cluster for Nonribosomal Synthesis of Iturin A Journal of bacteriology,194:(7): 1845-1846.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526
Hackl, M.; Jadhav, V.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Noll, T.; Borth, N.; Grillari, J. (2012): Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines Journal of Biotechnology,158:(3): 151-155.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2405255
Persicke, M.; Rückert, C.; Plassmeier, J.; Stutz, L.; Kessler, N.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Neuweger, H. (2012): MSEA: metabolite set enrichment analysis in the MeltDB metabolomics software platform: metabolic profiling of Corynebacterium glutamicum as an example Metabolomics,8:(2): 310-322.
PUB | DOI | WoS
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker, R.; Sickinger, C.; Pedersen, C. N. S.; Stoye, J. (2012): UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ Bioinformatics,28:(19): 2509-2511.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500959
Kahlke, T.; Goesmann, A.; Hjerde, E.; Willassen, N. P.; Haugen, P. (2012): Unique core genomes of the bacterial family vibrionaceae: Insights into niche adaptation and speciation BMC genomics,13:(1): 179.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500966
Hain, T.; Ghai, R.; Billion, A.; Kuenne, C. T.; Steinweg, C.; Izar, B.; Mohamed, W.; Mraheil, M.; Domann, E.; Schaffrath, S.; Kärst, U.; Goesmann, A.; Oehm, S.; Pühler, A.; Merkl, R.; Vorwerk, S.; Glaser, P.; Garrido, P.; Rusniok, C.; Buchrieser, C.; Goebel, W.; Chakraborty, T. (2012): Comparative genomics and transcriptomics of lineages I, II, and III strains of Listeria monocytogenes BMC Genomics,13:(1): 144.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2544774
Schneider, J.; Andrea, H.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Rückert, C.; Schorsch, C.; Szczepanowski, R.; Farwick, M.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schaffer, S.; Tauch, A.; Köhler, T.; Brinkrolf, K. (2012): Draft Genome Sequence of Wickerhamomyces ciferrii NRRL Y-1031 F-60-10 Eukaryotic Cell,11:(12): 1582-1583.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500937
Rezzonico, F.; Braun-Kiewnick, A.; Mann, R. A.; Rodoni, B.; Goesmann, A.; Duffy, B.; Smits, T. H. M. (2012): Lipopolysaccharide biosynthesis genes discriminate between Rubus- and Spiraeoideae-infective genotypes of Erwinia amylovora Molecular plant pathology,13:(8): 975-984.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501081
De Maayer, P.; Chan, W. Y.; Rezzonico, F.; Bühlmann, A.; Venter, S. N.; Blom, J.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Smits, T. H. M.; Duffy, B.; Coutinho, T. A. (2012): Complete genome sequence of clinical isolate Pantoea ananatis LMG 5342 Journal of Bacteriology,194:(6): 1615-1616.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2542210
Parreira, V. R.; Costa, M.; Eikmeyer, F. G.; Blom, J.; Prescott, J. F. (2012): Sequence of Two Plasmids from Clostridium perfringens Chicken Necrotic Enteritis Isolates and Comparison with C. perfringens Conjugative Plasmids PLoS ONE,7:(11): e49753.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526269
Strobel, T.; Al-Dilaimi, A.; Blom, J.; Gessner, A.; Kalinowski, J.; Luzhetska, M.; Pühler, A.; Szczepanowski, R.; Bechthold, A.; Rückert, C. (2012): Complete genome sequence of Saccharothrix espanaensis DSM 44229T and comparison to the other completely sequenced Pseudonocardiaceae BMC Genomics,13:(1): 465.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529610
Schork, S.; Schlüter, A.; Blom, J.; Schneiker-Bekel, S.; Pühler, A.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Schoen, C. (2012): Genome Sequence of a Neisseria meningitidis Capsule Null Locus Strain from the Clonal Complex of Sequence Type 198 Journal of Bacteriology,194:(18): 5144-5145.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526281
Zischka, M.; Kuenne, C.; Blom, J.; Dabrowski, P. W.; Linke, B.; Hain, T.; Nitsche, A.; Goesmann, A.; Larsen, J.; Jensen, L. B.; Witte, W.; Werner, G. (2012): Complete Genome Sequence of the Porcine Isolate Enterococcus faecalis D32 Journal of Bacteriology,194:(19): 5490-5491.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526298
Maus, I.; Wibberg, D.; Stantscheff, R.; Eikmeyer, F. G.; Seffner, A.; Boelter, J.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Jaenicke, S.; König, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Complete Genome Sequence of the Hydrogenotrophic, Methanogenic Archaeon Methanoculleus bourgensis Strain MS2T, Isolated from a Sewage Sludge Digester Journal of Bacteriology,194:(19): 5487-5488.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526933
Dohrmann, A. B.; Küting, M.; Jünemann, S.; Jaenicke, S.; Schlüter, A.; Tebbe, C. C. (2012): Importance of rare taxa for bacterial diversity in the rhizosphere of Bt- and conventional maize varieties The ISME journal,7:(1): 37-49.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann, S.; Prior, K.; Szczepanowski, R.; Harks, I.; Ehmke, B.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2012): Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing PLoS ONE,7:(8): e41606.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500946
Mann, R. A.; Blom, J.; Bühlmann, A.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J. E.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Rodoni, B. C.; Duffy, B.; Smits, T. H. M. (2012): Comparative analysis of the Hrp pathogenicity island of Rubus- and Spiraeoideae-infecting Erwinia amylovora strains identifies the IT region as a remnant of an integrative conjugative element Gene,504:(1): 6-12.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490286
Vogel, U.; Szczepanowski, R.; Claus, H.; Jünemann, S.; Prior, K.; Harmsen, D. (2012): Ion Torrent PGM sequencing for genomic typing of Neisseria meningitidis for rapid determination of multiple layers of typing information Journal of clinical microbiology,50:(6): 1889-1894.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300063
Albaum, S.; Hahne, H.; Otto, A.; Haußmann, U.; Becher, D.; Poetsch, A.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2011): A guide through the computational analysis of isotope-labeled mass spectrometry-based quantitative proteomics data: an application study Proteome Science,9:(1): 30.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2451800
Toepel, J.; Albaum, S.; Arvidsson, S.; Goesmann, A.; La Russa, M.; Rogge, K.; Kruse, O. (2011): Construction and evaluation of a whole genome microarray of Chlamydomonas reinhardtii BMC Genomics,12:(1): 579-589.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375634
Pothier, J. F.; Vorhölter, F. - J.; Blom, J.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Smits, T. H.; Duffy, B. (2011): The ubiquitous plasmid pXap41 in the invasive phytopathogen Xanthomonas arboricola pv. pruni: complete sequence and comparative genomic analysis FEMS Microbiology Letters,323:(1): 52-60.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2404767
Niu, B.; Rückert, C.; Blom, J.; Wang, Q.; Borriss, R. (2011): The Genome of the Plant Growth-Promoting Rhizobacterium Paenibacillus polymyxa M-1 Contains Nine Sites Dedicated to Nonribosomal Synthesis of Lipopeptides and Polyketides. Journal of Bacteriology,193:(20): 5862-5863.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354731
Wibberg, D.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Kollin, F.; Rupp, O.; Scharf, B.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Goesmann, A.; Setubal, J. C.; Schmitt, R.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2011): Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid Journal of Biotechnology,155:(1): 50-62.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2317371
Küberl, A.; Schneider, J.; Thallinger, G. G.; Anderl, I.; Wibberg, D.; Hajek, T.; Jaenicke, S.; Brinkrolf, K.; Goesmann, A.; Szczepanowski, R.; Pühler, A.; Schwab, H.; Glieder, A.; Pichler, H. (2011): High-quality genome sequence of Pichia pastoris CBS7435 Journal of Biotechnology,154:(4): 312-320.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326511
Rückert, C.; Blom, J.; Chen, X. H.; Reva, O.; Borriss, R. (2011): Genome sequence of B. amyloliquefaciens type strain DSM7(T) reveals differences to plant-associated B. amyloliquefaciens FZB42 Journal of Biotechnology,155:(1): 78-85.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396576
Becker, J.; Hackel, M.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Schneider, J.; Szczepanowski, R.; Bekel, T.; Borth, N.; Goesmann, A.; Grillari, J.; Kaltschmidt, C.; Noll, T.; Pühler, A.; Tauch, A.; Brinkrolf, K. (2011): Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing Journal of Biotechnology,156:(3): 227-235.
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Hinse, D.; Vollmer, T.; Rückert, C.; Blom, J.; Kalinowski, J.; Knabbe, C.; Dreier, J. (2011): Complete genome and comparative analysis of Streptococcus gallolyticus subsp gallolyticus, an emerging pathogen of infective endocarditis BMC Genomics,12:(1): 400.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289576
Thomas, V.; Bertelli, C.; Collyn, F.; Casson, N.; Telenti, A.; Goesmann, A.; Croxatto, A.; Greub, G. (2011): Lausannevirus, a giant amoebal virus encoding histone doublets Environmental Microbiology,13:(6): 1454-1466.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375954
Borriss, R.; Chen, X. - H.; Rückert, C.; Blom, J.; Becker, A.; Baumgarth, B.; Fan, B.; Pukall, R.; Schumann, P.; Sproer, C.; Junge, H.; Vater, J.; Pühler, A.; Klenk, H. - P. (2011): Relationship of Bacillus amyloliquefaciens clades associated with strains DSM 7T and FZB42T: a proposal for Bacillus amyloliquefaciens subsp. amyloliquefaciens subsp. nov. and Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum subsp. nov. based on complete genome sequence comparisons Int J Syst Evol Microbiol,61:(8): 1786-1801.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2472468
Llop, P.; Cabrefiga, J.; Smits, T. H. M.; Dreo, T.; Barbé, S.; Pulawska, J.; Bultreys, A.; Blom, J.; Duffy, B.; Montesinos, E.; Lopez, M. M. (2011): Erwinia amylovora novel plasmid pEI70: Complete sequence, biogeography, and role in aggressiveness in the fire blight phytopathogen PLoS one,6:(12): e28651.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2411830
Ausec, L.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Schlüter, A.; Mandic-Mulec, I. (2011): Bioinformatic analysis reveals high diversity of bacterial genes for laccase-like enzymes PLoS ONE,6:(10):e25724
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326445
Schneider, J.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Linke, B.; Brinkrolf, K.; Neuweger, H.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2011): RAPYD - Rapid Annotation Platform for Yeast Data Journal of Biotechnology,155:(1): 118-126.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2307104
Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Blom, J.; Goesmann, A.; Ishimaru, C. A.; Frey, J. E.; Stockwell, V. O.; Duffy, B. (2011): Metabolic Versatility and Antibacterial Metabolite Biosynthesis Are Distinguishing Genomic Features of the Fire Blight Antagonist Pantoea vagans C9-1 PLoS ONE,6:(7): e22247.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447730
Gonzalez, J. M.; Pinhassi, J.; Fernández-Gómez, B.; Coll-Llado, M.; Gonzalez-Velazquez, M.; Puigbo, P.; Jaenicke, S.; Gomez-Consarnau, L.; Fernandez-Guerra, A.; Goesmann, A.; Pedros-Alio, C. (2011): Genomics of the proteorhodopsin-containing marine flavobacterium Dokdonia sp. MED134 Applied and Environmental Microbiology,77:(24): 8676-8686.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2448409
Imperi, F.; Antunes, L.; Blom, J.; Villa, L.; Iacono, M.; Visca, P.; Carattoli, A. (2011): The genomics of Acinetobacter baumannii: Insights into genome plasticity, antimicrobial resistance and pathogenicity IUBMB life,63:(12): 1068-1074.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326455
Krol, E.; Blom, J.; Winnebald, J.; Berhoerster, A.; Barnett, M. J.; Goesmann, A.; Baumbach, J.; Becker, A. (2011): RhizoRegNet-A database of rhizobial transcription factors and regulatory networks Journal of Biotechnology,155:(1): 127-134.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326518
Szczepanowski, R.; Eikmeyer, F. G.; Harfmann, J.; Blom, J.; Rogers, L. M.; Top, E. M.; Schlüter, A. (2011): Sequencing and comparative analysis of IncP-1 alpha antibiotic resistance plasmids reveal a highly conserved backbone and differences within accessory regions Journal of Biotechnology,155:(1): 95-103.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2453768
Becker, J.; Timmermann, C.; Jakobi, T.; Rupp, O.; Szczepanowski, R.; Hackl, M.; Goesmann, A.; Tauch, A.; Borth, N.; Grillari, J.; Pühler, A.; Noll, T.; Brinkrolf, K. (2011): Next-generation sequencing of the CHO cell transcriptome, In: Hansjörg Hauser (Hrsg.), BMC Proceedings,5:(Suppl. 8): P6.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2397780
Doppmeier, D.; Stracke, R.; Lutter, P.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Weisshaar, B. (2011): Using the GUS Reporter Gene for Quantitative Studies of Promotor Activity in A.thaliana Seedlings. S. 218.
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2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2382565
Borriss, R.; Rückert, C.; Blom, J.; Bezuidt, O.; Reva, O.; Klenk, H. P. (2011): Whole Genome Sequence Comparisons in Taxonomy. In: F. Rainey; A. Oren (Hrsg.): Taxonomy of Prokaryotes (Methods in Microbiology). Waltham, MA, USA: Academic Press,.
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2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447751
Jaenicke, S.; Zakrzewski, M.; Jünemann, S.; Pühler, A.; Goesmann, A.; Schlüter, A. (2011): Analysis of the Metagenome from a Biogas-Producing Microbial Community by Means of Bioinformatics Methods. In: Frans J. de Bruijn (Hrsg.): Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats. Wiley-Blackwell. S. 403-414.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290032
Joseph, B.; Schwarz, R. F.; Linke, B.; Blom, J.; Becker, A.; Claus, H.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Mueller, T.; Vogel, U.; Schoen, C. (2011): Virulence Evolution of the Human Pathogen Neisseria meningitidis by Recombination in the Core and Accessory Genome PLoS ONE,6:(4): e18441.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093389
Schoen, C.; Weber-Lehmann, J.; Blom, J.; Joseph, B.; Goesmann, A.; Strittmatter, A.; Frosch, M. (2011): Whole-Genome Sequence of the Transformable Neisseria meningitidis Serogroup A Strain WUE2594 Journal of Bacteriology,193:(8): 2064-2065.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289887
Hinse, D.; Vollmer, T.; Rückert, C.; Blom, J.; Kalinowski, J.; Knabbe, C.; Dreier, J. (2011): Complete Genome Analysis of Streptococcus gallolyticus subsp gallolyticus, an Emerging Pathogen of Infective Endocarditis Clinical Chemistry and Laboratory Medicine,49: S837.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289902
De Gregoris, T. B.; Rupp, O.; Klages, S.; Knaust, F.; Bekel, T.; Kube, M.; Burgess, J. G.; Arnone, M. I.; Goesmann, A.; Reinhardt, R.; Clare, A. S. (2011): Deep sequencing of naupliar-, cyprid- and adult-specific normalised Expressed Sequence Tag (EST) libraries of the acorn barnacle Balanus amphitrite Biofouling,27:(4): 367-374.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom, J.; Jakobi, T.; Doppmeier, D.; Jaenicke, S.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2011): Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming Bioinformatics,27:(10): 1351-1358.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289928
Kant, R.; Blom, J.; Palva, A.; Siezen, R. J.; de Vos, W. M. (2011): Comparative genomics of Lactobacillus Microbial Biotechnology,4:(3): 323-332.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892
Schneiker-Bekel, S.; Wibberg, D.; Bekel, T.; Blom, J.; Linke, B.; Neuweger, H.; Stiens, M.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (In Press): The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome Journal of Biotechnology,155:(1): 20-33.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003276
Jaenicke, S.; Ander, C.; Bekel, T.; Bisdorf, R.; Dröge, M.; Gartemann, K. - H.; Jünemann, S.; Kaiser, O.; Krause, L.; Tille, F.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2011): Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing PLoS ONE,6:(1): e14519.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2036058
Margaret, I.; Becker, A.; Blom, J.; Bonilla, I.; Goesmann, A.; Göttfert, M.; Lloret, J.; Mittard-Runte, V.; Rückert, C.; Ruiz-Sainz, J. - E.; Vinardell, J. M.; Weidner, S. (2011): Symbiotic properties and first analyses of the genomic sequence of the fast growing model strain Sinorhizobium fredii HH103 nodulating soybean Journal of Biotechnology,155:(1): 11-19.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2087955
Hackl, M.; Jakobi, T.; Blom, J.; Doppmeier, D.; Brinkrolf, K.; Szczepanowski, R.; Bernhart, S. H.; Höner zu Siederdissen, C.; Bort, J. A. H.; Wieser, M.; Kunert, R.; Jeffs, S.; Hofacker, I. L.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Borth, N.; Grillari, J. (2011): Next-generation sequencing of the Chinese hamster ovary microRNA transcriptome: Identification, annotation and profiling of microRNAs as targets for cellular engineering Journal of Biotechnology,153:(1-2): 62-75.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003418
Powney, R.; Smits, T. H. M.; Sawbridge, T.; Frey, B.; Blom, J.; Frey, J. E.; Plummer, K. M.; Beer, S. V.; Luck, J.; Duffy, B.; Rodoni, B. (2011): Genome Sequence of an Erwinia amylovora Strain with Pathogenicity Restricted to Rubus Plants Journal of Bacteriology,193:(3): 785-786.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093398
Brankatschk, K.; Blom, J.; Goesmann, A.; Smits, T. H. M.; Duffy, B. (2011): Genome of a European Fresh-Vegetable Food Safety Outbreak Strain of Salmonella enterica subsp enterica Serovar Weltevreden Journal of Bacteriology,193:(8): 2066.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929692
Schneider, J.; Vorhölter, F. - J.; Trost, E.; Blom, J.; Musa, Y. R.; Neuweger, H.; Niehaus, K.; Schatschneider, S.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2010): CARMEN - Comparative Analysis and in silico Reconstruction of organism-specific MEtabolic Networks Genetics and Molecular Research,9:(3): 1660-1672.
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Trost, E.; Ott, L.; Schneider, J.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Husemann, P.; Stoye, J.; Alves Dorella, F.; Souza Rocha, F.; de Castro Soares, S.; D'Afonseca, V.; Miyoshi, A.; Ruiz, J.; Silva, A.; Azevedo, V.; Burkovski, A.; Guiso, N.; Join-Lambert, O. F.; Kayal, S.; Tauch, A. (2010): The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence BMC Genomics,11:(1):728
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795508
Bertelli, C.; Collyn, F.; Croxatto, A.; Rückert, C.; Polkinghorne, A.; Kebbi-Beghdadi, C.; Goesmann, A.; Vaughan, L.; Greub, G. (2010): The Waddlia Genome: A Window into Chlamydial Biology PLOS ONE,5:(5): e10890.
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Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Pelludat, C.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Genomic and phenotypic characterization of a nonpigmented variant of Pantoea vagans biocontrol strain C9-1 lacking the 530-kb megaplasmid pPag3 FEMS MICROBIOLOGY LETTERS,308:(1): 48-54.
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Trost, E.; Götker, S.; Schneider, J.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Arnold, W.; Bekel, T.; Blom, J.; Gartemann, K. - H.; Linke, B.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Shukla, S. K.; Tauch, A. (2010): Complete genome sequence and lifestyle of black-pigmented Corynebacterium aurimucosum ATCC 700975 (formerly C. nigricans CN-1) isolated from a vaginal swab of a woman with spontaneous abortion BMC Genomics,11:(1):91
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785504
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Mittard-Runte, V.; Bekel, T.; Blom, J.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Jaenicke, S.; Krause, L.; Linke, B.; Neuweger, H.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A. (2010): Practical Guide: Genomic Techniques and How to Apply Them to Marine Questions. In: J. Mark Cock; Kristin Tessmar-Raible; Catherine Boyen; Frédérique Viard (Hrsg.): Introduction to Marine Genomics (Advances in Marine Genomics). Netherlands: Springer Netherlands. (1). S. 315-396.
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Smits, T. H. M.; Jaenicke, S.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Goesmann, A.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Complete genome sequence of the fire blight pathogen Erwinia pyrifoliae DSM 12163(T) and comparative genomic insights into plant pathogenicity BMC Genomics,11:(1): 2.
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Steinweg, C.; Kuenne, C. T.; Billion, A.; Mraheil, M. A.; Domann, E.; Ghai, R.; Barbuddhe, S. B.; Kaerst, U.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Weisshaar, B.; Wehland, J.; Lampidis, R.; Kreft, J.; Goebel, W.; Chakraborty, T.; Hain, T. (2010): Complete Genome Sequence of Listeria seeligeri, a Nonpathogenic Member of the Genus Listeria Journal of Bacteriology,192:(5): 1473-1474.
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Kuenne, C.; Voget, S.; Pischimarov, J.; Oehm, S.; Goesmann, A.; Daniel, R.; Hain, T.; Chakraborty, T. (2010): Comparative Analysis of Plasmids in the Genus Listeria PLOS ONE,5:(9): e12511.
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Smits, T. H. M.; Rezzonico, F.; Kamber, T.; Goesmann, A.; Ishimaru, C. A.; Stockwell, V. O.; Frey, J. E.; Duffy, B. (2010): Genome Sequence of the Biocontrol Agent Pantoea vagans Strain C9-1 Journal of Bacteriology,192:(24): 6486-6487.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1990186
Gehlenborg, N.; O'Donoghue, S. I.; Baliga, N. S.; Goesmann, A.; Hibbs, M. A.; Kitano, H.; Kohlbacher, O.; Neuweger, H.; Schneider, R.; Tenenbaum, D.; Gavin, A. - C. (2010): Visualization of omics data for systems biology Nat Methods,7:(3s): S56-S68.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1930110
Joseph, B.; Schneiker-Bekel, S.; Schramm-Glueck, A.; Blom, J.; Claus, H.; Linke, B.; Schwarz, R. F.; Becker, A.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Schoen, C. (2010): Comparative Genome Biology of a Serogroup B Carriage and Disease Strain Supports a Polygenic Nature of Meningococcal Virulence JOURNAL OF BACTERIOLOGY,192:(20): 5363-5377.
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