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136 Publikationen

2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901460
Löwes, B.; Chauve, C.; Ponty, Y.; Giegerich, R. (2017): The BRaliBase Dent – a Tale of Benchmark Design and Interpretation Briefings in Bioinformatics,18:(2): 306-311.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903044
Gatter, T.; Giegerich, R.; Saule, C. (2016): Integrating Pareto Optimization into Dynamic Programming ALGORITHMS,9:(1):12
PUB | DOI | WoS
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2917100
Nuss, A. M.; Heroven, A. K.; Waldmann, B.; Reinkensmeier, J.; Jarek, M.; Beckstette, M.; Dersch, P. (2015): Transcriptomic Profiling of Yersinia pseudotuberculosis Reveals Reprogramming of the Crp Regulon by Temperature and Uncovers Crp as a Master Regulator of Small RNAs PLOS GENETICS,11:(3):26
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905757
Giegerich, R.; Touzet, H. (2014): Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems Algorithms,7:(1): 62-144.
PUB | DOI
 
2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2682131 OA
Janssen, S. (2014): Kisses, ambivalent models and more: Contributions to the analysis of RNA secondary structure. Bielefeld: Universitätsbibliothek.
PUB | PDF
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699802
Torres-Quesada, O.; Reinkensmeier, J.; Schlueter, J. - P.; Robledo, M.; Peregrina, A.; Giegerich, R.; Toro, N.; Becker, A.; Jimenez-Zurdo, J. I. (2014): Genome-wide profiling of Hfq-binding RNAs uncovers extensive post-transcriptional rewiring of major stress response and symbiotic regulons in Sinorhizobium meliloti RNA Biology,11:(5): 563-579.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2681698
Sauthoff, G.; Giegerich, R. (2014): Yield grammar analysis and product optimization in a domain-specific language for dynamic programming Science of Computer Programming,87: 2-22.
PUB | DOI | WoS
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699792
Becker, A.; Overloeper, A.; Schlueter, J. - P.; Reinkensmeier, J.; Robledo, M.; Giegerich, R.; Narberhaus, F.; Evguenieva-Hackenberg, E. (2014): Riboregulation in plant-associated alpha-proteobacteria RNA Biology,11:(5): 550-562.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2584661
Schlueter, J. - P.; Reinkensmeier, J.; Barnett, M. J.; Lang, C.; Krol, E.; Giegerich, R.; Long, S. R.; Becker, A. (2013): Global mapping of transcription start sites and promoter motifs in the symbiotic a-proteobacterium Sinorhizobium meliloti 1021 Bmc Genomics,14:(1): 156.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645192
Gillett, A.; Bergman, P.; Parsa, R.; Bremges, A.; Giegerich, R.; Jagodic, M. (2013): A Silent Exonic SNP in Kdm3a Affects Nucleic Acids Structure but Does Not Regulate Experimental Autoimmune Encephalomyelitis Plos One,8:(12): e81912.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901275
Löwes, B.; Giegerich, R. (2013): Avoiding Ambiguity and Assessing Uniqueness in Minisatellite Alignment. In: Tim Beißbarth; Martin Kollmar; Andreas Leha; Burkhard Morgenstern; Anne-Kathrin Schultz; Stephan Waack; Edgar Wingender (Hrsg.): German Conference on Bioinformatics 2013. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. (OpenAccess Series in Informatics (OASIcs), 34). S. 110-124.
PUB | DOI
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607289
Schirmer, S.; Giegerich, R. (2013): Forest alignment with affine gaps and anchors, applied in RNA structure comparison Theoretical Computer Science,483: 51-67.
PUB | DOI | WoS
 
2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665
Janssen, S.; Giegerich, R. (2012): Abstract Shape Analysis of RNA. In: Jan Gorodkin; Zasha Weinberg (Hrsg.): RNA Bioinformatics t.b.a.. S. 1-35.
PUB
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526 OA
Janssen, S.; Schudoma, C.; Steger, G.; Giegerich, R. (2011): Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction BMC Bioinformatics,12:(1): 429.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427226
Reinkensmeier, J.; Schlüter, J. - P.; Giegerich, R.; Becker, A. (2011): Conservation and Occurrence of Trans-Encoded sRNAs in the Rhizobiales GENES, 925-956.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2302459 OA
Abdul-Hak, S. (01T00:00:00Z.01.1970): Analytische und empirische Untersuchungen über abstrakte Shapes von RNA-Sekundärstrukturen. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383357
Giegerich, R.; Sauthoff, G. (2011): Yield grammar analysis in the Bellman's GAP compiler. In: Proceedings of the Eleventh Workshop on Language Descriptions, Tools and Applications (ACM).
PUB
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383363
Schirmer, S.; Giegerich, R. (2011): Forest Alignment with Affine Gaps and Anchors Combinatorial Pattern Matching, 104-117.
PUB | DOI
 
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310489
Sauthoff, G.; Janssen, S.; Giegerich, R. (2011): Bellman's GAP: a declarative language for dynamic programming. In: Proceedings of the 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming. New York, NY, USA: ACM. S. 29-40.
PUB | DOI | Download (ext.)
 
2011 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2474238 OA
Schirmer, S. (2011): Comparing forests. Bielefeld: Bielefeld University.
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